LOC120569635 (rbms1,LOC104955249)


Basic Information

Item Value
gene id LOC120569635
gene name rbms1,LOC104955249
gene type coding
species eurasian perch (Perca fluviatilis)
category of species economic fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_053123.1
NCBI id CM020920.1
chromosome length 39440604
location 16288239 ~ 16305884 (-)
genome version GENO_Pfluv_1.0_2020_eurasian_perch_Genome

Sequence

>XM_039817596.1
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>XM_039817597.1
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Function

symbol description
rbms1 Enables RNA binding activity. Predicted to be involved in RNA processing. Located in cytosol.

NR:

description
PREDICTED: RNA-binding motif, single-stranded-interacting protein 1-like isoform X1

GO: NA

KEGG:

id description
K24990 RBMS; RNA-binding motif, single-stranded-interacting protein

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
XM_039817596.1 False 3785 mRNA 0.40 13 16288239 16305884
XM_039817597.1 False 2279 mRNA 0.44 14 16288239 16305884
XM_039817598.1 True 3911 mRNA 0.40 14 16288239 16305884

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
cd302 cd302 coding downstream 2974 16280938 ~ 16285265 (-)
LOC120570585 NA coding downstream 12676 16223335 ~ 16275563 (-)
LOC120570319 ccdc148,LOC102793443 coding downstream 274085 15981374 ~ 16014154 (-)
LOC120570317 acvr1 coding downstream 318270 15944863 ~ 15969969 (-)
LOC120570316 acvr1c coding downstream 346928 15920603 ~ 15941311 (-)
ifih1 NA coding upstream 84157 16390041 ~ 16401166 (-)
LOC120570230 kcnh7 coding upstream 97678 16403562 ~ 16443170 (-)
fign fign coding upstream 186478 16492362 ~ 16515624 (-)
grb14 grb14 coding upstream 256858 16562742 ~ 16596820 (-)
LOC120569755 NA coding upstream 291037 16596921 ~ 16605484 (-)
G124324 NA non-coding downstream 7361 16280584 ~ 16280878 (-)
G124304 NA non-coding downstream 185884 16102156 ~ 16102355 (-)
LOC120569338 NA non-coding downstream 386550 15864532 ~ 15901689 (-)
G124146 NA non-coding downstream 783527 15502748 ~ 15504712 (-)
G124136 NA non-coding downstream 812091 15475258 ~ 15476148 (-)
G124346 NA non-coding upstream 16601 16322485 ~ 16322657 (-)
G124350 NA non-coding upstream 39404 16345288 ~ 16357884 (-)
G124366 NA non-coding upstream 95874 16401758 ~ 16402030 (-)
G124382 NA non-coding upstream 181946 16487830 ~ 16488496 (-)
LOC120569756 NA non-coding upstream 316059 16621943 ~ 16622411 (-)
LOC120570587 LOC100705152,LOC102292123,LOC101476258 other downstream 65503 16207690 ~ 16222736 (-)
G124303 dapl1 other downstream 186646 16099278 ~ 16101593 (-)
G123960 NA other downstream 1294450 14984485 ~ 14993789 (-)
G123886 NA other downstream 1493742 14784561 ~ 14794497 (-)
ikzf2 ikzf2 other downstream 2086510 14175814 ~ 14201729 (-)
gcgb gcg other upstream 72604 16378488 ~ 16380765 (-)
LOC120570068 LOC103362129,LOC101485094 other upstream 75366 16381250 ~ 16389894 (-)
fastkd1 fastkd1,LOC102780871 other upstream 729489 17035373 ~ 17042372 (-)
LOC120569287 LOC103391581,LOC104924425,LOC103375901 other upstream 1807226 18113110 ~ 18115097 (-)
prkra prkra other upstream 1850848 18156732 ~ 18163749 (-)

Expression


Co-expression Network