G2190027


Basic Information

Item Value
gene id G2190027
gene name NA
gene type non-coding
species rainbow trout (Oncorhynchus mykiss)
category of species economic fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_048593.1
NCBI id CM023247.2
chromosome length 47748341
location 47695888 ~ 47727805 (-)
genome version USDA_OmykA_1.1_2020_rainbow_trout_Genome

Sequence

>TU2504731
ctctattatattatgacagaccagctagatatgctttctctattacattatgacagaccagctagatgtactgtctctgtgtctctattatctgatgacagaccagctagatctactcgctctactacaatatgacagaccagctagatctcctctctctattatattatgacagaccagctagatctaatgcctatattgtattatgacagaccagctagatctactggctctattatattatgacagaccagctagatcaactgtctctattatattatgacagaccagctagatctactgtctctattgtattatgacagaccagctagatctactgtctctattataatatgacagaccagctagatctattgtctctattataatttgacagaccagctagatcaaatgtctctattatattatgacagaccagctagatatattgtctctattataatttgacagatcagccagatcaactgtctctattatattatgacagaccagctcgatcaactgtctctattgtattattacagactagctagatctactgtctctgttatattatgacacaccagctagatctactgtctctat
>TU2504733
agatagataattctctattatattatgacagacgagctagatctgctatctctattatattatgacagaccagctaaatctactgtctctataatattatgacagaccagctagatctactgtctataatattatgacagaccagctagatctactgtctctgtgtctctattatataatgacagaccagctagatctactgtctctattataatatgacagaccagctagatctattgtctctattataatttgacagaccagctagatcaaatgtctctattatattatgacagaccagctagatatattgtctctattataatttgacagatcagccagatcaactgtctctattatattatgacagaccagctcgatcaactgtctctattgtattattacagactagctagatctactgtctctgttatattatgacacaccagctagatctactgtctctat
>TU2504735
ctcgtatattttgacagaccagctagatctactggctctattatactatgacagaccagctagatctactggctctattgtactatgacagaccggctagatctactgtcactattatattatgacagaccagctagatctgttgtctctattatattatgacagaccagctagatctgctgtctctattgaattatgacagaacagctagatctactgtctctagtatattatgactgaccagctagatctactgtctctattatattatgacagaccagctagatctactgtctctattatattatgacagaccagctagatctgctgtctctattgtattatgacagaacagctagatctactgtctctagtatattatgactgaccagctagatctactgtctctattatattatgatagaccagctagatctactgcctctattaaattatgacagaccagctagatctactgtctctatcatattatgacagaccagctagatctactgtctctaggtctctattatattattacagaccagctagatctactgtctctactatattatgacagaccagctagatcaaaagtctctattataatatgacagaccagctagatctactgtctctattatattatgacagaccagctagatatactgtctctattataatttgacagaccagctagatctattgtctctattatattatgacagaccagctagatctactggctctattatattatgacagaccagctagatcaactgtctctattatattatgacagaccagctagatctactgtctctattacattatgacagaccagctagatctactgtctctagtatattttgacagaccagctagatgtactgtctctattagatcatgacagactagctagatcaactgtcgctgtgtctctcttacattatgacaggccagctagatctactgtctctagtatattatgacagaccagctagatctactggctctattatattatgacagaccagctagatcaactgtctctattatattatgacagaccagctagatctactgtctctattacattatgacagaccagctagatctactgtctctagtatattttgacagaccagctagatgtactgtctctattagatcatgacagactagctagatcaactgtcgctgtgtctctcttacattatgacaggccagctagatctactgtctctagtatattatgacagaccagctagatctactgtctctattatattatgacagaccagctagatctactggctctattatattatgacagaccagctagatctattgtctctattataatttgacagaccagctagatctactgtctctattatattatgacagaccagctagatctaatgcctgtattgtattatgacagaccagctagatcatctgtctctattgaattatgacagaccggctagatctgttgtctctattacattatgacagaccagctagatctactgtctcttttatattatgacagaccagctagatctgctgtctctattgtattacgacagaacagctagatctactgtctcttttatattatgacagaccagctagatctactgtctctattatattatgacagaccagctagatctgctgtctctattgtattatgacagaacagctagatctactgtctctagtatattatgactgaccagctagatatactgtctctattatattatgatagaccagctagatctactg
>TU2504711
ctctattatattatgacagaccagctagatatgctttctctattacattatgacagaccagctagatgtactgtctctgtgtctctattatctgatgacagaccagctagatctactcgctctactacaatatgacagaccagctagatctcctctctctattatattatgacagaccagctagatctaatgcctatattgtattatgacagaccagctagatctacttgctctattatattatgacagaccagctagatctattgtctctattatattattacagaccagctagatctactgtctctactatattatgacagaccagctagatctactgtctctgtgtctctattatctgatgacagaccagctagatctactcgctctactacaatatgacagaccagctagatctactgtctctattataatatgacagaccagctagatatactgtctctattatattatgacagaccagctaaatatactgtctctattatattatgacagaccagctagatctactgtctctattataatatgacagaccagctagatatactgtctctattatattatgacagaccagctagatctactttctctttgtctctattatactatgacagaccagctagatctactggctctattatactatgacagaccggctagatctactgtcactattatattatgacagaccagctagatctgttgtctctattaaattatgacagaccagctagatttactgtctctattatattatgacagacagactagatctactgtctctataatattatgacataccagctaaatctactgtctctattgtattatgacagacaagctagatcatctgtctctattgaattatgacagaccggctagatct
>TU2504717
ctctattatattatgacagaccagctagatatgctttctctattacattatgacagaccagctagatgtactgtctctgtgtctctattatctgatgacagaccagctagatctactcgctctactacaatatgacagaccagctagatctactgtctctattatattatgacagaccagctagatctactggctctattatattatgacagaccagctagatctattgtctctattataatttgacagaccagctagatctactgtctctattatattatgacagaccagctagatctaatgcctgtattgtattatgacagaccagctagatca
>TU2504705
