LOC118945831 (LOC106591986)


Basic Information

Item Value
gene id LOC118945831
gene name LOC106591986
gene type coding
species rainbow trout (Oncorhynchus mykiss)
category of species economic fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_050570.1
NCBI id CM025857.1
chromosome length 46327593
location 1979235 ~ 2008439 (+)
genome version USDA_OmykA_1.1_2020_rainbow_trout_Genome

Sequence

>XM_036969491.1
GCGTTTTTATAGCATGTTGGATGCTATAACTCGCTTGTTAAAACGGACTAGGTTCGAGTTGCAGCAGATACCGTTTTAAAGATTGCAGAGTACCAAGCGGGATAGGACCGAGGAAGAAAAGGAAACGGTTTCAATTGGATCGAAACCTCGCCTTCATTTTTGATTCAGGATGGGGAACAGAGATGACGAGTATGACTACTTGTTCAAAGtGGTGTTGATAGGAGACTCTGGTGTGGGGAAGAGTAACCTGTTGTCTCGTTTCACCCGGAATGAGTTTAACCTGGAGAGTAAGAGCACCATCGGGGTGGAGTTTGCCACCCGCAGTATCCAGGTGGATGGGAAGACCGTGAAGGCTCAGATCTGGGACACAGCTGGCCAGGAGAGATACCGGGCTATTACATCAGCGTATTACCGTGGTGCCGTGGGTGCTCTTCTGGTCTATGACATCGCCAAGCACCTGACCTATGAAAGCGTGGAGCGTTGGCTGAAGGAGCTGAGAGACCATGCTGACAGCAACATCGTTATTATGTTGGTTGGCAACAAGAGTGACCTGCGCCACCTCAGGGCTGTGCCCACCGATGGGGCACGGGCGTTTGCAGAGAAGAACGGTTTGTCTTTCCTGGAGACCTCAGCCCTGGACTCTACTAACGTGGAGACATCCTTCCAGACCATTCTGACTGaAATCTATCGCATTGTCTCTCAGAAACAGATGTCAGACCGGCAAGACAACAACATGTCACCTAGCAACAACGTGGTCAACATCCAGGTGCAGCCGACGGAGAATAAACCAAAGATGCAATGTTGTCAGAGCATTTAACGGCATCACCAGTACCACCTGCTTCCCCCTGACCCCCGACCCCAAACCCCCTTCTAAAAGACTGCTTTGGTCCTGTCTGTCTGAGACACAGCTGCGTGGCCAGGCTCTAGACTGACACACAGCTGCATGGCCAGGCTCTAGACCGAGACACAGCTGCGTGACCAGGCTCTAGACCAAGACACAGCTGCGTGGCCAGGCTCTAGACTGACACACAGCTGCGTGGCCAGGCTCTAGACCGAGACACAGCTGCGTGGCCAGGCTCTAGACCGAGACACAGCTGCGTGGCCAGGCTCTAGGGTCTATACTGAGTAGAGGCTGCCTCCAAAGTGTGCACTTACTTGTCTTGCACACTTCTGTGTCTGAGCCTGTTAGTTCCTTAAGGATCCCCAGTCAGGACTATACAGCTGTGTCTGAGCCCGTTGGTTCCTTAAGGATCCCCAGTCAGGACTATACAGCTGTGTCAGCCCGTTGGTTCCTTAAGGATCCCCAGTCAGGACTATACAGCTGTGATCCCGTTGGTTCCTTAAGGATCCCCAGTCAGGAATATACAGCTGTGTCTGAGCCCGTTGGTTCCTTAAGGATCCCCAGTCAGGACTCTACAGCTGTGTCTGAGCCCGTTGGTTCCTTACGGATCCCGTTGGTTCCTTACGGATCCCGTTGGTTCCTTACGGATCCCGTTGGTTCCTTAAGGATCCCCAGTCAGGACTATACAGCTGTGTCTGAGCCCGTTGGTTCCTTAAGGATCCCCAGTCAGGACTATACAGCTGTGTCTGATCCCGTTGGTTCCTTAAGGATCCCTAGTCAGGACTATACAGCTGTGTCTGAGCCTGTTGGTTCCTTAAGGATCCCCAGTCAGGACTATACAGCTGTGTCTGATCCCGTTGGTTCCTTAAGGATCCCCAGTCAGGACTATACAGCTGTGATCCCATTGGTTCCTTAAGGATCCCCAGTCAGGACTATACAGCTGTGATCCCGTTGGTTCCTTAAGGATCCCCAGTCAGGACTATACAGCTGTGTCTGATCCCGTTGGTTCCTTAAGGATCCCCAGTCAGGACTATACAGCTGTGATCCCGTTGGTTCCTTAAGGATCCCCAGTCAGGACTATACAGCTGTGTCTGAGCCCGTTGGTTCCTTAAGGATCCCCAGTCAGGACTACACAGCTGTGTCTGAGCCCGTTGGTTCCTTACGGATCCCGTTGGTTCCTTAAGGATCCCCAGTCAGGACTATACAGCTGTGTCTGATCCCGTTGGTTCCTTAAGGATCCCCAGTCAGGACTATACAGCTGTGATCCCGTTGGTTCCTTAAGGATCCCCAGTCAGGACTATACAGCTGTGTCTGATCCCGTTGGTTCCTTAAGGATCCCCAGTCAGGACTATACAGCTCTGAGCCCGTTGGTTCCTTAAGGATCCCCAGTCAGGACTATACAGCTGTGTCTGATCCCGTTGGTTCCTTAAGGATCCCCAGTCAGGACTATACAGCTGTGTCTGATCCCGTTGGTTCCTTAAGGATCCCCAGTCAGGACCATACAGCTGTGTCTGATCCCGTTGGTTCCTTAAGGATCCCCAGTCAGGACTATACAGCTGTGATCCCGTTGGTTCCTTAAGGATCCCCAGTCAGGACTATACAGCTGTGTCTGAGCCCGTTGGTTCCTTAAGGATCCCCAGTCAGGCCTATACAGCTGTGTCTGATCCCGTTGGTTCCTTAAGGATCCCCAGTCAGGACTATACAGCTGTGATCCCGTTGGTTCCTTAAGGATCCCCAGTCAGGACTATACAGCTGTGATCCCGTTGGTTCCTTAAGGATCCCCAGTCAGGACTATACAGCTGTGATCCCGTTGGTTCCTTAAGGATCCCCAGTCAGGACTATACAGCTCTGAGCCCGTTGGTTCCTTAAGGATCCCCAGTCAGGACTATACAGCTGTGTCTGATCCCGTTGGTTCCTTAAGGATCCCCAGTCAGGACTATACAGCTGTGTCTGATCCCGTTGGTTCCTTAAGGATCCCCAGTCAGGACCATACAGCTGTGTCTGATCCCGTTGGTTCCTTAAGGATCCCCAGTCAGGACTATACAGCTGTGATCCCGTTGGTTCCTTAAGGATCCCCAGTCAGGACTATACAGCTGTGTCTGAGCCCGTTGGTTCCTTAAGGATCCCCAGTCAGGCCTATACAGCTGTGTCTGATCCCGTTGGTTCCTTAAGGATCCCCAGTCAGGACTATACAGCTGTGATCCCGTTGGTTCCTTAAGGATCCCCAGTCAGGACTATACAGCTGTGATCCCGTTGGTTCCTTAAGGATCCCCAGTCAGGACTATACAGCTGTGATCCCGTTGGTTCCTTAAGGATCCCCAGTCAGGACTATACAGCTTTTTATTTCTGCCGtcttttatattattatatagcaACGATTTAATAATCAGACAAACGCTGGACGAATCTTCACAGAAATGTCTTTAATATATGATTTACTGTTTTTGTTTTTAGATTTTTAATTAAATCATTTGAGGTTTGTTTTGTTCACCTGTAAGCTTCAAATTGACTGCACTGTACTCTCATTACCCTGGCTGACCTGTGAATccacaaattgcaccctattccctaatgtagtgcactactattaaccagagGCCTTACCCTaaccagtagtagtgcactataaaaggaatagcTTAAGGGACCATTTGGGAGCCTGGTGGTGTGCTGCATAACTAGATAATGTTCTCTCTGTGGAAGTAATGCTAACGATGATAGGTTAGGGATCAGTGGTAGTAATGCTATAATGCTAGTGATAGGCTATGGATCAGTGGTAGTAATGCTATAATGCTAATGATAGGCTAGGGAACAGTGGTAGTAATGCTATATTGCTAATGATGATAGGCTAGGGAACAGTGGTAGTAATGCTAATGATGACAGGCTAGGGAACAGTGGTAGTAATGCTATAATGCTAATGATGATaggctagggttgcaaaattaggctagggttgcaaaattcatGAAACGTTCCCTACATTTCCAAGGTTTTTTATTAATCATGTTTCAAGGAATTTCTGATATCAGGAAGGATTAACTAGGGAAGGCATCCTCCTACTGAGATTTATGAGGAATTTCGGAGTTCTGAAAAGCATGTAGCTCAATAACCAGTATCTGAGCTGTGAAGCTGTGAATGGCACATACATAACCACTGTCTGGAGAGACCTGCAGAGACCTACAGCTAGACTCCCTAACACAGTGTCTGTTCAGACTGATTCATTAGAGCTAGACTCACTAACACAGTGTCTGTTCAGACTGATTCATTAGAGCTAGACTCACTAACACAGTGTCTGTTCAGACTGATTCATTAGAGCTAGACTCACTAACACAGTGTCTGTTCAGACTGATTCATTAGAGCTAGACTCACTAACACAGTGTCTGTTCAGACTGATTCATTAGAGCTAGACTCACTAACACAGTGTCTGTTCAGACTGATTCATTAGAGCTAGACTCCCTAACACAGTGTCAGTAGTGACTTGTTTCTGTGCCTAATGCTTTGAGTACTGAGTAGTGACTTGTTTCAGTGCCTAATGCTTTTAGTACTGAGTAGTGACTTGTTTCAGTGCCTAATGCTTTTAGTACTGAGTAGTGACTTGTTTCAGTGCCTAATGCTTTGAGTACTGAGGAGTGACTTGTTTCTGTGCCTAATGCCTTGAGTACTGAGTAGTGACTTGTTTCAGTGCCTTTATTGTAGAATGACTTGTTGGTTGGTCTGTAGATAGTTTTCAGATGCCACCTCCCCTTCTCTTGAAGCCCAGCTCACCTATCTCTCGGAATTGGTGGACAGGACAGGTACCTACCCGTAAAAATGTACGTGTGATCAGGGTGGTTGGCAGGTAGCCACGGTGCGCTGCAGTTCACTCCAAACAACTCGTATCAAGCAGATCACACAATTTACCACGGCCGGCAGCAGGCCTGGTCTACAGGGTAATAGTAGTGTGGGTAGGAGCCACTGTCTGGAGTTAGCCCAGATTAACAtcattaataacccactgtctggaGTTAGCCCAGATTAACAtcattaataacccactgtctggaGTCAGACCAGATTAACAtcattaataacccactgtctggaGTTAGCCCAGATTAACAtcattaataacccactgtctggaGTCAGACCAGATTAACATCATTCATAACCCACTGTCTGGAGTTAGACCAGATTAACAtcattaataacccactgtctggaGTCAGACCAGATTAATAtcattaataacccactgtctggaGTCAGACCAGATTAACTtcattaataacccactgtctggaGTCAGACCAGATTAACAtcattaataacccactgtctggaGTCAGACCAGATTAACAtcattaataacccactgtctggaGTCAGACCAGATTAATAtcattaataacccactgtctggaGTTAGCCCAGATTAACAtcattaataacccactgtctggaGTCAGACCAGATTAACATCATTCATAACCCACTGTCTGGAGTTAGACCAGATTAACAtcattaataacccactgtctggaGTCAGACCAGATTAATAtcattaataacccactgtctggaGTCAGACCAGATTAACTtcattaataacccactgtctggaGTCAGACCAGATTAACAtcattaataacccactgtctggaGTCAGACCAGATTAACAtcattaataacccactgtctggaGTCAGACCAGATTAACTtcattaataacccactgtctggaGTCAGACCAGATTAACAtcattaataacccactgtctggaGTCAGACCAGATTAACTtcattaataacccactgtctggaATCAGACCAGATTAACTtcattaataacccactgtctggaGTCAGACCAGATTAACAtcattaataacccactgtctggaGTCAGACCAGATTAACTtcattaataacccactgtctggaGTCAGACCAGATTAACTtcattaataacccactgtctggaGTCAGACCAGATTAACTtcattaataacccactgtctggCGTCAGACCAGATTAACAtcattaataacccactgtctggaGTCAGACCAGATTAACTtcattaataacccactgtctggaGTCAGACCAGATTAATTTAATTCATAACCCACTGTCTGGAGTCAGACCAGATTAAtttaattcataacccatttCACGTAAAATAGTGTCTGTTTTGCACTGAATTTAAAAAACAACCCATCAATCAAATGAAGAGCGTTACAAATTAGTCTGCACTGCTTCCGTGATAATGAATGATAGATTAGCATGCTATATTGATATGCTATTATGGACCACCATGACTGGTAACATGAACGACCTGAATGTTTATTACCCCTGACACCACTACTTTTTCTGGGAATGACTGCAGCCTTGTATCGTACTGTGATGACCTGggatgtgttcattaggcaccaaacagtaGAAAACTGATTTAAAACCGGGAGGGACTACCTGCACTAGTAGTCCAATAACAAACACTAAAATGTCTATTTTCCtgttgtaaaacattttttgctAGAATTCAGATGGCACCATGTGTCACGATTGtcgttgggagaaggagaagaggaccaaagagCAGCGTGGTATACTGGAACAAAACAGACCGACAAACGAACAGTGCTGcaaggtgcaacaaaaacactaaacagaaaattcAAAACGtagaatacaaaacatagaatgcccaccccaactcacgccctgaccaaactaaaacagagccataaaaaaggaactaaggtcagggcgtgacaccattcttccatagGGGTTGCTTTGGAGCAGGCTAGCTTTGGCGCAGGCTAGCTTTGGCGCAGGCTAGCTTTGGAGCAGGCTAGCTTTGGAGCAGGCTAGCTTTGGAGCAGGCTAGCTTTGGCGCAGGCTAGCTTTGGAGCAGGATAGCTTTGGAGCAGGCTAGCTTTGGCGCAGGCTAGCTTTGGCGCAGGCTAGCTTTGCTCGGTCTATGAAGTCCCCTTAACTATTGCTGTTGTGTGGTTTTAATTATGTCAATGATCTTTCACTTTATGCCTCGGCACCACTGTTTTTATGTTTTCATTCATGCTGTGctgtgattttgttgttgttgttgttgttatttcttatttgttttgtttataattAAACTCTTCTGTGTCCACTAATTACAATGAATAAATAAACTTACCTCGGA

