XLOC_004900


Basic Information

Item Value
gene id XLOC_004900
gene name NA
gene type non-coding
species zebrafish (Danio rerio)
category of species model fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_007123.7
NCBI id CM002896.2
chromosome length 49182954
location 36858357 ~ 36884797 (+)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome

Sequence

>TCONS_00010995
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>TCONS_00010756
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>TCONS_00010996
GGGTTCGAGTGCGGCGAAGAGCGGTTCTAGAAATTAGGTCCTCTGGAGTGAGTGGAGCGTTTAAGAGAGATGATTGACAAGACCTGCTGGCACTTCAAACTGTTGTTCTTAAGTCTCGCAGTGAAGAGTCCTGCCGGGGCGTCCCGTCCACTGTGTCCCGCTGCCAGAAGCACCAGAGACCACCCTGACATgagcaaatgttttatgtaatttccACAAAAATAAGAAGCGACTTGAAGACTATCTCCAAAAATAATCTCATTCCACAGCCTGATCCTGGTATTTGTGGACTTTGCCATCCCGAATGAAGACAGGAGGAGCCGGCGGTTTTGACGAGCACCAGGgcgccatgcaaaaaaaaaaaaaaaaaaggttgttagACAAACTCTGACAACAAGAGGCTGCCCTTGAAAATCAATTATAAACACAGGAGCTTCTCTGCATCTGTTTCTGCTCGGCTGTTTTGTGGAGCTGTCGGGCTTGGATTTCGGGTTTATCCTTCTTTCTCTTCCATTCGGTTCAAACGGGCATCGCAGAAGGATTACAGCGAGTTTTTTCAGGCCATGGAGACCCAGTTTGTAAATCATCGATGGGTGATGACAGCTCATGGCACCCGCTGCTTATTGGGATGAGCAGTTTATGGGCGCAGTCGGGTGTTTTTTTCACTGCCCGGCCTGCTGTTCCCAACAAGTAAACAATCATAAAGAATGACTTTGACTGCTTAAAGAGGGCTGCAGACAAGTTTGCGTGGACGAGTTATGGGTTCTCTCTGTTTTTAAGGTCGTCTGATGGCCCTTCAGGATTCGGGTTACACAACCCGTGGCCCGTGGAGACTCTCAATTGTTTCAGCATGTCATCCTTTCACTGCAGCAACAAATGCAAAGTCCTGTGGTGCTAGTTTGGTTGCAAGATACATGAGTAATGCAGAGATTTAATCCTGAAACTGTTGAAGTTTAAttgaagatgaaaaaaaaaactttatttatttatttatttctcatccTTCTATGTTATtgtttagttatttcacttttaatGCAATGGAAAGAATTTATTCTTTGGCATAAAAGAGAAATTACAGAAACAGAACCCACACATACAGATCCTGAGAAAAAGGTTCATTTTAGATGAAAATTTCAAATGGCCTTCAGTTGTTTTAGGAATTATGACAAAaaggacaaaaaacaaaacaaaaaacgttCATTTAAAATGGTGCTTTGAGGTTTTGGAACCTGCTGTGATGACTTTAGTGTACTACTTTCAGTGTACAGAGTATTTAGTTTATGAAgggttctttttttgttttttactaaaataaactaaaataatttatgAAGCACTAACATTAACAACAAAATCAATATTAAGCTGTAAATTGACTAATTAATAAACAAGCTCTAGACTGCAGTGTGTTTAATTTATGCAGTGTTGCTTATaatatcatttaattttattttagaatacaAATGTAAgaaacttaaataa

Function

GO: NA

KEGG:

id description
ko03230 Viral genome structure
ko05164 Influenza A
ko03200 Viral proteins

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TCONS_00010995 False 1409 lncRNA 0.42 3 36858357 36863623
TCONS_00010756 False 7843 lncRNA 0.36 4 36859033 36884797
TCONS_00010996 True 1485 lncRNA 0.40 4 36866029 36884797

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
XLOC_004899 CR749163.1 coding upstream 18902 36834901 ~ 36839455 (+)
XLOC_004898 NA coding upstream 61542 36792464 ~ 36796815 (+)
XLOC_004897 NA coding upstream 108744 36645766 ~ 36749613 (+)
XLOC_004896 NA coding upstream 319741 36536763 ~ 36538616 (+)
XLOC_004895 fbxw10 coding upstream 323881 36524084 ~ 36534476 (+)
XLOC_004901 cox10 coding downstream 6686 36891483 ~ 36960525 (+)
XLOC_004902 hs3st3b1b coding downstream 87155 36971952 ~ 37006301 (+)
XLOC_004903 NA coding downstream 285450 37170247 ~ 37271488 (+)
XLOC_004904 NA coding downstream 462030 37346827 ~ 37372677 (+)
XLOC_004905 NA coding downstream 490553 37375350 ~ 37398548 (+)
XLOC_004892 NA non-coding upstream 481479 36355275 ~ 36376878 (+)
XLOC_004891 NA non-coding upstream 581126 36274622 ~ 36277231 (+)
XLOC_004907 NA non-coding downstream 521891 37406688 ~ 37411206 (+)
XLOC_004908 CT033802.1 non-coding downstream 813805 37698602 ~ 37698717 (+)

Expression


Co-expression Network