XLOC_004903


Basic Information

Item Value
gene id XLOC_004903
gene name NA
gene type non-coding
species zebrafish (Danio rerio)
category of species model fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_007123.7
NCBI id CM002896.2
chromosome length 49182954
location 37170247 ~ 37271488 (+)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome

Sequence

>TCONS_00010998
GGGTCGCAGTGGTCAGGCTGATATCCTGCGTCGAGTAGTTATTCTTGGATGCTGAGGCAGTATGAAGCTTATTTCCCCTGCTGCAATCTCAGGCTGATAATGGTCTGTCATTAAGGCTGAGGCATGTGGTACAGTGGGAGGAGGTTGAGTCAAAGCAGCATCGCCACATTAGGATTCATGCTGCAATAACCAGCCTGGTTCCTTCACACAAGGTTCAGGGCAGAAGAATAGGCCTTTCTTCCTCCGATTGTTTTCCATTCTCAATGTTGCCGGCTGTAATGAAGGCCTGAGGTTTGCAGTGCCAATGGGAAGCACATGTCAAGATTTAGAGGGCAAGTGGAGATCTGCACAGATGGCTCAGCACTTGTTGGACTGACCTCAGATGCTGTCCAGATGCAGCCCATGGTCCAGCGATGCTATGGCTGTCAGAGGAGCTTCAGAGCCGCTGAAGGAGCCCTGATAGATTAAGGTGGACCTTCTGTTTGCCTCCTTTGCCATTGTGCTCCAGAAATGAAGGAATATTATCTCCCTGAAGACTGGAGAATGAAGAGCGGAGGCGTTAATGACATTGGGTGGGTTTGGGACACTGGCAGGGGCAGAGGAGAGGGACACGATGGATAATGTCATTATTTTGTAGTCTCATTCGTGACCTGGAGGATGTAAACAATTACGCTGGTGATAGAGGAGGGGCAAACAGGGCAGAAACAAAGCTTTAGCTCTTTAAAGTTAACTGGGTGTGTGAATCTAATGTATCATCTAAAATTGTTTTTGGGAATGAGACTATTTGGACCTTTTTAAGCTTGATTTGAACTTTTATCACAattagaaattttttttatttgatttatttatttttaataaaagcatttttttcagcatcattactttaggtttttttttagtttcacaATCCTTTAGAAACATACCAACCTAGTAAACACACAGAACATTCCTCTAACGTTACCACATGGTTTCtatttagtaatttttatttttattttttgtgaactattGATGGTTCAATAATTCATAAACCATAATTCATTTTTGGTTGTGTAATCATTCTTTCCAGGATGTTGtaggaataaataattaaatttttattgtatttaataaaatatttttttattattaaatgtttttatttga
>TCONS_00010997
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>TCONS_00010999
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>TCONS_00011000
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>TCONS_00009646
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>TCONS_00009645
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>TCONS_00011001
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>TCONS_00010758
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>TCONS_00011002
CTTGAAGCACATTGTTTGCATTGATTCATGCTGCAATAACCAGCCTGGTTCCTTCACACAAGGTTCAGGGCAGAAGAATAGGCCTTTCTTCCTCCGATTGTTTTCCATTCTCAATGTTGCCGGCTGTAATGAAGGCCTGAGGTTTGCAGTGCCAATGGGAAGCACATGTCAAGATTTAGAGGGCAAGTGGAGATCTGCACAGATGGCTCAGCACTTGTTGGACTGACCTCAGATGCTGTCCAGATGCAGCCCATGGTCCAGCGATGCTATGGCTGTCAGAGGAGCTTCAGAGCCGCTGAAGGAGCCCTGATAGATTAAGGTGGACCTTCTGTTTGCCTCCTTTGCCATTGTGCTCCAGAAATGAAGGAATATTATCTCCCTGAAGACTGGAGAATGAAGAGCGGAGGCGTTAATGACATTGGGTGGGTTTGGGACACTGGCAGGGGCAGAGGAGAGGGACACGATGGATAATGTCATTATTTTGTAGTCTCATTCGTGACCTGGAGGATGTAAACAATTACGCTGGTGATAGAGGAGGGGCAAACAGGGCAGAAACAAAGCTTTAGCTCTTTAAAGTTAACTGGGTGTGTGAATCTAATGTATCATCTAAAATTGTTTTTGGGAATGAGACTATTTGGACCTTTTTAAGCTTGATTTGAACTTTTATCACAattagaaattttttttatttgatttatttatttttaataaaagcatttttttcagcatcattactttaggtttttttttagtttcacaATCCTTTAGAAACATACCAACCTAGTAAACACACAGAACATTCCTCTAACGTTACCACATGGTTTCtatttagtaatttttatttttattttttgtgaactattGATGGTTCAATAATTCATAAACCATAATTCATTTTTGGTTGTGTAATCATTCTTTCCAGGATGTTGtaggaataaataattaaatttttattgtatttaataaaatatttttttattattaaatgtttttatttga
>TCONS_00011003
ATTTATCCCATGCCTCTAATCAAGTAGAAAAGATATATTTGATTAGCATTTGAGTAGTTCTCTTTATATCCCGTTTCATGTTGCAGTTGTTTCTGTTTGTTAATGGTCACGCAGCGTTTCATACCCTGTGGGATATCTTGAGTGTTTTGAAGACAATCTCTGGTGTGTGACTTTATTAATTCAATCGTCCTCATGATACCCTCTGCTTGGTCTCTGGTTGGCTGTAATTGTGCTGGCAGGACTCCAGTGTGATTTGCTCCATATGGCAGTGTGAGATTCCTAACTCATTGCGGCCTGTCTTGAAATCCAAGTACTACAGTGGAGCCCATGGTCCAGCGATGCTATGGCTGTCAGAGGAGCTTCAGAGCCGCTGAAGGAGCCCTGATAGATTAAGGTGGACCTTCTGTTTGCCTCCTTTGCCATTGTGCTCCAGAAATGAAGGAATATTATCTCCCTGAAGACTGGAGAATGAAGAGCGGAGGCGTTAATGACATTGGGTGGGTTTGGGACACTGGCAGGGGCAGAGGAGAGGGACACGATGGATAATGTCATTATTTTGTAGTCTCATTCGTGACCTGGAGGATGTAAACAATTACGCTGGTGATAGAGGAGGGGCAAACAGGGCAGAAACAAAGCTTTAGCTCTTTAAAGTTAACTGGGTGTGTGAATCTAATGTATCATCTAAAATTGTTTTTGGGAATGAGACTATTTGGACCTTTTTAAGCTTGATTTGAACTTTTATCACAattagaaattttttttatttgatttatttatttttaataaaagcatttttttcagcatcattactttaggtttttttttagtttcacaATCCTTTAGAAACATACCAACCTAGTAAACACACAGAACATTCCTCTAACGTTACCACATGGTTTCtatttagtaatttttatttttattttttgtgaactattGATGGTTCAATAATTCATAAACCATAATTCATTTTTGGTTGTGTAATCATTCTTTCCAGGATGTTGtaggaataaataattaaatttttattgtatttaataaaatatttttttattattaaatgtttttatttga

