slc33a1 (slc33a1)


Basic Information

Item Value
gene id slc33a1
gene name slc33a1
gene type misc
species eurasian perch (Perca fluviatilis)
category of species economic fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_053113.1
NCBI id CM020910.1
chromosome length 48524041
location 23802515 ~ 23809452 (-)
genome version GENO_Pfluv_1.0_2020_eurasian_perch_Genome

Sequence

>TU26115
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>XM_039790980.1
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>XM_039790981.1
ACGTCGCACACGCCGCACTTCCTGGTTCTTCCGTGTTGATGTTCACAGATGTAACCTGGTTTAAGTCAAACGCTGTTTGAGTTCCGTTTTTCTTATTTGGCATGCAGTCATCATCACCAGATTTTCTGAGGGCACAACAGGTTTGATGCCCACTTCTCCAACATGGAGCTCTCAGATTTGATGACACACAAGAACGGGCGGCATAGGAAGATGGCGGGTGCCACCAACCAACCTGAAAACATGAGGTACATGGACAAAGAAGAGAAGAGCTCCTCTGAACCAGAAGTAGAAGAGGAAGCAGAGGGTCTTATCAGAGGGTCAGACTCTGAGGACAGGAGGCACAGAGTCCGGCCTGGGATCCGTGGCGAGTTGGGGAACGTGTTGCTTCTTCTGTTCCTGTACGTGCTGCAAGGGATTCCTCTGGGACTGGCTGGTAGCATCCCTCTGATCTTACAGAGTAAGAGCGTCAGCTACAAAGACCAAGCCTTCTTCAGCTTTGTCTTCTGGCCATTTAGTCTCAAGCTTCTCTGGGCGCCTCTGGTGGATGCTCTCTACTTTAGCAGGTTTGGTAGAAGAAAGTCATGGCTGGTGCCCACACAGTTCCTGCTGGGCCTCTTCATGCTCTACCTTTCTGGGACGGTCGATTCCCTGCTGCAGAGTGAGGGAGGACCGAAGGTGGTAACACTTACTGCCGTCTTTTTTATGCTTGAGTTCCTGGCAGCCACACAGGACATAGCTGTGGACGGCTGGGCCCTGACTATGTTATCCAGAGAGAATGTGGGATATGCGTCTACATGCAACTCTGTGGGCCAGACAGCTGGATACTTCCTGGGGAATGTACTCTTTCTGGCTCTAGAGTCTGCAAACTTCTGTAACAAATACCTCAGAGTAGTGCCCAAGGACACAGGCATCGTCACCTTGTCAGACTTCTTGTTTTTTTGGGGAGTGGTGTTCCTGGTGTCCACGACTTTGGTAGCCATCATTAAAAGGGAAAATGAGCAGGGCAAAGGAAAGAGGAGAGTCCATGAGGAGACCGAGGGCGTCATGGAAACCTACAAGCTGCTGTTCTCTATCATCAAGATGCCCACTGTCTTCACCTTTTGTGCCCTGCTTCTCACCGCTAAAATTGGCTTCTCTGCAGCAGATGCAGTGACGGGTCTGAAGCTGGTGGAGGCTGGAGTTCCAAAGGAGCAGCTGGCATTGCTGGCAGTGCCCATGGTGCCTCTGCAGATCCTACTACCTGTGATCATCAGTAAATACACAGCAGGGCCCAGACCTCTGGATGTCTTCTACAAGGCCTTCCCTTTTAGGTTGCTAATAGGACTGCTGTACGCTCTGCTGGTGTGGTGGACCCCCAGTGTGAAAGAAGAAGGAGGGTTCCCTGTTTACTACTATGGCATTGTGCTGCTTAGCTACGCATTGCATCAGGTGGCGTTGTACAGTATGTACGTGGCCTGCATGGCCTTCCATGCCAAAGTGAGTGACCCCCTCATCGGCGGGACCTACATGACCCTGCTGAACACAGTCACTAACCTCGGTGGAAACTGGCCCTCCACTGTGGCTCTGTGGATGGTGGATCCCCTGACCTCAAAGGAGTGTCAGGGGGCTGTCGGGCAGAGCTGCGGCTCTCCAGACGAGGCCGGGCTGTGCGTTAAGGAGGGCGGCGTTTGTGTGACTACATTGGACGGCTACTACGTGGAGTCggtggtgtgtgttgtgattggtttagccTGGTGGGTGTGGTTAGGGAAGAAGATGAGGCGGCTGCAGGATCAGAGCCCCGCTGCATGGAGGTGCAGAGCTAATCAGTGATGACCGTATCATCAGTACCACAGACTCTTATTTTCTTGCACCTCCACATGCTCTGCTCCGAAAACTGTTGAATGGTGGACACACTTTTATTCCATTCTCATCTGTCTGATTTAGTCCTTCCGGTCCTGCTCTAGCTGctgcgtttaaaaaaaactcttacACTTTCTCACCTCTGTCACCTTAAAGTACATAAATCTGATGAAATATGCCGTTGGTTGGCTCTCTGGAGGGAAAGCTCCTTGTCATTGTTACTTGTGTTAACTGTAACAGTGACCTGAATAGTAAAACAACAGGTCAGATTAGCTTTTTGAAgaacttgttttagtttttttttttttttttttaaaccatcctGCTGCTTGCAACAGCCTAACCAAACGATCGCTGGGACAAAGAGTTTTTTCAAATAACTTTCTGAGTTTGTTCTTACCTGCTTGGATAGCCAGTTTGAGTTTACTGTGTACAAGTACAATTGAAGTTGTTCTGTGCCTTTTTGCCCcaaatgtgaaataaaataacttGATCCCCTCCACATAAAAGAAATCTTGTAAAGTAACATTAGTAAACTCAGCACTTCAGACTCAGCACTTCCCAGCCAGTCACCATTTAATCTCTATTAAAAGGATACTAAAGGGAAAAGACAGGCAAAACATACCAATGCACTCCTCCAAACTATCTGAAGTGTCCTGATGCTGGTTAGTCCAAGTAAATTAAACCCAGTGTGAAGACTATCTTTCATTGCTGTTTGACTCAAATctgaatattttttatttttttattatttattattattattattattattattattatttaattagaGGTGATTTGTGCCTTGTTTAGTGTTTCAAAGTCTTTAAAGCCAATCTTGTTTGAGTTAAATTATCAAGGCAGGGAATGTTAGTGTCATCTGAAGATGAGGTTGTTAAATTGATGAACATCCATTGTGTAACACTTGTTTTCTGTAATACTGTAGTTTGGTAGATTACACAAAACATGACTACTTCAGTTATTtctttacttgttttttttttttaaatacttactCTAGAATATGATGCTGAGCACATTCCTAATGAATCATTTTATTATTACCAATATCAATGGTTAAATGAACTGAGATGTCTAagatattaaatgtttttttgtagaagcaatcttttatttttccaaACGTTCCTTAAATCGGATTAGTTTTACCCGATATAGGACAAATTTGAATCTTTAATAGCAATATTGGACGGTGCAGCTTTAAACTGTTTAAACCTCTTGGTTATCAATGTTGGTAAATTGTTTTTGCTAAGGTATTTTTAAGTTGCAAGAAgaaaacaaattcaaaatataatatGCACactaaatttctttttttttaatcagactCTCCTGAAGTAGGTCTCGCAGCATTTTCCAGTTTTATTGATGCATTATGCTGTATACTAACTATGAATGCAACTATTTATTACAGGAGTCCTATAAGACCTTTTAACATCTATAAAGTCAAGTTTTGCAGTGTAGATCAAGAATCTCTCCGCGGATCCCAACTGAGTGGGACATTAACACCAGCctaaaaagtatgtaagtaattACATAGTGAATTTTTTGCCCTCCAAAAACAATTCAGATCCCAGCCTCAGTGAGAAATTTGATAAGAAGATATCCTGTTTGTTTTGCATATTGTACATAGAACTGAATGTTACAGTATTTTCTCTGAAGCCAGCATTGAAAGTCCAACTGCTGTCAAATGTAAATGTTGAAATACACAATCAGGGTTCATGTAAGGATAAAAGCTTAATTTGTAACTCATTTTGCATTTAGTAGTAATAGTTTCTGATGTCTTATACCAACTTTGTCAACCACATGTAAAAGGTCAAACATTTTTAGATTACCATGGTAGCAGTTGTCTGAAATGCACAGAAGTTCCTTTATACTGCACATTAATGAATCAGTTTAGTTCACTTTATACTACATGACTTTGCTTTGATGTTTATTGGGCATTTCATTTGTATTTGTACCAGCATATCACTGTAATATGACCATAGAAAATATGACTCGTTTTCCTGTGAACCTTTTTGCCATTAACAGGGCACcatatttgttttgattttctttGACAAACATTAGACAATGTGACCGTTGATTTCAGCTATATatgaatttgtttttatattttagatcaGGGTTTTTACTTTACTCTGCTAAATTGGCTTTTAGGTGGTAGTaaactgttacttcagaatttCAGCAGCAGGAAGTTCAGTGTTTTAATTTATCTCACAATGTTACCTCATATCCTTTAATTGATTtcttttgaattgaattttttttttttactttgaacaATTTTAGTTTGAATCCAAATCCCCAATCATATAAAAGAGGATAGCACAGGGTGACAGTATCTTGAGAAATTTCAATATGCTAGCAGCAGACAACTTTGACACTCATAGGATGCAATGTTAATGAgatttgaaattaaaaaaaatttaaaaaccaaATGCA
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Function

