G2287473


Basic Information

Item Value
gene id G2287473
gene name NA
gene type non-coding
species rainbow trout (Oncorhynchus mykiss)
category of species economic fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_050572.1
NCBI id CM025859.1
chromosome length 41837469
location 499394 ~ 549250 (+)
genome version USDA_OmykA_1.1_2020_rainbow_trout_Genome

Sequence

>TU2615653
cttcactctccccagctagctgatggaactacatgtagtctcttcactctccccagctagctaacggacctacactctccccagctagctaacgaacctacatgtagtctcttcactctccccagctagctaacagacctacactctccccagctagctaacagaccaacatgtagtctcgtcactctccccagctagctaacggacctacatgtagtatcttcactctccccagctagctaacggacctacactctccccagctagctaacggacctacacgtagtctcttcactctccccagctagctaacagacctacactccccagctagctaacagacctacactctccccagctagctaacagacctacactctccccagctagctaatggaactacatgtaatctcttcactctccccagctagctaacggacctacactctccccagctagctaacagactgacatgtagtctcttcactctccccagctagctaacggacctacactctccccagctagctaacagacctacactctccccagctagctaacagacctacatgtagtctcgtcactctccccagctagctaacagaccaacatgtagtctcttcaatctccccagctagctaacggacctacactctccccagctagctaacagacctacatgtagtctcttcactctccccagctagctaatggaactacactctccccagctagctaatagacctacatgtagtctcttcactctccccagctagctaacggacctacactctccccagctagctaacggacctacatgtagtctcttcactctccccagctagctaacggacctacactctccccagctagctaacagacctacatgtcatctcttcagtctccccagctagctaacagacctacactctccccagctagctaacagacctacatgtagtctcttcactctccccagctagctaatggaactacactctccccagctagctaacagacctacatgtagtctcgtcactctccccagctagccaacggacctacatatagtctcatcactctccccagctagttAACAGACCttcatgtagtctcttcactctccccagctagctaatggacctacactctccccagctagctaacagacctacactctccccagctagctaacggacctacatgtagtctcttcactctccccagctagctaacagacctacactctccccagctagctaacagacctacactctctccagctagctaatggaactacatgtaggtctcttcactctccccagctagctaacagacctacatgtcatctcttcactctccccagctagctaacagacctagatgtagtctcttcactctccccagctaactaacagacctacactctcaccagctagctaacagacctacactctccccagctagctaatggaactactctccccagctagctaatggaactaatctccccagctagctaacagactgacatgtagtctcgtcactctccccagctagctaacagaccaacactctccccagctagctaacagacctacatgtagtctcgtcactctcccagctagctaacggacctacatacagtctcgtcactctccccagctagctaacagacctacactctccccagctagctaacagacctacatgtagtctcgtcactctcccagctagctaacggacctacatatagtctcgtcactctccccagctagctaacagacctacactctccccagctagctaacagacctacatgtctcgtcactctccccagctagctaacggacctacatatagtctcgtcactctccccagctagctaacagacctacatgtagtctcttcactctccccagctagctaacggacctacactctccccagctagctaacggacctacatgtagtctcttcactctccccagctagctaacagacctacactctccccagctagctaacagacctacatgtctcgtcactctccccagctagctaacggacctacatatagtctcgtcactctccccagctagctaacagacctacatgtagtctcttcactctccccagctagctaacagacctacatgtcatctcttcagtctccccagctagctaacatacctacactctccccagctagctaatggaactagtctccccagctagctaatggaactactctccccagctagctaacggacctacactctccccagctagctaacggacctacatgtagtctcttcactctccccagctagctaacagacctacatgtcatctcttcagtctccccagctagctaacatacctacactctccccagctagctaatggaactagtctccccagctagctaatggaactactctccccagctagctaacagactgacatgtagtctcgtcactctccccagctagctaacggacctacataaagtctcgtcactctccccagctagctaacagacctacatgtagtctcttcactctccccagctagctaacggacctacactctccccagctagctaacggacctacatgtagtctcttcactctccccagctagctaacggacctacactctccccagctagctaacagacctacatgtcatctcttcagtctccccagctagctaacagacctacactctccccagctagctaacagactgacatgtagtctcgtcactctccccagctagctaatggaactacatgtagtctcttcactctccccaggtagctaacggacctacactctccccagctagctaacggacgtacatgtagtctcttcactctccccagctagctaacagacctacactctctcCAGCTAGCTAgcggacctacatgtagtctcgtcactctccccagctagctattggaactacatgtagtctcgtcactctccccagctagctaacggacctacatgtagtctcgtcactctccccagctagctaacggacctacatatagtctcttcactctccccagctagctaatggaactacactctccccagctagctaacggacctacatgtagtctcgtcactctccccagctagccaacggacctacatatagtctcatcactctccccagctagctaatggaactacatgtagtctcttcactctccccagctagctaacggacctacactctccccagctagctaacggacctacatgtagtctcttcactctccccagctagctaacagacctacactctccccagctagctaacggacctacatatagtctcatcactctccccagctagttaacagacctacatgtagtctcttcactctccccagctagctaatggacctacactctccccagctagctaacagacctacactctccccagctagctaacagacctacactctctccagctagctaatggaactacatgtaggtctcttcactctccccagctagctaacagacctacatgtcatctcttcactctccccagctagctaacagacctagatgtagtctcttcactctccccagctaactaacagacctacactctcaacagctagctaacagacctacactctccccagctagctaatggaactactctccccagctagctaatggaactactctccccagctagctaatggaactacatgtagtctcttcactctccccagctagctaacggacctacactctccccagctagctaacggacctacatgtagtctcttcactctccccagctagctaatggacctacactctccccagctagctaacagacctacactctccccagctagctaacggacctacatgtagtctcttcactctccccagctagctaacagacctacactctccccagctagctaacagacctacactctccccagctagctaatggaactactctccccagctagctaatggaactacatgtagtctcttcactctccccagctagctaacagacctacactgtccccagctagctaacagacctacactctccccagctagctaatggaactacatgtagtctcttcactctacccagctagctaacagacctacactctccccagctagctaacagacctacatatagtctcatcactctccccagctagctaacagacctacatgtagtctcttcactctccccagctagctaacatacctacactctccccaggtagctaacagacctacactctccccagctagctaatggaactactctccccagctagctaatggaactaatctccccagctagctaatggaactaatctccccagctagctaacagaatgacatgtagtctcgtcactctccccagctagctaacggacctacactctccccagctagctaacggacctgcatgtagtctcttcactctccccagctagctaatggaactaatctccccagctagctaacagaatgacatgtagtctcgtcactctccccagctagctaacggacctacactctccccagctagctaacggacctgcatgtagtctcttcactctccccagctagctaacagacctacactctctccagctagctaacggacctacatgtagtctcttcactctccccagctagctaatggaactacactctccccagctagctaacagacctacatgtagtctcgtcactctccccagct

