XLOC_004983 (oat)



Basic Information


Item Value
gene id XLOC_004983
gene name oat
gene type coding
species zebrafish (Danio rerio)
category of species model fish

Chromosome Information


Item Value
chromosome id NC_007123.7
NCBI id CM002896.2
chromosome length 49182954
location 46960579 ~ 47042081 (+)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome

Sequence


>TCONS_00009748
GCGGCAGAAGAGAAGAGTCCCGCACCGACCCGCATCAGTGTGAACAGAACAAGTCATTATGAACAGCATGAAGAGTCTGATGAGAGGCGTCAGCCGAGTGACGCCCTCCCTAACCCGCGCAGTGCATTCTGGGATGCGCACATCCTCCTCTGCAGCCTCCAGAGCTAAAACACAGGAGCGTCCGATGACGTCAGAGGAGGTGTTCGCCCGCGAGGACCGATATGGCGCTCACAACTACCACCCGCTGCCTGTCGCCCTGGAGAGAGGAGAAGGGGTTCACATGTGGGATGTTGAGGGCCGCAGGTACTTTGACTTTCTGAGCGCCTACAGTGCAGTAAACCAGGGTCACTGCCACCCCAAGATCATTGCGGCGCTGACGGCTCAGGCATCCAGACTCACACTCACATCCAGAGCCTTCTACAACGACATCCTGGGCGCCTACGAGCAGTACATCACCGGCCTGTTCGGATACGATAAAGTGCTGCCTATGAACACTGgtgTGGAGGGTGGAGAGACGGCTTGTAAACTGGCCCGAAAGTGGGCGTACAGTGTCAAGGGCATCCCTAAATATGAGGCCAAGATAGTTTTTGCAGCTGGGAATTTCTGGGGTCGTACGATGGCGGCTATTTCCAGCTCGACGGACCCCAGCAGTTATGATGGTTTCGGGCCCTTTATGCCTGGATTTGAGCTGGTGCCGTATAATGACATTCCTGCACTAGAGAAAGCACTACAGGATCCACATGTGGCTGCGTTTATGGTGGAGCCCATCCAGGGTGAAGCGGGTGTCGTCGTTCCTGATGCCGGATACCTGCAAAAAGTCCGGGAACTCTGTACTAAATACAATgttctgttcattgCTGATGAGGTTCAGACGGGTTTGTGTCGCACTGGCCGCCGGCTGGCTGTGGACCACGAGGCTGTGCGGCCAGATCTGGTGATTCTGGGTAAAGCTCTGTCAGGAGGAGTATATCCTgtgTCTGCAGTTCTGTGTGATGATGAAGTGATGCTGACCATCAAACCCGGAGAACACGGATCCACATATGGAGGAAACCCTCTGGCTTGCCGTGTCGCCATCGCTGctctggagGTTCTGGAGGAGGAGAATCTGGCTGCGAATGCTGAGCGTATGGGGCAGATCCTGAGAGCCGAACTCAACAAACTGCCCCGAGAGATCGTGAGCGGCGTCCGAGGAAAGGGCCTTCTGAACGCCATCATCATCAAAGAGACTAAAGACTATGACGCCTGGCAGGTGTGTCTGCGTCTCCGTGACAACGGACTGCTGGCCAAACCCACTCACGGTGACATCATCAGACTGGCCCCGCCCCTCACCATCAACGAGCAGGAGGTCAGGGAGTGCGTGGAGATCATCAGCAGGACAATCCTCTCCTTCTGAAGACTCCGACTGAAGATTTCAGCTGCTTTTAGGCTTCTTTTATCCCGCGTAGTGCTGCTGTTACTCTGATCCTACTTCTAGCGCTTTCAGTTGCTCATTCGTCCTGTTTGTCTGTCATTCTCAGCTGATTGTGAGGCTCCAGAGTAGTGTGCTGCTTCCCAATTCGCAtgctatccatcctaaatagtattcagAAATATTAATAGTGTGTTCCAATTTATATTATGGTGGAAAGAATATTCCTGGatgaaacattattattattatgtatataatatatttttattattattattataagttcaCACTCTTATTGGCTAATATTAACAAGAATGCATTTGATGTTGGTCGTGAATTCGATTATAACTACAAACACAGGTCAAGAATGTtgaaaaactacaaacatggccgATTACGAAGACTGATGGTGACGTAAA
>TCONS_00009749
