XLOC_004395


Basic Information

Item Value
gene id XLOC_004395
gene name NA
gene type non-coding
species zebrafish (Danio rerio)
category of species model fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_007122.7
NCBI id CM002895.2
chromosome length 45484837
location 44601861 ~ 44603625 (-)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome

Sequence

>TCONS_00008879
ttttaatcGAACAGCTGTACAGATCAGTGTCTCTCATATCCTCTGTCCAGCTGTATACACAGCGGTCCGACTTCCCATCATGCAATGTGTAAACAATCAGTGTGATTTCCCATGTGTGTTGAGGAGGGTCTCGTCCAGATGTAAACGTCACATAAAATGGCCTGAATTGGGCTCTCAGCCCCAGAGCACCAGAAATACAGTGCGGATAACGATGATAtacttttaatatttacaataaacaaaagGAAAATCTTTGGTGTTTCATAAATcagataaaaatataattgtaattaatattttacctATAAAAAACTACtataaaatcatatttattaaaCTAACTAATCAACTAAAACTGCTCAACTGGATTCATGTTTTCAAGTTGTGGTTTTAAGTAGGGATGCATCAATACAGACATCctgatttatataaatattaatagtttCATCAGTGGATCATGTTtaacaattaaatgtaattaatttgtcattaattaaacaatataatataggCTATGTATCAGCATTATATACGCAGATGTCATATCAGCTGTTGAAATccaataatataaacaattgatattttttaaatattattaaaatggctcctaatataatacatatttactattttacctgctttaaaaaaacattcacattAAAGAATTTTATGAGCAAACAAAATTGAAATCTTAGGTGAAAACTATATATGTGAAGTAAAAATATGAGTAAGTATGGAAACTTGTTTCTGTCATGTAGACACATAAAAATGCAGAAATTTGACTTTGCTAATACCGTTGCAAAAGTCAGAACTGTGAGATATAAACTCAGTTCGCATGAGGCAGACATTGGAGATATAAACTTGTAATTGCGGAAAAAAGgagaattataaaatatactCATTCTGTGAAAAGTCAAAATTACGTAAAAATTAACTTACAGTTGCGAAAAGCCCGATTTCCTGAGAAAAAGGGGTAATTGTGAGATATTAATTTGTAATTGGAGAAAAGTCATAATTGCGAGATATAACTCGTAACTGAGAAAAAGTCAAAACTGCGAGATATAAACTCGTAATTGCGAAAAAAGTCAGAACTGCGAGATGTTAACTCGTAATtgtgaaaaaagtcagaattgcaagttataaCCTCATAATTAAgaaaaagtcaaaattgtaaGATATAAACTCGTAactgaaaaaaagtcaaaattgcgaGGTATAAACTCACAATTGCGAAAAAGTCTGAATTGCAACATAAACTCATAATTGCGAAAAAGTCAGAATAGCGACATATAAACTCACTGCATATAAGCttacaactgcaaaaaaaaaaaaaaagtcagaattgcgtaATATAAACTCGTAATTGACAAAGAGTcaggattgcaaaaaaaaaaatagttgcaaTATAAAAACTCATAATTGAAAAAAAACGTCAGAATTGCAAAATATAAA
>TCONS_00008880
acaaaatgtgttttaatcGAACAGCTGTACAGATCAGTGTCTCTCATATCCTCTGTCCAGCTGTATACACAGCGGTCCGACTTCCCATCATGCAATGTGTAAACAATCAGTGTGATTTCCCATGTGTGTTGAGGAGGGTCTCGTCCAGATGTAAACGTCACATAAAATGGCCTGAATTGGGCTCTCAGCCCCAGAGCACCAGAAATACAGTGCGGATAACGATGATAtacttttaatatttacaataaacaaaagGAAAATCTTTGGTGTTTCATAAATcagataaaaatataattgtaattaatattttacctATAAAAAACTACtataaaatcatatttattaaaCTAACTAATCAACTAAAACTGCTCAACTGGATTCATGTTTTCAAGTTGTGGTTTTAAGTAGGGATGCATCAATACAGACATCctgatttatataaatattaatagtttCATCAGTGGATCATGTTtaacaattaaatgtaattaatttgtcattaattaaacaatataatataggCTATGTATCAGCATTATATACGCAGATGTCATATCAGCTGTTGAAATccaataatataaacaattgatattttttaaatattattaaaatggctcctaatataatacatatttactattttacctgctttaaaaaaacattcacattAAAGAATTTTATGAGCAAACAAAATTGAAATCTTAGGTGAAAACTATATATGTGAAGTAAAAATATGAGTAAGTATGGAAACTTGTTTCTGTCATGTAGACACATAAAAATGCAGAAATTTGACTTTGCTAATACCGTTGCAAAAGTCAGAACTGTGAGATATAAACTCAGTTCGCATGAGGCAGACATTGGAGATATAAACTTGTAATTGCGGAAAAAAGgagaattataaaatatactCATTCTGTGAAAAGTCAAAATTACGTAAAAATTAACTTACAGTTGCGAAAAGCCCGATTTCCTGAGAAAAAGGGGTAATTGTGAGATATTAATTTGTAATTGGAGAAAAGTCATAATTGCGAGATATAACTCGTAACTGAGAAAAAGTCAAAACTGCGAGATATAAACTCGTAATTGCGAAAAAATCTGAATTGCAACATAAACTCATAATTGCGAAAAAGTCAGAATAGCGACATATAAACTCACTGCATATAAGCttacaactgcaaaaaaaaaaaaaaagtcagaattgcgtaATATAAACTCGTAATTGACAAAGAGTcaggattgcaaaaaaaaaaatagttgcaaTATAAAAACTCATAATTGAAAAAAAACGTCAGAATTGCAAAATATAAA
>TCONS_00008881
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Function

