LOC110510700


Basic Information

Item Value
gene id LOC110510700
gene name NA
gene type misc
species rainbow trout (Oncorhynchus mykiss)
category of species economic fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NW_023493659.1
NCBI id JAAXML020000263.1
chromosome length 2745910
location 563509 ~ 569406 (+)
genome version USDA_OmykA_1.1_2020_rainbow_trout_Genome

Sequence

>XR_005041629.1
agtagggcctgccatcattcactatgaactggactgtgtgtttacaggcagtagggcctgccatcattcactatgaactggactgtgtgtttacaggccgTAACAACAGCGTGACTTCAGATCATTAGAACACTTTCACCAAAagacacaaaatacacctgaatagATTTCTGTAAATATTTAAAAACACAACGGGAGTCCTCATACATtagggaactttacagtcctattgattaaacaaccatgaaaaggtagacTCTCGCTCCCTTTgttatacacatcaacaacaaccagatCAACAACTTATGCTAGCCAGAACAAGATGAACTCATATCTAACAAAGAAACATTAGgtaaaccctctcaaacttttcCAGCTAGTTGGCTGTCAAAATTGGACTGATAAACGACGGAGCTTACCcaccaatgcatgcttgtcccaacccacgctttgacaactgaatgggaacttgCCTGCCCTCACATTTGATcgatgccaaatacatttgattgacaactaaTGGTGCGTTCATAATTGCCTCCAGTGTGTCAGAATGCGATCTGGgtcgtttgtaaattcagagcgtttcgctgtCTCAGTGTTCTGTTATGGATGGTTGTGTCAACTACAACAatgtctcagtgttctgttaTGGAAGGTTGAGTCAACTACAACAatgtctcagtgttctgttaTGGAAGGTTGAGTCAACTACAACAatgtctcagtgttctgttaTGGAAGGTTGTGTCAACTACAACAatgtctcagtgttctgttaTGGAAGGTTGAGTCAACTACAACAatgtctcagtgttctgttaTGGAAGGTTGAGTCAACTACAACAatgtctcagtgttctgttaTGGAAGGTTGAGTCAACTACAACAatgtctcagtgttctgttaTGGAAGGTTGTGTCAACTACAACAatgtctcagtgttctgttaTGGAAGGTTGAGTCAACTACAACAatgtctcagtgttctgttaTGGAAGGTTGAGTCAACTACAACAatgtctcagtgttctgttaTGGAAGGTTGAGTCAACTACAACAATGTATCAGTGTTCTGTTATGGAAGGTTGAGTCAACTACAACAatgtctcagtgttctgttaTGGAAGGTTGAGTCAACTACAACAatgtctcagtgttctgttaTGGAAGGTTGCGTCAACTACAACAatgtctcagtgttctgttaTGGAACGTTGAGTCAACTACAACAatgtctcagtgttctgttaTGGAAGGTTGAGTCAACTACAACAatgtctcagtgttctgttaTGGAAGGTTGTGTCAACTACAACAatgtctcagtgttctgttaTGGAAGGTTGAGTCAACTACAACAATGTCTCAGtgttttgttatggaaggttgtgTCAACTACAACAATGTCTTATTCTACGTCATGGATTTTTGGCTCAAATAGAACATATTTTTAAAACCCCTTTAcgaagttggttttgtagcatgaactgggaatgtgatatttttgactgatattatgattgtctgtttgtttcatgcTTGCCAAGTAGTTAAAACACTTTCCCTTCCACTCTACATTATTACTGTAATGATGCTCTTATTACATATGTGTTAACTGTTGTTACTTCTGTTGTCAATTCACTTGTTTCAtatgttgttaatgttgttaccAATTTGAATAAATGTATTTGATGTACAAATGTATTGTT
>TU2667705
GATGTTGAGTCAGTAGAATAGTGTCTATTGTTGGATGTTGAGTCAGTAGAATAGTGTCTATCTTTGGTAGACTGGGTTAATAATCTGATGTTGAGTCAGTAGAATAGTGTCTaacaaccagatCAACAACTTATGCTAGCCAGAACAAGATGAACTCATATCTAACAAAGAAACATTAGgtaaaccctctcaaacttttcCAGCTAGTTGGCTGTCAAAATTGGACTGATAAACGACGGAGCTTACCcaccaatgcatgcttgtcccaacccacgctttgacaactgaatgggaacttgCCTGCCCTCACATTTGATcgatgccaaatacatttgattgacaactaaTGGTGCGTTCATAATTGCCTCCAGTGTGTCAGAATGCGATCTGGgtcgtttgtaaattcagagcgtttcgctgtCTCAGTGTTCTGTTATGGATGGTTGTGTCAACTACAACAatgtctcagtgttctgttaTGGAAGGTTGAGTCAACTACAACAatgtctcagtgttctgttaTGGAAGGTTGAGTCAACTACAACAatgtctcagtgttctgttaTGGAAGGTTGAGTCAACTACAACAatgtctcagtgttctgttaTGGAAGGTTGAGTCAACTACAACAatgtctcagtgttctgttaTGGAAGGTTGTGTCAACTACAACAatgtctcagtgttctgttaTGGAAGGTTGAGTCAACTACAACAatgtctcagtgttctgttaTGGAAGGTTGAGTCAACTACAACAatgtctcagtgttctgttaTGGAAGGTTG
>TU2667702
ctggactgtgtgtttacaggcagtagggcctgccatcattcactatgaactggactgtgtgtttacaggccgTAACAACAGCGTGACTTCAGATCATTAGAACACTTTCACCAAAagacacaaaatacacctgaatagATTTCTGTAAATATTTAAAAACACAACGGGAGTCCTCATACATtagggaactttacagtcctattgattaaacaaccatgaaaaggtagacTCTCGCTCCCTTTgttatacacatcaacaacaaccagatCAACAACTTATGCTAGCCAGAACAAGATGAACTCATATCTAACAAAGAAACATTAGgtaaaccctctcaaacttttcCAGCTAGTTGGCTGTCAAAATTGGACTGATAAACGACGGAGCTTACCcaccaatgcatgcttgtcccaacccacgctttgacaactgaatgggaacttgCCTGCCCTCACATTTGATcgatgccaaatacatttgattgacaactaaTGGTGCGTTCATAATTGCCTCCAGTGTGTCAGAATGCGATCTGGgtcgtttgtaaattcagagcgtttcgctgtCTCAGTGTTCTGTTATGGATGGTTGTGTCAACTACAACAatgtctcagtgttctgttaTGGAAGGTTGAGTCAACTACAACAatgtctcagtgttctgttaTGGAAGGTTGAGTCAACTACAACAatgtctcagtgttctgttaTGGAAGGTTGAGTCAACTACAACAatgtctcagtgttctgttaTGGAAGGTTGAGTCAACTACAACAatgtctcagtgttctgttaTGGAAGGTTGTGTCAACTACAACAatgtctcagtgttctgttaTGGAAGGTTGAGTCAACTACAACAatgtctcagtgttctgttaTGGAAGGTTGAGTCAACTACAACAatgtctcagtgttctgttaTGGAAGGTTG