Function

NR:

description
PREDICTED: ras-related protein Rab-11A

GO:

id name namespace
GO:0007264 small GTPase mediated signal transduction biological_process
GO:0001525 angiogenesis biological_process
GO:0032402 melanosome transport biological_process
GO:0015031 protein transport biological_process
GO:0070121 Kupffer's vesicle development biological_process
GO:0055037 recycling endosome cellular_component
GO:0005525 GTP binding molecular_function

KEGG:

id description
K07904 RAB11A; Ras-related protein Rab-11A

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
XM_036969491.1 True 7017 mRNA 0.46 5 1979235 2008439

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
hacd3 hacd3 coding upstream 138121 1789596 ~ 1841114 (+)
LOC110510428 LOC106584867 coding upstream 223739 1725398 ~ 1755496 (+)
LOC118945762 NA coding upstream 229569 1747684 ~ 1749666 (+)
islr2 LOC106584836 coding upstream 694676 1279833 ~ 1284559 (+)
sema7a LOC106584837 coding upstream 738487 1167991 ~ 1240748 (+)
LOC110521156 NA coding downstream 516254 2524693 ~ 2529356 (+)
map2k1 map2k1 coding downstream 527521 2535960 ~ 2587854 (+)
zwilch zwilch coding downstream 586003 2594442 ~ 2633284 (+)
smad6b smad6 coding downstream 803454 2811893 ~ 2860702 (+)
LOC118945783 NA coding downstream 823574 2832013 ~ 2837148 (+)
G2191129 LOC106584873 non-coding upstream 17754 1961231 ~ 1961481 (+)
G2191126 LOC106584873 non-coding upstream 25618 1953228 ~ 1953617 (+)
G2191125 NA non-coding upstream 27442 1951491 ~ 1951793 (+)
G2191122 NA non-coding upstream 30536 1948497 ~ 1948699 (+)
G2191121 NA non-coding upstream 33472 1945296 ~ 1945763 (+)
G2191146 NA non-coding downstream 1839 2010278 ~ 2010479 (+)
G2191161 NA non-coding downstream 48727 2057166 ~ 2079994 (+)
G2191174 NA non-coding downstream 100645 2109084 ~ 2110326 (+)
G2191181 NA non-coding downstream 118596 2127035 ~ 2127241 (+)
G2191183 NA non-coding downstream 120154 2128593 ~ 2129172 (+)
G2191047 NA other upstream 297186 1681554 ~ 1682049 (+)
G2190881 NA other upstream 726284 1251666 ~ 1252951 (+)
G2190529 NA other upstream 1095138 882940 ~ 884097 (+)
LOC110521136 NA other upstream 1362611 608566 ~ 616624 (+)
G2190199 NA other upstream 1451769 523534 ~ 542502 (+)
G2191616 NA other downstream 238625 2247064 ~ 2247502 (+)
G2191994 NA other downstream 751821 2760260 ~ 2762972 (+)
smad3b LOC107755098 other downstream 884796 2892934 ~ 2915974 (+)
G2192059 NA other downstream 914462 2922901 ~ 2924465 (+)
iqch LOC106584827 other downstream 1031981 2941093 ~ 3052608 (+)

Expression

LOC118945831(LOC106591986) Expression in all Baseline Samples

Bar chart with 20 bars.
The chart has 1 X axis displaying categories.
The chart has 1 Y axis displaying values. Range: 0 to 15.
End of interactive chart.

LOC118945831(LOC106591986) Expression in each Bioproject

Bar chart with 21 bars.
LOC118945831(LOC106591986) Expression in each Sample
The chart has 1 X axis displaying categories.
The chart has 1 Y axis displaying Expression. Range: 0 to 400.
End of interactive chart.

Co-expression Network