G2291358


Basic Information

Item Value
gene id G2291358
gene name NA
gene type non-coding
species rainbow trout (Oncorhynchus mykiss)
category of species economic fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_050572.1
NCBI id CM025859.1
chromosome length 41837469
location 5873826 ~ 5876241 (+)
genome version USDA_OmykA_1.1_2020_rainbow_trout_Genome

Sequence

>TU2620475
AGCGATTCGAATCCAACTTTATTAGATGTCAAAGGGCATGCAAATACAGGCTTCTGAACCCCAAAAATGTGGTAGATATTTTTTCTTGTTTTCCATCAGTTTggtactctttttttttttttttttacaaaactaCGTGCACCTTAATAAGTACTCAATTCTGCAACGTACAAACCACAAAAATACCAGTTTTACATGATCAAATACTGCACATAGAAAACATTTACATAGCATCAGGTATAAAATTACATTATGCTTCAAAATCTACAACACTTTCCTCTTTTCAAACTCACTATTTGAATGATGGGCCAGACCAGTGAGTAAAAACTGTTTATTACCAACACCAGCCTTAGACCCCAATATCCATTTTGTCCAATCAGGTGATCCATCGATGAGCCTTTACGTCCACGCTATTGGCCAAAGCCTCGACGAttaatcattgtgtgtgtgaatACGTGTTAAATCTAAATATCCAATAGATTATCAAAAACATTAAAGTTGCTGTGACATTTTTCCAACATTTCTGTAATGTTACTGTGTTACATTGCTGCATGTTTGAGAGGAGGGGTGTTCCCTGGCTAGGGATGACCATATGAAGGTCATCTTTAAAGGGGGAAGCTACTGTGGTCTACAACATGGCTTTGGGAGATTCTCATTTGTGTTTTGTGACAGACTGTCAGAAGTTGACAGACAAAATAGTTGCTCAGGAACTTGTGTTGTGACTAATGGCGATTAGAAACGTGACTTAATGTTGACGAACAGCATTttacagcagcagtagtaaaaTTTGCTCTGTGGAGTAAAAAAACGATATTAAACAATATTCTTATCCTTGCTAAAGGTTGCTAAAAGGTTGACAAGCAGATGTAAAGACCGCACACTTTCTTGAATatttagtttgtttgtttgttggtcaAGGAAAACTTTGGGTTCATcgtaaaatgttatttttgttgttCTCAGTGCATTGAGTGCTTTGTGAGTCAATGGTGCTAAGCTCTGAAAACTGTTTGTCATTTTGAAATGATCCTGCTGAACTAGATGATATCAACGTTTGAATTACACACGGACTAGCGGTACCCTCCGAATAGTGGACTAGTCCAACGTTTGAATTACACACTGACTAGCGGTACCCTCCAAATAGTGGACTAGTCCAACGTTTGAATTACACACTGACTAGCGGTACCCTCCAAATAGTGGACTAGTCCAGTGTTTATTTCTTCAACATTATGGTGGTGACAACGTTAACATTTTCAACATTTATGGGGTTTTTCTGATTTGTGAAAGGAGAGCACAGCATTCCTGGGAACTCCCCCTGCCGTTCAAACTGTACCATGTCCACATGGTGTAGTGGAAACCAGTCAGAGGTACTGTATCTAGGGGACTTAAGGCTGGCCCTACTAGTCACGGCCTAACTGACATAACATAAGTCCTCTGACACAAGAACATACATTAGTATTGCCAGAAGAATAACTCTGTATCAGCAGAATGGAAGGCTAAATTCATGCTACATTAGATACAATTGTTCACATTTCTTGCAATTTACAGATTTCCCATGACACGTTGCTGAGTATATTTCTAAATTGATTatatcgtcatcatcatcaacatatTGTAAATACAAGAAATCCTTCAAAATAACCATGCAGTAAAATATTTTAAGGTTTTTCTAAAGTACAAACGTGTATTAAATTACAGTTATAAACTCCATAAATAAATCGGTTAATTCAGTTTCATTAATAAATCTGTTAATTCAGCTTCATTAATAAATCAGTTAATTCAGTTTCATTAATAAATCAGTTAATTCAGCTTCATTAATAAATCCGTTCATTCAGCTTCATTAATAAATCCGTTAATTTAGCTTCATTAATAAATCAGTTAATTCAGCTTCATTAATAAATCCGTTAATTCAGCTTCATTAATAAATTGGTTGATTCAGCTTAATTAATACATCGGTTAATTCAAATTCAGCTTAATTAATAAAATCTGTTAACTCAGCTTCATTAATAAATCAGTTAATTCAGCTTAATTAATCAAATCTGTTAACTCAGCCTCATTAATAAATCAGTTAATTCAGCTTAATTAATCAAATCTGTTAACTCAGCCTCATTAATAAATCAGTTAATTCAG
>TU2620476
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>TU2620477
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>TU2620491
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Function

