XLOC_000442


Basic Information

Item Value
gene id XLOC_000442
gene name NA
gene type non-coding
species zebrafish (Danio rerio)
category of species model fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_007112.7
NCBI id CM002885.2
chromosome length 59578282
location 38171857 ~ 38324035 (+)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome

Sequence

>TCONS_00003091
GTTGAGCTGGGGATTTAAAATAATGAGCGATTTCCATGGCTCCAGTAAACTTGAAGGCTTGCACCTCgaccaaaacagaaaaaataaacatcgCAGATGCAATAGAACAGAATAAGCGGTGGGAGCTACACTGTCCATTGCAGTTCCGGGCAGGCATCAGAAATGCCTTCATCATCCATGCAGCAGATCGTCATCCATGGTGCTGACTTGACTCCTTGGCTCTTCTTGAGTTCTCAGATGATACAAAACATCATTAATTGTACCAACATACGAAAAGGGGATTCTGTCAAGCACACAGCATTGTATGCTCGGGAAATCCACGAAGAGCAGATGTACAGCGCCATTAGCAGACAGCCATCTGACCTCAAAACATTTTAAACGTGCACttagacaaaaacaaacagaaatttttTGTGCATTTAGGATAAAGATATACCATTCATTGTtcattaatatttgtaatttgaGTATATTGTCATTTAATGTAATCTTTTccgtattgtttgtttttaaagcttaaattatcaaaactattatttgGCTTACTGCATGTCTGTAGACCCAGAGTGTTAAAAACTTTGCTCATTTCTATAGATTTCTATAaatataaacacagttatttttttattttataaaatcaaataaaatggatTGTAGTGGAATGTTGGTTCAGTTATATGGAATTTGTCATGgataatattttatgtttttttggcaTAGTATTCACTATAATCTGCATTTTAATCTTTGTGGTTTTCTTTAGACCATAGTTAGGCAGTCATTCAGTCATACTTTTAAGACCTGTCAGTTCATATAAAACaatcattttttattgtattaccaAA
>TCONS_00003093
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>TCONS_00000775
tagaaaaatacaaaaaaaaatatgtaaacaaataaaaaaaaagacaatacttAAACACCTGTTCTTTCACAGGAGCTACACTGTCCATTGCAGTTCCGGGCAGGCATCAGAAATGCCTTCATCATCCATGCAGCAGATCGTCATCCATGGTGCTGACTTGACTCCTTGGCTCTTCTTGAGTTCTCAGATGATACAAAACATCATTAATTGTACCAACATACGAAAAGGGGATTCTGTCAAGCACACAGCATTGTATGCTCGGGAAATCCACGAAGAGCAGATGTACAGCGCCATTAGCAGACAGCCATCTGACCTCAAAACATTTTAAACGTGCACttagacaaaaacaaacagaaatttttTGTGCATTTAGGATAAAGATATACCATTCATTGTtcattaatatttgtaatttgaGTATATTGTCATTTAATGTAATCTTTTccgtattgtttgtttttaaagcttaaattatcaaaactattatttgGCTTACTGCATGTCTGTAGACCCAGAGTGTTAAAAACTTTGCTCATTTCTATAGATTTCTATAaatataaacacagttatttttttattttataaaatcaaataaaatggatTGTAGTGGAATGTTGGTTCAGTTATATGGAATTTGTCATGgataatattttatgtttttttggcaTAGTATTCACTATAATCTGCATTTTAATCTTTGTGGTTTTCTTTAGACCATAGTTAGGCAGTCATTCAGTCATACTTTTAAGACCTGTCAGTTCATATAAAACaatcattttttattgtattaccaAAATGTAATGCAGACAGAAAACAAGGGTATATGGCCAAAACAGTGGAAGCATGGAAAATATCAACATacagagtttttatttatttatttatttatttatttatttatttatttatttatttatttatttatttatttatttatttatttatttaataataaacaattatatgttTTGGCAATGG
>TCONS_00000776
tagaaaaatacaaaaaaaaatatgtaaacaaataaaaaaaaagacaatacttAAACACCTGTTCTTTCACAGGAGCTACACTGTCCATTGCAGTTCCGGGCAGGCATCAGAAATGCCTTCATCATCCATGCAGCAGATCGTCATCCATGGTGCTGACTTGACTCCTTGGCTCTTCTTGAGTTCTCAGATGATACAAAACATCATTAATTGTACCAACATACGAAAAGGGGATTCTGTCAAGCACACAGCATTGTATGCTCGCTGTCCTCACCGCAGCCTGCTGTCCGCCATATCAAGCAGCTGGCCTTCAGAGTCACTAAGCCTCTGGTTTTTAGGGTATATGTGACATCAAGGCATCGGCGCAAAAGGCCTAATCACGTTAACATCCAGCACCAGACGCCCCGCTCATCTGACTAATCAAAGAGAAGGGCTCGTTCAGAAAGAAGAGAGCACTGTATGAGGTACTTCCTATCTGCAGCTCTTATCTGTTCATCCCTGTACAGCACCTAGGCAGTGTGCACTTAATGTGGCCTGGAATCACTCACTGGCATAAAAACACATTACCTGGAATGCTCGGTAATGGGGGAGGATTTGCATGACCGAGATATGGCTGCTTTTCTAAAGGCAACACAGCTGTAAATGGTTTTATAGCATGCatattgatcatttgcatttaaggTATTAAGTCATTAGGTGTTACATTAATGAATTATAATTCTACATTATAAGTCAACAGCTTtagataattatataaaaaacatatatagcgGTATGAGTGAAATAAACTATTTTACAGATTAGGTAGAGGTTTAGAAGTAGAGTcaaatgttcatatttgttttattctatacaTTTTTGAGGACATTTCTTcctaattttaaatattagaaaaaattccttcccttatttctttctttctttttttcttctttctttcttttttaagaacaaatacaattttaagaatgaaaaatgacagaaaaattcttattttataattaGAGCTAGCCATTACCtaattacacattttaaattatt

