XLOC_004436


Basic Information

Item Value
gene id XLOC_004436
gene name NA
gene type non-coding
species zebrafish (Danio rerio)
category of species model fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_007123.7
NCBI id CM002896.2
chromosome length 49182954
location 1074403 ~ 1078180 (+)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome

Sequence

>TCONS_00010863
gtaacaccaaCTATAGTacttgatctgttgtggcgattctagttgctatggtaacacaacaactaaagtactTGAGTTAATCTGTTGTGAcatttctacagttgctatggtaacagcaacTACAGTACTTGATCTGTTGTGccgattttacagttgctatggtaacacaccaaCAATAGTACttgatctgttgtggcaattctacagttgctatggtaacaccaactttagtaattgatctgttgtggcgattctacagttgctatggtaacacaacaactacagtactcgatctgttgtgattctacagttgctatggtgacataTTTAGTATAATTGACTGTATGAGGGATCTTTGTGCCATTGTGCATCGGCTCTTGCCCTGAAATCACAATCTAAATGTCAACATAACAGTCGAGCACGCTGCAACAACTGCTCAACAATAAACACCACAATGGTGTTATAAATCAAAATCTTACCAGACTCTACATTTTCCTGTACGCTGTCCAGTTTTAGGACCCAATAATGTCAGCGAGCACAGTGATGCGTGCCGTACATGTCAACGCCAAttacattcttcaaactatcaaTGCAATAGAAACGTAGTGAAAGCAAAAGAAGCGGCGGTCCACCCACAGCCATCTGCTCTGGAGACTCTGGCTCATTTCCACAGCATGAAGAACTTATTCGCTCGTCCTGCACTCAATTTATGCATGTTCTGCCGCTTTTGTTGCTGTTTATCCAAACAGCAGAGGGAAGCGTCTGTTCTTCTGCTCCGCTTTCATGTAACGGCAGTGGTAATGATTTTCTGCTTTGTATTTGTTTGGTTCCCTCCCTTAATTAATGCCTCTTTTATAATGAAAACAAAGAGGCCTTTGAGCTGCTGTCATTCAGAATCACTTCACTCTCTCCTCTGCTCTCCCTCGCCGTTTTTAGGCCTGCGTTACTTCAATAGTTACTGTAGATGCAACTCAAATAGTAGCTTGACTAGCATTAAAGACGTCAGGCGTTACTGCGTGTTCATTCATTCTACGGTTTAATTGCATGTAGCAAGACAAATCCATGATTGCATTTAAATAGCTGACAACAGAAATTGGTCTATTCTCACTCtgaaaaccaaacaaaaccaaacgaaaaacacacacttttatgCAAACAATAGTATAAAGAAAAAACATTCGATATCAAACTTGAAGTAAATCAGTAcgactttacagtaaggtttaaATCAGTGAGTTAAAATGAACTAACACTCCCGTAGAAAAATCTGATGCCATATGAACATGTAGATCAGATTATCGCTATTACATGTGAACATATACATGTTCGTAATTCTAACTAGTGAGGTTTGcacattttgaaatgtatttgcatatattgccatacTGCATATCAGACTTCTAGGGTCGAACAACACTCCTACATCATTTGTTCAACATTTATGCAATGGCAGTTTAATATCCAAAGGTGTGTCTAACAACAATTGTTGTTCAACATGTTTTACTAAACACAGTGTTTGTTCATTTCAACAAATAAACCTTATATTATCAGGAAATCTAAAGGTCGCAATTACCAGAAAAAAAGGAATGAAATGTCACGATAAAAAGTACAgaatgcatacactgtaaaaagcgattagttgactttgcatCAAAAGTCAGCAAACCCATTtcttaaagtgattagttgactaaaaAAATGGGTGTAAATCcaatgcttttaaagcgattagttgactttactttaaaaaaatgagtaaatccaatgcttttaaagcgattagttgactttactttaaaaaaatgagtaaatccaatgcttttaaagcgattagttgacttaaaaaggTGTGTAAACCcaatgcttttaaagcgattagttgactttactttaaaaaatgagtaaatccaatgcttttaaagcgattagttgacttaaaaaggTGTGTAAACCCAacgctttaaaagtgattagttgactttactttaaaaaatgagtaaatccaatgcttttaaagcgattagttgacttaaaaaggTGTGTAAACCCAacgctttaaaagtgattagttgactttgcatCAAAAGTTAGCAAACCCAATTCcttaagtgattagttgactaaaaaaatgtgagtaaacccaacgcttttaaagcgattagttgagtctGCTTAAAAAATCTGTGTAAACCCAacgcttttaaagcgattagttgagtctGCTTAAAAAATCTGTGTAAACCCAacgcttttaaagtgattagctgACTTTACTTAATGAAGTGgataaacctgctgcttttaaagcgattagttgagtttaatttaaaaagtgagtaaatccaatgtttttaaagcgattagttgactttatgtTGAAGAAAGtgggtaaacctgttgcttttgaaGCGATTATTTGAGTCTACTTTAAAAAGTTGAGTAAATCCAATGttttaaagggattagttgactttacttaaaaaagtgagtaaacctgttgcttttaaagccatttgTTGGGTCTACTTTAAaacgtgagtaaacctgttgcttttaaagggattagttgactttacttaaaaacatCAGTAAACCCAATGCATTTAAAGTAACTAATAGAGTCAGCTTTAAAAAGTAAACacaatgattttaaaatgattaattgaatatacttaaaaaagtgagtgaacccgttgttttaaaattatactTTAATTGAGCCATATgcataattacaaaaattaagtcaacttaaaaaGTTCCAAGTTATAACTGCTTTACTCTTATAGTCATAACTAACTAGTGAactaactaatcactttttacagtgtatcatgtGCATCAAATGTATCACGTTCAATCACCTCTGTCCCATAGTTCTCTGCATTTC

