XLOC_000449


Basic Information

Item Value
gene id XLOC_000449
gene name NA
gene type non-coding
species zebrafish (Danio rerio)
category of species model fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_007112.7
NCBI id CM002885.2
chromosome length 59578282
location 38849629 ~ 39022832 (+)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome

Sequence

>TCONS_00003095
CTGTGTTGGCTGCATGTTGAAATGTAAACCTCATCTTCATTCACCACTGCGAACAAGatTTCCAGGTTTATCTGATGTGCTGTGACATATACAGAAAATCTCATCGCGCTGCAGTTTTCATCCATCTCAGAATGTGCTGCTGCTCTGAACGCGACCAGCAGTTCAGGTGCACACAGTATGTGAGTAtatggaagagagagagagaaagagcatgTCTTGACAGCGCTTGACTGCTAAGAAGCAGGTAAGTGTGTGCCGATGGATGACTGGCGTTTGGGTGACTCTGGCACAGGTGTGACAGCCACGAGGAGTGGAACTGGCAAGACTGACATATCAGAGGCAGTTCAGAGCCAGCGTGTCACTAATAGGAAATCAACAAAGTCTTCCCTCAACTGGCTCTAAGTGACCAGCATAATTCAGCACTGGGacatgtaattttaatcattaatccCTAGGCAAGAGCTGGAAGTGTCCGGTCAAATATGTTGTGATGGGTCCTTGCACTTGTCAGGAGGCTGTGGGTATTTTCAGGGAAATTCTGCTAAGTGTGTAATTGTATGGCAGTGTTTTACCTTAGTAAACTGGTGGAGCCCTTTACTATAGAAATCCAATGGAGTGAGCATCTGTGATAAgtttaatattgtaattttacagtgatgagtttaatatatatttttattattggtttCATTAGTTTTCTATATTACCTTAATTGTCTTTAGTTATTTATTACTATAATTCTGGATTTGTTGTTAtgctttattaaataattttaaggttctatattgattaaaatgttgcttttataatattatttggtCATTTAAAATTCTTGTTATGCTTTATTTAGCACTGCATTGATTTAATTGttgtattaatactattattttttgttccttattttttaatgatcgcagttaattgcaattaaaagtTTATAGggtaattgtttaattaatgttaCAGTAAATGAATTCT
>TCONS_00000788
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>TCONS_00000789
TTACCATACCTTTGATAAGCAATAAGTGAAGaagagaatgaatgaaaattgttaGAAggttactttgtttattttattttattttattttattattatttttttgtttacgtGTTATAACTTCTAAAAACATTAAACTATAATGCCAGGGGTAAGCTGACAGTGCGGCAGGTACAGTAGGCTTACCTTTTATTTTGAGACTGCATTGCCGCTATCCTGATGCTCACGCTTTGATGCCACACACGTGCTCCTCGCTAACTTAACTTACGTAAACAAACATCAATCCCGCGGGCGAGAATTCGTATTTGTGGATGATTGTGAGTTAGCAACGATtatatttcagtatgtttatacaacaataaacatatttaaaatatgtttagagCTTGACATCTTGCATTCCTCATGTGCCAAACTTCATGACTTGTTGAAACTACACGAGGatTTCCAGGTTTATCTGATGTGCTGTGACATATACAGAAAATCTCATCGCGCTGCAGTTTTCATCCATCTCAGAATGTGCTGCTGCTCTGAACGCGACCAGCAGTTCAGGTGCACACAGTATGTGAGTAtatggaagagagagagagaaagagcatgTCTTGACAGCGCTTGACTGCTAAGAAGCAGGTAAGTGTGTGCCGATGGATGACTGGCGTTTGGGTGACTCTGGCACAGGTGTGACAGCCACGAGGAGTGGAACTGGCAAGACTGACATATCAGAGGCAGTTCAGAGCCAGCGTGTCACTAATAGGAAATCAACAAAGTCTTCCCTCAACTGGCTCTAAGTGACCAGCATAATTCAGCACTGGGacatgtaattttaatcattaatccCTAGGCAAGAGCTGGAAGTGTCCGGTCAAATATGTTGTGATGGGTCCTTGCACTTGTCAGGAGGCTGTGGGTATTTTCAGGGAAATTCTGCTAAGTGTGTAATTGTATGGCAGTGTTTTACCTTAGTAAACTGGTGGAGCCCTTTACTATAGAAATCCAATGGAGTGAGCATCTGTGATAAgtttaatattgtaattttacagtgatgagtttaatatatatttttattattggtttCATTAGTTTTCTATATTACCTTAATTGTCTTTAGTTATTTATTACTATAATTCTGGATTTGTTGTTAtgctttattaaataattttaaggttctatattgattaaaatgttgcttttataatattatttg
>TCONS_00000790
TTACCATACCTTTGATAAGCAATAAGTGAAGaagagaatgaatgaaaattgttaGAAggttactttgtttattttattttattttattttattattatttttttgtttacgtGTTATAACTTCTAAAAACATTAAACTATAATGCCAGGGGTAAGCTGACAGTGCGGCAGGTACAGTAGGCTTACCTTTTATTTTGAGACTGCATTGCCGCTATCCTGATGCTCACGCTTTGATGCCACACACGTGCTCCTCGCTAACTTAACTTACGTAAACAAACATCAATCCCGCGGGCGAGAATTCGTATTTGTGGATGATTGTGAGTTAGCAACGATtatatttcagtatgtttatacaacaataaacatatttaaaatatgtttagagCTTGACATCTTGCATTCCTCATGTGCCAAACTTCATGACTTGTTGAAACTACACGAGGatTTCCAGGTTTATCTGATGTGCTGTGACATATACAGAAAATCTCATCGCGCTGCAGTTTTCATCCATCTCAGAATGTGCTGCTGCTCTGAACGCGACCAGCAGTTCAGGTGCACACAGTATGTGAGTAtatggaagagagagagagaaagagcatgTCTTGACAGCGCTTGACTGCTAAGAAGCAGAATTGATCTGCTGAAGGAGCCGATATGCTGGCTGTAAATTATTCACACGGTGCATGACTCTCAGCGCAGAATGCACTATGGAAAACTCAGTCTTAGCCGGGGCTCGGCCGAGCAGCACCAGCGAACGCCGTCAACCCTCCAGCCTCTACCCCCCACCTCCATCCCTCTGACATCCACCCAGAGAGAGCAGCCATGATGTGGTCAAACAGCATAACATATGACCCTAAGGGAAGGCCAGAGGCGATGCAGCCTGCCTTCTCTATTTCACCCTCTCTTTCTTGCACCTACTGTACACATGCGCTGGTCAGGCAGAC
>TCONS_00003096
CTTACCTTTTATTTTGAGACTGCATTGCCGCTATCCTGATGCTCACGCTTTGATGCCACACACGTGCTCCTCGCTAACTTAACTTACGTAAACAAACATCAATCCCGCGGGCGAGAATTCGTATTTGTGGATGATTGTGAGTTAGCAACGATtatatttcagtatgtttatacaacaataaacatatttaaaatatgtttagagCTTGACATCTTGCATTCCTCATGTGCCAAACTTCATGACTTGTTGAAACTACACGAGGatTTCCAGGTTTATCTGATGTGCTGTGACATATACAGAAAATCTCATCGCGCTGCAGTTTTCATCCATCTCAGAATGTGCTGCTGCTCTGAACCCAGCAGTTCAGGTGCACACAGTATGTGAGTAtatggaagagagagagagaaagagcatgTCTTGACAGCGCTTGACTGCTAAGAAGCAGGTAAGTGTGTGCCGATGGATGACTGGCGTTTGGGTGACTCTGGCACAGGTGTGACAGCCACGAGGAGTGGAACTGGCAAGACTGACATATCAGAGGCAGTTCAGAGCCAGCGTGTCACTAATAGGAAATCAACAAAGTCTTCCCTCAACTGGCTCTAAGTGACCAGCATAATTCAGCACTGGGacatgtaattttaatcattaatccCTAGGCAAGAGCTGGAAGTGTCCGGTCAAATATGTTGTGATGGGTCCTTGCACTTGTCAGGAGGCTGTGGGTATTTTCAGGGAAATTCTGCTAAGTGTGTAATTGTATGGCAGTGTTTTACCTTAGTAAACTGGTGGAGCCCTTTACTATAGAAATCCAATGGAGTGAGCATCTGTGATAAgtttaatattgtaattttacagtgatgagtttaatatatatttttattattggtttCATTAGTTTTCTATATTACCTTAATTGTCTTTAGTTATTTATTACTATAATTCTGGATTTGTTGTTAtgctttattaaataattttaaggttctatattgattaaaatgttgcttttataatattatttggtCATTTAAAATTCTTGTTATGCTTTATTTAGCACTGCATTGATTTAATTGttgtattaatactattattttttgttccttattttttaatgatcgcagttaattgcaattaaaagtTTATAGggtaattgtttaattaatgttaCAGTAAATGAATTCT

