XLOC_004269


Basic Information

Item Value
gene id XLOC_004269
gene name NA
gene type non-coding
species zebrafish (Danio rerio)
category of species model fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_007122.7
NCBI id CM002895.2
chromosome length 45484837
location 36484392 ~ 36687161 (-)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome

Sequence

>TCONS_00008841
ACTCAATTAACCCAGCTGGACGCACGGAAAGCATGTCCTAGGAACTGATAATTTAAAACTCACTGTCTACACTGGATACTTTAAACTATGTCCAACAAATTTATGACCTGaaacaacattttaattttataatgttgtttttgtttaacagCTCGCTTTCTCTAACATGCAGAAGGTCACCCTTCACACACAACTGGATCGATTATCGCTTCCGAGGATGTTTATGTTTGTTCACGCTTTGACTTAAGATTGTTTTGCAAAGAAGCCACGGTGTAACGTTAATGGAAAGTTCGAGAAGAAACTTATTTTGAAGGAAGAAGCCAACATTATTTGATCTGGTACAGCTGCTACATCAAAACAGAGCCATGTGCCAGCCACTGACAGGGGAAAGCTGCTGCTAATGTTAATGCATGTCCAACAAGCTCGTATTGTGTGGGTATAGAAGAAGACTGGATCGGTAACTCAGGAGCCATGTGCCAGCCACTGACAGGGGAAAGCTGCTGCTAATGTTAATGCATGTCCAACAAGCTCGTATTGTGTGGGTATAGAAGAAGACTGGATCGGTAACTCAGCATCATTGGAGAGCTTACCGGTCACAGAGTCTGGGTCAGGAATGGCTTTTGGAGTGGCGCAGTTCTTTAAAGTGGACACTGTCAGAGTGGGACCATTCAGCATTGGTGCCGGTTGGGTAGCATGGCGCTGTGGAGGATTGGGTGTAGACTGAGGAGctgaaatacacaaaaacaagATGATTCCGAAACTAACTCCAGGTGAAAATGCCCGTTTAAAAGCAATACTGTACCATTGCAACCAGGGTAATCTATTAAGTCACTGCCGTCCCCACAGTTGTCGATGCCTTTATCGTCTGCACAAACCAGACTCTTGGGGATACACTTCCCGTTGCGGCAGTTGAAGTAGGGCTCACCGCTGcactctgattggttaaaacCTGAAGACAAATATTTGAGTGTATTAGCAATCATCTATTTTTTAACTGTAATTGTTTTAAGAAGTATACGGTAGTACTACATTGTGATTACTTCATTacaatctcagaaataaaggtgcaaaaGCTGCACTGAGGCAATACTCTTTCAAAATGTAcaagtttgtattttttatatgctATTTaactttaaaggaatagttcaccctaaattgattattgtgtcattatttattcacccttcacttgtcccTTTAGTTTACTTCTTCTGTtcagcacaaaagaagatttttttgaaTAAGCTTGTAACAATAGactaccatagtatttgtttttcctactatggatgtatATTTCAGCTTTTATTAGAAATATCCCAC
>TCONS_00008840
ACTCAATTAACCCAGCTGGACGCACGGAAAGCATGTCCTAGGAACTGATAATTTAAAACTCACTGTCTACACTGGATACTTTAAACTATGTCCAACAAATTTATGACCTGaaacaacattttaattttataatgttgtttttgtttaacagCTCGCTTTCTCTAACATGCAGAAGGTCACCCTTCACACACAACTGGATCGATTATCGCTTCCGAGGATGTTTATGTTTGTTCACGCTTTGACTTAAGATTGTTTTGCAAAGAAGCCACGGTGTAACGTTAATGGAAAGTTCGAGAAGAAACTTATTTTGAAGGAAGAAGCCAACATTATTTGATCTGGTACAGCTGCTACATCAAAACAGAGCCATGTGCCAGCCACTGACAGGGGAAAGCTGCTGCTAATGTTAATGCATGTCCAACAAGCTCGTATTGTGTGGGTATAGAAGAAGACTGGATCGGTAACTCAGCATCATTGGAGAGCTTACCGGTCACAGAGTCTGGGTCAGGAATGGCTTTTGGAGTGGCGCAGTTCTTTAAAGTGGACACTGTCAGAGTGGGACCATTCAGCATTGGTGCCGGTTGGGTAGCATGGCGCTGTGGAGGATTGGGTGTAGACTGAGGAGctgaaatacacaaaaacaagATGATTCCGAAACTAACTCCAGGTGAAAATGCCCGTTTAAAAGCAATACTGTACCATTGCAACCAGGGTAATCTATTAAGTCACTGCCGTCCCCACAGTTGTCGATGCCTTTATCGTCTGCACAAACCAGACTCTTGGGGATACACTTCCCGTTGCGGCAGTTGAAGTAGGGCTCACCGCTGcactctgattggttaaaacCTGAAGACAAATATTTGAGTGTATTAGCAATCATCTATTTTTTAACTGTAATTGTTTTAAGAAGTATACGGTAGTACTACATTGTGATTACTTCATTacaatctcagaaataaaggtgcaaaaGCTGCACTGAGGCAATACTCTTTCAAAATGTAcaagtttgtattttttatatgctATTTaactttaaaggaatagttcaccctaaattgattattgtgtcattatttattcacccttcacttgtcccTTTAGTTTACTTCTTCTGTtcagcacaaaagaagatttttttgaaTAAGCTTGTAACAATAGactaccatagtatttgtttttcctactatggatgtatATTTCAGCTTTTATTAGAAATATCCCAC
