XLOC_004183 (BX649345.1)


Basic Information

Item Value
gene id XLOC_004183
gene name BX649345.1
gene type non-coding
species zebrafish (Danio rerio)
category of species model fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_007122.7
NCBI id CM002895.2
chromosome length 45484837
location 28522364 ~ 28525496 (-)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome

Sequence

>TCONS_00007997
TCCTtcccagccggcacacgaccgaccttcaacgttgaaatatggttgaaataaggtcagatgtgttttgaacgttgaaataatgttgatagaacgtttaatgttgaacggttgaaaaacagcctgcatatgacaaggcttcaacgttgaaatgtggttgaaaatacgtcagttgttgctttaatgttgaaacaatgttgaatgataaatggttgaaaaaagttacagaaatccttgtacaaatcaacgttgacattttttatcatggtctgtatgttgaattaacgtcatggcttcacccaatattcaacatgtttggttaccatggtatcggaggactcggcgcacgcggccacgcgcagcgcttcacttcacttaattactaacacctgacctgcagtgcagcagaattcagagacatgtaacttaacgtactccagagacgcactcacttgcacagcattgaatggaaaaggctttgtccatgtccagttgagggCATCAAGAACACGCAGATAGCATAAacctgtgtcagcctggacagactgTAGATCTGCTACTCAACGCCAAGGCTTTTGTATGCATGTCTGACTACTACAGTGTTCTTtaaaggttttctggaagctccatttgagggcatcaaggacatactgatggcctaaaccagtgtcagcctagacagacagacatctattgcagttctgctacacaagaccaaactctctgcttttgtatggatgtctgactagtacagtgttctctaaaggtataactggagcaaaacaacagcatccgttacagtgaaatttgtgttcataaaagatagtgatatatgtgtaacaggtccagtacatttgtcataaaggttaaatcacagtaagtactgtaaaaataacttgtttgcctctgccacaacaggtcatggtgtgtgcatactgctcgtagtaaacacacacgctgatctgatgcgggagagatatacgcaaacacatttgtatttactgttttgttttgcctcactaaagtgttgttggagcttggtatgttcacagttgaaatcactgaagtcacatggaacgttttgacaatgtgttttgtgccttatcttgacaattgggaccattgctgtctgtagaggatgagcatttaatctaaaatattttagtttgtgttctgaagattaacaggtctctgggatgacacaagtaattaataacagaacctatatgaacacttaatgtgacatgtaatagtgaaatTTATTTACTAGGTGAATAgtcctacattcacaaatgtgagccattattataagacccatgtgaacatgcaatttttatgatactaataataatggaataacaaattgctattactgttgtgtttgtgagagagaatcaaaccatatattctacacattttcttgataatttactgaaatatttgtctacatgttccactgtcacaggtgctcagttttgctgcagtaatgctaaacaaaatagatgtactttatgcaaaaaa
>TCONS_00007998
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>TCONS_00007999
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>TCONS_00008000
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>TCONS_00008001
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>TCONS_00008002
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>TCONS_00008003
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>TCONS_00008004
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Function

GO: NA

KEGG: NA

Ensembl:

ensembl_id ENSDARG00000099916

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TCONS_00007997 False 1521 lncRNA 0.38 4 28522364 28525494
TCONS_00007998 False 921 lncRNA 0.40 3 28522554 28525153
TCONS_00007999 False 1176 lncRNA 0.41 4 28522688 28525496
TCONS_00008000 False 602 lncRNA 0.41 2 28522742 28524723
TCONS_00008001 False 408 lncRNA 0.41 3 28522881 28524696
TCONS_00008002 False 791 lncRNA 0.41 4 28522886 28525122
TCONS_00008003 False 941 lncRNA 0.39 3 28522933 28525127
TCONS_00008004 True 561 lncRNA 0.34 2 28523945 28524788

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
XLOC_004182 NA coding downstream 20 28513742 ~ 28522344 (-)
XLOC_004181 NA coding downstream 98223 28418876 ~ 28424141 (-)
XLOC_004179 lactbl1b coding downstream 132263 28127199 ~ 28390101 (-)
XLOC_004180 NA coding downstream 321860 28196957 ~ 28200504 (-)
XLOC_004178 si:ch211-220m17.4 coding downstream 435440 28052699 ~ 28086924 (-)
XLOC_004184 dhrs3b coding upstream 65237 28590733 ~ 28614608 (-)
XLOC_004185 klhdc7a coding upstream 108221 28633717 ~ 28639498 (-)
XLOC_004186 igsf21a coding upstream 117417 28642913 ~ 29082429 (-)
XLOC_004187 NA coding upstream 559870 29085366 ~ 29088626 (-)
XLOC_004188 NA coding upstream 574431 29099927 ~ 29319919 (-)
XLOC_004063 CR854846.1 misc downstream 12394686 16127382 ~ 16127678 (-)
XLOC_004019 CR450764.8 misc downstream 15830673 12691395 ~ 12691691 (-)
XLOC_004015 CR450764.4 misc downstream 15900597 12621518 ~ 12621767 (-)
XLOC_004013 CABZ01022569.1 misc downstream 15931068 12590999 ~ 12591296 (-)
XLOC_004008 BX000700.19 misc downstream 16009102 12512966 ~ 12513262 (-)
XLOC_004174 NA non-coding downstream 712649 27800859 ~ 27809715 (-)
XLOC_004173 BX601648.1 non-coding downstream 715597 27783758 ~ 27806767 (-)
XLOC_004190 NA non-coding upstream 1012486 29537982 ~ 29544989 (-)
XLOC_004193 NA non-coding upstream 1209082 29734578 ~ 29737247 (-)
XLOC_004198 CU652893.1 non-coding upstream 1435618 29961114 ~ 29961901 (-)

Expression


Co-expression Network