XLOC_005034


Basic Information

Item Value
gene id XLOC_005034
gene name NA
gene type non-coding
species zebrafish (Danio rerio)
category of species model fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_007123.7
NCBI id CM002896.2
chromosome length 49182954
location 171286 ~ 175519 (-)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome

Sequence

>TCONS_00011048
ttaaaatgagTTAACTGAAGGTTTAAAACTGGTTTGTTCAATGAAAGTAAATACTTAAGTTGAGCAGACTTTACATTTTGAGTTCTTCACTGGATCATCTACTTCCCGTCTTTGCACATGCTCAGTCTGTCTTCGGGTGCCATTTTGCACGAGGTGTCCTCTCACCAGCAGCAGCTGCCATCTCCTGATTCAGGTAAGCTTTGTTTTAGCTTTATTATCAAAATTAATCTAAATAGCGTGCAAAtctaaagtaaaatgtaatgttatgttcCCAAAAAACTAAGTTACATCGTGTGAAGATCATTTCTGACAAGCTCAGGCTAACAAGCTAGCCACCTGTGAAGTGTGCTTCATTTGAAGGACTGTTTAACGTTAATTTGCTTCTTAAACTGGAGGGAAATGTAGTGAAATATTGTTGTTGCAAACAGACATATCTGAGCGGCCGGTCACCACTGTATTGTTAACCCTGTTGTGTCTGTATTAAAACAGCAATGCGATAacattaaaaccacttcaaaataATATTTAGCACACCACTTTAAATATACAGTCACTAGTAGTGTACATATAGTATTCCAGGAGCTTGTGgtgtttatgattatttatttggcATACATTAACCATTTATGAGTTAAgtaacatgtatgtatgtattatttaaatcttctctttttatgtttgcaatatttattttatattgtgctttttaaaaacatcagtttaatttatgaaaacaatttgacctgcaatgttacatttttatttacttttttataggtTTGGAATGCAGTGTAAGTTTTGCAAATTTGTAAACAGTAGCTGAGAAGTTACACTACACACTACATCGCTATCAAGGAGCATCCTGGCAGCAGCCTTGTTTGTTCGCAGACTGCTTCTGCACTTTAAAGACTGTAGGTGCATTAAAATCACATTTGACATGAGCACATTAACAGTCTGCTGCAGTTACTgactatttgatttttttatcctCCTGTAGCTGATGTCCGAAAACAGTGGCCTGCATGTTTTTGGGAGTTTTGGCAAGTTTGCATTTgagattatttatttcaaaatgtataaccCTTGTTCACAATTCATACTATTCATTTTTTATGGTCTGTTTGTAGGTCTATGCTGAGTTTTACAGGATTACTCAAACCAACCTCAAAGATACCTTCTCTTTTTCGGATGAATACGCTATCAAGTTTTATGGATCATGTGGTGGGCGATATGGAGAGATGATAAGGACCGCCCTGGACCAACTGGACAATCAAGTAATTATTTAGCATTCAATCATATCACTGATTAAAGGGGGGCATATTAAACTTTATGGAGTTTACCATGGAGTTTCTCTTTTTGTGTGCAATATTGGAATTCATGCAGGTAATTAATCTTTGAAGTTACAAAACAGTTTGTTCCCTAAAAGAAAAGTTTGTAGCACTGTTTTCACCTCTGTAAAGGATGCTACATTTTCATCTCTTAGTCTTTAGTAGAACAACCATGACTGAGTCCGGCTGACCAGGGAGTGAAAACAGGTGCtgcaacaataattataaagcaaatttcatttttaataattaaaacatgttgGGAATTTCTGATCAAAATGACTAACCTGTGAATAACCATAATTAATGCCCTTCAATTGTAAAGTGGTGCCACCTGTCATCTCTCAGGGTCTGAGCATCTGGTTTAATGTGACAATAGCTGATGACCTATGGCAAGCTGTGTTAACTTTTATTCTATAGCccatactagtatctattttcttgttactagtacttatattttagatactagtatcttttccattaagtactagtacttatttattagttactagtacttatttattagctactagtacttatttattagttactagtacttatttattagttactagtacttatttattagatactagtacttatttactagttactagtacttatttattagatactagtacttatttactagttactagtacttatttattagttactagtacttatttattaattactagtacttatttattagttactagttcttatttattagatactagttcttatttattagttactagtacttatttgatagttactagtacttatttattagttactagtacttatttattagttactagtacttatttattagttactagttcttatttattagttactagtacttatttgatagttactagtacttatttattagttactagtacttatttattagttactagtacttatttattaattactagtacttatttattagttactagttcttatttattagatactagttcttatttattagttactagtacttatttgatagttactagtacttatttattagttactagtacttatttattagttactagtacttatttgatagttactagtacttatttattagatactagtacttatttattagttactagttcttatttattagttactagtacttatttattagatactagttcttatttattagatactagttcttatttattagttactagtacttatttgatagttactagtacttatttattagttactagtacttattaaatagatactagttcttatttattagttactagtacttattttaatagtgactagtaactattctgttgttactcgtaatgaattaaaatttttcCCATTCATTTCTATGGGATCTCTAATTGAGATATcaactattcagttttgactagtatgtaTTCCAGCTGTGACTAGTGCATATTTTTATCTACTAGTAGTTAATCATTAGGTACTAGTACCTATTACTGAGATGCTACTACCTaattaatagatactagtacttatttattagatactagtacttaaatagcttactaatgtttattcatGTAGAGTTGATGCTTAATGGATAatcaattcactatttgctaatgcttaataaatgattcattattaTAAAAGTGTTACCTGAAAAGTTTTATAAATAGAAGGTATATAAATGACTGTGTTACTGACATTACTACCTTCAGTTTCCAAATTAAGTtgctttgcctttgcttttttttaCCTTGCTTTTTGCAGATGTTTGTGATTTAGCAGTAAAAATAGTTTTTCATCctctttttatgtttctttttactGCAGGACACAGAGCCGGAAGATATTTGCACAAAAGAGATGGAGATGGACATCCTTAGCACTGTTGAAGATGATGTTGCCACTCTTCAGACCAACCTAAATGTAAGGTGCCTGTCTGTGGTTCTGGAAGAGCAAATCGTGCTGGAAAAGATCTTCCGACAGCTGTTGTTCTCCTCTTTGGTTTGATTAATTTCCTCATTATGAACTACCCCAAAGAACTGAAACACATCTTTGAAACTATTCAGAAAGTGTTTATTGGCCTTGATCCTCAGTGCTCAGCAAGAGTCCagtctttcaaaaacaaaatgcattggTTTGTACACTGAAATTGTGTTACTCTTGGTGTTGTCACGAAActtaaattcagttttgattttacattttcaaattttaaaaacatccgtTTCCCACCAATTGATTGATTGGCTGTTGTGTTCAAGCgctcaacataaatgactgtgattggctgagaagtTCACCATTTCACTGCTCATCACTGATGTTCatggagtgcaaacacagatacacacacacacacacacacacacacacacaaactggagTGTTTCAAAACATCGCATAGTCGATCCATCAGCGTAACACTTGTATCAGCTTATACACAGACCAGTTGATCAATGTGAAATTCTTAAGTGTCCCTgtgtctgtggttacactcagtaaacagcagtgagtttggtgaactgatgatcttcacGCCCAATCAGtgttttctgttgagcatgtgaacacaatggcaatatAACAGTGTTTAAAACATGGTCAAcaacgctcaaatgttagcaggaaatggacgtttttaaaattataGAACTGATGGGTAACACAATTAAAATATCGTGACAAAACTAATTACTCTCgcactttgaaaaaaatgttgatagtgcaagctttttaaatatttattttgcttaacTCGAGCACTTAAAAGGCAATATAGGATTTGAGGATTTACCTTTTTGTTGCCTCTTTTCCTTCTCTGGACTGCAGTACATTTCATTTGGACAGAAAGCTGTTTGCAGAATTGTCAATAAATATATTCTTTGATATTG

