LOC120556076


Basic Information

Item Value
gene id LOC120556076
gene name NA
gene type non-coding
species eurasian perch (Perca fluviatilis)
category of species economic fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_053114.1
NCBI id CM020911.1
chromosome length 46923577
location 39974853 ~ 39985779 (-)
genome version GENO_Pfluv_1.0_2020_eurasian_perch_Genome

Sequence

>TU43725
ctaattaaaggtcccatggcatggtgctctttggatgcttttatatagaccaccatttctagccactgggggaccataggcaggctgggggaacgcatattagtgtttaaaaaaaaaaaaactcatgaagtgtaattttcatgccatgggacctttaaaataagcTGTGAGTTTGGTTTTCTAAAGTAAAACTGGATGTTTCTTGCTCTATCCCTCACCATACAgatgatgatcttatagaacatgatgcattgctgtagattaagcTACCCAATGTTTGTAGTGTTTGTAGTTGTACtagtggagtattttcacaCTGTGGTATAAGTATTTTACTTAAGGGAATGATCTAAAtaattcttccaccactgcacgtATGTACTATGTATGAATTTAATATTAGTGATCTAAAAgatcttaaataaataaattaaatacattaCTGTTGTGAATATCTTATCTTGtaaaatgaaactgaaaatcctctcctctctcccctcaatGTTTTTCTCTACCTCCTCTCTACATTGCTGCTGGACCATCAGTGTTGGTTGCTCCGTGACAAGTCAACAGTGTGCAGCTGCCCTCCagctcctctccatctccctctacTTCTATCACATCTCTCTTTACTGGCCCTTCTATCCACTCTATCTATTATTGGTTCTTTTCACCTCTCTCCTATAACATCTACCACTCATCCCTTAATATAAGGTTTTCTATCTCTCCTGTCAAATCTAATAAATCTATCTAAATTTGAGGTTTTCTATCATTCTATCCCTCTAATTCTATCCCGCTCTATCTACATTTGGTTCTGCACTTGTTGCAAGTTACCCTCTGGTTCTGGTTCAAAGATTATCATACCCATTTGTTCTGGTTCAAAGATTATCATATTGTTCTGGTTGGAAAGCTACAGATTACTGGTATCTGTTTTGGATTCATGGGTTGATTGGAACCTGATCATTCTGTTTTATGGATCTGTGAGTTTCTCTGCTCACACTTTTTCtacctctcctgtctctctctcacacacatttgaTTTGGCCTTTTC
>TU43726
CTTTTGATTGTGTTGGTTGCTCCGTGACAAGTCAACAGTGTGCAGCTGCCCTCCagctcctctccatctccctctacTTCTATCACATCTCTCTTTACTGGCCCTTCTATCCACTCTATCTATTATTGGTTCTTTTCACCTCTCTCCTATAACATCTACCACTCATCCCTTAATATAAGGTTTTCTATCTCTCCTGTCAAATCTAATAAATCTATCTAAATTTGAGGTTTTCTATCATTCTATCCCTCTAATTCTATCCCGCTCTATCTACATTTGGTTCTGCACTTGTTGCAAGTTACCCTCTGGTTCTGGTTCAAAGATTATCATACCCATTTGTTCTGGTTCAAAGATTATCATATTGTTCTGGTTGGAAAGCTACAGATTACTGGTATCTGTTTTGGATTCATGGGTTGATTGGAACCTGATCATTCTGTTTTATGGATCTGTGAGTTTCTCTGCTCACACTTTTTCtacctctcctgtctctctctcacacacatttgaTTTGGCCTTTTC
>TU43727
gttttttttttttttttCTCTACATTGCTGCTGGACCATCAGTGTTGGTTGCTCCGTGACAAGTCAACAGTGTGCAGCTGCCCTCCagctcctctccatctccctctacTTCTATCACATCTCTCTTTACTGGCCCTTCTATCCACTCTATCTATTATTGGTTCTTTTCACCTCTCTCCTATAACATCTACCACTCATCCCTTAATATAAGGTTTTCTATCTCTCCTGTCAAATCTAATAAATCTATCTAAATTTGAGGTTTTCTATCATTCTATCCCTCTAATTCTATCCCGCTCTATCTACATTTGGTTCTGCACTTGTTGCAAGTTACCCTCTGGTTCTGGTTCAAAGATTATCATACCCATTTGTTCTGGTTCAAAGATTATCATATTGTTCTGGTTGGAAAGCTACAGATTACTGGTATCTGTTTTGGATTCATGGGTTGATTGGAACCTGATCATTCTGTTTTATGGATCTGTGAGTTTCTCTGCTCACACTTTTTCtacctctcctgtctctctctcacacacatttgaTTTGGCCTTTTC
>TU43728
gttttttttttttttCTCTCTACATTGCTGCTGGACCATCAGTGTTGGTTGCTCCGTGACAAGTCAACAGTGTGCAGCTGCCCTCCagctcctctccatctccctctacTTCTATCACATCTCTCTTTACTGGCCCTTCTATCCACTCTATCTATTATTGGTTCTTTTCACCTCTCTCCTATAACATCTACCACTCATCCCTTAATATAAGGTTTTCTATCTCTCCTGTCAAATCTAATAAATCTATCTAAATTTGAGGTTTTCTATCATTCTATCCCTCTAATTCTATCCCGCTCTATCTACATTTGGTTCTGCACTTGTTGCAAGTTACCCTCTGGTTCTGGTTCAAAGATTATCATACCCATTTGTTCTGGTTCAAAGATTATCATATTGTTCTGGTTGGAAAGCTACAGATTACTGGTATCTGTTTTGGATTCATGGGTTGATTGGAACCTGATCATTCTGTTTTATGGATCTGTGAGTTTCTCTGCTCACACTTTTTCtacctctcctgtctctctctcacacacatttgaTTTGGCCTTTTC
>XR_005638790.1
attagtgtttaaaaaaaaaaaaactcatgaagtgtaattttcatgccatgggacctttaaaataagcTGTGAGTTTGGTTTTCTAAAGTAAAACTGGATGTTTCTTGCTCTATCCCTCACCATACAgatgatgatcttatagaacatgatgcattgctgtagattaagcTACCCAATGTTTGTAGTGTTTGTAGTTGTACtagtggagtattttcacaCTGTGGTATAAGTATTTTACTTAAGGGAATGATCTAAAtaattcttccaccactgcacgtATGTACTATGTATGAATTTAATATTAGTGATCTAAAAgatcttaaataaataaattaaatacattaCTGTTGTGAATATCTTATCTTGtaaaatgaaactgaaaatcctctcctctctcccctcaatGTTTTTCTCTACCTCCTCTCTACATTGCTGCTGGACCATCAGTGTTGGTTGCTCCGTGACAAGTCAACAGTGTGCAGCTGCCCTCCagctcctctccatctccctctacTTCTATCACATCTCTCTTTACTGGCCCTTCTATCCACTCTATCTATTATTGGTTCTTTTCACCTCTCTCCTATAACATCTACCACTCATCCCTTAATATAAGGTTTTCTATCTCTCCTGTCAAATCTAATAAATCTATCTAAATTTGAGGTTTTCTATCATTCTATCCCTCTAATTCTATCCCGCTCTATCTACATTTGGTTCTGCACTTGTTGCAAGTTACCCTCTGGTTCTGGTTCAAAGATTATCATACCCATTTGTTCTGGTTCAAAGATTATCATATTGTTCTGGTTGGAAAGCTACAGATTACTGGTATCTGTTTTGGATTCATGGGTTGATTGGAACCTGATCATTCTGTTTTATGGATCTGTGAGTTTCTCTGCTCACACTTTTTCtacctctcctgtctctctctcacacacatttgaTTTGGCCTTTTCAATTGGCAAAAACCTTATTGTATTTTTGAATTGTCCATATTGTATCAATATTCTATTTGGTAACAgtcataattaaataaattattaagtattttttagtttgttcattaaattaattgaaaagactggaaacacataaataacacacattttgtttaacttttatcacaaacatttgaCTGTAAAAACTAATTCAAAATTAGATCTGGTAAATTTCCAAATATATAAGTTGCTGTTATAAAGTGTATCATTGAAGAAAACAGTCTCTTGTTAATGTACATAACAATGAATTGAAGTCCAAATCTATATTTATACAAGAAAAGAGCTGTAGTTGTTCCAGGACCGTGTTGCTGTGGAGCTCTGTACCAAAAGGTTTGTTTTGACTGCAAATATATTCACACCAGAGTACACATAATCAGTTTTTGTTTGTACAAGTGTAAAAGTAATTACACTACATACATTGAGTTATTTGTCTCTGATTCACATATTTGTACCTCATCTATAGATCCACTCACATTGTTTACATCAACAAGTTTTGTATGTGCTTTATTGTTGGTTAAATctttatgaaataaataaacagactgTAAGGAGAAA

