XLOC_004941


Basic Information

Item Value
gene id XLOC_004941
gene name NA
gene type non-coding
species zebrafish (Danio rerio)
category of species model fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_007123.7
NCBI id CM002896.2
chromosome length 49182954
location 42400249 ~ 42407668 (+)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome

Sequence

>TCONS_00011019
CAGGAACTGTAATGTGAAATAAAACCAGGACGGACGGGGAGACAGCAGCAGCAGCggctttgttttgttatataaGTCGGGTATATTTAGAGTAGCTTGTtgtgtttattatatattgtataatatttgTGCAGATGCCTCATTGGTCGATAGATAAGAGTGCACGgcgaaaacaatgtttttttgacTTTGCCTATTGATCCATATTGGAGTTTTAGTCGGTTTGTATTAACTTAAAGGTATAAGGATagtttaaaacaacaaataaataaacaatggatTGCATAAGTCCCATGCAAAATAAGAGAAGGCACAGTGGAGAGCTCGAACAGTGGCACAACCAGCcgAAAAGGCAGTGTAATGGACTGGGAGGCTGTGGGCAGCTGGAATACAGTGTGGTGGTGGACACTCCAATGGACACGTGGGATGCCCCAAATCACAGCTCACAGAATGGACACAGTGCCAATGTCCCAGTCATGGTGTTAAACGCCCCGGGACGAGCAGCAGGACAGCATTGCTCCAGGTGTATGGCTGGAGAACCTGGCCATATAAACCACATCATGAGGTATTGATCAGCATTGGCGATGACTCCTGGAGAAAATGAATCGACTGAATAAATGGGCGATGCAGAGAAGCGGGTTGCAGATTACCCGGACCGTGTGGGTTTTTTTCCCCCGCATGCTTTGTGCCTTACATACGTGTTCCAGTACTACAGTAGTACCTAATATTGGTTTGTAGCAGATGGGTTTACAATGCCAAAACCACTCCGGATGATGATGGTTTTTAGGTCACACTGCATGAAGTGTGTGAACGTTTTGCACTGTCAATTTTCCAATATTGCTTGATCTCAAAGTTAATGAAGCTTAAATATATTAAGTCtatttttcaataataaaatacacttttattttagtattaaatTCATTATAATGATTAGATTTGTTTAATTTGATACGTAACTTGAACATTTCAGTTTGATGTGGGCATTTAGTAACCTCTAAAAATGTCAGATGTTTTTGTAGCCATGTTGTCACTGCCAGGGATGGGCAGcatttatgatacatgtatttcaaatactaaatagtattttgtaatttgtatttgatagggtttatAAAAATGGGTAAATATTTTGTATCATAATACATTAGTGTCTTgtttttttcatccattcatttttttccctgcttatttatcacagcggaatgaactgccaatttatccagcatatgttttacgcagtggatgcccttccagccacaatccatcactggaaaacacccatacactctcattcacacacatacactacggacaatttagcttacccaatttacctatagcgcatgtctttagacttgtgggggaaaccggaccacccggaggaaacccacggggagaacatgcaaactccacacagaaatgccaactgacctagccggggctcaaaccagcgaccttcttgctgtgaggcaatcgtgctacccactgcgtcaccatgacgcctgtcttgtatttttaaaatactttgtaggaagtctacatgatgacatcatagAAATGTGGCCTCTGTTtggtgctttctcagttattagcctaggcttgagatcagaacagaaaattgaTTTATATTGAAGAAGCTGGATAATGCTTAGGAGTATTGAAGGAAATTGTGCATTACATTGTGGCGATACAGTGACATTGTGGTGCAGTGgatagcatgatcacctcacagcaagaaggtcgctggttcgagccttggctgggcgtgttggcatttctgtgtggagtttgcatgttctccacgtgttcacgtgggtttccttcgggtgctccggtacAGGTGACAGGTACaggcatgcagtacaggtgaattgggtaagctaaaattgtccgtagcgtatgtgtgtgaatgagagtgtatgggtgtttcccagtgatgggttgcagctggaagtgcatctgctgcgtaaaacatatgctggataagttggcggttcattccgctgtgaggATCTcagattcataaagggactaaaccggaaagaaaatgaatgaattgtggtgaTACCTATGATAATTTATTGGCTGTTTAAATTGCCAGAAAATTAAGTTATATTAGTCCTATTagcgcccctgaattattagcccccctgtttattttattccacaatttctgtttaacaaagagaagatttcttaaactaatttctaaacataatagttttaataacttgtatctaataactgtttttttttatctttgccatgatgacagtaaataatatttgactacatatttttcaagacacttctatacagcttaaagtgacatttaaaggcttaactaggttaaataggcaggttagggtaattaggcaagttattgtataacgataattTGTTGTgtagaaaatatagcttaaaggggctaataatattgaccttaaaatgtttttttttattaaaaaaaattgtgcttttaatctagccaaaataaaacaaataagactttccccagaagaaaaaaatatcagacatactatgaaaatttccttgctctgttaaacataaaaaatatttcaaatatttaaatatttaaaaaaataataataataaaagaggggctaataattctgaggcCAACTGTACttaatgcataaaaaaagaagtaaaaaagttCAAAAATATCTAGCTACTCATGTAAAGTAGGACTAGAGGCAGAGAATCTAAAACTTGCTCAGAACAGCTGTTGctatcaaatattgtttacttcaAGTTTAACAATGAAGGGATTGATTGAAAAGGTCTATTCATGAAGTGAATTTTCATGCTaacttgtaaaagtattttgtagtacactgcaaaacccaacagtcaacgttatcaaatgaaatgagagtAGTTAACtcaattgactgaaagttaattctactcatttgaaaagagttttgaactcagcattgaaggtaatgagttaactaAACACCTCATTacctcaacttaaatggagtaagtttttAGTTCTCATgcagattagtttaactcaaatggtttgcagcaatcggtttcctcaaacatttTGAgatgccttaacttattgggtttaacagtactcagttggtttgagttctcttcatttattgggttttactgtactcaaaATACTTAGTGTACTCAAATCGATTAAGCTcccagtactcatatagattagtttttcaaatggtttgagttaccttaactttttggttttacagtgtattttaaaacacaaaaatacagtattttttattacatttgctgtattttatactttattttgattCACGTAAAATGGGGGTATTtggtatttcattttaaaacatttcaatgtattttagcCCATCCCTGGTCACTGCTTTGTTATACCTCAATAGATTTGTCTTGTTGTTTTTTACCTTACATTGATTGTAGAAAAGCATTTCAGTGGATTCACTGACTGAATCAATGTCGCtcctttttaaagtgttttgcaTAAAGACTAATTTGATT
>TCONS_00009692
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>TCONS_00009693
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Function