Function

GO: NA

KEGG:

id description
ko03230 Viral genome structure
ko05164 Influenza A
ko03200 Viral proteins

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TCONS_00010863 True 2890 lncRNA 0.35 2 1074403 1078180

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
XLOC_004435 si:ch1073-272o11.3 coding upstream 63987 1000323 ~ 1010416 (+)
XLOC_004434 NA coding upstream 170751 902588 ~ 903652 (+)
XLOC_004433 NA coding upstream 178760 892178 ~ 895643 (+)
XLOC_004432 wfikkn2b coding upstream 265960 804314 ~ 808443 (+)
XLOC_004431 abcc3 coding upstream 287595 695619 ~ 786808 (+)
XLOC_004437 lmf1 coding downstream 9083 1087263 ~ 1132683 (+)
XLOC_004438 RAB26 coding downstream 61510 1139690 ~ 1241565 (+)
XLOC_004439 pemt coding downstream 208462 1286642 ~ 1388444 (+)
XLOC_004440 rasd1 coding downstream 320224 1398404 ~ 1400009 (+)
XLOC_004441 cops3 coding downstream 376967 1455147 ~ 1467915 (+)
XLOC_004429 NA non-coding upstream 531393 542709 ~ 543010 (+)
XLOC_004426 CT737227.1 non-coding upstream 615108 410038 ~ 459295 (+)
XLOC_004422 NA non-coding upstream 785842 287433 ~ 288561 (+)
XLOC_004444 NA non-coding downstream 888493 1966673 ~ 2004160 (+)
XLOC_004450 NA non-coding downstream 1499840 2578020 ~ 2607032 (+)
XLOC_004456 NA non-coding downstream 1691385 2769565 ~ 2772390 (+)
XLOC_004469 NA non-coding downstream 2907899 3986079 ~ 3991423 (+)
XLOC_004471 NA non-coding downstream 3014272 4092452 ~ 4093573 (+)

Expression


Co-expression Network