XLOC_004894 (si:ch211-250n8.1)


Basic Information

Item Value
gene id XLOC_004894
gene name si:ch211-250n8.1
gene type coding
species zebrafish (Danio rerio)
category of species model fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_007123.7
NCBI id CM002896.2
chromosome length 49182954
location 36413886 ~ 36471889 (+)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome

Sequence

>TCONS_00009637
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>TCONS_00009638
acacatgactTGCCATATTAACTAAGATAAAAGGTACAAAAGGTTGCTAGAAATTGTTTTCTGTGTACAGTAAGCTGAGCATTGCTACTTTTATGACAGCAGAATTTTGTGAAATCTGTCTGCACCTTCTTACATGTGATGTAAGTgtgttgtattaaaaaaaatgtgaggCTAGAGACCAGTGGAACATGACGCAACACCCAACGACTTTAGTCTGACGCATGTGTCCatataccaaaaataaaataaaaaagtagccCATGATATTGttggataaacacacacacacacacacacacacacaaacacacacacatctgtggcAGGCTCCAGAGCAACCACGTATGCTGTTTGTTCTGGGTTACTCATGCAAGGCTTATTCCACCTGCATTACATAATAACCTGTGGATAAAAACAGAAAATTAACCATTAGCCATCATCCACTGTGTTTATTCTCAGTGTGTATTCTGAATTTGAAATCGGAGGGGACCGTGACTGACTCTAACCCACACCTGCCGTCCTGCTGTGAGCTCCTGGAACTGATACTGCGAAAGGGACTGCAGCAACCTGTTCTCAGCTTGGCACACAGAGATTACTGGCATTGTTTTGAACAGCTTCTACAACACGACACATGTGGCAGGTTGAGTTCGATCTCTCTGGCCGTGCAACAGAGCACAGCCTGCAGCAAACTCATTACATCTCAAGGCCGAGGACGCTTCTTCATACGGCTCATGCTGAGGAGGAGAACACTGGGAAGTGTAGTGAAACATCTTCTCCACACAAACAGAGTAATCGAGTGGTACTGCCCTAACATTTCTATTCTGAGAAACGAGGAGCTTTTAGAACCATTTCTGTCGCTGTCTATGGTGTTGTCGGAAATGGACTTCAAGATCAGTGTTGAGAACTGCAGCTTCCTTGATGAAAGCTGGCTGCTTCCGGTGTGTCAGATCTATGAAGTTGTTCCCTGTCGGGAGCTGGGAATAGCGCTCAGGTACCTAGATGGACGTGTGTTTGTGTTGGATCTGCTTCAGGGTAGTCAAGCTCAAGTGGATATGTTCGCGGAGCCTGGTGACATCATTGATGAAATAAATGGGATTTCACTGAGGAATGCTAGCAATGGGCAGGCAGGTGTGGTTCTGTCTAAACTCAAGGGTCAGCCGCTCTCCATTCACTTCATACGCTGGAGAGGAGAAGATGGCTCCATCTATCAGCCGCTGGTCAAACACTTACGGCAGCTCGAACAAGAAAAACCCTCGCTTCAGTTTGGCCCCAAACCAGCCTCTCAGCAGGACAAAACCACAGCAGCTCAGAAGAAAAGCCAGACGCAGTGTGTAAAAGACGGCAGGATCCTGTATGCCGTGGACCTCTTAGGAAAAGCAAACATAGGAATGtaTGGAGGTAAGGAGGTTCTGCAGCATGCCATTCCTGTGGTCCTGGAGAGTAAACAGACAAGAAAGGTATATCTGCAATTGAGCAAGTGAGTTTTATGTAGAGAGATGAAGATGTTTAATTTTTCATGCTTCTGATTTTGTTGTAAAGGAAGTTCTGCTGGATGTAAAGGAGACTCATCTTACCTGCATAGATAAGTCTACTAAGCAGGTTTGTATTACTCTGAAGTAATGTGTGAACAGAGATTGCTTTAAGAAACTTTTTGTTCTCTTTAACAGGAGCTGTTTCAACACCACTTCCCTGAGATATCATGCGTTGGGAGATTCGGAAGCCAACCGGATTTAACCATTTTTGCTTTTTGTGTATTGTAAGTATTTTGAGAAGCATTAAGTAGCAGGTGTACAGAAGCATGTTTCTGCAACAGgattaaaattaatgtaaaaagttAACTGTGACCTTTTAACTCACAgtttacactttatattttagAGATTACattttgcaattctgactttttttctttgaatTCTGAATTTATTTGGATTGAACATCACAAAAtgctttttatatttgtttatttcatgctGGAAGTATTTTGTATAGATATCTATTTGCAGTGGTGTGAAGTAACTAATTATAattactcaaactactgtaatttagttgtttttcttaggaattgtaatttactgagtttTATAaacgtgtacttttactttcccttgagtacatttttagtgctgtatcggtacttttactccactgctTTCCTTTAAcctgtccaagaagatgtccaaaatctttacacgcattgactcagagactgtttagatgcatgtcaccaATGAGAAGATGACGTTTACTGTATGacgtttactgtatgatgaccgaaatggccttaaacaccaagcaggcacaagacgttgtaccctaatgtcgtggggatgttgcttttttatttggaaatgaaaatcgggtttatgtcagaactcaacgtctggccgatgtcaatgtccaacatccaacctaaaaccaaccaaaaatCAATGTCTGATGATTTTACAGCTTGGCGTTGTGTGGAAGTTACCGCTACAATGTTTataagacgttggattttggttgccataactcatgaataaatgtcagtatctgaCTTCAatgtgatgttggtttaagatgttggctcgacgttggattttggtcactttctaataacctaaaatcaacatcatTTTATTGTGCATCAAAACAAccttgtccttagatgctggttagacattgaattttggtcacctgacatcacaacctaaatctaacctaatattatcgtctaatgacattgtgtgcctgctgggcaataattagattcactacagaatgttacgtttacacacacatgtacaaattACTTATacatgcatcagctttttactgCGAAATActtactactcactactcttaaatactttttaaaggtctactttttactcctactttgagtaatatttacaacagatacttttactctacttgcactacatttttaggcaagtaatggtacttttacttaagtatgatttttgtGTACTCCTTTACACCACTGGTAATGCGTTACTTCCAACActgttataatataaatatatgtggaAATATAAGACTATCGACTTTATACATCTTCCGATGTAAGACTAAAGTTTAAATCAATCCACCAgagagcattttttttattagtctttCACACGttggcagtaaaaaaaaaaatcaaacaatgcATTGAAATTCATACAAACCAAGCCTTTAAAATGAGATACATGCTTACACAAAGCTTTCCGTCATGAAATATCAAATGCTTCTATTTTAACTCTGATTATTACAGGCGTTCTGTATTTGATCTGGTGTTGGAGTTTGAGTAAATGTCAGGCAGGTTATTATGAGACTGGGTTATCTGCATTTCATTTGCTTATCAGTGACATTTCCTTCCAGGCTTTTGTGTTTTCAAACTTGGACTTTATTCAGTAATGTTTTATTGGTTTCAGAGATGCACCACAAGCAGACAAACCGGCGGGCTTCTGTTGTGTGGTCCTACAGGCCGCTAACTGTAGTGAGTGTGAAGAGATTGTTAACCGTATAGGTGAGTGAGTTCATCCAATAAAAGGATTATGTGGAATTAATTTAATTCGatttacatttgtacatttttgtgcCTACAGCTGCTGGGTTTAAGCATACAGAATGGTTTGTCTGAAAATCTCAAAACCTTGAGTGAACTGGACATCTTCAAATGTGCACTGTGTGTTTACTATCTAATGTATTGTtacatataacaatataatatataaatatatctatagtTTATTGTTTTGTATCTGTATGTATGATAGTTTGTAATATCTTACTGTAATATTCTGTATATGTGCAATATTGAAATACAGAATTGTGGTTTTGTTACAAAATCTGATGCCTTTAATATCGTCTATTCTTTTGTAAATTTGATCTTTTTGATTTTATGCTTAGTACtttattgtaaatttaaaaaaatgactaaaacacGAATTTAAATCAACTGTTAATTAACTGTTTGCcttttttattatgcttttttaagtacaaatgaatttttaaagatatacttaacatttttaaaaacataattatttatacatttctaATCAAACAAgtatgcattatattatattaatattatattattatgtaatacttttcgtaaagaaataaattacGATGATTGATGCAGTTTATCTACGACTTTAAATTTGAATTATATCTCGCTCTTAATTTGGATATTACATCTATTCCTTATGTCTGACTTCACTCCCCTATGACGTAAAGAGGTCCGATGTATTGAACTAATGGAATCATCTGATTCTTTTCAAAGAATCATTTAAACCGGCTCAGCAGTCCTTTGTGCAtatattgaactgaactgaactgttcAAAAGAGTCGATTCGCTCCCAAACTCGACGTCACCACAATGGCCCGGAATTTCCTCCTCGAGAGATCTAGCGCATGCGCACATCGAAAAAGAATGCGGACTTCGCAGCTCTCCCAATATTAAATAGTTTGATGGCCATAGTTTGATAAATCATGTCGAAAGCACCATCTCTGCCCGGTTCTTCGGGTGCTGCGGCCAGCCTGGGACCTTCATCGTCCTCCTCTTGCTCGTCTCCCTCGGCAGGTGGCACGACTTCCCCCGCTAACGTGCTGCACGCACAGCCCGAGAAGCCCCAGCACTACACGTACGTAACCAAACACCTTTAACTTACACCCACCTGATCGCTCATGCAAATCACACATCTTTCATGCATCAGCACATTTTACACGCCTCTGATGGGGTTTGGTGGCTCTGGTGATCTGGGTTGAGAGATTAATTTAATGCAGGCCTAGTGGTGTGATGGTCTGTGCAtttattgctgtgaggtgatgtTTTGAAGGATGGACTTCAGCTTCCTGGTGATTTGTAAACAGTAATGAAGGCAAGCTATGAATGGTTAATTAATGTGATGTGTTATCCTTtgtgaaatagtttttaaagtgcAAGTCTATTATTTTTCATCACAAACCTCTGAGGGAGCGCCACATAACTGTCCAC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>TCONS_00009639
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>TCONS_00009640
TGGGAAAGCTCCAGGATTTGAGAGGGAAGACCAGGCCAAACACAAATGTTTTTCAATGGAGCAGCGCAGCAGAGACGTTTCCTCCATGCACAGCAAACAGGATCTGTTGGTGTTTTTGCCTGTTGGCAGTCCTCTCAGTATGTCCTCCAGTGTCCCCTCCAGCTTGGCAGCCACACCACCCAGTCCTGCTCCACCCGGCCCGTCTTCAGGCATGAACGCCAACGCTCTGCCTTTCTACCCCACCAGCGACACGGTGGAGTCTGTAGTGGAATCTGCATTGGATGATCTGGACCTGAATGACTTTGGAGTATCGGCTCTTGAGAAAAGTCTGGAGAGTTCAGCTCTACCCAGCATGGGCCTCATGTTAGGTCGGTGATGAGgtttactctttaaaaaaaaa

