G139662


Basic Information

Item Value
gene id G139662
gene name NA
gene type non-coding
species eurasian perch (Perca fluviatilis)
category of species economic fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_053124.1
NCBI id CM020921.1
chromosome length 39224300
location 38055583 ~ 38112971 (+)
genome version GENO_Pfluv_1.0_2020_eurasian_perch_Genome

Sequence

>TU188395
gtgtgtgtctgtgtctgtgtgtctctgtgtgtgtgtgtgtgtctgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtctctgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtctgtgtgtgtgtctctgtgtgtgtgtgtgtctgtgtgtgtgtctctgtgtgtgtgtgtgtctgtgtgtgtgtgtctctgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtctctgt
>TU188397
gtgtgtgtctgtgtctgtgtgtctctgtgtgtgtgtgtgtgtctgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtctctgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtctgtgtgtgtgtctctgtgtgtgtgtgtgtctgtgtgtgtgtgtgtgtctgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtctgtatgtgtgtctgtgtgtgtgtgtctctgtgtgtgtgtgtctctgtgtgtgtgtgtgtctgtgtgtgtgtgtctctgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtctctgt
>TU188398
gtgtgtgtctgtgtctgtgtgtgtgtgtctgtgtgtgtgtgtgtgtctgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtctctgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtctgtgtgtgtgtctctgtgtgtgtgtgtgtctgtgtgtgtgtgtgtgtctgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtctgtatgtgtgtctgtgtgtgtgtgtctctgtgtgtgtgtgtctctgtgtgtgtgtgtgtctgtgtgtgtgtgtctctgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtctctgt
>TU188400
gtgtgtgtgtgtatgtgtgtgtgtgtgtctctgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtctctgtgtatgtgtgtgtgtgtgtgtctttgtgtgtgtgtgtctgtgtgtgtctgtgtgtgtgtgtgtgtgtctctgtctgtgtgtgtgtatgtgtgtgtgtgtgtgtctgtatgtgtgtctgtgtgtgtgtgtctctgtgtgtgtgtgtctctgtgtgtgtgtgtgtctgtgtgtgtgtgtctctgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtctctgt
>TU188401
gtgtgtgtctgtgtctgtgtgtctctgtgtgtgtgtgtgtgtctgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtctctgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtctgtgtgtgtgtctctgtgtgtgtgtgtgtctgtgtgtgtgtgtgtgtctgtgtgtctgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtctgtgtgtctgtgtgtgtgtgtgtatgtgtgtgtgtgctgtatgtgtgtctgtgtgtgtgtgtgtctctgtgtgtttgtgtgtgtgtgtctctgtgtgtgtgtgtgtctgtgtgtgtgtgtctctgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtatgtgtgtgt
>TU188402
gtgtgtgtctgtgtctgtgtgtctctgtgtgtgtgtgtgtgtctgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtctctgtgtgtgtgtgtctgtgtgtgtctgtgtgtgtgtgtgtgtgtctctgtctgtgtgtgtgtatgtgtgtgtgtgtgtgtctgtatgtgtgtctgtgtgtgtgtgtctctgtgtgtgtgtgtctctgtgtgtgtgtgtgtctgtgtgtgtgtgtctctgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtatgtgtgtgt
>TU188403
gtgtgtgtgtgtatgtgtgtgtgtgtgtctctgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtctctgtgtatgtgtgtgtgtgtgtgtctttgtgtgtgtgtgtctgtgtgtgtctgtgtgtgtgtgtgtgtgtctctgtctgtgtgtgtgtatgtgtgtgtgtgtgtgtctgtatgtgtgtctgtgtgtgtgtgtctctgtgtgtgtgtgtctctgtgtgtgtgtgtgtctgtgtgtgtgtgtctctgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtatgtgtgtgt

Function

GO: NA

KEGG:

id description
ko04512 ECM-receptor interaction
ko04510 Focal adhesion
ko04974 Protein digestion and absorption
ko05165 Human papillomavirus infection

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TU188395 False 216 lncRNA 0.50 3 38055583 38071025
TU188397 False 288 lncRNA 0.50 4 38055583 38071025
TU188398 False 312 lncRNA 0.50 4 38055583 38071025
TU188400 False 270 lncRNA 0.48 3 38060814 38071025
TU188401 True 349 lncRNA 0.49 4 38055583 38112971
TU188402 False 270 lncRNA 0.49 5 38055583 38112971
TU188403 False 276 lncRNA 0.48 4 38060814 38112971

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
LOC120570991 NA coding upstream 439096 37613121 ~ 37616487 (+)
LOC120570990 NA coding upstream 503685 37527705 ~ 37551898 (+)
LOC120571065 NA coding upstream 546887 37507022 ~ 37508696 (+)
LOC120570988 NA coding upstream 563040 37478550 ~ 37492543 (+)
LOC120570987 NA coding upstream 578992 37458588 ~ 37476591 (+)
LOC120571056 NA coding downstream 225466 38338437 ~ 38340755 (+)
LOC120571002 NA coding downstream 325701 38438672 ~ 38440490 (+)
LOC120571053 NA coding downstream 350038 38463009 ~ 38465285 (+)
LOC120571058 NA coding downstream 460850 38573821 ~ 38593537 (+)
LOC120571044 NA coding downstream 499626 38612597 ~ 38614881 (+)
G139656 NA non-coding upstream 32697 38021755 ~ 38022886 (+)
G139649 NA non-coding upstream 89317 37943721 ~ 37966266 (+)
G139636 NA non-coding upstream 231483 37805348 ~ 37824100 (+)
G139590 LOC104948352 non-coding upstream 317863 37663066 ~ 37737720 (+)
G139339 NA non-coding upstream 443316 37608626 ~ 37612267 (+)
G139683 NA non-coding downstream 21184 38134155 ~ 38135617 (+)
G139601 LOC104948352 non-coding downstream 56190 38169161 ~ 38200294 (+)
G139591 LOC104948352,LOC104963332,LOC104953734,LOC104942256 non-coding downstream 155908 38268879 ~ 38272512 (+)
LOC120571083 NA non-coding downstream 279774 38392745 ~ 38395468 (+)
LOC120571098 NA non-coding downstream 291333 38404304 ~ 38417926 (+)
LOC120570989 NA other upstream 532451 37497634 ~ 37523132 (+)
G139164 NA other upstream 608999 37443392 ~ 37446584 (+)
LOC120571062 NA other upstream 633156 37400292 ~ 37422427 (+)
G139141 NA other upstream 679876 37117386 ~ 37375707 (+)
G139152 LOC104963332,LOC104942256,LOC104953734,LOC104948352 other upstream 939112 37067758 ~ 37116471 (+)
G139581 NA other downstream 313779 38426750 ~ 38430454 (+)
G139594 NA other downstream 480604 38593575 ~ 38594662 (+)
LOC120571012 cct3,LOC102778987,LOC105012686 other downstream 823775 38936746 ~ 38957569 (+)
G139838 NA other downstream 859739 38972710 ~ 38999473 (+)
G139845 LOC108246181 other downstream 899267 39012238 ~ 39015904 (+)

Expression


Co-expression Network