tatgacagaccagctagatctactgtctctattatattatgacagaccagctagatatactgtctctattataatttgacagaccagctagatctattgtctctattatattatgacagacaagctagatctactgtctctattatattatgacagaccagctagatatgctctctctattacattatgacagaccagctagatgtactgtctctgtgtctctattatctgatgacagaccagctagatctactcgctctactacaatatgacagaccagctagatctcctctctctattatattatgacagaccagctagatctaatgcctatattgtattatgacagaccagctagatctactgtctctattatattatgacagaccagctagatctattgtctctattatattatgacagacaagctagatctactgtctctattaaaatgtgacagaccagctagatatactgtctatattgtattatgacagaccagctagatctactggctctattatattatgacagaccagctagatctattgtctctattataatttgacagaccagctagatctactgtctctattatattatgacagaccagctagatctaatgcctgtattgtattatgacagaccagctagatcatctgtctctattgaattatgacagaccggctagatctgttgtctctattacattatgacagaccagctagatctactgtctcttttatattatgacagacc
>TU2504712
ctcgtatattttgacagaccagctagatctactggctctattatactatgacagaccagctagatctactggctctattgtactatgacagaccggctagatctactgtcactattatattatgacagaccagctagatctgttgtctctattatattatgacagaccagctagatctgctgtctctattgaattatgacagaacagctagatctactgtctctagtatattatgactgaccagctagatctactgtctctattatattatgacagaccagctagatctactgtctctattatattatgacagaccagctagatctgctgtctctattgtattatgacagaacagctagatctactgtctctagtatattatgactgaccagctagatctactgtctctattatattatgatagaccagctagatctactgcctctattaaattatgacagaccagctagatctactgtctctatcatattatgacagaccagctagatctactgtctctaggtctctattatattattacagaccagctagatctactgtctctactatattatgacagaccagctagatctactgtctctgtgtctctattatctgatgacagaccagctagatctactcgctctactacaatatgacagaccagctagatctcctctctctattatattatgacagaccagctagatctaatgcctatattgtattatgacagaccagctagatctactgtctctattatattatgacagaccagctagatctattgtctctattatattatgacagacaagctagatctactgtctctattaaaatgtgacagaccagctagatatactgtctatattgtattatgacagaccagctagatctactggctctattatattatgacagaccagctagatctattgtctctattataatttgacagaccagctagatctactgtctctattatattatgacagaccagctagatctaatgcctgtattgtattatgacagaccagctagatcatctgtctctattgaattatgacagaccggctagatctgttgtctctattacattatgacagaccagctagatctactgtctcttttatattatgacagacc
>TU2504716
atatgatgacagaccagctagatctactgtctcttttatattatatcatgacagaccagcttgatgtactgtctctattatattatgacagaccagctagatctactgtctctgtgtctctattatattatgactgaccagcgagatctactgtctctattatattatgacagaccagctagatctactggctctattatattatgacagaccagctagatctattgtctctattataatttgacagaccagctagatctactgtctctattatattatgacagaccagctagatctaatgcctgtattgtattatgacagaccagctagatcatctgtctctattgaattatgacagaccggctagatctgttgtctctattacattatgacagaccagctagatctactgtctcttttatattatgacagacc
>TU2504708
ctctattatattatgacagaccagctagatatgctttctctattacattatgacagaccagctagatgtactgtctctgtgtctctattatctgatgacagaccagctagatctactcgctctactacaatatgacagaccagctagatctactgtctctattaaaatgtgacagaccagctagatatactgtctatattgtattatgacagaccagctaaatctactggctctattatattatgacagaccagctagatctattgtctatattataatttgacagaccagctagatctactgtctcttttatattatgacagaccagctagatctgctgtctctattatattatgacagaccagctagatctactgtctctattatattacgacagaccagctagatctactgtctctgttatattatgacagaccagctagatataatgtctctattatatgatgaaagatcagctagatctactctctctattatattatgacagaccagctagatgtactggctctattatattttgacagaccagctagatctattgtctctattataatttgacagaccagctagatctactgtctctattatattatgacacaccagctagatctattgtctctattatattacgacagaccagctagatctactgtctctattatattatgacagaccagctagatataatgtctctattatatgatgaaagatcagctagatctactctctctattatattatgacagaccagctagatgtactggctctattatattttgacagaccagctagatctattgtctctattatattatgacagaccagctagatctactggctctattatattatgacagaccagctagatcaactgtctctattatattatgacagaccagctagatctactgtctctattacattatgacagaccagctagatctactgtctctagtatattttgacagaccagctagatgtactgtctctattagatcatgacagactagctagatcaactgtcgctgtgtctctcttacattatgacaggccagctagatctactgtctctagtatattatgacagaccaggtatatatactgtctctattatattatgacagaccagctaggtctactgtctctattacattatcacagaccagctagatctactgtctctcgtatattttgacagaccagctagatctactggctctattatactatgacagaccagctagatctactggctcgattatactatgacagaccggctagatctactgtcactattatattatgacagaccagctagatctgttgtctctattaaattatgacagaccagctagatttactgtctctattatattatgacagacagactagatctactgtctctataatattatgacataccagctaaatcgactgtctctattgtattatgacagacaagctagatcatctgtctctattgaattatgacagaccggctagatctgttgtctctattacattatgacagaccagctagatctactgtctcttttatattatgacagaccagctagatctgctgtctctattgtattatgacagaacagctagatctactgtctcttttatattatgacagaccagctagatctactgtctctattgtattatgacagaacagctagatctactgtctctagtatattatgactgaccagctagatctactgtctctattatattatgatagaccagctagagctactgcctctattaaattatgacaggacagctagatctactgtctctatcatattatgacagaccagctagatctactgtctctaggtctctattatattattacagaccagctagatctactgtctctattatattatgacagaccagctagatcaaaagtctctattataatatgacagaccagctagatctactgtctctattatattatgacagaccagctagatatactgtctctattatattatgacagaccagctagatataatgtctctattatattatgacagatcagctagatatgctctctctattacattatgac
>TU2504710
ctctattatattatgacagaccagctagatatgctttctctattacattatgacagaccagctagatgtactgtctctgtgtctctattatctgatgacagaccagctagatctactcgctctactacaatatgacagaccagctagatctactgtctctattataatatgacagaccagctagatctactgtctctattatattacgacagaccagctagatctactgtctcttttatattatgacagaccagctagatctgc

