stx3a (stx3,stx2,LOC103390944,LOC106516362,LOC103147491,LOC107376692)
Chromosome Information
Item |
Value |
chromosome id |
NC_053121.1 |
NCBI id |
CM020918.1
|
chromosome length |
40300294 |
location |
21448800 ~ 21468827 (+) |
genome version |
GENO_Pfluv_1.0_2020_eurasian_perch_Genome |
Sequence
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CGTGAGCCAGAAAAGTGCGTTTTAGAATGATTACACGGAGAGACAGATTATACAGCTCTACACAACTGTTGTTTTAATCCCCTGGGCGAGGAGATTTagcaaagaaaaaacactgGCTTTAAACCCAGCAGCCATATTGTATGGAAAAACGACGGAAAGACTCCTCTTTTCAGAAAGGTCGTGTTCTCAGACACATCTCTGTCAAGACTTTTCGGGActttaattgttttttcttACTGGCGGCGGTGGGTTTCTTTCGGACATCTAGTTTGCCAGCTGGTTGAGGAATTCCGAGATTGGGACTagtttttgaaccatttaaaACAATATTGTGCTAATCTATTTGGTTTAAAGGTGTTAAATTAACTGTGTAAAACATGAAGGACCGATTGGAGCAACTTAAAGCGACATGTGATCAAGATGATGACGAGGTGGAGATTGCTATGGACAACGCAGCCTTCATGGACGAATTCTTCTGTCAGatTGAGGACATCAGGAGCAGTATTGATAAAATTGATGAGAACGTGGCGGAAGTCAAAAAGCTTTTCTCGGTCATCCTGTCTGCTCCCACATCAGATCAGAAAACACAGGATGATTTGGAGGCAATCACCAATGACATAAAGAAGATGGCCAACAATGCAAGAAACAAACTCAAGaCCATTGAGAGGAATCTGGAggcagaggagcaggagagggtGTCGGCTGACATGCGAATACGTAAATCACAGCATGCAGTGCTGTCCAGGAAGTTTGTGGAGGTAATGACAAAGTATAATGAAGCCCAGGTGGACTTCAGGGAGAGGAGTAAAGGACGTATTCAGAGACAACTAGAGATCACTGGAAAAGCAACAACAGATGAGGAACTGGAGGAGATGTTGGAGAGTGGCAATGCTGCTGTGTTTACTGCAgggATTGTGGATGCTGGGGTCTCTAAACAAGCCCTGAGTGAGATTGAAGCCAGACACAAAGACATTGTCCGTCTGGAAAGTAGCATCAAGGAGCTGCATGATATGTTTGTAGACATTGCAATGCTGGTGGAGAGCCAGGGTGGAATGATTGACAGGATTGAGAGCAACATGGACCAGTCAGTGGGCTTTGTGGAGCGGGCCGTAGCAGACACTAAAAAAGCTGCAAAGTTTCAGCAAGAAGCTCGTCGTAAAAAGATGATGATTACATTGTGCTGTTCCATCATTGGAATCGTTGTGTTCTCCTATATCTACAGCTTCTTCTCATGAAAGGTTTTACACAGGTAAAACACCTGCATCGGCCTTTAACACTATGAATTCAGTTCTTTCACGTTGTGTTGaaataatgtcatattttttgtctgtgttgtttaaaggGAAGAGACAAACAAAGTTTCCTGAGGTGCTCCCCAGTTTTACCCTGACcaatatttgaatgttttcaaatgtaataaagtagcctatattcaaaaaagattttaaaaaaaaacataacatcccTGTGCACTTAACCTTTTATTAATCATttgaatttaaattattttctcGCTGTATACAGTGTTTGAAAATGTGTTATAAATGTGTAGATTTTTCTCAGTCTGCCTGTTCATAACCAGATGGCTCAACATGTGACTTATAATCATTTTGGACCACTCTGATCGACTGTAGTCTACCGCCCCCTGGTGGTGCATAGAAGgagtcatatttatttattatcaggAAATTATTTCAAAGGAACTTCGTAAAAATGCATGAAGATGATTAAGCTTGTTTTTGTTTGCTGTTTTTGGCTCTAAAAGACCATTCATGATCATAAACCTAATTGTGCTCTGTTAAAAAATATCCAATTAAGTAGTATTTTCTGACTTATTTTTTTCGTCATAATTTGAATAAATTGTGTGtgattttgttgtgtgtgaTCTGTCTGTATGCGTCTGCTGAAATGCTTGATGGTCTTTTCTGCCACTCGCTCACTGGCTGTGTCAACCCAGAAAAGCCTGTTATGTAATAAAAGATTTCTGTGCGTTGTACCAAG
