G2288190


Basic Information

Item Value
gene id G2288190
gene name NA
gene type non-coding
species rainbow trout (Oncorhynchus mykiss)
category of species economic fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_050572.1
NCBI id CM025859.1
chromosome length 41837469
location 1507861 ~ 1556943 (+)
genome version USDA_OmykA_1.1_2020_rainbow_trout_Genome

Sequence

>TU2616547
cctgtccaataaataacacactaccctgtccaataaataacacactaccgtgtccaataaataacacactacagtGTCCAATAAatgacacactaccctcccctgtccaataaataacacactaccctgtccaataaataacacactacccggtccaataaataacacactaccctgtccaataaataacacactaccctgtccaataaataacacactaccctcccctgtccaataaataacacactaccctgtccaataaataacacactaccctcccctgtccaataaattacacactaccctgtccaataaataacacactaccctcccctgtccaataaataagacactaccctgtccaataaataacacactaccctcccctgtccaataaataacacactaccctgtccaataaataacacactaccgtgtccaataaataacacactacaaGGTCCAATAAAtgacacactaccctgtccaataaataacacactaccctccactgtccaataaataacatactaacctgtccaataaataacacgctacgctgtccaataaataacacgctaccctgtccaataaataacacactaccctcccctgtccaataaataacacactaccctgtccaataaataacacactacaatgtccaataaataacacgctaccctgtccaataaataagacgctaccctgtccaataaataacacactaccctgtccaataaataacacactaccctgtccaataaataacacactaccctgtccaataaataacacactaccctgtccaataaataacacgctaccctgtccaataaataacacactaccctgtccaataaataacacactaccctgtccaataaataacacactaccctgtccaataaataacacactaccctgtccaataaataacaagctaccctcccctgtccaataaataacacactaccctgtccaataaatttcacactaccctcccctgtccaataaataacacactaccctccccaataaataacacactaccctgtccaataaataacacactaccctgtccaataaataacacgctaccctgtccaataaataacacgctaccctgtccaataaataacacgctaccctgtccaataaataacacactaccctgtccaataaataacacattaccctgtccaataaatttcacactaccctcccctgtccaataaataacacgctaccctgtccaataaataacacactaccctgtccaataaataacacactaccctgtccaataaataacacgctaccctgtccaataaataacacgctaccctgtccaataaataacacgctaccctgtccaataaataacacactaccctgtccaataaataacacactaccctgtccaataaataacacactaccctgtccaataaataacacactaccctgtccaataaataacacgctaccctgtccaataaataacacgctacaatgtccaataaataacacactaccctcccctgtccaataaataacacactactttcccctgtccaataaataacacactaccctgtccaataaataacacactaccctgtccaataaataacacactaccctgtccaataaataacacgctacactgtccaataaataacacgctaccctgtccaataaataacacactaccctgtccaataaataacacactaccctgtccaataaataacacactaccctgtccaataaataacacactaccctgtccaatgaacacactacactgtccaataaataacacactaacCTTtccttatgacagaccagctagatctactgtctctattattttatgacagaccaggtagatctactgtctctattatattatgacagaccagctagatctactgtgtctattatattatgacagactagctagatctactgtctctgttatattatgacagaccagatagatctattgtctctattatattatgacagaccagctagatctactgtgtctattatattatgacagaccagctagatctactgtgtctattatattatgacagacaggtcgatctgctgtctctattatattatgacagaccagctagatctaccgtgtctattataatatgacagaccagctagatctactgtgtctattatattttgacagaccagctagatctactgtctctattatataatgacagaccagctagatctaatgtatctattataatacgacataccagctagatctactgtctatattatattatgacagaccagctagatctactgtctctattatattatgacagaccagctagatctactgtctctattgtattatgatagaccagctacatcaactgtctctattatattatgacagaccagctagatctactgtgtctattataatatgacagaccaactagatctactgtctatattataacatgatattccagctctTTCTACTGGctctataatttgacagaccagctagatctactgtctctataatattatgacagaccagctcgatctgctgtctctattatattatgacagaccaactcgatctgctgtatctattatattatgacagaccagctagatctactgtctctattataatatgacagaccagctagatctaccatctctattataatttgacagaccagctagatctattgtctctattatataatgacagacgagatggatctactgtctctattatattatgacagaccagctcgatctgctgtctctattatattatgacagaccagctagatcgactgtttctattatattatgacagaccagctagatctactgtctctattatgatttgtcagacgagctagatctaccgtctatactacaacatgatattccagctagatctactgtctctattataatatgacaatccagctagatctactggctctattataatttgacagaccagctagatcaactgtctctattatattatgacagaccagctagatctactgtctctattatgttatgacagaccagctagatctactgtctctattataatatgacagaccaactaaatctactgtctatattataacatgatattccagctctTTCTACTGGctctataatttgacagaccagctagatctactgtctctattatattatgacagaccagctcgatctgctgtctctattatattataacagaccaactcgatctgctgtatctattatattatgacagaccagctagatctactgtctctattataatatgacagaccagctagatctaccatctctattataatttgacagaccagctagatctactgtctctattaaattatgacagagaagctagatctactgtctctattataatatgacaatccagctagatctactgtctccattataacatgacagacacactagatctacagtctatattataacatgatattccagctagatctactgtctctattataatatgacaatccagctagaactactgtctcgattataatatgacagaccagctagatctaccgtctctattataatttgacagaccagctagatctactgtgtctattatattatgacagaccagctcgatctgctgtctctattatattatgacagaccagctagatctaccgtgtctattataatactacagaccagatagatctactgtatctctattatattatgacagaccagctagatctactgtctctattgtattatgatagaccagctagatctactgtctctattatattatgacagaccaggtagatctactatctctagtatattatgtcagaccagctagatctactgtctctattatattatgacggacaagctagatctagtgtctgtattaaattacgacagaccagctagacctactgtcgcttttataatatgacagaccagctagatctactgtgtctattataatatgacagaccaactaaatctactgtctatattataacatgatattccagctctTTCTACTGGctctataatttgacagaccagctagatctactgtctctattatattatgacagaccagctcgatctgctgtatctattatattatgacagaccagctagatctactgtctctattataatatgacagaccagctagatctaccatctctattataatttgacagaccagctagatctactgtctctattataatatgacaatccagctagatctactgtctctattatgttatgacagaccagctagatctactgtctatattataa
>TU2616551
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>TU2616552
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Function

