XLOC_004501 (SLC35G1)


Basic Information

Item Value
gene id XLOC_004501
gene name SLC35G1
gene type coding
species zebrafish (Danio rerio)
category of species model fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_007123.7
NCBI id CM002896.2
chromosome length 49182954
location 5209822 ~ 5224777 (+)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome

Sequence

>TCONS_00008982
CTCTAGCGGCAGAATGACGCAAACGCCGTTTCTTTGTACAAGGTTAATTATTTAACTTGTTGCTCGGTAAGGTACCATTCCTACCCGAAGGCAACCGTGTGTCAAGACGCGTGGTCAAGGTATGCCCGGCAGCTGCTCTCCTCTGTCATGGGTGATATTAGACAGCGCAATGGCTCTGTGAGTAATAATGACACAGATTTATCTGTTGTCCCTTATACAGCAGACGACATCAGGGTGCTTTGTCATAAAGTTGAAGATGGGAAGGTTGGGGAGGAATTTGAGATGCGAACTCTATCAGAAGTGCCGGATGGGGACGCTGGGGAGTCCCGACCGGTCAACCGCGGTGCTTTTTACCGGGTTTGTTTGCCGGCTTGCTGTAAAAGAAGCGACACTCACCGTGACGAGGATGAAGATGATGGTGAGGAGGACACGGGGGAAAACACCGTTCAGAAAGAAAAGCAGCCGTCATGTCCGGGGCTGGGCCTCATGTACAGCTTGTTAGCGTCTGTCTTCTTCTCCATTGCGGCTCTTCTTGTGAAGAAAATGGAGGGGATGCACGCCATCCAAATCAGTGCCATTCGCTGCTTCTTCCAGATGCTGTTTGTCTTGCCAGCCATGATATATTACAAAACTGGCTTTTTGGGACCAAGAGGTATGCGAATCTACCTGTTCCTCCGTGGCTTTCTAGGCTCCAATGCCATGATCTTGTTGTATTACGCAGTTCTTCAAATGCCTCTGGCTGATGCCACAGTTATAATGTTCAGCAATCCAGTCTTTACAGCCTTGCTGGCGTGGATTTTCCTCAAAGAGCGATGCACGATATGGGACGTGGTCTTCACTGTGTTTACACTCACCGGCGTCATTCTGATAGCCAGACCACCATTCCTGTTCGGCGGCGAGTTGTCAGGGATTGAAGGGGATTATAGCAGTCACATCAAGGGCACAGTGGCCGCCTTTTCTGGAGCGGTCGGAGCAGCTTGCACTATGGTCATTCTGAGAAAAATCGGGAAAAGGGTTCACTACTTCCTCTCCGTATGGTACTATGCAGTTCTGGGACTCATCGAATGTGTCGTTGTCCTGTTCATCTTGGACGAGTGGACTATTCCGTCCTGCGGCTGGGATAGATGGACGCTCATGGCCATCGGGGTGCTCGGCATAGCCGGACAGGCCTTTCTTACCAAAGCACTGCAGATCGAGAAGGCAGGACCAGTTGCACTTATGAGGACGATGGATGTGGTGCTGGCCTTCGTCCTGCAGTTCCTCTTCCTCAACCGCAAGCCAACATGGTGGAGTTTAGGAGGAGCGCTGTGTGTGATCAGCAGCACCAGTGGAGTGGCCTTAAGGAAGTGGTATAACAGCACAAGACAGAAGAGCTGATCATGCACACTATAGGGAGGTGAAGATCCATTTTATATATGTTTGCTACAGATAACTGCTGCGTTAGATACCAAAGAGGCTTTTCACTGTTATCAtatacagctatggaaaaaaaaaacaatgaggcTACTAGAGATATTCTCTATTTCTCTGGGTGTGCTGTTGGATTTAATTATTCTAAATGTTGATAAAATGTTGATCGTTGTTTTGTCCTGTAATTTTCACAGCAGATAGCGCTAGCTTTTCGTTTTTAACAGATGGGGCTCCAGCCTAGgggttaacagcagatggcgctctaggctaatgtttaacagcaaatggcactAGCAAATAGCACTCTTGCttatttttaaacagcagatggtactttaggctagttcttaacagcagatggcgcaagcagatgacgctctaggctagtttttaacagcaaatggcgctcCAGCTTAGtggttaacagcagatggtgctctaggctagtgtttaacagcagatgggctagtttttaacagcagatgatgctcaaggctagtttttaacagcagatgatgctctcggctagtgtttaacagcagatgggctagtttttaacagcagatgatgctcaaggctagtttttaacagcagatggtgctctaggctagtgtttaacagcagatggcgaaaGCAAATTgcaatctaggctagtttttaacagcagatgatgctctaagctagtttttaacagcagatgacgctctaggctactgtttaacagcagatgatgctctaggctagtttttaacagtagatgatgctctaggctactGTTTAACAGTATATGGCGCTCTGGGCTAGGTTTTAACAGcacatggtgctctaggctactgtttaacagcagatggcgctctaggctactgTTTATCTGCAGATCatgctcaaggctagtttttaccagcagatgatgctctaggctagtttgtaataGCAGATTATGCTCTtggctagtttgtaacagcagatggcactaacATATGGTGCTCTGGGCTAGGTTTtagcagcagatggcactctagactactgtttaacagcagatgggctagtttttaacagcagatgatgctcaaggctagtttttaacagcagatgatgctcttggctagtttgtaacagcagatgtcACTAACATTTGGTGCTCTGGGCTAGGTTTTAATGccagatgacactctaggctagtgtttaacagaagatgacactctaggctagtgtttaacagaagatggGACTCAAGGATAGTGTTTAACACCTGACGGGGCTCTAGgatattttttaacagcagatggcgctctaggatactgtttaacagcagatggggctctaggatagtttataacagcagatgccgCTTTAGAATCATTTTTAACAGCTGATAGAGCTCTATGAcagtttttaacagctgatggtgctctaggatagtttttaacacctgatggcgctctaggatagtgtttttaacagcagatggggctctaggatagtgtttttaacagcagatggggctctaggatactgtttaacagcagatggggctctaggatagtttataacagcagatgccgctctaggaTCGTTTTTAACAGCTGATAGAACTCTTTGACAGTTTTTAACAGCCgatggtgctctaggatagtttttaacaccTGATCGTGCTCTAGGATAgtatttttaacaacagatggggctctaggatagtttttaacagcagatggcgctctaggatacTGTTTAACAGTAGATGGGGCTCTAGGAtactgtttaacagcagatggggctctaggatactgtttaacagcagatggcactagaAAATAGTGCTctcggctagtttttaacagcagatatctAGCAAATAAAGATGAGCGATGAAGATGAGCGCTTGTGCTTTAgatcatgtactgtatgtgttttaagtgtaaaaaaaagtactgtaggagttttcatttcaaatgacagtattttaattttagatttgaAAGAAATGATATCAGacctttacaaaataaaacaattattaacatttttttcaaacacaCAGCTATAGTAAATCCAGTACATCCAGAGAATCTGAGAATTCTTGTATTTTAGGACCTCACTGTATGCAGTATGTACAATAAATGACAGTATTTTAGTAGTTTTATAGAACACAGATATTCCTAACCCAACTGAGGGCTGTTAGTCAAGACTACAGATATTTTTCAATGGAGATAATAATGCTGTTAAGACAGCACTGCTTTATAAAGATTATAGCAGACCACTTATAAATAGACTGCTGGTCAGACACTTATGAGTGTACAAATCAGCAAAAATGTCAACTttgtcatttactcaacctccTGGCATATTTGTTTCCTTCTGTAGAGCATGAAAGGAAATATTTTGTCCTTAAGTCCTTTTTTTCACTAATGTTTTGTGTCCATTTCATTATGAATATTATCTGACTTTTCAGggtttaaagggattgttcacccaaaaacaacaattctgttttcat
>TCONS_00008983
cgcccacccacttacttccctaaaccctcAACCGatgcagtattattattatattcgtCCACAGAAAAGCAGCCGTCATGTCCGGGGCTGGGCCTCATGTACAGCTTGTTAGCGTCTGTCTTCTTCTCCATTGCGGCTCTTCTTGTGAAGAAAATGGAGGGGATGCACGCCATCCAAATCAGTGCCATTCGCTGCTTCTTCCAGATGCTGTTTGTCTTGCCAGCCATGATATATTACAAAACTGGCTTTTTGGGACCAAGAGGTATGCGAATCTACCTGTTCCTCCGTGGCTTTCTAGGCTCCAATGCCATGATCTTGTTGTATTACGCAGTTCTTCAAATGCCTCTGGCTGATGCCACAGTTATAATGTTCAGCAATCCAGTCTTTACAGCCTTGCTGGCGTGGATTTTCCTCAAAGAGCGATGCACGATATGGGACGTGGTCTTCACTGTGTTTACACTCACCGGCGTCATTCTGATAGCCAGACCACCATTCCTGTTCGGCGGCGAGTTGTCAGGGATTGAAGGGGATTATAGCAGTCACATCAAGGGCACAGTGGCCGCCTTTTCTGGAGCGGTCGGAGCAGCTTGCACTATGGTCATTCTGAGAAAAATCGGGAAAAGGGTTCACTACTTCCTCTCCGTATGGTACTATGCAGTTCTGGGACTCATCGAATGTGTCGTTGTCCTGTTCATCTTGGACGAGTGGACTATTCCGTCCTGCGGCTGGGATAGATGGACGCTCATGGCCATCGGGGTGCTCGGCATAGCCGGACAGGCCTTTCTTACCAAAGCACTGCAGATCGAGAAGGCAGGACCAGTTGCACTTATGAGGACGATGGATGTGGTGCTGGCCTTCGTCCTGCAGTTCCTCTTCCTCAACCGCAAGCCAACATGGTGGAGTTTAGGAGGAGCGCTGTGTGTGATCAGCAGCACCAGTGGAGTGGCCTTAAGGAAGTGGTATAACAGCACAAGACAGAAGAGCTGA