Function

GO: NA

KEGG: NA

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TU2615653 True 4785 lncRNA 0.51 3 499394 549250

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
psmg2 psmg2 coding upstream 17237 476232 ~ 482157 (+)
spire1a LOC106589129 coding upstream 149866 316903 ~ 349528 (+)
rpl30 LOC106589133 coding upstream 259826 233676 ~ 240640 (+)
LOC110489350 uk114 coding upstream 293877 175807 ~ 205517 (+)
stk3 stk3 coding upstream 324967 154976 ~ 174427 (+)
seh1l seh1l coding downstream 15874 565124 ~ 587159 (+)
rnmt rnmt coding downstream 47512 596762 ~ 616427 (+)
rims2b LOC106570772 coding downstream 189371 738621 ~ 899937 (+)
LOC110487806 LOC106570773 coding downstream 387072 936322 ~ 962116 (+)
ncaldb LOC105006551 coding downstream 731683 1280933 ~ 1361298 (+)
G2287469 NA non-coding upstream 12789 485396 ~ 486605 (+)
G2287466 NA non-coding upstream 15937 483183 ~ 483457 (+)
G2287464 NA non-coding upstream 16503 482560 ~ 482891 (+)
G2287456 NA non-coding upstream 27759 471322 ~ 471635 (+)
G2287453 NA non-coding upstream 30807 468146 ~ 468587 (+)
G2287482 NA non-coding downstream 8655 557905 ~ 575122 (+)
G2287501 NA non-coding downstream 27166 576416 ~ 577121 (+)
G2287528 NA non-coding downstream 93023 642273 ~ 642542 (+)
G2287529 NA non-coding downstream 96977 646227 ~ 647493 (+)
G2287470 NA other upstream 11733 486793 ~ 487661 (+)
G2287973 NA other downstream 724124 1273374 ~ 1274170 (+)
triqk triqk other downstream 1659872 2209019 ~ 2255119 (+)
G2288669 NA other downstream 1772624 2321874 ~ 2324182 (+)
G2288814 NA other downstream 1831197 2380447 ~ 2381395 (+)
G2289325 NA other downstream 2511192 3060442 ~ 3060779 (+)

Expression


Co-expression Network