G2300670


Basic Information

Item Value
gene id G2300670
gene name NA
gene type non-coding
species rainbow trout (Oncorhynchus mykiss)
category of species economic fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_050572.1
NCBI id CM025859.1
chromosome length 41837469
location 16330720 ~ 16347102 (+)
genome version USDA_OmykA_1.1_2020_rainbow_trout_Genome

Sequence

>TU2631871
GCCCATTACTTGGTGGGATTGATGTGACATTTCCTAAactacagagctgtgatgtagagcagtcctaaactacagagatacagagctgtgatgtagagcagtcctaaactacagagatacagagctgtgatgtagagcagtcctaaactacagagatacagagctgtgatgtagagcagtcctaaactacagagatacagagctgtgatgtagagcagtcctaaactatagagatacagagctgtgatgtaggacagtcctaaactacagagatacagagctgtgatgtagagcagtcctaaactacagatatacagagctgtgatgtaggacagtcctaaactacagagatacagagctgtgatgtagagcagtcctaaactacagagatacagagctgtgatgtaggacagtcctaaacaACAGAGATAaagagctgtgatgtagagccgtcctaaactacagagatacagagctgtgatgtaggacagtcctaaactacagagatacagagctgtgatgtagagcagtcctaaactacagcgatacagagctgtgatgtaggacagtcctaaactacagagatacagagctgtgatgtagagcagtcctaaactacagagatacagagctgtgatgtagagccgtcctaaactacagagatacagagctgtgatgtagagcagtcctaaactacagagatacagagctgtgatgtagagcagtcctaaactacagagatacagagctgtgatgtagagcagtcctaaactacagagatacagagctgtgatgtaggacagtcctaaactacagagatacagagctgtgatgtagagcagtcctaaactacagagatacagagctgtgatgtagagcagtcctaaactacagagatacagagctgtgatgtaggacagtcctaaactacagagatacagagctgtgatgtaggacagtcctaaactacagagatacagagctgtgatgtagagcagtcctaaactacagagatacagagctgtgatgtagagcagtcctaaactacagagatacagagctgtgatgtaggacagtcctaaactacagagatacagagctgtgatgtagagcagtcctaaactacagagatacagagctgtgatgtagagcagtcctaaactacagagatacagagctgtgatgtagagccgtcctaaactacagagatacagagctgtgatgtagagcagtcctaaactacagagatacagagctgtgatgtaggacagtcctaaactacagagatacagagctgtgatgtagagcagtcataaactacagagatacagagctgtgatgtagagcagtcctaaactacagatatacagagctgtgatgtagagcagtcctaaactacagatatacagagctgtgatgtagagcagtcctaaactacagagatacagagctgtgatgtagagcagtcctaaactacagatatacagagctgtgatgtagagcagtcataaactacagagatacagagctgtgatgtagagcagtcctaaactacagagatacagagctgtgatgtaggacagtcataaactacagagatacagagctgtgatgtagagcagtcctaaactacagagatacagagctgtgatgtagagccgtcctaaactacagagatacagagctgtgatgtagagcagtcctaaactacagagatacagagctgtgatgtaggacagtcctaaactacagagatacagagctgtgatgtagagcagttctaaactacagagatacagagctgtgatgtaggacagtcctaaactacagatatacagagctgtgatgtaggacagtcctaaactacagagatacagagctgtgatgtaggacagtcctaaactacagagatac
>TU2631872
GCCCATTACTTGGTGGGATTGATGTGACATTTCCTAAactacagagctgtgatgtagagcagtcctaaactacagagatacagagctgtgatgtagagcagtcctaaactacagagatacagagctgtgatgtagagcagtcctaaactacagagatacagagctgtgatgtagagcagtcctaaactacagagatacagagctgtgatgtagagcagtcctaaactatagagatacagagctgtgatgtaggacagtcctaaactacagagatacagagctgtgatgtagagcagtcctaaactacagatatacagagctgtgatgtaggacagtcctaaactacagagatacagagctgtgatgtagagcagtcctaaactacagagatacagagctgtgatgtaggacagtcctaaacaACAGAGATAaagagctgtgatgtaggacagtcctaaattacagagatacagagctgtgatgtagagcagtcctaaactacagatataccgagctgtgatgtaggacagtcctaaactacagagatacagagctgtgatgtagagcagtcctaaactacagagatacagagctgtgatgtaggacagtcctaaactacagagatacagagctgtgatgtaggacagtcctaaactacagagatacagagctgtgatgtagagcagtcctaaactacagatatacagagctgtgatgtagagcagtcctaaactacagagatacagagctgtgatgtaggacagtcctaaactacagatatacagagctgtgatgtaggacagtcctaaactacagagatacagagctgtgatgtaggacagtcctaaactacagatatacagagctgtgatgtaggacagtcctaaactacagagatacagagctgtgatgtaggacagtcctaaactacagagatacagagctgtgatgtgggacagtcctaaactacagagatacagagctgtgatgtagagcagtcctaaactacagatatac

Function

NR:

description
PREDICTED: uncharacterized protein LOC106579761

GO: NA

KEGG: NA

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TU2631871 False 1914 lncRNA 0.43 2 16330720 16345191
TU2631872 True 1017 lncRNA 0.43 3 16330720 16347102

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
dss1 NA coding upstream 117883 16203473 ~ 16252597 (+)
LOC118946491 NA coding upstream 167293 16146868 ~ 16163427 (+)
LOC110488010 LOC106570474 coding upstream 186934 16141291 ~ 16143786 (+)
LOC110488007 chrc1 coding upstream 232666 16093098 ~ 16098054 (+)
LOC110488002 LOC106570481 coding upstream 268579 16058844 ~ 16062141 (+)
LOC110488016 LOC106570467 coding downstream 116461 16463563 ~ 16487955 (+)
LOC110488017 LOC106570464 coding downstream 256497 16603599 ~ 16639641 (+)
LOC110488019 LOC106570458 coding downstream 438231 16785333 ~ 16788539 (+)
LOC110488022 tfpi2 coding downstream 483606 16827065 ~ 16834652 (+)
calcr LOC106588943 coding downstream 499632 16846734 ~ 16955570 (+)
G2300663 NA non-coding upstream 11350 16318915 ~ 16319370 (+)
G2300614 NA non-coding upstream 113460 16215859 ~ 16217260 (+)
G2300553 NA non-coding upstream 238956 16091506 ~ 16091764 (+)
G2300549 NA non-coding upstream 244300 16085524 ~ 16086420 (+)
G2300684 LOC100380667 non-coding downstream 18297 16365399 ~ 16374326 (+)
G2300686 NA non-coding downstream 23687 16370789 ~ 16371154 (+)
G2300692 NA non-coding downstream 40665 16387767 ~ 16388925 (+)
G2300716 NA non-coding downstream 78840 16425942 ~ 16429571 (+)
G2300727 NA non-coding downstream 107020 16454122 ~ 16455724 (+)
G2300406 NA other upstream 448559 15880681 ~ 15882161 (+)
G2300167 NA other upstream 913213 15417226 ~ 15417507 (+)
LOC110487981 LOC106570537 other upstream 1172179 15131738 ~ 15188805 (+)
G2299643 trmt13 other upstream 1303588 15023633 ~ 15028263 (+)
G2301452 NA other downstream 177408 16524510 ~ 16525394 (+)
G2301522 LOC106570460 other downstream 322505 16669607 ~ 16693934 (+)

Expression


Co-expression Network