G2318678 (LOC106569901)


Basic Information

Item Value
gene id G2318678
gene name LOC106569901
gene type non-coding
species rainbow trout (Oncorhynchus mykiss)
category of species economic fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_050572.1
NCBI id CM025859.1
chromosome length 41837469
location 31723478 ~ 31728474 (+)
genome version USDA_OmykA_1.1_2020_rainbow_trout_Genome

Sequence

>TU2651938
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>TU2651932
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>TU2651934
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>TU2651930
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>TU2651931
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>TU2651937
CTTGAGACATGTTAACGCCTTTTCACTTCTATCTGGCAGAGTTGCTATACGCTGGTCTATGGCTTAGCTCAGATTACAAAGCAGTGGTAGAGATCTCTTTCGTTATCAACATTAGGCCTACTATATTGCATGTTGTCATGTGCACCAAGGGCATATAATTGCTGCTGAAGGGACACATACACATAATCAAATAAACCAATAAACCGCAATCATACATGACTGATTTTAACCGAATGTAAGGTGAGCCTGGTGTAATGGAGTGATGTTTGTCCTGTCCTAGATGCACTGTGCATTTGAATTTCAACTCAGTGACCTATGAATCATGTTTTGGCAGGCAGCCAATGACATGGCGGGAaatgctaaccatgtgacctaACAAGGACATGATACTGAGAACATTGATTTCCACCCTTTTGGTATAAAATAGTGCAGTGTGACCAACCCATCTTCATATCTCCAAGTTTAACATCTTTGAGCCCTGAAAATGTTTCAGAAGCTTTCATTATCCCCTCTCTCATAAAATAATTGATCCTCATGAAATAATTAATGAAAGCCTCTGAAATGTGAGATTACCCTGTGCACCTTTTTGGAAGAGACAGAAGAACTGTTGAAATCATCTGCCCACTTAATTCGAATTGCAACGAACGCTACAGAGACTCAACATGACGCCTGCAATTATAATCCCATAATAGCGTTTCTCCTCAGAAGCTGATCAGAGTTAATGAGcactttctcttgctctctgccACCGAATCACTCACATGCAGGCTTTTGTAGATCATAGAACTTCAATTAACCAAAACAATAGAGGCATTCTGAGTACAAGCAGGAGACCATGTTACATGACCAGAATAATAAAAGTAAATGAAATAGAGCGAAGTAGTTAGCTACTTAATATCCTTGCAATCAAAGTGGCCTTGTGGTCCGTGAGTTTCAGCTATAAGTGTTGTTGGGAATCCAATTGGTGACATTAATCAGTTTCATTGCATGATGTAAACAGACATCTTGAGTCTGTCCCTGGAATACTATTGCTCAGTTTAGGACAGAGAAGGGATGAGGAAACAGCTCATTATCTGACACGCTCACAGTAAGAGAAAGATCGCCTTTGTATTCGGTCTCTGAGAAGACCAACAAGTACAATACTAGGTTTCTGACACCAAGAGACTGGGGAAATTCTTGATGTTTGAAGGTCATTGGACTTGACTGCAAGTTGTCAATAACTGAAGCTAACCGAAAGAGAGCAATCCCAGGCAGCTTCTCCACATATGAATTTCGCAAGGAAATAATGCTCCTTATACACTGTTTCCGCTCAAACACATTCTCATTCCATTCGtccataatttaaaaaaaacatttaatgttTATGTTTACAGTACAAAGCATTTTCCAATGAAACCTAACCCACCTCTGGCGGATAATGTATGTAAATACACGAGCAGCATTACTTTCCCTGGTGTTGTCAGTGTTACAGAGGCACGGAAACTCTGCTCTTAGCCCTGTTAATGCCTCTCAGTCTGTCACCCACTCATCCACGAACCAGGATTGAGCCATGGTCTGCTCCTACAACCCAGAAGTCCATCCCTCCATTCACAGTGGACCACAGAGACATTGACAAAGGGAACAAAAATGAGTGCACAGAAAATATATTATGGGTTTAAGGTCCATCCAACCTATTCAAATCAGAAAGCAAACGGCAGTGATAATGAAATTATTATTTCACTACTTGCTCAACTTGATTTGACTAGTATACAGTACActgcattcagaaactattcagacccctccactttttccacattttattacgttacaaccttattctaaaattgatttaaaaaaaaatccttgtcaagctacacacaataccccataatgacaaagcaaaaacaggttttgatttttaaaattaaaataaaataaaaaaatgaaaatatcccatttagta
>TU2651935
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Function

NR:

description
pleckstrin homology domain-containing family O member 1-A-like

GO: NA

KEGG: NA

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
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TU2651931 False 3148 lncRNA 0.43 1 31723824 31726971
TU2651937 False 1945 lncRNA 0.39 1 31723824 31725768
TU2651935 True 2630 lncRNA 0.50 1 31725845 31728474

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
LOC110488287 LOC106569900 coding upstream 11962 31700650 ~ 31711516 (+)
LOC118946484 jtb coding upstream 102339 31617119 ~ 31621139 (+)
glmp glmp coding upstream 125230 31592958 ~ 31598248 (+)
LOC110488282 LOC106569895 coding upstream 130723 31579007 ~ 31592755 (+)
LOC110488283 LOC106569891 coding upstream 144716 31556480 ~ 31578762 (+)
LOC110488296 LOC106569903 coding downstream 86353 31814827 ~ 31826946 (+)
LOC110488297 LOC106569902 coding downstream 99714 31828188 ~ 31855884 (+)
LOC110488300 LOC106569907 coding downstream 139501 31867975 ~ 31888423 (+)
LOC110488301 LOC106569908 coding downstream 161593 31890067 ~ 31909751 (+)
LOC110488305 LOC106569913 coding downstream 206456 31934883 ~ 31988737 (+)
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G2318672 NA non-coding upstream 9539 31713729 ~ 31713939 (+)
G2318671 NA non-coding upstream 10541 31712561 ~ 31712937 (+)
G2318655 NA non-coding upstream 33954 31689315 ~ 31689524 (+)
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G2318680 NA non-coding downstream 8008 31736482 ~ 31736772 (+)
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G2318684 NA non-coding downstream 10605 31739079 ~ 31739471 (+)
G2318685 NA non-coding downstream 11028 31739502 ~ 31739721 (+)
G2318688 NA non-coding downstream 12994 31741468 ~ 31742006 (+)
LOC110488286 chtop other upstream 382947 31334757 ~ 31340531 (+)
G2317685 LOC106569887 other upstream 499916 31222117 ~ 31223562 (+)
G2317562 LOC100196669 other upstream 595791 31097619 ~ 31127687 (+)
G2317455 NA other upstream 888377 30833730 ~ 30835101 (+)
G2318792 NA other downstream 225148 31953622 ~ 31954513 (+)
G2319921 NA other downstream 1213729 32942203 ~ 32943392 (+)
LOC110487593 LOC106570137 other downstream 1440989 33166851 ~ 33175323 (+)
G2320160 NA other downstream 1722685 33451159 ~ 33451620 (+)

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