LOC118947114


Basic Information

Item Value
gene id LOC118947114
gene name NA
gene type misc
species rainbow trout (Oncorhynchus mykiss)
category of species economic fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NW_023493663.1
NCBI id JAAXML020000320.1
chromosome length 1654043
location 1026254 ~ 1028187 (+)
genome version USDA_OmykA_1.1_2020_rainbow_trout_Genome

Sequence

>XR_005041770.1
tatagctgtctggtttcacctagttatgtatagctgtctggtttcacctagttatgtatagctgtctggtttcacctagttatgtatagctgtggggtttcatcaggtctggtttcacctagttatgtaTAGCTGTTGAATGAGTCTCACCCGATGTCCCCAGGTGTGAATGAGTCTCGCCCGATGTCCCCAGGTGTGAATGAGTCTCGCCCGATGTCCCCAGGTGTGAATGAGTCTCGCCCGATGTCCCCAGGTGTGAATGAGTCTTTCCTGATGTCCCCAGGTGTGAATGTCTGGTTCACACCATTAGAGGGGTGAAATATAACTGACCATAAGactgatctagaatcagcttcctccCCTCCAGTCCTAACGGCCACCATTAGAGGGGTGATATAagactgatctaggaccagtgTTAAACAGGGCTGAATTTCTGGTTCACACCATTAGAGGGGTGATATAagactgatctaggaccagtgTTAAACAGAGCTGAATGTCTGGTTCACACCATTAGAGGGGTGAAATATAACTGACCATAAGactgatctagaatcagcttcctccCCTCCAGTCCTAACGGCCACCATTAGAGGGGTGATATAagactgatctaggaccagtgTTAAACAGAGCTGAATGTCTGGTTCACACCATTTTGATGCTGATTTATTGTTATTGTAATGACATTAAATTGTTGAATGTTTCTGTCGATTTGGAA
>TU2675972
atcaggtctggtttcacctagttatgtatagctgtctggtttcacctagttatgtttagctgtctggtttcacctagttatgtttagctgtctggtttcacctagttatgtatagctgcctggtttcacctagttatgtttagctgtctggtttcacctagttatgtatagctgcctggtttcacctagttatgtatagctgtctggtttcacctagttatgtttagctgtctggtttcacctagttatgtttagctgtctggtttcacctagttatgtatagctgtctggtttcacctagttatgtatagctgtctggtttcacctagttatgtatagctgtctggtttcacctagttatgtatagctgcctggtttcacctagttatgtatagctgtctggtttcacctagttatgtatagctgtctggtttcatcaggtctggtttcacctagttatgtatagctgtctggtttcacctagttatgtttagctgtctggtttcacctagttatgtatagctgtcgtgtttcatcaggtctggtttcacctagttatgtatagctgtctggtttcacctagttatgtatagctgtctggtttcacctagttatgtatagctgcctggtttcacctagttatgtatagctgcctggtttcacctagttatgtatagctgtctggtttcacctagttatgtatagctgtctggtttcacctagttatgtatagctgtctggtttcacctagttatgtatagctgtctggtttcacctagttatgtatagctgtctggtttcacctagttatgtatagctgtggggtttcatcaggtctggtttcacctagttatgtaTAGCTGTTGAATGAGTCTCACCCGATGTCCCCAGGTGTGAATGAGTCTCGCCCGATGTCCCCAGGTGTGAATGAGTCTCGCCCGATGTCCCCAGGTGTGAATGAGTCTCGCCCGATGTCCCCAGGTGTGAATGAGTCTCGCCCGATGTCCCCAGGTGTGAATGAGTCTTTCCTGATGTCCCCAGGTGTGAATGTCTGGTTCACACCATTAGAGGGGTGAAATATAACTGACCATAAGactgatctagaatcagcttcctccCCTCCAGTCCTAACGGCCACCATTAGAGGGGTGATATAagactgatctaggaccagtgTTAAACAGGGCTGAATTTCTGGTTCACACCATTAGAGGGGTGATATAagactgatctaggaccagtgTTAAACAGAGCTGAATGTCTGGTTCACACCATTAGAGGGGTGAAATATAACTGACCATAAGactgatctagaatcagcttcctccCCTCCAGTCCTAACGGCCACCATTAGAGGGGTGATATAagactgatctaggaccagtgTTAAACAGAGCTGAATGTCTGGTTCACACCATTTTGATGCTGATTTATTGTTATTGTAATGACATTAAATTGTTGAATGTTT
>TU2675978