Function

GO: NA

KEGG: NA

ZFIN:

id description
ZDB-GENE-040426-707 Predicted to enable mRNA CDS binding activity. Predicted to be involved in cell morphogenesis involved in neuron differentiation. Predicted to be located in cytoplasm. Orthologous to human UNK (unk zinc finger).
ZDB-GENE-130603-2 No description available

Ensembl:

ensembl_id ENSDARG00000000935 ENSDARG00000088736

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TCONS_00009637 False 1569 mRNA 0.45 16 36413886 36427482
TCONS_00009638 False 5154 mRNA 0.38 11 36416173 36428799
TCONS_00009639 False 3262 mRNA 0.49 15 36428052 36471889
TCONS_00009640 True 400 lncRNA 0.52 4 36452479 36462104

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
XLOC_004893 galr2a coding upstream 17302 36390422 ~ 36396584 (+)
XLOC_004892 NA coding upstream 37008 36355275 ~ 36376878 (+)
XLOC_004891 NA coding upstream 136655 36274622 ~ 36277231 (+)
XLOC_004890 map2k6 coding upstream 252630 36109071 ~ 36161256 (+)
XLOC_004889 btbd17a coding upstream 306730 36092218 ~ 36107156 (+)
XLOC_004895 fbxw10 coding downstream 52195 36524084 ~ 36534476 (+)
XLOC_004896 NA coding downstream 64874 36536763 ~ 36538616 (+)
XLOC_004897 NA coding downstream 173877 36645766 ~ 36749613 (+)
XLOC_004898 NA coding downstream 320575 36792464 ~ 36796815 (+)
XLOC_004899 CR749163.1 coding downstream 363012 36834901 ~ 36839455 (+)
XLOC_004888 NA non-coding upstream 363953 36045313 ~ 36049933 (+)
XLOC_004887 NA non-coding upstream 429505 35981916 ~ 35984381 (+)
XLOC_004886 NA non-coding upstream 488474 35921177 ~ 35925412 (+)
XLOC_004900 NA non-coding downstream 386468 36858357 ~ 36884797 (+)
XLOC_004903 NA non-coding downstream 698358 37170247 ~ 37271488 (+)

Expression


Co-expression Network