>XR_005640584.1
TGAGCCAGAAAAGTGCGTTTTAGAATGATTACACGGAGAGACAGATTATACAGCTCTACACAACTGTTGTTTTAATCCCCTGGGCGAGGAGATTTagcaaagaaaaaacactgGCTTTAAACCCAGCAGCCATATTGTATGGAAAAACGACGGAAAGACTCCTCTTTTCAGAAAGGTCGTGTTCTCAGACACATCTCTGTCAAGACTTTTCGGGActttaattgttttttcttACTGGCGGCGGTGGGTTTCTTTCGGACATCTAGTTTGCCAGCTGGTTGAGGAATTCCGAGATTGGGACTagtttttgaaccatttaaaACAATATTGTGCTAATCTATTTGGTTTAAAGGTGTTAAATTAACTGTGTAAAACATGAAGGACCGATTGGAGCAACTTAAAGCGACATGTGATCAAGATGATGACGAGGTGGAGATTGCTATGGACAACGCAGCCTTCATGGACGAATTCTTCTGTCAGatTGAGGACATCAGGAGCAGTATTGATAAAATTGATGAGAACGTGGCGGAAGTCAAAAAGCTTTTCTCGGTCATCCTGTCTGCTCCCACATCAGATCAGAAAACACAGGATGATTTGGAGGCAATCACCAATGACATAAAGAAGATGGCCAACAATGCAAGAAACAAACTCAAGaCCATTGAGAGGAATCTGGAggcagaggagcaggagagggtGTCGGCTGACATGCGAATACGTAAATCACAGCATGCAGTGCTGTCCAGGAAGTTTGTGGAGGTAATGACAAAGTATAATGAAGCCCAGGTGGACTTCAGGGAGAGGAGTAAAGGACGTATTCAGAGACAACTAGAGATCACTGGAAAAGCAACAACAGATGAGGAACTGGAGGAGATGTTGGAGAGTGGCAATGCTGCTGTGTTTACTGCAgggATTGTGGATGCTGGGGTCTCTAAACAAGCCCTGAGTGAGATTGAAGCCAGACACAAAGACATTGTCCGTCTGGAAAGTAGCATCAAGGAGCTGCATGATATGTTTGTAGACATTGCAATGCTGGTGGAGAGCCAGCTCCATGCCTTCCTTACTCCTCTCTTTACTCTCTTCTGCCACTGCCACCTCCATCTCATCACCCAATtgtaaaatgtacaaataaagcATCATTATAGACATGAGAGCAGACTTCACACTAGAATGTATACAAACACATATTGTTGATTAGtcagtcactgtgtgtgtatgcttacATAAGTCTAACCACATATTTCTTACTGCTTAAACCATGCTTTCTGAGGGAAAGGCTTGTTTGAGgGTGACATAGTTGACAACATAGAGCAGAATGTATCCAAGTCAGTGGACCACATAACAGTGGCTAAGGAACAGACCAAAAAAGCTGTAAggcatcagaccaaagcacgcAAGG
Function
symbol |
description |
stx3
|
Predicted to enable SNAP receptor activity; SNARE binding activity; and arachidonic acid binding activity. Involved in several processes, including positive regulation of cell adhesion; positive regulation of cellular protein localization; and positive regulation of chemotaxis. Located in several cellular components, including apical plasma membrane; lamellipodium; and secretory granule.