Function

GO:

id name namespace
GO:0098534 centriole assembly biological_process
GO:0031023 microtubule organizing center organization biological_process
GO:0007098 centrosome cycle biological_process
GO:0007099 centriole replication biological_process

KEGG:

id description
ko03230 Viral genome structure
ko05164 Influenza A
ko03200 Viral proteins

Ensembl:

ensembl_id ENSDARG00000117532

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TCONS_00003095 False 978 lncRNA 0.37 3 38849629 39021860
TCONS_00000788 False 621 lncRNA 0.37 3 38928636 38995761
TCONS_00000789 False 1203 lncRNA 0.37 3 38928636 39021700
TCONS_00000790 False 943 lncRNA 0.43 4 38928636 39022832
TCONS_00003096 True 1179 lncRNA 0.37 3 38928816 39021860

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
XLOC_000448 spcs3 coding upstream 27462 38818268 ~ 38822167 (+)
XLOC_000447 wdr17 coding upstream 46134 38758261 ~ 38803495 (+)
XLOC_000446 BX649481.1 coding upstream 96600 38665754 ~ 38753029 (+)
XLOC_000445 cep44 coding upstream 474830 38362348 ~ 38374799 (+)
XLOC_000444 NA coding upstream 503521 38343320 ~ 38346108 (+)
XLOC_000451 NA coding downstream 10308 39033140 ~ 39033591 (+)
XLOC_000452 NA coding downstream 37605 39060437 ~ 39200709 (+)
XLOC_000453 tenm3 coding downstream 365044 39387876 ~ 39779913 (+)
XLOC_000454 BX322797.1 coding downstream 490909 39513741 ~ 39513857 (+)
XLOC_000455 BX324208.1 coding downstream 587001 39609833 ~ 39609950 (+)
XLOC_000442 NA non-coding upstream 525594 38171857 ~ 38324035 (+)
XLOC_000443 NA non-coding upstream 662435 38183799 ~ 38187194 (+)
XLOC_000440 CT583668.1 non-coding upstream 853052 37996459 ~ 37996577 (+)
XLOC_000456 CU929244.1 non-coding downstream 814824 39837656 ~ 39837783 (+)

Expression


Co-expression Network