Function

GO: NA

KEGG: NA

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
XR_005041629.1 False 1713 mRNA 0.39 3 567550 569406
TU2667705 False 790 lncRNA 0.41 4 563509 568871
TU2667702 True 935 lncRNA 0.41 3 567578 568871

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
LOC118947011 uchl1 coding upstream 14135 542490 ~ 553415 (+)
LOC110515074 NA coding upstream 98009 415509 ~ 469541 (+)
LOC110519477 LOC105007586 coding upstream 157017 377666 ~ 410533 (+)
LOC118946999 med28 coding upstream 251763 315236 ~ 320283 (+)
LOC118947009 NA coding upstream 519759 45040 ~ 47791 (+)
LOC118947015 tmem192 coding downstream 80304 649710 ~ 692129 (+)
LOC118947016 LOC106591887 coding downstream 160598 730004 ~ 745550 (+)
LOC118947001 naf1 coding downstream 188245 757651 ~ 775355 (+)
LOC110514760 pmm2 coding downstream 206200 775606 ~ 782226 (+)
LOC118947012 LOC105009536 coding downstream 484675 1054081 ~ 1100594 (+)
G2332232 NA non-coding upstream 12455 554823 ~ 555095 (+)
G2332171 NA non-coding upstream 65370 474417 ~ 502180 (+)
G2332080 NA non-coding upstream 69036 466423 ~ 498514 (+)
G2332242 NA non-coding downstream 28800 598206 ~ 598457 (+)
G2332243 NA non-coding downstream 40166 609572 ~ 610090 (+)
LOC110517278 LOC106596232 non-coding downstream 41060 555508 ~ 648529 (+)
G2332251 NA non-coding downstream 120044 689450 ~ 691473 (+)
G2332253 NA non-coding downstream 126861 696267 ~ 696661 (+)
G2332067 NA other upstream 336702 228794 ~ 230848 (+)
G2332063 NA other upstream 341302 211123 ~ 226248 (+)
G2332039 NA other upstream 423252 142694 ~ 144298 (+)
LOC110516484 spock3 other upstream 526232 21703 ~ 44948 (+)
G2332406 NA other downstream 623615 1193021 ~ 1193350 (+)
G2332408 NA other downstream 628010 1197416 ~ 1198795 (+)
G2332472 NA other downstream 809466 1378872 ~ 1379331 (+)
G2332498 NA other downstream 855150 1424556 ~ 1426452 (+)
LOC118947003 clrn2 other downstream 1029886 1598798 ~ 1617849 (+)
G2332216 NA non-coding upstream 65620 497178 ~ 497889 (+)
G2332214 NA non-coding upstream 83458 479315 ~ 480051 (+)

Expression


Co-expression Network