G2294996


Basic Information

Item Value
gene id G2294996
gene name NA
gene type non-coding
species rainbow trout (Oncorhynchus mykiss)
category of species economic fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_050572.1
NCBI id CM025859.1
chromosome length 41837469
location 10305029 ~ 10306296 (+)
genome version USDA_OmykA_1.1_2020_rainbow_trout_Genome

Sequence

>TU2625071
ACTATccatctgaccctatgtagccaggtcccatctactatccatctgaccctatgtagccaggtcccatctactatccatctgaccctatgtagccaggtcccatctattatccatctgaccctatgtagccaggtctcatctactatccttctgaccctatgtagccaggtctcatctactatccttctgaccctatgtagccaggtcccatctactatccttctgaccctatgtagccaggtctcatctactatccttctgaccctatgtagccaggtcccatctactatccttctgaccctatgtagccaggtcccatctactatccttctgaccctatgtagccaggtcccatctactatccttcagaccctatgtagccaggtcccatctac
>TU2625073
ACTATccatctgaccctatgtagccaggtcccatctactatccatctgaccctatgtagccaggtcccatctactatccatctgaccctatgtagccaggtcccatctattatccatctgaccctatgtagccaggtctcatctactatccttctgaccctatgtagccaggtctcatctactatccttctgaccctatgtagccaggtctcatctactatccttctgaccctatgtagccaggtcccatctactatccttctgaccctatgtagccaggtcccatctactatccttctgaccctatgtagccaggtcccatctactatccttcagaccctatgtagccaggtcccatctac
>TU2625072
ggtcccatctactatccatctgaccctatgtagccaggtcccatctactatccatctgaccctatgtagccaggtcccatctattatccatctgaccctatgtagccaggtctcatctactatccttctgacctaggtcccatctactatccttctgaccctatgtagccaggtccatctactatccatctgaccctatgtagccaggtcccatctactatccttctgaccctatgtagccaggtcccatctactatccttctgaccctatgtagccaggtcccatctactatccttctgaccctatgtagccaggtcccatctactatccttctgaccctatgtagccaggtctcatctactatccttctgaccctatgtagccaggtcccatctactatccttctgaccctatgtagccaggtcccatctactatccttctgaccctatgtagccaggtcccatctactatccttcagaccctatgtagccaggtcccatctac

Function

NR:

description
PREDICTED: saposin-like protein 11

GO: NA

KEGG: NA

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TU2625071 False 398 lncRNA 0.49 3 10305029 10306296
TU2625073 False 362 lncRNA 0.49 3 10305029 10306296
TU2625072 True 506 lncRNA 0.49 2 10305647 10306296

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
LOC118946535 NA coding upstream 212501 10091303 ~ 10092528 (+)
LOC110487893 LOC106570636 coding upstream 241003 10049196 ~ 10064026 (+)
LOC110487884 LOC106570642 coding upstream 680334 9622027 ~ 9624695 (+)
cck-t cck-t coding upstream 731249 9568052 ~ 9573780 (+)
LOC110489367 LOC106570646 coding upstream 772367 9489794 ~ 9532662 (+)
LOC118946540 NA coding downstream 15737 10318805 ~ 10323588 (+)
LOC110513484 LOC106570612 coding downstream 98076 10404372 ~ 10427604 (+)
si:ch211-199g17.9 syce1 coding downstream 131381 10437677 ~ 10441669 (+)
LOC110489372 LOC106570609 coding downstream 160069 10466365 ~ 10490055 (+)
LOC110489373 LOC106570620 coding downstream 200797 10507093 ~ 10509282 (+)
G2294991 NA non-coding upstream 25129 10279528 ~ 10279900 (+)
G2294962 NA non-coding upstream 54709 10229834 ~ 10250320 (+)
G2294970 NA non-coding upstream 62817 10241594 ~ 10242212 (+)
G2294964 NA non-coding upstream 70686 10233727 ~ 10234343 (+)
G2294958 clasp2 non-coding upstream 78987 10213207 ~ 10226042 (+)
G2294998 NA non-coding downstream 5110 10311406 ~ 10344133 (+)
G2295009 NA non-coding downstream 20638 10326934 ~ 10392171 (+)
G2295010 NA non-coding downstream 21230 10327526 ~ 10363476 (+)
G2295044 NA non-coding downstream 109853 10416149 ~ 10416526 (+)
G2294925 NA other upstream 173378 10130116 ~ 10131651 (+)
G2294452 LOC106570648 other upstream 967274 9335335 ~ 9337755 (+)
G2294081 NA other upstream 1201843 9094792 ~ 9103186 (+)
G2293943 LOC106570655 other upstream 1457777 8844013 ~ 8847252 (+)
G2293942 NA other upstream 1509527 8791101 ~ 8876464 (+)
LOC110487904 snrpd1 other downstream 208658 10509464 ~ 10521398 (+)
G2296150 LOC106570575 other downstream 979197 11285493 ~ 11290303 (+)
G2296278 NA other downstream 1257251 11563547 ~ 11564590 (+)
LOC110487932 LOC106570557 other downstream 1600411 11906205 ~ 11910366 (+)

Expression


Co-expression Network