G2288192


Basic Information

Item Value
gene id G2288192
gene name NA
gene type non-coding
species rainbow trout (Oncorhynchus mykiss)
category of species economic fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_050572.1
NCBI id CM025859.1
chromosome length 41837469
location 1540823 ~ 1563864 (+)
genome version USDA_OmykA_1.1_2020_rainbow_trout_Genome

Sequence

>TU2616555
gatctactgtctctattatattatgacagacaagcaagatctactgtctatactacaacatgatattccagctagatctactgtctctattataatatgacaatccagctagatctactggctctattataatttgacagaccaggtagatctactggctctattatattatgacagaccagctagatctgctgtctctattatattatgacagaccagctagatctactgtctctattatattatgacagaccacctagatcgactgtctctattatgatttgtcagaccagctagatctactgtgtctattataatatgacagaccaactagatctactgtctatattataacatgatattccagctctTTCTACTGGctctataatttgacagaccagctagatctacggtctctattatattatgacagaccaactcgatctgctgtatctattatattatttcAGACctgctcgatctgctgtctctattatattatgacagaccaactcgatctgctgtatctattatattatgacagaccagctagatctaccatctctattataatttgacagaccagctagatctactgtctctattaaattatgacagagaagctagatctactgtctctattataatatgacaatccagctagaactactgtctcgattataatatgacagaccagctagatctaccgtctctattataatttgacagaccagctagatctactgtctctattatattatgacagaccagctcgatctgctgtctctattatattatgacagaccagctagatctaccatgtctattataatactacagaccagctagatctactgtatctctattatattatgacagaccagctagatctactgtctctgtatctctattatattatgacagaccagctagatctactgtctctattgtattatgatagaccagctagatctactgtctctattatattatgacagaccaggtagatctactatctctagtatattatgtcagaccagctagatctactgtctctattatattatgacagaaaagctagatctagtgtctgtataaaattatgacagaccagccaggtctactgtttctattatattatgacagaccagctagatctactgtctctattatgatttgtcagaccagatagatctactgtctctattatattatgaaagaccagctagatctactctctctattatattatgacagacaagcaagatctactgtctatactacaacatgatattccagctagatctactgtctctattataatatgacaatccagctagatcgactgtttctattatattatgacagaccagctagatatactgtgtatattatattatgacagaccagctagatctactgtctctgtatctctattatattatgacagtatagctagatctactgtctctgtatctctattacattatgacagaccagctagatctactgtctctattgtattatgatagaccagttagatctactgtctctattatattatgacagaccagctagatctactgtctctattatattatgacagaccagctagatctactgtctctattatgatttgacagaccagctagatctactgtctctattatattatgacagaccagctagatctactctctctattataatatgacagaccagctagatctactgtctctattataatatgacagacacactagatctactgtctatattataacatgatattccagctagatctactgtctctattataatatgacaatccagctagaactactgtctcgattataatatgacagaccaactcaatctgctgtatctattatattatgacagaccagctagatctaccgtctctattataatttgacagaccagctagatctactgtgtctattatattatgacagaccagctcgatctgctgtctctattatattatgacagaccagctagatctaccgtttctattataatactacagaccagctagatctactgtatctctattatattatgacagaccagctagatctactgtctctatgtattatgatagaccagctagatctactgtctctattatattatgacagaccaggtagatctactatctctaatatattatgtcagaccagctagatctactgtctctattatattatgacagacaagctagatctagtgtgtgtattaaattatgacagaccagccaggtctactgtttctattatattatgacagaccagctagatctactgtctctattatgatttgtcagaccagctagatctactgtctctattatattatgaaagaccagctagatctactctctctattatattatgacagacaagcaagatctactgtctatactacaacatgatattccagctagatctactgtctctattataatatgacaatccagctagatctactggctctattgtaatttgacagaccaggtagatctactggctgtattatattatgacagaccagctagatctgctgtctctattatattatgacagaccagctagaactactgtctctgttacaatatgacagaccagctagatctactgtctctattatattatgacagaccagctagatctgctgtctctgtgtctctattatattatgacagaccacctacatcgactgtctctataatattatgacagagcagctagataaactgtctctaatatattatgacagaccagctagagctactgtcgctattataatatgacagaccagctacatctactgtctctattatattatgacagaccagctagatctactgtctctattatgttatgacagaccagctagatctactgtgtctattataatatgacagaccagctagatctactgtctatattataacatgatattccagctagatctactgtctctattataatatgtcaatccagctagatctactgtctctattataatatgacagaccaggtagatctactggctctataatttgacagaccagctagatctactgtctctattatattatgacagaccagctcgatctgctgtctctattatattatgacagaccaactcaatctgctgtatctattatattatgacagaccagctagatctactgtctctattataatatgacagaccagctagatctaccatctctattataatttgacagaccagctagatctactgtctctgttaaattatgacagagaagctagatctactgtctctattataatatgacaatccagctagatctactgtctctattataatatgacatacacactagatctactgtcta
>TU2616556
tatctctattatattatgacagaccagctatatctactgtctctattatattatgacagaccagctagatctactgtctctataataatatgacagaccagctagatctaccatctctattataatttgacagaccagctagatctactgtctctattaaattatgacagagaagctagatctactgtctctattataatatgacaatccagctagatctactgtctatatcataacatgatattccagctagatctactgtctctattataatatgacaatccagctagaactactgtctcgattataatatgacagaccagctagatctaccgtctctattataatttgacagaccagctagatctactgtgtctattatattatgacagaccagctcgatctgctgtctctattatattatgacagaccagctagatctaccatgtctattataatactacagaccagctagatctactgtatctctattatattatgacagaccagctagatctactgtctctattgtattatgatagaccagctagatctactgtctctattatattatgacagaacagctagaactactgtctctgttacaatatgacagaccagctagatatactgtctctattatattatgacagaccagctagatctgctgtatctgtgtctctatcatattatgacagaccagctagatctactgtctctattttgttatgacagaccagctagatctactgtgtctattataatatgacataccaactagatctactg

