LOC110521305 (LOC106584593)


Basic Information

Item Value
gene id LOC110521305
gene name LOC106584593
gene type misc
species rainbow trout (Oncorhynchus mykiss)
category of species economic fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_050570.1
NCBI id CM025857.1
chromosome length 46327593
location 10731413 ~ 10768637 (-)
genome version USDA_OmykA_1.1_2020_rainbow_trout_Genome

Sequence

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tyrosine-protein phosphatase non-receptor type 5-like

GO: NA

KEGG: NA

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
XM_036969002.1 False 4824 mRNA 0.46 13 10731413 10768635
XM_036969000.1 False 5099 mRNA 0.47 14 10731413 10768636
XM_036969001.1 False 5135 mRNA 0.47 14 10731413 10768637
TU2516661 True 3889 lncRNA 0.44 4 10731414 10736581

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
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LOC110521302 LOC106584590 coding downstream 135973 10477352 ~ 10595440 (-)
ccdc77 ccdc77 coding downstream 450398 10271569 ~ 10281015 (-)
hdhd5 LOC100380646 coding downstream 460055 10265335 ~ 10271358 (-)
slc15a5 slc15a5 coding downstream 479512 10228872 ~ 10251901 (-)
LOC110522734 celsr1 coding upstream 153704 10918587 ~ 11012095 (-)
gtse1 gtse1 coding upstream 247433 11016070 ~ 11020933 (-)
atp2b1b LOC106584599 coding upstream 253167 11021804 ~ 11070857 (-)
LOC110522735 LOC106584602 coding upstream 419989 11188626 ~ 11196163 (-)
LOC110522736 LOC106584602 coding upstream 427620 11196257 ~ 11198563 (-)
G2199486 NA non-coding downstream 4864 10726096 ~ 10726549 (-)
G2199458 NA non-coding downstream 49229 10681617 ~ 10682184 (-)
G2199459 NA non-coding downstream 50711 10680244 ~ 10680702 (-)
G2199394 NA non-coding downstream 190746 10535890 ~ 10540667 (-)
G2199518 NA non-coding upstream 18300 10786937 ~ 10787728 (-)
G2199556 LOC106584595 non-coding upstream 74816 10843453 ~ 10848049 (-)
G2199554 NA non-coding upstream 75410 10844047 ~ 10848803 (-)
G2199558 NA non-coding upstream 77516 10846153 ~ 10852089 (-)
G2199561 NA non-coding upstream 90725 10859362 ~ 10865361 (-)
G2199159 NA other downstream 732764 9997420 ~ 9998649 (-)
G2199158 NA other downstream 734258 9996725 ~ 9997155 (-)
LOC110522725 LOC106584670 other downstream 1606012 9119598 ~ 9125424 (-)
LOC110521266 LOC106584677 other downstream 1699748 9030457 ~ 9031665 (-)
G2197247 NA other downstream 1987782 8698540 ~ 8744360 (-)
G2199633 NA other upstream 245890 11014527 ~ 11014968 (-)
G2201542 NA other upstream 1480314 12248951 ~ 12249982 (-)
LOC110521346 LOC106584547 other upstream 2311959 13078925 ~ 13087584 (-)
LOC110521347 LOC106584546 other upstream 2329393 13094306 ~ 13103545 (-)

Expression


Co-expression Network