symbol description
slc33a1 Predicted to enable solute:proton symporter activity. Acts upstream of or within central nervous system neuron axonogenesis and negative regulation of BMP signaling pathway. Predicted to be located in membrane. Predicted to be integral component of membrane. Human ortholog(s) of this gene implicated in hereditary spastic paraplegia 42. Orthologous to human SLC33A1 (solute carrier family 33 member 1).

NR:

description
PREDICTED: acetyl-coenzyme A transporter 1

GO: NA

KEGG:

id description
K03372 SLC33A1, ACATN; MFS transporter, PAT family, solute carrier family 33 (acetyl-CoA transportor), member 1

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TU26115 False 1385 lncRNA 0.40 1 23802566 23803950
XM_039790980.1 True 4421 mRNA 0.41 9 23802515 23809416
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XM_039790982.1 False 4304 mRNA 0.41 9 23802515 23809452

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
tubd1 tubd1,LOC102795212 coding downstream 9539 23788779 ~ 23792976 (-)
dscamb dscam,LOC103377590 coding downstream 109138 23574700 ~ 23693377 (-)
LOC120553253 NA coding downstream 350097 23449151 ~ 23452418 (-)
brwd1 NA coding downstream 355684 23409820 ~ 23446831 (-)
LOC120554161 mipep coding downstream 393437 23377094 ~ 23409078 (-)
ssr3 ssr3,LOC106581450 coding upstream 151302 23960754 ~ 23964467 (-)
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LOC120551456 LOC102079500,LOC107380520,LOC101465397 coding upstream 518014 24327466 ~ 24331196 (-)
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G19045 NA non-coding downstream 237273 23565003 ~ 23565242 (-)
G19033 NA non-coding downstream 330791 23464963 ~ 23471724 (-)
G19018 NA non-coding downstream 451091 23347437 ~ 23351424 (-)
G18963 rps25 non-coding downstream 508013 23291741 ~ 23294502 (-)
G19137 gmps,LOC102797084 non-coding upstream 8113 23817565 ~ 23818438 (-)
G19158 NA non-coding upstream 174619 23984071 ~ 23984458 (-)
G19189 NA non-coding upstream 216766 24026218 ~ 24026684 (-)
G19191 NA non-coding upstream 219175 24028627 ~ 24031253 (-)
G19224 NA non-coding upstream 355626 24165078 ~ 24165298 (-)
atm atm,LOC102794456 other downstream 43689 23729488 ~ 23758826 (-)
LOC120574680 NA other downstream 341471 23453547 ~ 23461044 (-)
G18948 LOC103474743 other downstream 550095 23246603 ~ 23252420 (-)
G18885 gramd1b other downstream 654000 23139213 ~ 23148515 (-)
LOC120551419 LOC100709410,LOC102313657,LOC102784399,LOC102206705,LOC101487802,LOC104941978 other downstream 1795340 21983302 ~ 22007175 (-)
G19140 gmps,LOC102797084 other upstream 14369 23823821 ~ 23827954 (-)
G19270 ptx3 other upstream 438579 24248031 ~ 24252913 (-)
trip12 trip12 other upstream 2231843 26041295 ~ 26089702 (-)
LOC120570356 ypelc,ypel2,LOC106931471,LOC106940241,LOC101067200,LOC107659943,LOC106603438,LOC107599611,LOC101078269,LOC104940871 other upstream 2497612 26307064 ~ 26334719 (-)
LOC120570434 fam124b other upstream 2624829 26434281 ~ 26445935 (-)

Expression


Co-expression Network