GO: NA

KEGG: NA

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TU2616547 False 4386 lncRNA 0.37 6 1507861 1523487
TU2616551 False 3682 lncRNA 0.37 7 1507861 1536232
TU2616552 True 748 lncRNA 0.37 3 1521559 1556943

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
ncaldb LOC105006551 coding upstream 146563 1280933 ~ 1361298 (+)
LOC110487806 LOC106570773 coding upstream 545745 936322 ~ 962116 (+)
rims2b LOC106570772 coding upstream 607924 738621 ~ 899937 (+)
rnmt rnmt coding upstream 891434 596762 ~ 616427 (+)
seh1l seh1l coding upstream 920702 565124 ~ 587159 (+)
LOC110511936 spire1 coding downstream 43407 1600350 ~ 1639573 (+)
fam91a1 LOC106589122 coding downstream 154612 1711555 ~ 1825118 (+)
lratd2a LOC106589121 coding downstream 292517 1849460 ~ 1851250 (+)
LOC118946536 NA coding downstream 335647 1892590 ~ 1893952 (+)
triqk triqk coding downstream 652076 2209019 ~ 2255119 (+)
G2288175 NA non-coding upstream 11471 1496107 ~ 1496390 (+)
G2288169 NA non-coding upstream 16699 1489692 ~ 1491162 (+)
G2288159 NA non-coding upstream 35692 1471965 ~ 1472169 (+)
G2288090 NA non-coding upstream 36204 1471443 ~ 1471657 (+)
G2288073 NA non-coding upstream 65173 1441921 ~ 1442688 (+)
G2288214 NA non-coding downstream 24010 1580953 ~ 1581253 (+)
G2288215 NA non-coding downstream 33393 1590336 ~ 1590632 (+)
G2288217 NA non-coding downstream 39732 1596675 ~ 1597150 (+)
G2288233 NA non-coding downstream 90687 1647630 ~ 1647834 (+)
G2288239 LOC106570780 non-coding downstream 96625 1653568 ~ 1659725 (+)
G2287973 NA other upstream 233691 1273374 ~ 1274170 (+)
G2287470 NA other upstream 1020200 486793 ~ 487661 (+)
rpl30 LOC106589133 other upstream 1267221 233676 ~ 240640 (+)
G2288669 NA other downstream 764931 2321874 ~ 2324182 (+)
G2288814 NA other downstream 823504 2380447 ~ 2381395 (+)
G2289325 NA other downstream 1503499 3060442 ~ 3060779 (+)
G2290395 NA other downstream 2891946 4448889 ~ 4449571 (+)

Expression


Co-expression Network