LOC120552213 (tmem56,LOC103482516,LOC104925854,LOC107094156)



Basic Information


Item Value
gene id LOC120552213
gene name tmem56,LOC103482516,LOC104925854,LOC107094156
gene type coding
species eurasian perch (Perca fluviatilis)
category of species economic fish

Chromosome Information


Item Value
chromosome id NC_053133.1
NCBI id CM020930.1
chromosome length 31697812
location 11425954 ~ 11445755 (+)
genome version GENO_Pfluv_1.0_2020_eurasian_perch_Genome

Sequence


>XM_039790048.1
ccAGCGTCCAGCATCCACACACCACCACCGCCCACCCCGTTGTTTCTGTAATCGAGCGTCGAGCTGCATGATTTGCACCTCTGCAATTAAGCACGTTCGGCGTGGGATGGGATTCTCGCTAAACACCGCAAAGCTGTCATACACACGGAGCTCCAGCCCCGTCGCATCCCCCACAAGTTGCTAGCGTGTGTGGACAGGAGCAAGAGGCGGGCTTGTTTATCAAAAATGACTCGACATGGCTGTGTCGTTGACTCAACATACACGGCTTCGCGAACGACACTGGAAGCCATAACCAGTTGAGAGAGTGAGGCGTCAAATCATCTTAATGAAAGTCATAAGTGGGGTTGGGTGGCCATGGACCCATTCAGCCAGCTTATTCTCACCATCTCGGTGACCAGTTTCTTCACCTTCCAGTGGCTCTTCCACAAAGTCAGCCCCTGGATGTCCGTGCGCATCAGCCCCAGCTTCCTCAGTCTCAGTGACAAGCAGAAGGTGGAATGGAACTCAAGGACGGTGTCAACGTTTCACGCACTGTTGGTGGGAATCTTCTGTCTCTACATCTTGTTCTTTGATGATGCCGTCAATGAAGACCCAGTCTGGGGAGATCCTACGCTGGTGAAGACTAATGTTGCCATCACAACAGGCTACCTCATATCTGATCTGCTGCTAATATTTTTCTATTGGAAGGCGATAGGCGACAAGTTTTTTGTAGTTCACCATCTGGCAGCGTTGTATGCTTACTACTATGTACTGGGTGAAGGAATGTTGCCTTATTTTGCTAACTTCCGTCTGCTTGCTGAGTTTTCTACACCATGTGTGAACCAGCGctggTTCTTTGAGGTACTAGGTTATCCCAAGTCGTCCCGGCCCAACATGGCGAATGGTGTTGCCATGGCAGTAGTCTTTTTCATGGTCCGCATCGCCGTCATGCCAGTCTACTACATTCGTATGTATGTGGTCTACGGCACTGAGGCCTTCTACCTGGTGCCCTGGGGTGGCCGTGTAGCCTGGATCGGCTCCAGTATCTGCTTGGACATCATGAACATTATGTGGATGCATAAGATCGCCCGCGGCTGCTACAAGGTGCTGCGCTCGGCACGCCAGAGCAAAGCCTGCGCGCCTCAGGAGAATGGGAAGACGGATTAAGGGAACTGGGGTGTCAGTGGTGAGGAAATGCCACAACAGAGACAAAATGATGTCACTCTCAGTGCATTGTAGAGCAGCAGCTTGGACACTTACTGTCACACCTGGGACGAGTGATATCACAGGACCGAATGTAATGAGGGAAATTTGAGATTTTTGAACAGGCGTTGAGATGTACCGATGGACCGTTTAACTGGCCACCCCTAAGCCATGAAATGACCTCTTAGCAATACTCTGTGTGCATGGCCACTTATTTTTCTCTTGAACAATTTACCACTACACTAAAGTGTTCGTTCTGGGACAACGGACTGCTAAACCCAACCACAAATTGTCAAAAAGTTTACCGTTCTTTACATAAGTAGTGTTCAAcaaaagtaaaatgttttttttaataattattattactgcTGCCTGAGTCCCACAatacaaatgatgaaatatgagTCAATGTTGATGGTGATGCAAATATTTGAGGGAACCTGTTAAAGCGATTCAGTGATTCCTCAATGATTCCTCATTTGTCAGATGCCTGTTGAGGAGAAGGGTCGAGCATCTCTTCTTCCTCAGTAAATCCTGAGGTAAATTTGCAGGGACTTGACTGACACAAGATGGGATTACATCAAGTGCAATCCAGATAAGAATAAGTATGGATAAATCAGTTCATCACTCACCCACTGTCATTCAGTTAAatctttagtgcgtaactttttaatattaaagTCAATtatattcaagccattgccaaatgctaattaagaccatcagctccacacaactctctctgtatttctcagtatggctttGTTTAGAAGATTGTGTTGTCCAGCGACTTTTGCGCACAAAAACTCAAgagaagataattacctcttctgaagagtccgtcattttttttcttctccgtgtcctccttgactactagcaactgcgttgaggaggggtgggggtggtgcgcaatcacagaaggcttgtatcatgtggacacaccgacagttttgttgtcattacttagaattcatttaaaaaacagccTTTTAGGACATGCATTGGAATATCATGAGGTTGCATTTGTTGTTGatttatacagtataatatagGGTTAAACAGGCATTGTTAAGCTGTATGtagtctgttttttgttttgttttgctgggGTCGAGGCAAATGGGTTTTTAAAAGTACAATTAAAGATACTGATTTGGATAAAAGGGAGACAGATGGCGGAGTaccttaaaatgtgaaaaaaggtAAACTGAATGTCAATGCTCTGTTTGTACGCTGACATTAAGCAAAGCATTAACATTAGTTTTCCTTAATATTGAGGCAGAACAGTTTTCAGTCGATATTTAAATCCTCGTGATTAAATATGTATACAACTTGACCCTGTTTTGTGGGAGctgatatattatattatttcacaTTGTGCAATGCATGTTAAGGGGTGAAACACATCTGGAGTGCTGATTTGAAATCCGTGTCGCAgacaaacctttaaaaaaaaaacaaaaaaaacagtgcagACAAAGAGCAATTGCTTTGAAATGTTGGTGTATGCTAGGAGGGCTGGTGGGAGATCTGACACTCCTTTAGGTCTCCAGCATCAGGTGTTTATTTACTATTCACACTTCCTATTTGTGATATCTTTTTAGGCACAGACTATATAAATTTACCCACAGGCAACATTTGCCAACAAGCTGCttgctgctgtgtgttttgaCCACGAAGAATTTGGACATTTTAGCCAGCAAGTTAAAACTAGTACATGATTTCAGTACATCCATTTGACTGATTTTGTTTCTTCAGATTTAAGTTTATGTCAAATCAAAGACTGTTTCAAGTAGCAGTAGTTCTGTATATGTGAAACAAATATGTTGTAGTTGTTTTAGCACATTAGCTTCTGTCTCATTTTACATTTGATTTCAGTATAGCTGTGAAACATAATGTGAAaatccatatttattcagatTGGTACAGggattgtgttttgttttcagtgGACAGGAATATGGAAAGGTTTTAAAGAtttccacattttaattgttttcatcATTCTACTGACAAAGTAGTTACTCGTCGTACAACACTGAACACAAATCTGTTcgaaggttgttttttttaagaccaTGTCAAATTTGTTCAAATTAGATTTTGCGATTTCTCGATGATTTATGAAATGTGTACTTGAATTTTCATTGTAAATGTATCTTTATATGAGCTGTACATCGAAAGCTTCTGTCAAATGTTTTGTGAAACACAAACAGGGATTGCTAGTTTTGAAAGTATACGCCTTGCTATAttcagcattttattttgttgcctttttaaaaatatttcgTTAACATTGAACATTAACACTGAAATATGTGTTCCACGTCTGATGCCTGTCTAATGTGATTGTTTGGCCTTTTGTCATAGTTCCAAATGTAAAACCAAGAGTACGGCTGGTTGTTTTAGTGCTTTTGTTacaattttaaagatttacgTATTTCTGCCAGCGCTTTAGCCATTACTACTCCAAAAGACTCTTTCTTTTTCATAGCCATTAGCATTTTCATACAACAGTGCCAACTTGCAAGCATGATTTGGTGGTTCAGACCAATTCTGTTCAAATAACCATCTCTCTGCACGCTGTAGCTGATAGTCACAGTATGATAAGGCTCTGTGTCGTTGGGCGTGGTAAAACAGTGTGAAAGACTTCTTTCACTTATGCCGTTTGATTATAGGCATTGTGTTTGGACCACGATGGATTTGGGTGGATGTTTGCTATATCTCACATCTAGAAAAAGAGTCAGGCTGTGTTAATATTTCACTGGAATTAAATGGAAATCATGCAAGGGGTTCAGGACAGCAGACCACTTCTATTAGAATCAGGGCTGGCTCTGTATGCATGGTCAATATGGTCTTCTTCATGCACCCTCTATAACTGCATGTGGTATTGCATGGGGATTGCACTGTAAACAAAATAGCATATACATTTGCAAGACTGCAAGTtttgttcttttccttttcttagTACATGTATATAATGTTTACTTAAACGTTATTCTTGTACTGTGCCACATAATGTAATCCACACATGATAACAATAAGGGTAAGGAGGACATCAGGTAACACAATAATCATCattaataaatggtaaattgataaATTAAATGTTAGTTAATAATCATTTTACGGTTAACAGTGAAATTATGATCTAGGATGTTTACTAATGATTAGTAATGCTATTATTTATGTTATTGTATCAGTAGTTTAGTGCCAAAAAAGAATTAGTTCATACATGTAGATAGTTAATACTTTAATGTCaatagataattttttttggaaAGTATTATAACGTTGCAACTCATGCTTATCATAATAAGTTAATGGTTAATAAGTGGTTTATAAAGCACCAAGTAACATTAATTTGGTGATCCATAAAAGATGATTATTTGATTGTGTGCACTGATAATTGCTATCTgaataatgtttatagatgctttacaaagtatttattagtgttAACCGTTAACAAGGTATTATAATCACCAGTTGCaatagccatccaaataatgtttattgacGGTTTACAAACTCTTTCTTAAAGGTTTACGAAtaatttggtaatcattaacCAATACTTAATATAGCCTACTCTATAAATGTCATCATGTGTGCAACAATAAACTGTTAACAGTTAAAATAGCATAGCGTATAGCATTACTAATAATTGGTGaacattaattatttaattgttaACAGTAAACTATTAACTTAAGTTTAATTAATTATCAATTTACCAGTTATTAGTGATGTTATTAAGTGTTACTGAATGTCATAAAGCAGGTAATTAGTATAATATCCAGCACAGAAATAATCATAAAGGGAATACTTGAACACTAATAATCAGCACAGTCTATAACAATCTGGACGGTGCAAATTAACATTAATCCTATGAGCATCTTGCTTTATAAGCGTACCATTgtctttaatttattaatttcaacAGAAGTAGACCCAAAACAAAGCAGATGCTATGGTGATAGAACACATGGTGTCAGCTTGGTAAACTGGTGTTGGTGTTTCTGTTCTGAATGTTGTATGGGCGAGAGATGCGAGTAGGTGGAGTGTTTAGTGACATTCTATGAATGTATTGGAGAAGAGGAAATATTTGTCATCTTCATTTGTTCTTTACAATAAATACCAAATTAACTGA