atcaggtctggtttcacctagttatgtatagctgtctggtttcacctagttatgtttagctgtctggtttcacctagttatgtttagctgtctggtttcacctagttatgtatagctgcctggtttcacctagttatgtatagctgtctggtttcacctagttatgtatagctgtctggtttcacctagttatgtatagctgtctggtttcacctagttatgtatagctgcctggtttcacctagttatgtttagctgtctggtttcacctagttatgtatagctgtcgtgtttcatcaggtctggtttcacctagttatgtatagctgtctggtttcacctagttatgtatagctgtctggtttcacctagttatgtatagctgcctggtttcacctagttatgtatagctgtctggtttcacctagttatgtatagctgtctggtttcacctagttatgtatagctgcctggtttcacctagttatgtatagctgtctggtttcacctagttatgtatagctgtctggtttcacctagttatgtatagctgtctggtttcacctagttatgtatagctgtctggtttcacctagttatgtatagctgtctggtttcacctagttatgtatagctgtggggtttcatcaggtctggtttcacctagttatgtaTAGCTGTTGAATGAGTCTCACCCGATGTCCCCAGGTGTGAATGAGTCTCGCCCGATGTCCCCAGGTGTGAATGAGTCTCGCCCGATGTCCCCAGGTGTGAATGAGTCTTTCCTGATGTCCCCAGGTGTGAATGTCTGGTTCACACCATTAGAGGGGTGAAATATAACTGACCATAAGactgatctagaatcagcttcctccCCTCCAGTCCTAACGGCCACCATTAGAGGGGTGATATAagactgatctaggaccagtgTTAAACAGGGCTGAATTTCTGGTTCACACCATTAGAGGGGTGATATAagactgatctaggaccagtgTTAAACAGAGCTGAATGTCTGGTTCACACCATTAGAGGGGTGAAATATAACTGACCATAAGactgatctagaatcagcttcctccCCTCCAGTCCTAACGGCCACCATTAGAGGGGTGATATAagactgatctaggaccagtgTTAAACAGAGCTGAATGTCTGGTTCACACCATTTTGATGCTGATTTATTGTTATTGTAATGACATTAAATTGTTGAATGTTT
>TU2675977
tctggtttcatcaggtctggtttcacctagttatgtatagctgtctggtttcacctagttatgtttagctgtctggtttcacctagttatgtttagctgtctggtttcacctagttatgtatagctgtctggtttcacctagttatgtatagctgtctggtttcacctagttatgtttagctgtctggtttcacctagttatgtttagctgtctggtttcacctagttatgtatagctgcctggtttcacctagttatgtatagctgtctggtttcacctagttatgtatagctgtctggtttcacctagttatgtatagctgtctggtttcacctagttatgtatagctgcctggtttcacctagttatgtatagctgtctggtttcacctagttatgtatagctgtctggtttcatcaggtctggtttcacctagttatgtatagctgtctggtttcacctagttatgtttagctgtctggtttcacctagttatgtatagctgtcgtgtttcatcaggtctggtttcacctagttatgtatagctgtctggtttcacctagttatgtatagctgtctggtttcacctagttatgtatagctgcctggtttcacctagttatgtatagctgtctggtttcacctagttatgtatagctgtctggtttcacctagttatgtatagctgcctggtttcacctagttatgtatagctgtctggtttcacctagttatgtatagctgtctggtttcacctagttatgtatagctgtctggtttcacctagttatgtatagctgtctggtttcacctagttatgtatagctgtctggtttcacctagttatgtatagctgtggggtttcatcaggtctggtttcacctagttatgtaTAGCTGTTGAATGAGTCTCACCCGATGTCCCCAGGTGTGAATGAGTCTCGCCCGATGTCCCCAGGTGTGAATGAGTCTCGCCCGATGTCCCCAGGTGTGAATGAGTCTCGCCCGATGTCCCCAGGTGTGAATGAGTCTTTCCTGATGTCCCCAGGTGTGAATGTCTGGTTCACACCATTAGAGGGGTGAAATATAACTGACCATAAGactgatctagaatcagcttcctccCCTCCAGTCCTAACGGCCACCATTAGAGGGGTGATATAagactgatctaggaccagtgTTAAACAGGGCTGAATTTCTGGTTCACACCATTAGAGGGGTGATATAagactgatctaggaccagtgTTAAACAGAGCTGAATGTCTGGTTCACACCATTAGAGGGGTGAAATATAACTGACCATAAGactgatctagaatcagcttcctccCCTCCAGTCCTAACGGCCACCATTAGAGGGGTGATATAagactgatctaggaccagtgTTAAACAGAGCTGAATGTCTGGTTCACACCATTTTGATGCTGATTTATTGTTATTGTAATGACATTAAATTGTTGAATGTTT

