G127747


Basic Information

Item Value
gene id G127747
gene name NA
gene type non-coding
species eurasian perch (Perca fluviatilis)
category of species economic fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_053123.1
NCBI id CM020920.1
chromosome length 39440604
location 28892663 ~ 28895512 (+)
genome version GENO_Pfluv_1.0_2020_eurasian_perch_Genome

Sequence

>TU171842
gacttgtctaactctgggggttatggtgaataagctaaattcccaataagtcggcgtgttcctttttaaatgcacaCTGATTGAACAAATGCTTGTAAATCAGACGGTTAGGCTGTGCTCAGATTACAGGTGTTATGAAATCGCCTCAAACTATATTATCACGCCTGTTGTTCTCACGTCTTCCCTTCTCTCTGTAAAGTTGATGTCTTGTAGTCCATCAGGACCTAGCTTGCACATTTAGATCTGCCTTTCCCTGATCTCAGCTGTCCTAACCCATTCCAATTTAAATTTGTTAATATCAATGAGTTTTGCATTATCAACCAGAACCTCCTTTAATCTGAGCTCAGCCTTAGCAAGTGAGTCAGTcagcaacataaaaaaaacaatttggatAAACTTGATTTAACAGACTCGGTCAGATTTGCAGTCAGTCCGTTAGGTAATTGTTTGATAGCTATTAAACCACGCAGCTAATCGGGCTACAATGAACTCTGTCTGAAGGAAGGTGATCATCAATTTGCTAGTCAATAAATCAGTCACTTGTTTGTCATCTTAACGGCTGGTTCAGTCACTTTGTTAGTTCGTTATTAAAGGTGTGTGTCCACTCAAAGCATCTTTAAATGATCAGAGAAGCCCTGGGAACAAGTGCCTGAAAAAACGTAACGCTCAAACTGCTCACAGGTGTGTGGTGACATCGTGCCGCGCTGACACCCTCGACTGTAACTTCTGTGATGTCAACCGCTAGCTTTCTGACATTTTGAAGCCTGGAGTTTAGGTTTACCATTCACACACTGCCATCTTTGTTAAATACTGCAGCCAGTGATGTCTGGatttgggcaaaaaaaaaaaagaaggaagccCGGGAGGAGCTGATGTGGGACAACAAGCAGCAGCTAATGGGTGCTACTCTATCGCCACCCAGTGGAAGTATCAAAAAAAGACACTGGGACCGACAGCCCTGAGGCCTCAGGAACTGAACAGGAGTCTCCTGTAAAGATCTTTACAGTTGCTCTTTCCTCATTAGCTCCCATATCCAGTTCTAATTCTTTATTTCATGCTTGGGGTAATTTCAATGTTTTGCCTCTGTTTCTGCTGTTGTAAACAATACCATTGTTGTAACTTTAAGCTCCAGCCTCCTCTACTGTGATAGGTATTTAAACAAGTGATAAACACCCGAGCCCGTTTGGAATTTTTTAGCCACATTTCAACCAGATTTAGAGTTGAAATCAATGAGTCAATCAACTGATTAGTTAACCCACAGGAAGTTAATCTGCAACACATTTTATAATTGTCTAAGTTTttaagcaaaaaacaaaaacgtcaaTACTGGTTACAGCATCTCAAATATTTCCATTTGCTGGTTTTCTTAGTCACTGTGAAAGTGAAGTGAAATCTTTTTGGGTTTTAGACAAAATGATGATTTTTTATATGTCAGCCTGGGATCTGGGAAGAAACTGCTTTCTGAGCCCACTGACATTAACATTGAGTGCTGTGCCAGGAGACAGTTGCAACAAGCACTCTAAAAGCAGTGGGCACTTAGAGAGAGATGCTTAATGGATACACCCTGAGCCACTTTGGGAATTAGCTATCTAGTAAGTCCGTACATAACGTCAGATAGGGATGATTCTTGTTTTTAGTTTGTCAGTGAGTActcgcacacatacacatagtatGTTTCAGCGGGGCGAATACATCCGATTTAGATGGCTAGATAGACCAGTCGGTTAAATAGTTAGCTAGTCCGCTGCTCCATCCAAGCATCCTTCCTTCCACGCTAAAAAACGGTGTCCTGATCAGCTGTTAAAAGCTttctaaatagttttttttttttattttatgtgcaGCTGAACCTAGGCCTGTTTCTACCTTGCTGTTTTTATCTCTGTTGCAGTCGGTTCAAATTATCTGCATAACGTCACCACCAGTGCAACAGCACAGATGCCAAAAAAAGGTGATATTTACTACTCCAGGTTTGAATTTTAACGTGcaattgtttctgtttttcaagTACTcctatttaatttgaatgtataATTATTATGGTTACAAAATGATTTCAATTAGTTTTAACATCAAATGTGTTTTGTGATGTTGTTGGAGGGGAGAGAAGTACTCCCTACGTCCACTGCCCTGCAGGAAAATAGTCCCTAGGCCTCCCACATCATGGTGTATTTCAGAGACACTCGAGATCAACATACAGTTTAAAACTGATCAATGTCTTGCTCAATGGCACCCAGCAGCGCACATGGCTGCTGCTATCGGTGTCAAACCTGCTgttgcatttaaaataaatgaggaaatgagtcAAA
>TU171844
cgctagctaagcctagcacagatcctggaggtaaccggttccaactagcctactgctcccaataagtgacaaaataacgccaacatgttcctgtttacatttgtgatttgtatagtcacagggtgtacaaataacaaggtccctatgcttttactatctagtaattgttgactctattactccaactctgagccaactccaggcgaactctctgctcctcaccacagggcttcaggtgctgctagcaaatcactccgcccaagtagcagaagtagcagcgCTTCGTCTTTCTCAGAATATAGtccccagtttgtatacggttagaagacggctgtgtctcatgtgaccttgttatttgga
>TU171845
gccaacatgttcctgtttacatttgtgatttgtatagtcacagggtgtacaaataacaaggtccctatgcttttactatctagtaattgttgactctattactccaactctgagccaactccaggcgaactctctgctcctcaccacagggcttcaggtgctgctagcaaatcactccgcccaagtagcagaagtagcagcgCTTCGTCTTTCTCAGAATATAGtccccagtttgtatacggttagaagacggctgtgtctcatgtgaccttgttatttggacaccctgtgactctacaaatcacaacatgtaaacaggaacatgttggcattattttgtcacttaactcggagcagtaggctagttggagccggttacctccaggatctgtgctaggctaagctagcgctgggggcgttggacagagttacgacacgcacggagatgagaagggtatgtatggacttgtctaactctgggggttatggtgaataagctaaattcccaataagtcggcgtgttcctttttaaatgcacaCTGATTGAACAAATGCTTGTAAATCAGACGGTTAGGCTGTGCTCAGATTACAGGTGTTATGAAATCGCCTCAAACTATATTATCACGCCTGTTGTTCTCACGTCTTCCCTTCTCTCTGTAAAGTTGATGTCTTGTAGTCCATCAGGACCTAGCTTGCACATTTAGATCTGCCTTTCCCTGATCTCAGCTGTCCTAACCCATTCCAATTTAAATTTGTTAATATCAATGAGTTTTGCATTATCAACCAGAACCTCCTTTAATCTGAGCTCAGCCTTAGCAAGTGAGTCAGTcagcaacataaaaaaaacaatttggatAAACTTGATTTAACAGACTCGGTCAGATTTGCAGTCAGTCCGTTAGGTAATTGTTTGATAGCTATTAAACCACGCAGCTAATCGGGCTACAATGAACTCTGTCTGAAGGAAGGTGATCATCAATTTGCTAGTCAATAAATCAGTCACTTGTTTGTCATCTTAACGGCTGGTTCAGTCACTTTGTTAGTTCGTTATTAAAGGTGTGTGTCCACTCAAAGCATCTTTAAATGATCAGAGAAGCCCTGGGAACAAGTGCCTGAAAAAACGTAACGCTCAAACTGCTCACAGGTGTGTGGTGACATCGTGCCGCGCTGACACCCTCGACTGTAACTTCTGTGATGTCAACCGCTAGCTTTCTGACATTTTGAAGCCTGGAGTTTAGGTTTACCATTCACACACTGCCATCTTTGTTAAATACTGCAGCCAGTGATGTCTGGatttgggcaaaaaaaaaaaagaaggaagccCGGGAGGAGCTGATGTGGGACAACAAGCAGCAGCTAATGGGTGCTACTCTATCGCCACCCAGTGGAAGTATCAAAAAAAGACACTGGGACCGACAGCCCTGAGGCCTCAGGAACTGAACAGGAGTCTCCTGTAAAGATCTTTACAGTTGCTCTTTCCTCATTAGCTCCCATATCCAGTTCTAATTCTTTATTTCATGCTTGGGGTAATTTCAATGTTTTGCCTCTGTTTCTGCTGTTGTAAACAATACCATTGTTGTAACTTTAAGCTCCAGCCTCCTCTACTGTGATAGGTATTTAAACAAGTGATAAACACCCGAGCCCGTTTGGAATTTTTTAGCCACATTTCAACCAGATTTAGAGTTGAAATCAATGAGTCAATCAACTGATTAGTTAACCCACAGGAAGTTAATCTGCAACACATTTTATAATTGTCTAAGTTTttaagcaaaaaacaaaaacgtcaaTACTGGTTACAGCATCTCAAATATTTCCATTTGCTGGTTTTCTTAGTCACTGTGAAAGTGAAGTGAAATCTTTTTGGGTTTTAGACAAAATGATGATTTTTTATATGTCAGCCTGGGATCTGGGAAGAAACTGCTTTCTGAGCCCACTGACATTAACATTGAGTGCTGTGCCAGGAGACAGTTGCAACAAGCACTCTAAAAGCAGTGGGCACTTAGAGAGAGATGCTTAATGGATACACCCTGAGCCACTTTGGGAATTAGCTATCTAGTAAGTCCGTACATAACGTCAGATAGGGATGATTCTTGTTTTTAGTTTGTCAGTGAGTActcgcacacatacacatagtatGTTTCAGCGGGGCGAATACATCCGATTTAGATGGCTAGATAGACCAGTCGGTTAAATAGTTAGCTAGTCCGCTGCTCCATCCAAGCATCCTTCCTTCCACGCTAAAAAACGGTGTCCTGATCAGCTGTTAAAAGCTttctaaatagttttttttttttattttatgtgcaGCTGAACCTAGGCCTGTTTCTACCTTGCTGTTTTTATCTCTGTTGCAGTCGGTTCAAATTATCTGCATAACGTCACCACCAGTGCAACAGCACAGATGCCAAAAAAAGGTGATATTTACTACTCCAGGTTTGAATTTTAACGTGcaattgtttctgtttttcaagTACTcctatttaatttgaatgtataATTATTATGGTTACAAAATGATTTCAATTAGTTTTAACATCAAATGTGTTTTGTGATGTTGTTGGAGGGGAGAGAAGTACTCCCTACGTCCACTGCCCTGCAGGAAAATAGTCCCTAGGCCTCCCACATCATGGTGTATTTCAGAGACACTCGAGATCAACATACAGTTTAAAACTGATCAATGTCTTGCTCAATGGCACCCAGCAGCGCACATGGCTGCTGCTATCGGTGTCAAACCTGCTgttgcatttaaaataaatgaggaaatgagtcAAA
>TU171846
gccaacatgttcctgtttacatttgtgatttgtatagtcacagggtgtacaaataacaaggtccctatgcttttactatctagtaattgttgactctattactccaactctgagccaactccaggcgaactctctgctcctcaccacagggcttcaggtgctgctagcaaatcactccgcccaagtagcagaagtagcagcgCTTCGTCTTTCTCAGAATATAGtccccagtttgtatacggttagaagacggctgtgtctcatgtgaccttgttatttggacaccctgtgactctacaaatcacaacatgtaaaca

