XLOC_000417 (usp38)


Basic Information

Item Value
gene id XLOC_000417
gene name usp38
gene type coding
species zebrafish (Danio rerio)
category of species model fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_007112.7
NCBI id CM002885.2
chromosome length 59578282
location 35473219 ~ 35491005 (+)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome

Sequence

>TCONS_00000711
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Function

symbol description
usp38 Predicted to enable thiol-dependent deubiquitinase. Predicted to act upstream of or within protein deubiquitination and ubiquitin-dependent protein catabolic process. Is expressed in female organism. Orthologous to human USP38 (ubiquitin specific peptidase 38).

GO:

id name namespace
GO:0016579 protein deubiquitination biological_process
GO:0006508 proteolysis biological_process
GO:0006511 ubiquitin-dependent protein catabolic process biological_process
GO:0004843 thiol-dependent ubiquitin-specific protease activity molecular_function
GO:0016787 hydrolase activity molecular_function
GO:0008233 peptidase activity molecular_function
GO:0008234 cysteine-type peptidase activity molecular_function

KEGG: NA

ZFIN:

id description
ZDB-GENE-101007-2 Predicted to enable thiol-dependent deubiquitinase. Predicted to act upstream of or within protein deubiquitination and ubiquitin-dependent protein catabolic process. Is expressed in female organism. Orthologous to human USP38 (ubiquitin specific peptidase 38).

Ensembl:

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RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
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TCONS_00000710 False 6259 mRNA 0.40 11 35473219 35491005
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Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
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XLOC_000415 NA coding upstream 379707 35034294 ~ 35093512 (+)
XLOC_000414 NA coding upstream 612162 34857368 ~ 34861057 (+)
XLOC_000413 zgc:172122 coding upstream 666160 34763539 ~ 34807059 (+)
XLOC_000412 CR339054.7 coding upstream 745702 34696503 ~ 34727517 (+)
XLOC_000418 gab1 coding downstream 3832 35494837 ~ 35609659 (+)
XLOC_000419 hhip coding downstream 299077 35790082 ~ 35835863 (+)
XLOC_000420 si:ch211-194g2.4 coding downstream 371545 35862550 ~ 35867943 (+)
XLOC_000421 NA coding downstream 405387 35896392 ~ 35898437 (+)
XLOC_000422 BX276105.1 coding downstream 458264 35949269 ~ 35954313 (+)
XLOC_000408 NA non-coding upstream 1018772 34450659 ~ 34454447 (+)
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XLOC_000425 BX324156.1 non-coding downstream 663256 36154261 ~ 36154377 (+)
XLOC_000431 NA non-coding downstream 1474995 36966000 ~ 36966282 (+)
XLOC_000432 FO704615.1 non-coding downstream 1632637 37123642 ~ 37123772 (+)
XLOC_000436 NA non-coding downstream 2100253 37591258 ~ 37638367 (+)

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