Function

GO: NA

KEGG: NA

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TU2616555 False 3409 lncRNA 0.35 4 1540823 1563864
TU2616556 True 789 lncRNA 0.35 2 1550442 1553389

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
ncaldb LOC105006551 coding upstream 179525 1280933 ~ 1361298 (+)
LOC110487806 LOC106570773 coding upstream 578707 936322 ~ 962116 (+)
rims2b LOC106570772 coding upstream 640886 738621 ~ 899937 (+)
rnmt rnmt coding upstream 924396 596762 ~ 616427 (+)
seh1l seh1l coding upstream 953664 565124 ~ 587159 (+)
LOC110511936 spire1 coding downstream 36486 1600350 ~ 1639573 (+)
fam91a1 LOC106589122 coding downstream 147691 1711555 ~ 1825118 (+)
lratd2a LOC106589121 coding downstream 285596 1849460 ~ 1851250 (+)
LOC118946536 NA coding downstream 328726 1892590 ~ 1893952 (+)
triqk triqk coding downstream 645155 2209019 ~ 2255119 (+)
G2288175 NA non-coding upstream 44433 1496107 ~ 1496390 (+)
G2288169 NA non-coding upstream 49661 1489692 ~ 1491162 (+)
G2288159 NA non-coding upstream 68654 1471965 ~ 1472169 (+)
G2288090 NA non-coding upstream 69166 1471443 ~ 1471657 (+)
G2288073 NA non-coding upstream 98135 1441921 ~ 1442688 (+)
G2288214 NA non-coding downstream 17089 1580953 ~ 1581253 (+)
G2288215 NA non-coding downstream 26472 1590336 ~ 1590632 (+)
G2288217 NA non-coding downstream 32811 1596675 ~ 1597150 (+)
G2288233 NA non-coding downstream 83766 1647630 ~ 1647834 (+)
G2288239 LOC106570780 non-coding downstream 89704 1653568 ~ 1659725 (+)
G2287973 NA other upstream 266653 1273374 ~ 1274170 (+)
G2287470 NA other upstream 1053162 486793 ~ 487661 (+)
rpl30 LOC106589133 other upstream 1300183 233676 ~ 240640 (+)
G2288669 NA other downstream 758010 2321874 ~ 2324182 (+)
G2288814 NA other downstream 816583 2380447 ~ 2381395 (+)
G2289325 NA other downstream 1496578 3060442 ~ 3060779 (+)
G2290395 NA other downstream 2885025 4448889 ~ 4449571 (+)

Expression


Co-expression Network