XLOC_004218


Basic Information

Item Value
gene id XLOC_004218
gene name NA
gene type non-coding
species zebrafish (Danio rerio)
category of species model fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_007122.7
NCBI id CM002895.2
chromosome length 45484837
location 32457316 ~ 32563722 (-)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome

Sequence

>TCONS_00008817
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>TCONS_00008818
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>TCONS_00008073
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>TCONS_00008819
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>TCONS_00008820
AACAAACTGAGGGggtgaaaaaaaaacttgtttcaaGTCACGTGATTGTAATGACGCGCGAAATTCAGATAGAGGAAAGGACATAGAAACTGAATGGAAGACTAGAGCAAAGTCCGCATTGTTGCGATGTAGAGCATATTGTCCGGGAGTAGCTTTTTTTATCATGTCAATTAACCCAGCTACATTCGAGGCTATGCCGCGCCTCTCGTTAACGGTTGTTTACTCTACTACTCCGCCTAAACGCCACAaatggattattgcaaaacaagatggAGACGTCATTGCAGCTTATTGATTGCACGGCAGAGTAAGCTTTCCACCAGAAGATGGACGTTATCTGAGCACCCAGTTCCTGCGATGGTTTTGAAGTCGACTGCTTACAGTACAAGCAGAACGGCAGACGTTTGAACAGATGATTGCTCTGACATTGACGGATGGAAGACAAACGTGTTTAATGTTCCAGGTTCAGACGAATCTACAATGCCCTTATTAGAGACTGCAAGGATGCCGCTCATCTTTTTACAGCgatgcaatttatttttattttttttttatggggaGCACAAATGGAGAGAGAAATCCTTGTCCTtttgtgttgaataaaaaaaaaaatgccaattcAATCACCTCCCTCTTTGGCTTTTTGCTCTCTGGCCCATGGTGGGTGGAAAAAAGCAAGTTTTTGTGCACCTGGTTGGCATTTTCCTTCTTTTCTCCAGCGTGGATGAAGGTCAGATGAATGCGACCGCTGCGCAGAGGTAGCTCGACATGGTTTGGTAGAGTGAACTTGATTTCGGAAAGACTTGCTGGACTTGGCTTTTGTTGCTTTATGTCTGGAGCCCTTGCCGCTAAACACAGGGGAGGGACAGGGCACGACAGGACCAGGGCCTTTGTGATTTTGTGGACAGAGCGACCCACAATTTAACAAGCAATGTCTTTCTTTTATGGGCCTGAAATTCACAGCACTGTATCAAATGGTGGCTCCTCAAACTGTGGCCTCCCGCTAAGATAACACACTCGCTGCTAAATGTATCTCTGTGCTCCATCAA

Function

GO:

id name namespace
GO:0044424 obsolete intracellular part cellular_component
GO:0031090 organelle membrane cellular_component
GO:0005622 intracellular anatomical structure cellular_component
GO:0043231 intracellular membrane-bounded organelle cellular_component
GO:0005737 cytoplasm cellular_component

KEGG:

id description
ko03230 Viral genome structure
ko05164 Influenza A
ko03200 Viral proteins

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TCONS_00008817 False 747 lncRNA 0.47 4 32457316 32563702
TCONS_00008818 False 1513 lncRNA 0.36 3 32467184 32538409
TCONS_00008073 False 1760 lncRNA 0.37 3 32467184 32563722
TCONS_00008819 False 1023 lncRNA 0.44 3 32535904 32563704
TCONS_00008820 True 1049 lncRNA 0.45 3 32535904 32563722

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
XLOC_004217 NA coding downstream 65928 32365912 ~ 32391388 (-)
XLOC_004216 NA coding downstream 299790 32150218 ~ 32157526 (-)
XLOC_004215 AL844172.2 coding downstream 584688 31869020 ~ 31872628 (-)
XLOC_004214 man2b1 coding downstream 1181236 31258116 ~ 31276080 (-)
XLOC_004213 nacc1b coding downstream 1222732 31218956 ~ 31234584 (-)
XLOC_004220 pcdh17 coding upstream 12578 32576300 ~ 32723851 (-)
XLOC_004221 BX000696.1 coding upstream 167443 32731165 ~ 32737593 (-)
XLOC_004222 NA coding upstream 246249 32809971 ~ 32942872 (-)
XLOC_004223 NA coding upstream 366797 32930519 ~ 32932627 (-)
XLOC_004224 NA coding upstream 413560 32977282 ~ 33064553 (-)
XLOC_004063 CR854846.1 misc downstream 16329638 16127382 ~ 16127678 (-)
XLOC_004019 CR450764.8 misc downstream 19765625 12691395 ~ 12691691 (-)
XLOC_004015 CR450764.4 misc downstream 19835549 12621518 ~ 12621767 (-)
XLOC_004013 CABZ01022569.1 misc downstream 19866020 12590999 ~ 12591296 (-)
XLOC_004008 BX000700.19 misc downstream 19944054 12512966 ~ 12513262 (-)
XLOC_004212 NA non-coding downstream 1246008 31204925 ~ 31211308 (-)
XLOC_004211 NA non-coding downstream 1254477 31200219 ~ 31202839 (-)
XLOC_004200 CR318645.1 non-coding downstream 2356059 30101142 ~ 30101257 (-)
XLOC_004225 NA non-coding upstream 599458 33163180 ~ 33179795 (-)

Expression


Co-expression Network