Function

NR:

description
zinc finger homeobox protein 3

GO: NA

KEGG: NA

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TU171842 False 2309 lncRNA 0.41 1 28893204 28895512
TU171844 False 360 lncRNA 0.46 1 28892663 28893022
TU171845 True 2772 lncRNA 0.42 1 28892741 28895512
TU171846 False 317 lncRNA 0.44 1 28892741 28893057

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
raph1a LOC103372763,LOC102310239 coding upstream 43 28804244 ~ 28892620 (+)
LOC120570350 NA coding upstream 155105 28735598 ~ 28737558 (+)
LOC120570124 NA coding upstream 183781 28707542 ~ 28708882 (+)
LOC120570328 NA coding upstream 281179 28609691 ~ 28611484 (+)
LOC120570107 NA coding upstream 395061 28492168 ~ 28497602 (+)
LOC120569951 LOC104957843,LOC103367760,LOC105922114,LOC103149907 coding downstream 410314 29305826 ~ 29307000 (+)
LOC120569953 LOC107102032,LOC105922254,LOC104957841,LOC105922255 coding downstream 414842 29310354 ~ 29311230 (+)
LOC120569955 LOC108238847,LOC106534872 coding downstream 420564 29316076 ~ 29316987 (+)
LOC120569959 LOC101464856 coding downstream 450501 29346013 ~ 29346913 (+)
LOC120569956 LOC103391627,LOC102200884,LOC106675571,LOC103149914,LOC106933244 coding downstream 453796 29349308 ~ 29350179 (+)
LOC120570261 NA non-coding upstream 179138 28712431 ~ 28713525 (+)
G127701 NA non-coding upstream 358491 28533943 ~ 28534172 (+)
G127665 NA non-coding upstream 507021 28385417 ~ 28385642 (+)
G127623 NA non-coding upstream 548865 28343492 ~ 28343798 (+)
G127613 NA non-coding upstream 664213 28228096 ~ 28228450 (+)
G127762 NA non-coding downstream 20460 28915972 ~ 28916196 (+)
G127784 NA non-coding downstream 42639 28938151 ~ 28938490 (+)
G127806 NA non-coding downstream 89188 28984700 ~ 29044221 (+)
G127805 NA non-coding downstream 183219 29078731 ~ 29084660 (+)
G127872 NA non-coding downstream 397468 29292980 ~ 29293558 (+)
prkag3b prkag3,LOC103374929,LOC105937223,LOC107101406 other upstream 482824 28388643 ~ 28409839 (+)
LOC120569906 NA other upstream 2175266 26713350 ~ 26717397 (+)
zmym2 zmym2 other upstream 2408575 26449443 ~ 26484088 (+)
mphosph8 mphosph8 other upstream 2453378 26411477 ~ 26439285 (+)
G127165 LOC100691947,LOC102776592,LOC101469272,LOC102213137 other upstream 2762784 26116988 ~ 26129879 (+)
G127814 itgb5 other downstream 133390 29028902 ~ 29041224 (+)
LOC120569952 LOC103367759,LOC104957842,LOC103482036,LOC106947595,LOC102235455,LOC102799479,LOC101465930,LOC102199775 other downstream 400972 29296484 ~ 29299361 (+)
G127932 LOC103367765,LOC102202048,LOC100700231 other downstream 563632 29459144 ~ 29459978 (+)
G127935 LOC103149918,LOC106933234,LOC104960782,LOC104932527,LOC108238793,LOC103482149,LOC105920790 other downstream 571632 29467144 ~ 29474550 (+)
G127938 LOC100695514,LOC102778272,LOC103367768,LOC104960783 other downstream 580600 29476112 ~ 29478950 (+)

Expression


Co-expression Network