>TCONS_00008161
CGCCCACTCAATTAACCCAGCTGGACGCACGGAAAGCATGTCCTAGGAACTGATAATTTAAAACTCACTGTCTACACTGGATACTTTAAACTATGTCCAACAAATTTATGACCTGaaacaacattttaattttataatgttgtttttgtttaacagCTCGCTTTCTCTAACATGCAGAAGGTCACCCTTCACACACAACTGGATCGATTATCGCTTCCGAGGATGTTTATGTTTGTTCACGCTTTGACTTAAGATTGTTTTGCAAAGAAGCCACGGTGTAACGTTAATGGAAAGTTCGAGAAGAAACTTATTTTGAAGGAAGAAGCCAACATTATTTGATCTGGTACAGCTGCTACATCAAAACAGAGCCATGTGCCAGCCACTGACAGGGGAAAGCTGCTGCTAATGTTAATGCATGTCCAACAAGCTCGTATTGTGTGGGTATAGAAGAAGACTGGATCGGTAACTCAGCATCATTGGAGAGCTTACCGGTCACAGAGTCTGGGTCAGGAATGGCTTTTGGAGTGGCGCAGTTCTTTAAAGTGGACACTGTCAGAGTGGGACCATTCAGCATTGGTGCCGGTTGGGTAGCATGGCGCTGTGGAGGATTGGGTGTAGACTGAGGAGctgaaatacacaaaaacaagATGATTCCGAAACTAACTCCAGGTGAAAATGCCCGTTTAAAAGCAATACTGTACCATTGCAACCAGGGTAATCTATTAAGTCACTGCCGTCCCCACAGTTGTCGATGCCTTTATCGTCTGCACAAACCAGACTCTTGGGGATACACTTCCCGTTGCGGCAGTTGAAGTAGGGCTCACCGCTGcactctgattggttaaaacCTGAAGACAAATATTTGAGTGTATTAGCAATCATCTATTTTTTAACTGTAATTGTTTTAAGAAGTATACGGTAGTACTACATTGTGATTACTTCATTacaatctcagaaataaaggtgcaaaaGCTGCACTGAGGCAATACTCTTTCAAAATGTAcaagtttgtattttttatatgctATTTaactttaaaggaatagttcaccctaaattgattattgtgtcattatttattcacccttcacttgtcccTTTAGTTTACTTCTTCTGTtcagcacaaaagaagatttttttgaaTAAGCTTGTAACAATAGactaccatagtatttgtttttcctactatggatgtatATTTCAGCTTTTATTAGAAATATCCCAC
>TCONS_00008843
CTCAATTAACCCAGCTGGACGCACGGAAAGCATGTCCTAGGAACTGATAATTTAAAACTCACTGTCTACACTGGATACTTTAAACTATGTCCAACAAATTTATGACCTGaaacaacattttaattttataatgttgtttttgtttaacagCTCGCTTTCTCTAACATGCAGAAGGTCACCCTTCACACACAACTGGATCGATTATCGCTTCCGAGGATGTTTATGTTTGTTCACGCTTTGACTTAAGATTGTTTTGCAAAGAAGCCACGGTGTAACGTTAATGGAAAGTTCGAGAAGAAACTTATTTTGAAGGAAGAAGCCAACATTATTTGATCTGGTACAGCTGCTACATCAAAACAGAGCCATGTGCCAGCCACTGACAGGGGAAAGCTGCTGCTAATGTTAATGCATGTCCAACAAGCTCGTATTGTGTGGGTATAGAAGAAGACTGGATCGGTAACTCAGTGTCTGACTGAACTGGTGTATGGATGCTGCAGTACAGCTGGTCAACATTCttaagaagaaagaaagaattgcTGAAAATGAACTGTGTTGATAATCTGTTCAGGCTTGACAGTGGTTTGCTGTGTGTCAATGTTAATACCTTGTTTTTCTCTAtattttcttgtttctgttttttattcACCACAATATCTGAAATGCAATGCAGAAGCACCATTTCAGAACATATTTCATTAGAacttttttggattttttataCAGTAGATTAAGCTTGTGTTTTCGCCTTTGACACTTTGCACAACAGAATCATCTTTTCTCACACTCATGTGTTATGATGAATGTAGTGTTTCTCTCACTTCTTCTATATAAGTGTACTGTGGTTGGCAGAGCGAGTCTTTAACACTTACATGCGTGCgtctaaaatgctgattttggTCTAGTGAGTAAATGTTGTCGCTGTTGTGTCTGCAGCAGTGGTTAGAATTTGTGAAACCACAGTgtgttttaataatatatcaaCTTTATTTACAACTCGTATGTGAACAGAATGAGGATGATGTGATCTTCGTAATAGAATGACTCTTTTGTAAATGAAAAAAGATTTCatcacttttctggacactctaagagctttacacatttttgggtttaatcatccacctggatgacacagcGAGACCACACACTACACACCAGTTGATTAgtagagaggagacagagtaaagccaattatgatatggggatggttaggaggccatgatggacagaggccactgggcaaatttggccagga