GO: NA

KEGG: NA

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TU2620475 False 2130 lncRNA 0.35 3 5873826 5876241
TU2620476 False 2078 lncRNA 0.35 3 5873826 5876241
TU2620477 False 2130 lncRNA 0.35 3 5873826 5876241
TU2620491 True 1941 lncRNA 0.36 2 5873826 5876241

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
LOC110489352 LOC106570724 coding upstream 17086 5819080 ~ 5856740 (+)
wipf3 NA coding upstream 124090 5724270 ~ 5749736 (+)
LOC110489437 LOC106570711 coding upstream 195922 5645183 ~ 5677904 (+)
slc6a18 LOC106570711 coding upstream 232279 5632297 ~ 5641547 (+)
LOC110489357 slc6a19 coding upstream 258453 5592112 ~ 5615373 (+)
LOC110520219 NA coding downstream 170349 6046590 ~ 6047475 (+)
LOC110487836 LOC106570725 coding downstream 234138 6110379 ~ 6203899 (+)
LOC118946494 NA coding downstream 518074 6394261 ~ 6398382 (+)
LOC110487847 LOC106570705 coding downstream 775223 6651464 ~ 6676974 (+)
LOC110489360 LOC105005722 coding downstream 926792 6803033 ~ 6867523 (+)
G2291359 NA non-coding upstream 1738 5867602 ~ 5872088 (+)
G2291341 NA non-coding upstream 89070 5784165 ~ 5784756 (+)
G2291338 LOC100286654 non-coding upstream 94158 5773850 ~ 5779668 (+)
G2291321 NA non-coding upstream 153787 5719807 ~ 5720039 (+)
G2291313 NA non-coding upstream 173209 5700013 ~ 5700617 (+)
G2291388 NA non-coding downstream 25706 5901947 ~ 5909243 (+)
G2291392 NA non-coding downstream 39326 5915567 ~ 5916929 (+)
G2291405 NA non-coding downstream 68927 5945168 ~ 5946167 (+)
G2291406 NA non-coding downstream 69678 5945919 ~ 5947262 (+)
G2291420 NA non-coding downstream 102155 5978396 ~ 5980683 (+)
G2291219 NA other upstream 401673 5471563 ~ 5472153 (+)
G2291194 NA other upstream 455588 5416832 ~ 5418238 (+)
dlgap3 dlgap3 other upstream 466318 5113201 ~ 5412625 (+)
smim12 smim12 other upstream 855512 5014549 ~ 5018314 (+)
G2291490 NA other downstream 271583 6147824 ~ 6148246 (+)
G2291498 NA other downstream 284837 6161078 ~ 6161719 (+)
G2291541 NA other downstream 431895 6308136 ~ 6316697 (+)
G2292347 NA other downstream 1006136 6882377 ~ 6883166 (+)
G2292666 NA other downstream 1314011 7190252 ~ 7190850 (+)

Expression


Co-expression Network

Homologous

species gene id symbol gene type chromosome NCBI id location
zebrafish (Danio rerio) XLOC_014808 CR855860.1 non-coding NC_007130.7 CM002903.2 25155542 ~ 25157191 (-)
mexican tetra (Astyanax mexicanus) G197547 NA non-coding NC_035919.1 CM008322.1 14069804 ~ 14074420 (+)