|
stx2
|
Enables identical protein binding activity and structural molecule activity. Involved in cellular response to oxidative stress and cornified envelope assembly. Located in basolateral plasma membrane; extracellular space; and lamellipodium. Part of protein-containing complex.
|
NR:
description |
syntaxin-3-like isoform X2 |
GO:
id |
name |
namespace |
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|
intracellular protein transport |
biological_process |
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|
vesicle-mediated transport |
biological_process |
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|
neurotransmitter transport |
biological_process |
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|
integral component of membrane |
cellular_component |
GO:0005484
|
SNAP receptor activity |
molecular_function |
KEGG:
id |
description |
K08486
|
STX1B_2_3; syntaxin 1B/2/3 |
RNA
Neighbor
gene id |
symbol |
gene type |
direction |
distance |
location |
ran |
ran
|
coding |
upstream |
2074 |
21443557 ~ 21446726 (+) |
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|
coding |
upstream |
5912 |
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rad9a |
rad9a
|
coding |
upstream |
19298 |
21423052 ~ 21429502 (+) |
p2rx3a |
p2rx3
|
coding |
upstream |
33176 |
21406885 ~ 21415624 (+) |
ssrp1a |
ssrp1
|
coding |
upstream |
47620 |
21382727 ~ 21401180 (+) |
kdm2ab |
NA
|
coding |
downstream |
256 |
21469083 ~ 21485421 (+) |
ankrd13d |
ankrd13d
|
coding |
downstream |
16806 |
21485633 ~ 21494051 (+) |
LOC120566710 |
NA
|
coding |
downstream |
42580 |
21511407 ~ 21517692 (+) |
LOC120566709 |
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|
coding |
downstream |
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LOC120567432 |
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|
coding |
downstream |
76164 |
21544991 ~ 21562298 (+) |
G106851 |
NA
|
non-coding |
upstream |
1704 |
21446882 ~ 21447096 (+) |
G106712 |
LOC103354767
|
non-coding |
upstream |
243424 |
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G106709 |
ctnnd1
|
non-coding |
upstream |
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G106708 |
NA
|
non-coding |
upstream |
252146 |
21196179 ~ 21196654 (+) |
G106707 |
NA
|
non-coding |
upstream |
253951 |
21193066 ~ 21194849 (+) |
G106972 |
NA
|
non-coding |
downstream |
292171 |
21760998 ~ 21761444 (+) |
G106975 |
NA
|
non-coding |
downstream |
294540 |
21763367 ~ 21763641 (+) |
G106992 |
NA
|
non-coding |
downstream |
374835 |
21843662 ~ 21843950 (+) |
G107025 |
LOC104954424,LOC103390732
|
non-coding |
downstream |
862185 |
22331012 ~ 22378340 (+) |
LOC120566464 |
NA
|
non-coding |
downstream |
921526 |
22390353 ~ 22397051 (+) |
zdhhc5b |
zdhhc5
|
other |
upstream |
97822 |
21289531 ~ 21350978 (+) |
selenoh |
selenoh
|
other |
upstream |
165571 |
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hrh2a |
LOC103354784,LOC104948895
|
other |
upstream |
501385 |
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G106465 |
LOC104955902
|
other |
upstream |
1096633 |
20351721 ~ 20352167 (+) |
LOC120566323 |
LOC102781894,LOC101481808
|
other |
upstream |
1387462 |
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G107163 |
LOC103356264
|
other |
downstream |
1393363 |
22862190 ~ 22865676 (+) |
ubxn1 |
ubxn1,LOC103374193
|
other |
downstream |
1434928 |
22903755 ~ 22909562 (+) |
rom1b |
rom1,LOC102779683
|
other |
downstream |
1481768 |
22950595 ~ 22997038 (+) |
G107168 |
NA
|
other |
downstream |
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flrt1b |
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|
other |
downstream |
1631198 |
23100025 ~ 23132685 (+) |
Expression