G2188890


Basic Information

Item Value
gene id G2188890
gene name NA
gene type non-coding
species rainbow trout (Oncorhynchus mykiss)
category of species economic fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_048593.1
NCBI id CM023247.2
chromosome length 47748341
location 46321455 ~ 46325035 (-)
genome version USDA_OmykA_1.1_2020_rainbow_trout_Genome

Sequence

>TU2503111
ggggggagggagggagggattgagggagggattaagggagggggggagggagggattgagggagggattAAGGGAGGAAGGTTTTGGGAAACTGCTCTCGTCGGTAGACGTCTGGACATCTGAGTTGATTTAATATGAGCAATATGGCTTAAACCTATCCGATCCTCTCAGATCTGCCCTGGTGAATAGGGGCTAGGGGAAGGGGCTAGGGCTTGATTTGGGTAACTGACTTAAGGTGAAGAAGGGGGAGTTTGCTGGACGGTTTTCTAGCTGTTGTCTTGGTAGCGCAGGAGGAGGAGCTCTAACCGTGCCGAGAGGGTGATTTATCATTTATGGGATCTACAAGGTGTTCTGTTGTGGAAACCAACCTTCTGGGGTTACACTGGCCGTGTCCCAAATTTGGCTTGCGTACTACTTAATAAAACggcatactgtgtactaatcataatatatatactatttaGCAGTGATGTGGTTGAGTCACTAAACTTGAAGTCCGAGTCGAGGCCCAAGTCCCTGGTCCTATGCCaggttattaacccagtcagatatagaggagttatttacccagtcagatatagaggggttatttacccagtcagaggaGTTTTTTACCCAGTCAggtatagaggagttatttacccagtcagatatagaggggttatttacccagtcagaggagttatttacccagtcaggtatagaggagttatttacccagtcagatatagaggggttatttacccagtcagaggagttatttacccagtcaggtatagaggagttatttacccagtcagatatagaggggttatttacccagtcagaggagttatttacccagtcaggtATATTGGAGTTATTTACCCATTCAGATATAGAGGgtttatttacccagtcagatatagaggagttattaacccagtcagatatagaggagttattaacccagtcagatatagaggggttattaacccagtcagaggggttattaacccagtcagatatagaggagttattaacccagtcagatatagaggggttattaacccagtcagaggggttattaacccagtcagatatagaggggttattaacccagtcagaggggttattaacccagtcagatatagaggagttattaacccagtcagatatagaggagttattaacccagtcagaggggttattaacccagtcagatatagaggggttattaacccagtcagatatagaggagttatttacccagtcagatatagatgggttattaacccagtcagatatagaggggttattaacccagtcagatatagaggggttattaacccagtcagatatagagggtttatttacccagtcagatatagaggagttattaacccagtcagatatagaggggttattaacccagtcagatatagaggggttattaacccagtcagatatagaggggttattaacccagtcagatatagaggggttattaacccagtcagatatagaggagttattaacccagtcagatatagaggggttattaacccagtcagatatagaggggttattaacccagtcagatatagaggggttattaacccagtcagatatagaggggttattaacccagtcagatatagaggggttattaacccagtcagatatagaggggttattaacccagtcagatagagaggggttattaacccagtcagatatagaggggttattaacccagtcagatatagaggagttattaacccagtcagatatagaggggttattaacccagtcagatatagaggggttattaacccagtcagatatagaggagttattaacccagtcagatatagaggggttattaacccagtcagatatagaggggttattaacccagtcagatatagaggggttattaacccagtcagatatagaggggttATTAGCCCAGTCAGATATAGTGTAGTGGCAAGAGGGATTTAGTCAATACATTGTTGGCTAtccttttcctttctttctgtgccacCAAATGTTTACCTTGTTTACTGGTAATATTACCATGGCTACGTTCAATAGGCTACCGGTAATGTtaccatgttagctagctagctaatgaggtaTTATGACTGAACAAGGTTTAGTGTAGCCTAAACTAGTAGCCTCTAACTAGAAAGTTGACGGTCACTGGGTAGCTACGGTGAAGCAGGAGAGTTGGGTATCTAACTAGAAAGTTGACGGTCACTGGGTTCGCTATGGTGAAGCAGGAGAGTTGGGTATCTAACTAGAAAGTTGACGGTCACTGGGTTCGCTACGGTGAAGCAAGAGAGTTGGGTATCTAACTAGAAAGTTGACAGTCACTGGGTTCGCTACGGTGAAGCAGGAGAGTTGGGTATCTAACTAGAAAGTTGACGGTCACTGGGTAGCTACGGTGAAGCAGGAGAGTTGGGTATCTAACTAGAAAGTTGACGGTCACTGGGTTCGCTATGGTGAAGCAGGAGAGTTGGGTATCTAACTAGAAAGTTGACGGTCACTGGGTTCGCTACGGTGAAGCAAGAGAGTTGGGTATCTAACTAGAAAGTTGACAGTCACTGGGTTCGCTATGGTGAAGCAGGAGAGTTGGGTATCTAACTAGAAAGTTGACGGTCACTGGGTTCGCTACGGTGAAGCAAGAGAGTTGGGTATCTAACTAGAAAGTTGACAGTCACTGGGTTCGCTACGGTGAAGCAAGAGAGTTGGGTATCTAACTAGAAAGTTGACGGTCACTGGGTTCGCTATGGTGAAGCAAGAGAGTTGCCTGCACGATGTGTATGACCGGAGCCTGTCTGCCCACACTCAACGCTTGCTCCCCCGCTTGCTCCCCCGCAGCTCACCAGCTGATGTCGGCTGGGTGTACTGGGTGCAAAAAAAAACCCAAATTGGAACTTAATGCCTTCTGTTTAGGACACAAGTACAGGTTTTGGGACATGGCCACTCAatggttagtggttagagcgttgggccagtaaccaaaaggttgctagatcgaatccccgagctgacaaggtacaaatctgtcgttcttcctcCTGAAAgaggcattgtaaataagaatttgttcttaactgacttgcctagttaaataaaggtttattttttttttttcaaaacggCAACACACACCTCAGTTCAGCAGCACAGTAACTCCTAATCTCTCCACCAGGGGGCAGGCTTGATTCAGTTCTCAATTCCACTTTCCATTTAGTAATTTATTGATGTCAGAGTTCTAATTAAGTGGAAGTTCAGATTAATCATGTACTAAATTGAAAACTCATTTTATCAAACATTGAACATATTTAATTGACTTCTTTAATTGACGGAGTTAAAACTGTCAGGTCCCaatcctgctctctccctccccctcttccctctctctccctctctctccctctctctccctctctctccccctccctccc
>TU2503112
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Function