Function

symbol description
slc35g1 Involved in calcium ion export across plasma membrane and regulation of cytosolic calcium ion concentration. Located in endoplasmic reticulum membrane and plasma membrane.

GO: NA

KEGG: NA

Ensembl:

ensembl_id ENSDARG00000063268

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TCONS_00008982 False 3907 mRNA 0.43 3 5209822 5224777
TCONS_00008983 True 987 mRNA 0.51 3 5215795 5222247

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
XLOC_004500 lgi1b coding upstream 5193 5189776 ~ 5204629 (+)
XLOC_004499 pde6c coding upstream 55723 5129245 ~ 5154099 (+)
XLOC_004498 cep55l coding upstream 96433 5102670 ~ 5113389 (+)
XLOC_004496 prrt2 coding upstream 114048 5081759 ~ 5095774 (+)
XLOC_004497 AL929469.3 coding upstream 119892 5089815 ~ 5089930 (+)
XLOC_004502 plce1 coding downstream 26870 5251647 ~ 5398578 (+)
XLOC_004503 drd6b coding downstream 233685 5458462 ~ 5460203 (+)
XLOC_004504 ace coding downstream 305470 5530247 ~ 5582060 (+)
XLOC_004505 dlx3b coding downstream 483623 5708400 ~ 5711920 (+)
XLOC_004506 LO017821.1 coding downstream 551076 5775853 ~ 5810279 (+)
XLOC_004495 AL929469.1 non-coding upstream 148125 5061567 ~ 5061697 (+)
XLOC_004494 AL929469.2 non-coding upstream 152466 5057221 ~ 5057356 (+)
XLOC_004493 AL929469.4 non-coding upstream 157244 5052443 ~ 5052578 (+)
XLOC_004492 AL929469.5 non-coding upstream 158125 5051562 ~ 5051697 (+)
XLOC_004512 NA non-coding downstream 919928 6144705 ~ 6152579 (+)
XLOC_004513 NA non-coding downstream 924230 6149007 ~ 6153121 (+)
XLOC_004514 NA non-coding downstream 932186 6156963 ~ 6171928 (+)
XLOC_004515 NA non-coding downstream 970393 6195170 ~ 6451609 (+)
XLOC_004517 CU184911.1 non-coding downstream 1483352 6708129 ~ 6708243 (+)

Expression


Co-expression Network