Function

GO: NA

KEGG:

id description
ko03230 Viral genome structure
ko05164 Influenza A
ko03200 Viral proteins

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TCONS_00011048 True 4234 lncRNA 0.32 1 171286 175519

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
XLOC_005033 dnah9 coding downstream 26210 137149 ~ 145076 (-)
XLOC_005032 FO818699.1 coding downstream 47022 118704 ~ 124264 (-)
XLOC_005031 NA coding downstream 105526 64267 ~ 65760 (-)
XLOC_005030 si:ch1073-357b18.4 coding downstream 116911 52468 ~ 54375 (-)
XLOC_005029 wdr45b coding downstream 124301 42592 ~ 46985 (-)
XLOC_005035 NA coding upstream 4681 180200 ~ 180809 (-)
XLOC_005036 CABZ01102039.1 coding upstream 28576 204095 ~ 212843 (-)
XLOC_005037 NA coding upstream 74562 250081 ~ 279335 (-)
XLOC_005038 NA coding upstream 86877 262396 ~ 265201 (-)
XLOC_005039 map2k4b coding upstream 105647 281166 ~ 287633 (-)
XLOC_005042 NA non-coding upstream 162289 337808 ~ 355555 (-)
XLOC_005043 NA non-coding upstream 230668 406187 ~ 408631 (-)

Expression


Co-expression Network