NR:

description
PREDICTED: uncharacterized protein LOC106572272

GO: NA

KEGG:

id description

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TU2503111 False 3458 lncRNA 0.44 2 46321455 46325035
TU2503112 True 3506 lncRNA 0.44 2 46321455 46325035

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
grm5a LOC100700102 coding downstream 26592 46218563 ~ 46294863 (-)
LOC110510923 LOC103354503 coding downstream 203387 45804868 ~ 46118068 (-)
si:ch1073-15f19.2 NA coding downstream 541184 45768732 ~ 45780271 (-)
LOC118945350 NA coding downstream 560884 45743616 ~ 45760571 (-)
smpd1 smpd1 coding downstream 631866 45668257 ~ 45689589 (-)
tmem135 tmem135 coding upstream 166 46325201 ~ 46353650 (-)
LOC118945303 NA coding upstream 92958 46417993 ~ 46418609 (-)
LOC118945322 NA coding upstream 242396 46567431 ~ 46568798 (-)
si:dkey-175g6.2 NA coding upstream 348876 46673911 ~ 46683741 (-)
ddx52 ddx52 coding upstream 565934 46890969 ~ 46934960 (-)
G2188891 NA non-coding downstream 452 46320512 ~ 46321003 (-)
G2188986 NA non-coding downstream 3958 46317262 ~ 46317497 (-)
G2188985 NA non-coding downstream 4549 46316575 ~ 46316906 (-)
G2188981 NA non-coding downstream 12004 46309147 ~ 46309451 (-)
G2188980 NA non-coding downstream 19866 46301332 ~ 46301589 (-)
G2188987 NA non-coding upstream 4555 46329590 ~ 46330220 (-)
G2188989 NA non-coding upstream 23288 46348323 ~ 46349010 (-)
G2188995 NA non-coding upstream 33116 46358151 ~ 46358441 (-)
G2188999 NA non-coding upstream 38952 46363987 ~ 46364539 (-)
G2189000 NA non-coding upstream 51423 46376458 ~ 46376867 (-)
G2188868 chordc1 other downstream 163649 46143319 ~ 46157806 (-)
G2188877 NA other downstream 236671 46081386 ~ 46084784 (-)
G2188420 NA other downstream 517268 45802955 ~ 45804187 (-)
G2188287 NA other downstream 921909 45397476 ~ 45399546 (-)
G2189115 NA other upstream 309203 46634238 ~ 46636168 (-)
G2189204 NA other upstream 444648 46769683 ~ 46769961 (-)
G2189814 NA other upstream 918014 47243049 ~ 47270482 (-)
G2189794 NA other upstream 960949 47285984 ~ 47287003 (-)
G2189898 NA other upstream 1094899 47419934 ~ 47428596 (-)

Expression


Co-expression Network