Function

GO: NA

KEGG: NA

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TU2504731 False 606 lncRNA 0.36 3 47695888 47727059
TU2504733 False 468 lncRNA 0.34 2 47695888 47712658
TU2504735 False 1797 lncRNA 0.37 4 47697872 47727805
TU2504711 False 907 lncRNA 0.36 6 47699298 47727059
TU2504717 False 336 lncRNA 0.37 2 47700918 47727059
TU2504705 False 759 lncRNA 0.36 2 47702017 47724878
TU2504712 False 1146 lncRNA 0.37 3 47702017 47727805
TU2504716 False 435 lncRNA 0.37 2 47702017 47709711
TU2504708 False 2113 lncRNA 0.36 4 47715735 47727059
TU2504710 True 264 lncRNA 0.38 2 47717251 47727059

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
si:dkey-71l1.1 LOC105005636 coding downstream 138971 47525417 ~ 47556917 (-)
crfb12 ifnar1 coding downstream 184454 47479567 ~ 47511434 (-)
fdxacb1 LOC106594937 coding downstream 286255 47395688 ~ 47409633 (-)
btg4 btg4 coding downstream 355236 47337162 ~ 47340652 (-)
bud13 bud13 coding downstream 364259 47325408 ~ 47331629 (-)
G2190025 NA non-coding downstream 2617 47690553 ~ 47693271 (-)
G2190017 NA non-coding downstream 14494 47677129 ~ 47681394 (-)
G2189967 NA non-coding downstream 109669 47583300 ~ 47586219 (-)
G2189964 NA non-coding downstream 117275 47573486 ~ 47578613 (-)
G2189959 NA non-coding downstream 125631 47570056 ~ 47570257 (-)
G2189978 NA other downstream 91377 47603151 ~ 47604511 (-)
G2189898 NA other downstream 267292 47419934 ~ 47428596 (-)
G2189794 NA other downstream 408885 47285984 ~ 47287003 (-)
G2189814 NA other downstream 425406 47243049 ~ 47270482 (-)
G2189204 NA other downstream 925927 46769683 ~ 46769961 (-)

Expression


Co-expression Network