GO: NA

KEGG:

id description
ko03230 Viral genome structure
ko05164 Influenza A
ko03200 Viral proteins

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TCONS_00008879 False 1452 lncRNA 0.30 2 44601861 44603615
TCONS_00008880 False 1308 lncRNA 0.30 2 44601861 44603625
TCONS_00008881 True 1221 lncRNA 0.30 2 44602244 44603615

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
XLOC_004394 gpr137bb coding downstream 58779 44526892 ~ 44543082 (-)
XLOC_004393 NA coding downstream 76931 44522806 ~ 44524930 (-)
XLOC_004392 si:ch1073-365p7.2 coding downstream 102854 44491762 ~ 44499007 (-)
XLOC_004391 mfn1b coding downstream 116099 44452233 ~ 44485762 (-)
XLOC_004390 NA coding downstream 150201 44451240 ~ 44451660 (-)
XLOC_004396 tbce coding upstream 2102 44605727 ~ 44622478 (-)
XLOC_004397 tomm20b coding upstream 33891 44637516 ~ 44647315 (-)
XLOC_004398 NA coding upstream 113203 44716828 ~ 44722331 (-)
XLOC_004399 BX569779.1 coding upstream 147310 44750935 ~ 44756483 (-)
XLOC_004400 map1lc3c coding upstream 194431 44798056 ~ 44801968 (-)
XLOC_004063 CR854846.1 misc downstream 28474183 16127382 ~ 16127678 (-)
XLOC_004019 CR450764.8 misc downstream 31910170 12691395 ~ 12691691 (-)
XLOC_004015 CR450764.4 misc downstream 31980094 12621518 ~ 12621767 (-)
XLOC_004013 CABZ01022569.1 misc downstream 32010565 12590999 ~ 12591296 (-)
XLOC_004008 BX000700.19 misc downstream 32088599 12512966 ~ 12513262 (-)
XLOC_004389 NA non-coding downstream 151512 44447695 ~ 44450349 (-)
XLOC_004387 NA non-coding downstream 216112 44384814 ~ 44385749 (-)
XLOC_004381 FO704721.2 non-coding downstream 478403 44123327 ~ 44123458 (-)
XLOC_004401 NA non-coding upstream 248957 44852582 ~ 44858601 (-)

Expression


Co-expression Network