Fish Transcriptome and Expression Database

LOC110520999 (sgip1)

Basic Information

Item	Value
gene id	LOC110520999
gene name	sgip1
gene type	misc
species	rainbow trout (Oncorhynchus mykiss)
category of species	economic fish

Chromosome Information

Item	Value
chromosome id	NC_050570.1
NCBI id	CM025857.1
chromosome length	46327593
location	37588048 ~ 37698966 (-)
genome version	USDA_OmykA_1.1_2020_rainbow_trout_Genome

Sequence

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>TU2551918
AGAAATCAGATCAAGAACAAACTCTGGGATGCTATAGGAATTTGTAGTTTTCAACGGGAAAATATTCAACTTAGTTCAGCACAGAAAACGTGCTAATTAACCTTAATGCCCATAATCCACTACCTGCCCTGTTTATCCAGGCCCCCTGACAGACtcatgagagaggaatgtacacaacgacgagagggatagagacagttgGTGAAGTAGCTCTACACAATTGATAGTTGTAGGACTTGTAGTAATtttgtcagacagctctgcagcataaGGAGCTACTAGCTAGCCATCTAGTTAGCTactagcctagctaaacaggatgactcaTTAGGGAGCACAGAGATTACGGTCACGTTTCCCTGCTCAGAAtggcatgcatcaaccaatggttgcgtgccatGTCATCGACTGTTCTGTCGGGCACCAGATTGCTGTAATATAGAGTACTGCATTAGAGGTAGAccgtttatgatttttcaacgccgataccgattattggaggacaaaaaaagcccataccgattaatcggccgatttttattttatttatttatataggtgattccacaggttgatggtattttttgatttagccgttgctgaccccatgcttacatcattatcacaaataagacaccttgctttccctggtgccaattccatgtaatagtcccacactggtgctctgcttttctctgccatctgtaaaacacacacacagctctgaagtgacaatgATACTGAAGAGTCTGCTTAAGAGACCAATACTCCCAACTGTTCGAATAAAAATAGAGTTTAAGTTACCTGTGATGaattttgaaaacaaaaactgtaatttctatatgcaggaaatcctattttaataatgggcatggtaagaattgactaccaaagtgcgagtcataattcccatgacaccttctagcaaaatctgaaaagccgttccttcattcatttattccataggatatttttagattcacttaaaataaggtctgtgtttcgtgtaggcttacaccaccttgCCAATTGTATAACtgtagatatccataggacaaggtaactctgatcaatattggctaaatataagcgaagataaaaaaaaaaaattgtagagtggatttatgaaaacatgttgacaaacgttaccttatcctagtgagatttacacgAGTATCAAAACGCCGAGGCGATTTAAgcctgcacgaaacacagaccatatttgaagtagatcaagatattctgtatggaagacatgaacggtaAAATAACGAAGGAACCCCTTTTCAAGTTCAGCCcgcaagttattacaggaattataacgcgttgactatttctctctgaaccatatacctttgactattatgaccctgctgctgctgcctaccacccctcagtcagactgctctatcaaatatcaaatcatagacttaactatattaaacacacagaaatacgagccttcggtcaaatccggaaactatcacctcgaaaacaaaacgtttattctgtTCCGTATCTAAGGGGTGgcatccatgagtctaaatattcctgttacattgtacaaccttcaatattTCGTcataattctggcaaattagtttgcaaagaGCCAGGcaacccaaactgttgcatataccctgactctgcgtgcaatgaacgagGCAgaacgttcctaggccgtcattgaaaataagaatgtgacttgcctagtaaaataaaggtgtacatttttttttttttttaaatcttcaaaatcggcgcccaaaaatacagatttccgattgttatatgaacttgaaatcggccctaattaatcagccattctgattaatcggtcgaccgcTATACTGTATGATGTGGTTAGTTGATatgtaagatctggcatgcgtcAGCAACACCTGGGCAGAAGAACGCGCCCAATGTTAGATGGTGGTCTGGCCggctggctgctactgcctgagcTGAGATGAGATGGGCAGAGCAGAGATGAGCAGAGCAGAGATGAGCAGAGCAGAGATGAGCAGAGCAGAGATGAGCAGAGCAGagatgagcagagcagagcagagcagagcagagatgagatgaacAGAGATGAGCTGAACAGAGATGAGATGAACAGAGATGAGATGAACAGAGATGAGATGAACAGAGATGAGCTGAACAGAGATGAGATGAACAGAGATGAGATAGTGACTAAAGAATTAAATAAAAGAAAGTCAATCAATAAAGTAATAAGACAATGGCTGGTTTTCaatgttttggcaattgaatgttcTCAGTATTTGGCTTTGGAATTTCAATTAAAACGTGTTAAAATCATTTTAAGGTAGTAATTTCATGTAAAAAGAAAAGGGGAAAAAATAACCAGAAATCGttaactgtgattattattataaaaataaaaaaactcgaactgacctcaaaaagcactaatcgcttaGCActagcgtgtgtgtgcgtgcgtgtgtccatCCCTACCTTGTTTTTCTGTGATCGAGCACTGTAACGACAAAGGCTTGTCGTGGAACACTGCCGCTGGCTGTGACACTGAAGACACACCGCAGATGCATAGCACCAACAAGATGGATGCTTCCTATTCTCTCCACTGCCTTTCGGCCACCTCTAAAGACACTATCCCTCTTCCCTGTCAGCTGCACACGCTGCCACTATGTCTTGCAAGCTAAAACTCTCACAAACACGCTCGTGGTCAGAGGCACTATGAGGTAAATGAGATTCCACCTTGGTTGGTTTGTTGTCGTGTGAAtcctcccctcacccctctcagTCAGGGTTCTATACTAGCTCTGCAGGCTCTGACTGGAAAGCTCTTAGCTTGTTATATAACTACCTGCCGAAGCATAGCTAATGTCACTACATACAGATCCAGCAGCCTTTGCTTTTTTAACACACCATTCAGAGATAGAAGTTTCTCTATGAGGCTGTTAGTCCCTGCTGATATCCCTCTTTCTCAATGGAGTGGTTATATAAAGTACATGATTCTGTGAGACTGATAGGGTTGCTATTCTCTATTTGTAAATAACGGATGAGCTTGTATAAGATGCTGCCTTCAGTAGTAGGAGATATTCGCCACAACTATAGCTAATAAAACTGATATTACCTCGTCACTTCTTGGTGTCTTTCTTTGAGCAGTGATTGGTTGGTTATAGACATGACAGGTTTAGGCTAATGGTAATCTTGGTCCGAGAATTCAGATTCAATGCATGTCTTTATTGTAGATGCTAGCATGCGTATTTTAACATACAGTTACCAAGAGGTATCTATTTTTAGCTTATTAAACTGACGCCCCATCTATGTTATGTCCCCTGTCTGTCCTGAACGTAGTGGGTATATCTGAGCCAGTGGTGTGTGGCGTATGGGGTGCTCCTCTACCTGAGTCTGAGTCACTGAGCCCAGACTTCTCTTTCACAAGAGCCTTCCCTACAGGCAGTTTGTCAATAAAGGCAGAAGGCTCAGGGAGGAAGACCTCCGTCCCAAACTTGGATAACATTTTCGGCCCAGCGGAACCCCCTGCCTTTGGCGAGGAATCTGCCGACAAGTGGATCTGCTTCAGCGAGGAGGAATCCGCAGCCTCTGAAAAACCACCCCCACCAACGTCCCCACCCCCTCCAGAAGATCCC