Function

GO: NA

KEGG:

id description
ko03230 Viral genome structure
ko05164 Influenza A
ko03200 Viral proteins

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TCONS_00010998 False 1149 lncRNA 0.40 5 37170247 37271488
TCONS_00010997 False 1075 lncRNA 0.39 4 37170247 37271488
TCONS_00010999 False 1121 lncRNA 0.36 2 37180235 37271488
TCONS_00011000 False 1155 lncRNA 0.38 4 37180429 37271488
TCONS_00009646 False 1007 lncRNA 0.38 3 37214518 37271488
TCONS_00009645 False 1083 lncRNA 0.39 4 37214518 37271488
TCONS_00011001 False 847 lncRNA 0.36 3 37214603 37271488
TCONS_00010758 False 766 lncRNA 0.34 2 37214608 37271488
TCONS_00011002 False 999 lncRNA 0.38 4 37214786 37271488
TCONS_00011003 True 1074 lncRNA 0.36 2 37263711 37271488

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
XLOC_004902 hs3st3b1b coding upstream 163946 36971952 ~ 37006301 (+)
XLOC_004901 cox10 coding upstream 209722 36891483 ~ 36960525 (+)
XLOC_004900 NA coding upstream 285450 36858357 ~ 36884797 (+)
XLOC_004899 CR749163.1 coding upstream 330792 36834901 ~ 36839455 (+)
XLOC_004898 NA coding upstream 373432 36792464 ~ 36796815 (+)
XLOC_004904 NA coding downstream 75339 37346827 ~ 37372677 (+)
XLOC_004905 NA coding downstream 103862 37375350 ~ 37398548 (+)
XLOC_004906 si:ch211-152f22.4 coding downstream 129843 37401331 ~ 37404783 (+)
XLOC_004907 NA coding downstream 135200 37406688 ~ 37411206 (+)
XLOC_004908 CT033802.1 coding downstream 427114 37698602 ~ 37698717 (+)
XLOC_004897 NA non-coding upstream 420634 36645766 ~ 36749613 (+)
XLOC_004896 NA non-coding upstream 631631 36536763 ~ 36538616 (+)
XLOC_004892 NA non-coding upstream 793369 36355275 ~ 36376878 (+)
XLOC_004909 NA non-coding downstream 935453 38206941 ~ 38310711 (+)

Expression


Co-expression Network