Function

GO:

id name namespace
GO:0044444 obsolete cytoplasmic part cellular_component

KEGG:

id description
ko03230 Viral genome structure
ko05164 Influenza A
ko03200 Viral proteins

Ensembl:

ensembl_id ENSDARG00000117649

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TCONS_00003091 False 845 lncRNA 0.34 4 38171857 38278251
TCONS_00003093 False 820 lncRNA 0.34 3 38262700 38278251
TCONS_00000775 False 978 lncRNA 0.29 2 38263693 38278434
TCONS_00000776 True 1038 lncRNA 0.37 2 38263693 38324035

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
XLOC_000441 galnt7 coding upstream 951 38142354 ~ 38170906 (+)
XLOC_000438 GALNTL6 coding upstream 39245 37752171 ~ 38132612 (+)
XLOC_000440 CT583668.1 coding upstream 175280 37996459 ~ 37996577 (+)
XLOC_000439 NA coding upstream 337465 37833347 ~ 37834392 (+)
XLOC_000437 si:dkey-6f10.4 coding upstream 467674 37701261 ~ 37704183 (+)
XLOC_000444 NA coding downstream 19285 38343320 ~ 38346108 (+)
XLOC_000445 cep44 coding downstream 38313 38362348 ~ 38374799 (+)
XLOC_000446 BX649481.1 coding downstream 341719 38665754 ~ 38753029 (+)
XLOC_000447 wdr17 coding downstream 434226 38758261 ~ 38803495 (+)
XLOC_000448 spcs3 coding downstream 494233 38818268 ~ 38822167 (+)
XLOC_000436 NA non-coding upstream 533490 37591258 ~ 37638367 (+)
XLOC_000432 FO704615.1 non-coding upstream 1048085 37123642 ~ 37123772 (+)
XLOC_000431 NA non-coding upstream 1205575 36966000 ~ 36966282 (+)
XLOC_000449 NA non-coding downstream 525594 38849629 ~ 39022832 (+)
XLOC_000451 NA non-coding downstream 709105 39033140 ~ 39033591 (+)
XLOC_000452 NA non-coding downstream 736402 39060437 ~ 39200709 (+)

Expression


Co-expression Network