Function

symbol	description
sgip1	Enables SH3 domain binding activity. Predicted to be involved in several processes, including energy homeostasis; positive regulation of feeding behavior; and positive regulation of receptor-mediated endocytosis. Predicted to act upstream of or within plasma membrane tubulation. Located in clathrin-coated pit and cytoplasm.

NR:

description
unnamed protein product

GO: NA

KEGG: NA

RNA

RNA id	representative	length	rna type	GC content	exon number	start site	end site
XM_036969057.1	False	5549	mRNA	0.49	18	37588048	37619542
XM_036969051.1	False	6178	mRNA	0.49	24	37588048	37628092
XM_036969049.1	False	6201	mRNA	0.49	25	37588048	37628094
XM_036969053.1	False	6157	mRNA	0.50	26	37588048	37672809
XM_036969052.1	False	6229	mRNA	0.49	26	37588048	37673440
XM_036969047.1	False	6446	mRNA	0.49	27	37588048	37698959
XM_036969045.1	False	6468	mRNA	0.49	28	37588048	37698960
XM_036969046.1	False	6456	mRNA	0.49	27	37588048	37698960
XM_036969048.1	False	6442	mRNA	0.49	28	37588048	37698961
XM_036969050.1	False	6409	mRNA	0.49	27	37588048	37698961
XM_036969054.1	False	6382	mRNA	0.49	27	37588048	37698961
XM_036969056.1	False	6318	mRNA	0.49	27	37588048	37698966
TU2551918	True	3641	lncRNA	0.42	3	37607238	37612005

Notice the +/- strand.
Display format: symbol/gene id: RNA id. (Except when gene id is similar to RNA id.)
You can browse transcripts by dragging.
A more detailed transcript can be viewed by the zoom button in the upper right corner.

Neighbor

gene id	symbol	gene type	direction	distance	location
pars2	LOC106584039	coding	downstream	25265	37560230 ~ 37562783 (-)
LOC110520997	LOC106584040	coding	downstream	28813	37549840 ~ 37559235 (-)
LOC110521791	LOC106584041	coding	downstream	64984	37498832 ~ 37523064 (-)
LOC118945800	NA	coding	downstream	173891	37410122 ~ 37414157 (-)
LOC110521790	LOC106584045	coding	downstream	231120	37173096 ~ 37356928 (-)
LOC110521793	LOC106584037	coding	upstream	31532	37730498 ~ 37818330 (-)
LOC110521794	NA	coding	upstream	129100	37828066 ~ 37829673 (-)
LOC118945821	LOC106584037	coding	upstream	224880	37923846 ~ 38011831 (-)
LOC110521795	LOC106584036	coding	upstream	346565	38045531 ~ 38121078 (-)
LOC110521797	dnajc6	coding	upstream	453802	38152766 ~ 38213493 (-)
G2231552	NA	non-coding	downstream	565201	37022592 ~ 37022847 (-)
G2231470	NA	non-coding	downstream	696272	36891543 ~ 36891776 (-)
G2231465	NA	non-coding	downstream	706751	36881045 ~ 36881297 (-)
G2230378	NA	non-coding	downstream	771512	36816329 ~ 36816536 (-)
G2231991	NA	non-coding	upstream	3767	37702733 ~ 37702946 (-)
G2231993	NA	non-coding	upstream	7271	37706237 ~ 37706499 (-)
G2232001	NA	non-coding	upstream	20114	37719080 ~ 37719638 (-)
G2232003	NA	non-coding	upstream	22662	37721628 ~ 37721858 (-)
G2232312	LOC106600668	non-coding	upstream	443006	38141972 ~ 38143264 (-)
LOC110521777	LOC106584061	other	downstream	1063251	36520352 ~ 36541228 (-)
G2229647	NA	other	downstream	1373663	36213146 ~ 36214385 (-)
G2229175	NA	other	downstream	1788691	35798804 ~ 35799357 (-)
G2227801	NA	other	downstream	3045429	34542217 ~ 34542619 (-)
G2232820	NA	other	upstream	1066456	38765422 ~ 38767903 (-)
LOC110521806	NA	other	upstream	1139940	38838904 ~ 38856693 (-)
G2234611	NA	other	upstream	2257949	39956915 ~ 39993914 (-)
G2234837	NA	other	upstream	2586688	40285654 ~ 40286282 (-)
G2237502	NA	other	upstream	4581790	42280756 ~ 42281362 (-)

gene	XLOC_000007 f7
RNA	TCONS_00000019
bioproject	PRJEB12982

economic fish

Basic

Function

RNA

Neighbor

Expression

WGCNA

LOC110520999 (sgip1)

Basic Information

Chromosome Information

Sequence

Function

NR:

GO: NA

KEGG: NA

RNA

Neighbor

Expression

Co-expression Network

copyright 2021-present@Lab of Aquatic Bioinfomatics, Institute of Hydrobiology, Chinese Academy of Sciences