Function

GO:

id name namespace
GO:0008033 tRNA processing biological_process
GO:0008988 rRNA (adenine-N6-)-methyltransferase activity molecular_function

KEGG:

id description
ko03230 Viral genome structure
ko05164 Influenza A
ko03200 Viral proteins

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TCONS_00008841 False 1326 lncRNA 0.40 4 36484392 36687156
TCONS_00008840 False 1220 lncRNA 0.39 3 36484392 36687156
TCONS_00008161 False 1225 lncRNA 0.40 3 36484392 36687161
TCONS_00008843 True 1255 lncRNA 0.38 3 36582452 36687155

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
XLOC_004268 zbtb40 coding downstream 9268 36422233 ~ 36475124 (-)
XLOC_004267 psma5 coding downstream 133399 36342997 ~ 36350993 (-)
XLOC_004266 sort1a coding downstream 143203 36280523 ~ 36341189 (-)
XLOC_004265 nfya coding downstream 204728 36254284 ~ 36279664 (-)
XLOC_004264 NA coding downstream 237636 36242059 ~ 36246756 (-)
XLOC_004272 cacna2d3 coding upstream 1633 36688794 ~ 36765834 (-)
XLOC_004273 cacna1da coding upstream 106312 36793473 ~ 36964002 (-)
XLOC_004274 BX248521.2 coding upstream 323000 37010161 ~ 37015507 (-)
XLOC_004275 BX248521.1 coding upstream 351259 37038420 ~ 37044539 (-)
XLOC_004276 NA coding upstream 398459 37085620 ~ 37095534 (-)
XLOC_004063 CR854846.1 misc downstream 20356714 16127382 ~ 16127678 (-)
XLOC_004019 CR450764.8 misc downstream 23792701 12691395 ~ 12691691 (-)
XLOC_004015 CR450764.4 misc downstream 23862625 12621518 ~ 12621767 (-)
XLOC_004013 CABZ01022569.1 misc downstream 23893096 12590999 ~ 12591296 (-)
XLOC_004008 BX000700.19 misc downstream 23971130 12512966 ~ 12513262 (-)
XLOC_004257 NA non-coding downstream 742948 35578730 ~ 35741444 (-)
XLOC_004255 NA non-coding downstream 1042975 35438013 ~ 35441417 (-)
XLOC_004254 BX293991.1 non-coding downstream 1259253 35225022 ~ 35225139 (-)
XLOC_004249 NA non-coding downstream 1907286 34550847 ~ 34577106 (-)
XLOC_004278 CR352285.1 non-coding upstream 610340 37297501 ~ 37298097 (-)
XLOC_004279 CR352285.2 non-coding upstream 612210 37299371 ~ 37299485 (-)

Expression


Co-expression Network