TGTGAACAGAACAAGTCATTATGAACAGCATGAAGAGTCTGATGAGAGGCGTCAGCCGAGTGACGCCCTCCCTAACCCGCGCAGTGCATTCTGGGATGCGCACATCCTCCTCTGCAGCCTCCAGAGCTAAAACACAGGAGCGTCCGATGACGTCAGAGGAGGTGTTCGCCCGCGAGGACCGATATGGCGCTCACAACTACCACCCGCTGCCTGTCGCCCTGGAGAGAGGAGAAGGGGTTCACATGTGGGATGTTGAGGGCCGCAGGTACTTTGACTTTCTGAGCGCCTACAGTGCAGTAAACCAGGGTCACTGCCACCCCAAGATCATTGCGGCGCTGACGGCTCAGGCATCCAGACTCACACTCACATCCAGAGCCTTCTACAACGACATCCTGGGCGCCTACGAGCAGTACATCACCGGCCTGTTCGGATACGATAAAGTGCTGCCTATGAACACTGgtgTGGAGGGTGGAGAGACGGCTTGTAAACTGGCCCGAAAGTGGGCGTACAGTGTCAAGGGCATCCCTAAATATGAGGCCAAGATAGTTTTTGCAGCTGGGAATTTCTGGGGTCGTACGATGGCGGCTATTTCCAGCTCGACGGACCCCAGCAGTTATGATGGTTTCGGGCCCTTTATGCCTGGATTTGAGCTGGTGCCGTATAATGACATTCCTGCACTAGAGAAAGCACTACAGGATCCACATGTGGCTGCGTTTATGGTGGAGCCCATCCAGGGTGAAGCGGGTGTCGTCGTTCCTGATGCCGGATACCTGCAAAAAGTCCGGGAACTCTGTACTAAATACAATgttctgttcattgCTGATGAGGTTCAGACGGGTTTGTGTCGCACTGGCCGCCGGCTGGCTGTGGACCACGAGGCTGTGCGGCCAGATCTGGTGATTCTGGGTAAAGCTCTGTCAGGAGGAGTATATCCTgtgTCTGCAGTTCTGTGTGATGATGAAGTGATGCTGACCATCAAACCCGGAGAACACGGATCCACATATGGAGGAAACCCTCTGGCTTGCCGTGTCGCCATCGCTGctctggagGTTCTGGAGGAGGAGAATCTGGCTGCGAATGCTGAGCGTATGGGGCAGATCCTGAGAGCCGAACTCAACAAACTGCCCCGAGAGATCGTGAGCGGCGTCCGAGGAAAGGGCCTTCTGAACGCCATCATCATCAAAGAGACTAAAGGTCAGAAGCAGAGCAGCACTAAACCACCAACACTGAATTTTAAATCAgtttcaattcatctttaattCTATAGCGCTTTTTAAATTGTAGATTGTGTtaagaaaaggaaataaaagcCATAATAATTCAAATTGTGGAGCAGTCCTGCAGTTCAGGCTGGCAGAAGAGTAGTGTAGAGCGCTGGGGTAGTTCTAGTCAATTGAAACTGAATCAGTCATTGTTCTGAAGGCGAGTTTAGTTTGGATCAGCTCATTTCAGCATGTGGCCACAGAAATATCGTAGTCAGATCCACTTTTTTCCAGTCTGAGTGATTGTTATTGCTCTAAATAAGATTTATGTGGTGTTGATGTGCGAATACTGACTGCGCACAATGAATTTCCAGTCAATCGTCTAGTGTTGTGTGGGATGTTCAGGCTTTATTTGAGTACAAAACATCAGCTGTGAGAGCAGAACCTGTCAGAAGCACAATAAGATAAAACAAGACGATTAGACATCGATTAAGTCAGTGATCGCTCTATATGTTCAacttctgtacagagaggtcacgtTTTAAACTACTGTTGATCTCGTGCAGTCACGTGATGCAAGCTTGAACTGTGCAATGCAGCAAAACGGGAAACTTAAGGCAGAAGCTTGCGTTTACAGTTTGCTGCATGCGtattaatggaagtctacggggtGTTTgggttgaattttttttctttcatgattCATCAtcaaaaaggatagatagatagNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNtagatagatagatagatggatggatggatggatggatggatggatggatggatagatagatagatagatggatagatagatagatggatggatagatagacggatggatagatagacggatggatagatagatggatggatggatagatagatggatggatggatggatggatggacggtcggacggacggacggacagacagacagatagatagatagatagatagatagatagacggatggatagatagacagatggatagatagatagatagatagatagatagatggacggacggacggacggacggacggacggacggacggacggacggacggacggacggacagacagacagacagacagacagacagacagacagacagacagacagacagacagatagatagatagatagatagatagatagatagatggatagatagatagatggatggatagatagacggatggatagatagacagatagatagatagatagatagatagatagatagatagatagatagatagatagatagatagatagatagatagatagatagatagatagatagatagatagatagatagatggatggatagatatataagatagatagatggatggatagatagatagatagatagatagatagatagatagatagatagatagatagatagatagatggatagacagatagatagatagatggatagacagatagatagatagatggatagacagatagatagatagatggatagacagatagatagatagatggatagatagatagatagatagatagatagatagatagatagatagatagatagatagatagatagatagatagatagatagatagatagatagatagacagacagacagacagacagatagatagatagatagatagatagatagatagatagatagatagatagatagatagatagatagatagatagatagacagatggatagacagatagatagatagatggatagacagatagatagatagatggatagacagatagatagatagatggatagatagatagatagatagatagatagatagatagatagatagatagatagatagatagatagatagatagatagatagatagatagatagatagacagacagacagacagacagacagatagatagatagatagatagatagatagatagatagatagatagatagatagatagatagatagatagatagatagacagatggatagacagatggatagatagatagatagatagatagatagatagatagatagatagatagatagatagatagatggatggatagatagacggatggatagatagacggatggatagatagatggatggatggatggatggatggatggatggacggatggacggacggacggtcggacggacagacagacagatagatagatagatagatagatagacggatggatagatagacagatggatagatagatagatagatagatagatagatggatggatggatggatggatggatggatggatggatagatagatagatagatggatagatagatagatggatggatagatagacggatggatagatagacggatggatagatagatggatggatggatagatagatggatggatggatggatggatggacggtcggacggacggacggacagacagacagatagatagatagatagatagatagatagacggatggatagatagatagatagatagatagatagatagatagatagatagatggatggatagatagacggatggatagatagatagatagacggatggatagatagacggatggatagacagatagatagatagatagatagatagatagatagatagatagatagatagatagatagatagatagatagatagatagatagatagatagatagatagatagacggatggatagatagacggatggatagatagatagatagacggatggatagatagacggatggatagacagatagatagatagatagatagatagatagatagatagatagatagatagatagatagatagatagatagatagatagatagatagatagatagatagatagatagacagatagatagatagatagacggatggatagatagatagatagatagatggatagatagatagatagatagatagatagatagatagatagatagatagatagatagatagatagatagatagatggatagacagatagatagatagatggatagacagatagatagatagatagatagatagatagatagatagatagatagatagatagatagatagatagatagatagatagatagacagacagacagatagatagatagatagatagatagatagatagatagatagatagatagataaatagatagatagatagatagatagatagacggatggatagatagacggatggatagacagatagatagatggatggatagatagatagatagatagatagatagatagatagatagatagatagatagatagatagatagatagatagatagatagatagatagatagatagatagatagacggatggatagatagatagacggatggatagatagatagatagatagatagatagatagatagatagatagacggatagatagatagatagatagatagatagatagatagatagatagatagatagatagatagatagatagatagatagatagacggatagatagatagatagatagatagatagatagatagatagatagatagatagatagatagatagatagatagatagataga

