LOC120555765


Basic Information

Item Value
gene id LOC120555765
gene name NA
gene type non-coding
species eurasian perch (Perca fluviatilis)
category of species economic fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_053112.1
NCBI id CM020909.1
chromosome length 48724115
location 23566760 ~ 23571034 (-)
genome version GENO_Pfluv_1.0_2020_eurasian_perch_Genome

Sequence

>TU9616
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>XR_005638754.1
TATTCTATTCAACTCTGTTCTATTCTCGAGGTCATGCTCCACTTTTAGTGCCAGTGGTGACGCTCTCATATGGCTTCAGTCAGCTGCTTCATGTTGGCAAGAAGCCCACTATAATTCCGGAAATTGGGCGATTttcttatcaaaataaaataaatgacctGATGCTTTGTGCTGAAGgaactatttatttatcttaATAGCAACTGTAACTTTTTACGTGGTGTATTTTGGCGTCACAATTATTCTTCCATGCACATTTCTACTCGCGTAGGCATTTTGTTCCTGAAATATATCTTGTATTTGTTGTAGAATAgaacaattttatttttacgGGTTGGACCCCAAGCGATGTTTGATGTAGGTTAACTTGACGCCAAATATCAATGTCCGACTTTGTACTTGATAGGAACAAGCTCGGCTTCTCCTAAACACATTTCATGACTCCAGCAACAACAGGATGGACGTGGATCATCACATTAACATCTGACAGCTGTCGGTTCCTGTTGCACTGcagaatctgagttttctgatCTCACAAGACCAAATGTCAGCTGTGAAGCCAGTTCAGTACAGGACCAAGTTTATTGCTGCTGAAATGACGTCAGCGTGTGTTGGAGGAGTCAGTCGGTCGACTAtagagcagagggagaggaatatAAAGACCATTTGTCTTTAAGGTAGAAAGACACTTACAGTTAATGTGGCCAAAAAGCAGCGGATGCGGCTGGCGTCCAGCTGCGGCCGGCCTTCTCAATGGTCTCTCCCACTATGAAAGCACTGGTGGATGCTGTATGGGCGGTGTGGAGCATCGGGGCCTCCATTTATGACTACATCCACACCAATGCTATGGAGGAGCGCATCCATGCTCTGGAGGACGTCATCACCATCCACCAGTGTGTGATTGGACTTCTGTCCGCAGGCGTATTGGTACTCTTTAGCTACATCCTTTTCAAGAAGATCTGAAGATGTATGAAGGGGTGGGCTGTGGGTGACATGGGGGAGGTGGACTGACCAGAATCAAACATTCGTGTCCAGCGTGGTAAAGCAAACACTGACCAGATAAACAAAGGGGAATTTTTACGCGTTGGGTACATCAGACCAGCACATTAGAGCTAGAGGGTATTAATAGCCAGGGGTGTAGCACAAAATTTTGAACCATTTACataggcattctctatgggcccctccccacatcctcagctattcattctagtaACTTTGTGGGCGCTCCTCAAATGAGGATATACTCAGTCCCTTTCCCCACCTTcttttaaatttgtatttatGAAAATGAATGGCTTTACTTCTAAAAAGGATTCATTGTTCTCCCCCAAAATGTTATCTTTTACAGGCCTCTGACGAAGCAATTAGACCATCATGGGATATTGTGAGTCAGCAGCTCATCACAAGTTTTGTTGGCTGAAGCTGTTgactaaaatatgtttttatattttcttagGTTTGTTCTCTGATACAAAATCACCCAGTGTCAGCAGAACAGACACTCCATTATATCAGCAGTAAACTGGCCAATTTGCAATTTGTTTTGAATAGCCCAAGTAGCTGAATGTATCAGATGGCCGTATGAGTCTGGGAATTGCCTCAACATAGTAAGTCACAAATATTCTAAAGGGATCTttattgaaaataatcattCGCGATTACTTTTGCCTTAACGCATTTGATGCTCGATTTGATTTtactcaatctctctctctgtgttatcATGTTTTCACTAATTTCCTTTAAAGCCTGACTGAGATATAAGGAGAAGCTAATTCCCATGAAACTAGTGTTGAGTGCAGAGGTACTTGTATATCTCAAGGATTGTTGATAGTGTAATTTCTATAAATATTTCAATTTATATCATACTTAATTGATATACATGGTTCTCTTATGAACATCTCTTACAATGAATAAGAGACCATTAAGTAGGGTTGCAACCCCTTTACATTGTCCAAGCCTGCAAGAATTTTAAAACTTTTGTATCTGTTTCAGATGAGTATTATCTATATAATCGGACTGAAAGTGCAACTTCATGATCCATTTATATAATGGTTTTTAAATTAACGTCTTGTTATATCTCATAGCTGTTCCATTACTGTAGGTGCCACTGCAGGcacacaagacatttgaagtgtccttaaaaaataattgtaaataGATTTAGATGTTtatggatagtttttttttagctggcCATTGTAACATTTCATAGATGTTCAACTATCCCATAACAGTACTGCTGCtgcttaatgtttttttttaaaggcaacaTTTTGTACCATGAAAGGCGGGAATCTAAATGAGATGATTCTTGTACTGTCTGCAAACActgtttcaaagtgtgaaatgaGAATTTTAGAGGATAaaggatgtttttgtcacagtAACTTAAATTTAACTTCACTAACCTGCTAAGAAAACTGTTCATTGAAAACTATTGCCGTGTGAATCTGAAGTATCTCGGAGGGACCACAGAAGAGAACACCCCAGAATGAAAgatgtttcaatgttttattataacagCATCAAAGTTTGTCTTctcaaaatgcaaaataaatgtggaaTTTAATAAAACTGGACATCCTTACAATACTA