GO:

id name namespace
GO:0048731 system development biological_process
GO:0030154 cell differentiation biological_process
GO:0007275 multicellular organism development biological_process
GO:0009888 tissue development biological_process
GO:0048856 anatomical structure development biological_process
GO:0048869 cellular developmental process biological_process
GO:0045595 regulation of cell differentiation biological_process
GO:0032501 multicellular organismal process biological_process
GO:0032502 developmental process biological_process

KEGG:

id description
ko03230 Viral genome structure
ko05164 Influenza A
ko03200 Viral proteins

ZFIN:

id description
ZDB-GENE-030131-1805 No description available

Ensembl:

ensembl_id ENSDARG00000103294

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TCONS_00011019 False 3531 lncRNA 0.37 4 42400249 42407668
TCONS_00009692 False 3534 lncRNA 0.37 4 42400249 42407668
TCONS_00009693 True 534 lncRNA 0.39 2 42400291 42401165

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
XLOC_004940 TCERG1L coding upstream 200995 41991635 ~ 42199254 (+)
XLOC_004939 NA coding upstream 440520 41956938 ~ 41959729 (+)
XLOC_004938 bnip3 coding upstream 694339 41697664 ~ 41705910 (+)
XLOC_004937 NA coding upstream 817451 41580801 ~ 41582798 (+)
XLOC_004936 kif5ba coding upstream 848650 41510492 ~ 41551599 (+)
XLOC_004942 ebf3a coding downstream 28660 42436328 ~ 42579702 (+)
XLOC_004943 NA coding downstream 53457 42461125 ~ 42464230 (+)
XLOC_004944 NA coding downstream 356240 42763908 ~ 42781488 (+)
XLOC_004945 CABZ01077176.1 coding downstream 395320 42802988 ~ 42874746 (+)
XLOC_004946 NA coding downstream 700073 43107741 ~ 43151121 (+)
XLOC_004935 FP236323.1 non-coding upstream 939615 41460518 ~ 41460634 (+)
XLOC_004933 NA non-coding upstream 984964 41413512 ~ 41415285 (+)
XLOC_004931 NA non-coding upstream 1106086 41248760 ~ 41294163 (+)
XLOC_004947 NA non-coding downstream 968818 43376486 ~ 43475540 (+)

Expression


Co-expression Network