igsf11 (igsf11,LOC102790613)


Basic Information

Item Value
gene id igsf11
gene name igsf11,LOC102790613
gene type coding
species eurasian perch (Perca fluviatilis)
category of species economic fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_053113.1
NCBI id CM020910.1
chromosome length 48524041
location 20963840 ~ 21080775 (-)
genome version GENO_Pfluv_1.0_2020_eurasian_perch_Genome

Sequence

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Function

symbol description
igsf11 Acts upstream of or within late stripe melanocyte differentiation and melanocyte migration. Predicted to be located in membrane. Predicted to be integral component of membrane. Is expressed in several structures, including eye; gonad; heart; integument; and vertical myoseptum. Orthologous to human IGSF11 (immunoglobulin superfamily member 11).

NR:

description
PREDICTED: immunoglobulin superfamily member 11 isoform X1

GO: NA

KEGG:

id description
K06791 IGSF11; immunoglobulin superfamily, member 11

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
XM_039826326.1 False 6030 mRNA 0.42 8 20963840 21058237
XM_039826335.1 True 6506 mRNA 0.42 9 20963840 21080775
XM_039826337.1 False 6496 mRNA 0.42 8 20963840 21080774

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
LOC120574226 lsamp,LOC106534328 coding downstream 14861 20225831 ~ 20948979 (-)
sidt2 sidt2 coding downstream 885697 20059933 ~ 20078143 (-)
LOC120550021 NA coding downstream 933052 20028341 ~ 20030788 (-)
LOC120550005 tbx10,LOC104965412 coding downstream 936043 20023847 ~ 20027797 (-)
bace1 bace1,LOC102782465 coding downstream 940485 20011130 ~ 20023355 (-)
LOC120573880 NA coding upstream 17165 21097940 ~ 21108764 (-)
git1 git1,LOC102788862 coding upstream 41089 21121864 ~ 21151383 (-)
ssh2a ssh2,ssh2a coding upstream 114613 21195388 ~ 21227407 (-)
blmh blmh coding upstream 186929 21267704 ~ 21290294 (-)
rap1gap2a rap1gap2,LOC102786908 coding upstream 214574 21295349 ~ 21405528 (-)
G18391 NA non-coding downstream 26591 20936993 ~ 20937249 (-)
G18385 NA non-coding downstream 75811 20887806 ~ 20888029 (-)
G18382 NA non-coding downstream 189918 20773635 ~ 20773922 (-)
G18381 NA non-coding downstream 257055 20706521 ~ 20706785 (-)
G18366 NA non-coding downstream 705785 20184811 ~ 20258055 (-)
LOC120575525 NA non-coding upstream 4318 21085093 ~ 21086875 (-)
G18429 NA non-coding upstream 32597 21113372 ~ 21115994 (-)
G18492 NA non-coding upstream 330133 21410908 ~ 21411199 (-)
G18591 NA non-coding upstream 446680 21527455 ~ 21583403 (-)
LOC120572042 NA non-coding upstream 449222 21529997 ~ 21532755 (-)
LOC120547993 NA other downstream 822302 20137072 ~ 20141538 (-)
si:ch211-11n16.2 LOC104927205,LOC101481481,LOC100694251,LOC103369702,LOC107094496 other downstream 1153710 19800751 ~ 19810130 (-)
fbxo46 fbxo46,LOC102786997 other downstream 1246533 19701227 ~ 19717307 (-)
LOC120545639 eif4g1 other downstream 2740947 18179013 ~ 18222893 (-)
zgc:165508 fam131a,LOC102799247 other downstream 2811872 18127466 ~ 18151968 (-)
si:ch1073-340i21.1 NA other upstream 13402 21094177 ~ 21097201 (-)
slc6a4a slc6a4,LOC103359260,LOC108228506 other upstream 156413 21237188 ~ 21261923 (-)
LOC120572205 NA other upstream 530039 21610814 ~ 21615246 (-)
gdpd5b gdpd5,LOC103357216 other upstream 583301 21664076 ~ 21710363 (-)
LOC120551419 LOC100709410,LOC102313657,LOC102784399,LOC102206705,LOC101487802,LOC104941978 other upstream 902527 21983302 ~ 22007175 (-)

Expression


Co-expression Network