Function

GO: NA

KEGG: NA

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TU9616 False 2853 lncRNA 0.51 2 23566760 23570673
TU9617 False 2837 lncRNA 0.40 2 23566760 23570673
TU9618 True 3018 lncRNA 0.41 3 23566760 23570673
XR_005638748.1 False 2573 lncRNA 0.39 3 23567560 23571028
XR_005638749.1 False 2412 lncRNA 0.39 2 23567560 23571032
XR_005638750.1 False 2389 lncRNA 0.39 2 23567560 23571025
XR_005638753.1 False 2595 lncRNA 0.39 3 23567560 23571033
XR_005638754.1 False 2601 lncRNA 0.39 3 23567560 23571034

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
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rhot1b LOC103373013,LOC101484650,LOC100702459,LOC102784702,LOC102202739 coding downstream 42598 23508785 ~ 23524162 (-)
rhbdl3 rhbdl3,LOC102785192 coding downstream 64901 23438831 ~ 23501859 (-)
LOC120555782 NA coding upstream 79589 23650623 ~ 23656256 (-)
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lyl1 LOC105910150 coding upstream 520633 24091667 ~ 24096223 (-)
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G6995 NA non-coding downstream 58200 23508274 ~ 23508560 (-)
G6993 NA non-coding downstream 137615 23427512 ~ 23429145 (-)
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G6947 LOC104947985,LOC103354881 non-coding downstream 312884 23250195 ~ 23253876 (-)
LOC120556418 NA non-coding downstream 430985 23130454 ~ 23135775 (-)
G7067 NA non-coding upstream 5894 23576928 ~ 23577129 (-)
G7069 NA non-coding upstream 13166 23584200 ~ 23584522 (-)
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G6943 NA other downstream 324470 23213856 ~ 23242290 (-)
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LOC120556502 LOC104944681,LOC103364456 other downstream 1231177 22328519 ~ 22335583 (-)
G7065 NA other upstream 1671 23572705 ~ 23573049 (-)
LOC120557242 NA other upstream 140793 23711827 ~ 23720750 (-)
si:ch211-207j7.2 NA other upstream 163330 23734364 ~ 23746031 (-)
G7071 NA other upstream 180992 23752026 ~ 23768841 (-)
palm3 NA other upstream 201822 23772856 ~ 23811021 (-)

Expression


Co-expression Network