Function


symbol description
oat Predicted to enable identical protein binding activity; ornithine-oxo-acid transaminase activity; and pyridoxal phosphate binding activity. Predicted to be involved in arginine catabolic process to glutamate and arginine catabolic process to proline via ornithine. Predicted to be active in cytoplasm. Human ortholog(s) of this gene implicated in gyrate atrophy. Orthologous to human OAT (ornithine aminotransferase).

GO:

id name namespace
GO:0010121 arginine catabolic process to proline via ornithine biological_process
GO:0019544 arginine catabolic process to glutamate biological_process
GO:0005737 cytoplasm cellular_component
GO:0030170 pyridoxal phosphate binding molecular_function
GO:0008483 transaminase activity molecular_function
GO:0042802 identical protein binding molecular_function
GO:0004587 ornithine-oxo-acid transaminase activity molecular_function
GO:0003824 catalytic activity molecular_function

KEGG:

id description
ko00330 Arginine and proline metabolism
ko01007 Amino acid related enzymes

ZFIN:

id description
ZDB-GENE-110411-148 Predicted to enable identical protein binding activity; ornithine-oxo-acid transaminase activity; and pyridoxal phosphate binding activity. Predicted to be involved in arginine catabolic process to glutamate and arginine catabolic process to proline via ornithine. Predicted to be active in cytoplasm. Human ortholog(s) of this gene implicated in gyrate atrophy. Orthologous to human OAT (ornithine aminotransferase).

Ensembl:

ensembl_id ENSDARG00000078425

RNA


RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TCONS_00009748 False 1830 mRNA 0.51 10 46960579 46985891
TCONS_00009749 True 4912 mRNA 0.39 8 46967789 47042081

Neighbor


gene id symbol gene type direction distance location
XLOC_004982 fam53b coding upstream 22623 46883785 ~ 46937956 (+)
XLOC_004981 hpdl coding upstream 79577 46869271 ~ 46881002 (+)
XLOC_004980 adkb coding upstream 91945 46841918 ~ 46868634 (+)
XLOC_004979 vclb coding upstream 124639 46791907 ~ 46835940 (+)
XLOC_004978 plaub coding upstream 194279 46740584 ~ 46766300 (+)
XLOC_004985 zranb1a coding downstream 2626 47044707 ~ 47072007 (+)
XLOC_004986 mtr coding downstream 39702 47081783 ~ 47115440 (+)
XLOC_004987 CABZ01088982.1 coding downstream 80023 47122104 ~ 47123266 (+)
XLOC_004988 RYR2 coding downstream 120375 47162456 ~ 47456979 (+)
XLOC_004989 chrm3b coding downstream 382346 47424427 ~ 47430918 (+)
XLOC_004973 CABZ01111725.1 non-coding upstream 357024 46603441 ~ 46603555 (+)
XLOC_004970 NA non-coding upstream 417390 46542671 ~ 46543189 (+)
XLOC_004963 NA non-coding upstream 728708 46188296 ~ 46231871 (+)
XLOC_004962 NA non-coding upstream 858159 46078647 ~ 46102420 (+)
XLOC_004961 FO904966.2 non-coding upstream 896816 46046268 ~ 46063763 (+)
XLOC_004991 NA non-coding downstream 537941 47580022 ~ 47580566 (+)
XLOC_004992 NA non-coding downstream 564790 47606871 ~ 47610330 (+)
XLOC_005002 NA non-coding downstream 1286785 48328866 ~ 48330894 (+)
XLOC_005005 NA non-coding downstream 1372446 48414527 ~ 48419991 (+)
XLOC_005007 NA non-coding downstream 1506013 48548094 ~ 48573203 (+)

Expression



Co-expression Network