Function

NR:

description
PREDICTED: gastrula zinc finger protein XlCGF8.2DB-like

GO: NA

KEGG: NA

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
XR_005041770.1 False 724 mRNA 0.45 2 1027434 1028187
TU2675972 False 1468 lncRNA 0.43 3 1026254 1028173
TU2675978 False 1225 lncRNA 0.43 4 1026254 1028173
TU2675977 True 1475 lncRNA 0.43 3 1026585 1028173

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
LOC110512918 LOC106602080 coding upstream 15188 984288 ~ 1012248 (+)
LOC110516979 llgl1 coding upstream 155734 771209 ~ 871700 (+)
LOC118947106 NA coding upstream 241928 782989 ~ 785506 (+)
LOC110513986 LOC106595859 coding upstream 269029 712506 ~ 758405 (+)
LOC118947105 NA coding upstream 315211 642875 ~ 712223 (+)
LOC118947115 NA coding downstream 1770 1029815 ~ 1031671 (+)
LOC110512931 cpsf4 coding downstream 112068 1140255 ~ 1172005 (+)
LOC118947107 NA coding downstream 145637 1172354 ~ 1174397 (+)
LOC118947109 slc29a4 coding downstream 172342 1200529 ~ 1226091 (+)
LOC110516613 tnrc18 coding downstream 208761 1236948 ~ 1350911 (+)
G2337916 NA non-coding upstream 8395 1018552 ~ 1019039 (+)
G2337923 NA non-coding upstream 22056 1003225 ~ 1005378 (+)
G2337934 NA non-coding upstream 48539 971652 ~ 978895 (+)
G2337933 NA non-coding upstream 56581 970602 ~ 970853 (+)
G2338039 NA non-coding downstream 5221 1033408 ~ 1033900 (+)
G2338040 NA non-coding downstream 13902 1042089 ~ 1042965 (+)
G2338053 NA non-coding downstream 47440 1075627 ~ 1079358 (+)
G2338063 NA non-coding downstream 67290 1095477 ~ 1097419 (+)
G2337538 NA other upstream 474253 551667 ~ 553181 (+)
LOC118947111 LOC106592188 other upstream 666993 357340 ~ 365295 (+)
LOC110516851 LOC103393300 other upstream 693879 303920 ~ 354574 (+)
G2338043 NA other downstream 12773 1040960 ~ 1041498 (+)
G2338054 NA other downstream 42455 1070642 ~ 1083082 (+)
G2338165 LOC106591863 other downstream 470491 1498678 ~ 1500451 (+)
G2338389 NA other downstream 567119 1595306 ~ 1599823 (+)

Expression


Co-expression Network