Function


NR:

description
PREDICTED: transmembrane protein 56

GO:

id name namespace
GO:0016021 integral component of membrane cellular_component

KEGG: NA

RNA


RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
XM_039790048.1 True 5338 mRNA 0.39 7 11425954 11445755

Neighbor


gene id symbol gene type direction distance location
plcxd2 LOC103354532,LOC100692427 coding upstream 57889 11357557 ~ 11368065 (+)
bmp6 bmp6,LOC102783604 coding upstream 590910 10788845 ~ 10835044 (+)
pdcd6 pdcd6 coding upstream 656753 10744678 ~ 10769201 (+)
tm9sf1 tm9sf1 coding upstream 730345 10686028 ~ 10695609 (+)
pck2 pck2,LOC104953087 coding upstream 870646 10542337 ~ 10555308 (+)
bco1 bco1,LOC108244032,LOC100692880 coding downstream 5338 11451093 ~ 11456575 (+)
zc2hc1a zc2hc1a coding downstream 20445 11466200 ~ 11476419 (+)
ctnnd2a LOC102291374,LOC102215396,LOC108244022,LOC103353359,LOC101484208 coding downstream 49722 11495477 ~ 11779385 (+)
mtmr6 mtmr6,LOC102775911 coding downstream 420518 11866273 ~ 11880148 (+)
amer2 amer2 coding downstream 445072 11890827 ~ 11896349 (+)
LOC120552466 NA non-coding upstream 456625 10956608 ~ 10969329 (+)
G219046 NA non-coding upstream 479866 10875049 ~ 10946088 (+)
G218908 NA non-coding upstream 761171 10632987 ~ 10664783 (+)
G218910 NA non-coding upstream 766515 10640646 ~ 10659439 (+)
G218899 NA non-coding upstream 826153 10591619 ~ 10599801 (+)
LOC120552242 NA non-coding downstream 37513 11483268 ~ 11486685 (+)
G219141 NA non-coding downstream 48701 11494456 ~ 11494655 (+)
G219152 NA non-coding downstream 361741 11807496 ~ 11809111 (+)
G219153 NA non-coding downstream 363639 11809394 ~ 11810168 (+)
G219154 NA non-coding downstream 365516 11811271 ~ 11811514 (+)
phldb2b LOC104958614,LOC100693428,LOC103354549,LOC108244019,LOC101481236,LOC102301890 other upstream 7478 11371450 ~ 11418476 (+)
G219081 NA other upstream 77549 11347182 ~ 11348405 (+)
tmem14ca LOC104958612,LOC101162485 other upstream 83249 11340327 ~ 11342705 (+)
zgc:101569 LOC102309791,LOC106455900,LOC102784166,LOC100695384,LOC101475816,LOC106931939 other upstream 609979 10769375 ~ 10815975 (+)
ipo4 ipo4,LOC102785023 other upstream 706640 10703138 ~ 10719314 (+)
LOC120552281 dap other downstream 345258 11791013 ~ 11807308 (+)
relch kiaa1468 other downstream 987449 12433204 ~ 12471820 (+)
sec61g NA other downstream 1070544 12516299 ~ 12518308 (+)
cntnap2a cntnap2,LOC102795000,LOC103371899 other downstream 1238351 12684106 ~ 13088981 (+)
arxa arx other downstream 2163599 13609354 ~ 13616695 (+)

Expression



Co-expression Network