pacsin2 (pacsin2)


Basic Information

Item Value
gene id pacsin2
gene name pacsin2
gene type coding
species eurasian perch (Perca fluviatilis)
category of species economic fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_053134.1
NCBI id CM020931.1
chromosome length 29109922
location 10200774 ~ 10225902 (+)
genome version GENO_Pfluv_1.0_2020_eurasian_perch_Genome

Sequence

>XM_039791715.1
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Function

symbol description
pacsin2 Predicted to enable phospholipid binding activity. Acts upstream of or within cilium assembly. Predicted to be located in caveola; endosome; and ruffle membrane. Predicted to be active in endosome and plasma membrane. Is expressed in several structures, including anterior axial hypoblast; axial mesoderm; axis; hatching gland; and notochord. Orthologous to human PACSIN2 (protein kinase C and casein kinase substrate in neurons 2).

NR:

description
protein kinase C and casein kinase substrate in neurons protein 2-like isoform X1

GO: NA

KEGG:

id description
K20123 PACSIN; protein kinase C and casein kinase substrate in neurons protein

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
XM_039791715.1 True 3469 mRNA 0.42 12 10200774 10225902
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XM_039791717.1 False 3328 mRNA 0.42 11 10200774 10225902
XM_039791718.1 False 3280 mRNA 0.42 10 10200774 10225902

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
ttll1 ttll1,LOC102779306 coding upstream 3535 10187418 ~ 10197239 (+)
trnay-gua_59 NA coding upstream 5568 10195120 ~ 10195206 (+)
trnay-gua_58 NA coding upstream 6258 10194430 ~ 10194516 (+)
trnay-gua_57 NA coding upstream 8362 10192326 ~ 10192412 (+)
LOC120553550 mcat,LOC102779964 coding upstream 17492 10175143 ~ 10183282 (+)
arfgap3 arfgap3 coding downstream 727 10226629 ~ 10234656 (+)
LOC120553694 ikbip coding downstream 9114 10235016 ~ 10241505 (+)
uhrf1bp1l NA coding downstream 23856 10249758 ~ 10284100 (+)
anks1b anks1b coding downstream 62575 10288477 ~ 10522237 (+)
depdc4 depdc4 coding downstream 412686 10638588 ~ 10643771 (+)
LOC120553125 NA non-coding upstream 264181 9934175 ~ 9936593 (+)
G226930 LOC104947167 non-coding upstream 332689 9867575 ~ 9868085 (+)
G226921 mtpn non-coding upstream 374249 9796473 ~ 9826525 (+)
G226922 NA non-coding upstream 394172 9806242 ~ 9806602 (+)
G226918 NA non-coding upstream 446658 9751944 ~ 9754116 (+)
G227088 NA non-coding downstream 312294 10538196 ~ 10538689 (+)
G227107 tcp11l2,LOC102777109 non-coding downstream 399544 10625446 ~ 10627982 (+)
G227108 NA non-coding downstream 402906 10628808 ~ 10630212 (+)
G227116 NA non-coding downstream 439807 10665709 ~ 10667280 (+)
G227139 NA non-coding downstream 480008 10705910 ~ 10709545 (+)
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lhfpl3 lhfpl3,LOC101483460 other upstream 1027554 9134594 ~ 9173220 (+)
rps16 rps16,LOC103382554 other upstream 1768077 8426635 ~ 8432697 (+)
LOC120553156 LOC104945813 other upstream 2631471 7566655 ~ 7569303 (+)
LOC120553154 LOC104945813,LOC103356648 other upstream 2668697 7525892 ~ 7532077 (+)
G227121 kera other downstream 471352 10697254 ~ 10699718 (+)
G227141 dcn,LOC103382665 other downstream 506167 10732069 ~ 10737503 (+)
impdh1b LOC104968094,LOC103355171,LOC102293685,LOC102194436,LOC104918784 other downstream 722383 10948285 ~ 10986201 (+)
G227216 NA other downstream 876934 11102836 ~ 11112905 (+)
G227278 LOC104928793 other downstream 1463267 11689169 ~ 11757317 (+)

Expression


Co-expression Network