Function

GO: NA

KEGG: NA

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TU43725 False 1051 lncRNA 0.38 2 39975450 39977047
TU43726 False 516 lncRNA 0.40 3 39975450 39977633
TU43727 False 548 lncRNA 0.39 3 39975450 39985779
TU43728 False 548 lncRNA 0.40 3 39975450 39985779
XR_005638790.1 True 1550 lncRNA 0.33 2 39974853 39976949

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
slc22a18 slc22a18 coding downstream 35987 39931306 ~ 39938866 (-)
LOC120556430 LOC101156874,LOC103142636,LOC107083861 coding downstream 64402 39902668 ~ 39910451 (-)
LOC120555276 LOC100703294,LOC107381837,LOC103366994,LOC102295725,LOC102215676,LOC101474681 coding downstream 76336 39882936 ~ 39898517 (-)
mpped2a mpped2,LOC106524710,LOC102220360,LOC107083882,LOC100703837,LOC102192152,LOC107381839 coding downstream 180941 39721272 ~ 39793912 (-)
zdhhc13 zdhhc13 coding downstream 327947 39629922 ~ 39646906 (-)
samd4a samd4a,LOC102311861 coding upstream 259150 40244929 ~ 40313805 (-)
LOC120556512 glg1,LOC100701703,LOC101472041,LOC108242135 coding upstream 400318 40386097 ~ 40416063 (-)
LOC120556376 NA coding upstream 612990 40598769 ~ 40631125 (-)
LOC120556133 NA coding upstream 662568 40648347 ~ 40652751 (-)
foxr1 NA coding upstream 680493 40666272 ~ 40671602 (-)
G32923 NA non-coding downstream 27742 39944371 ~ 39947111 (-)
G32922 NA non-coding downstream 28274 39943413 ~ 39946579 (-)
G32912 NA non-coding downstream 61125 39830569 ~ 39913728 (-)
LOC120556195 NA non-coding downstream 321555 39647947 ~ 39653298 (-)
G32828 NA non-coding downstream 367532 39543171 ~ 39607321 (-)
G32943 NA non-coding upstream 40355 40026134 ~ 40038460 (-)
G32952 NA non-coding upstream 62280 40048059 ~ 40049366 (-)
G33048 NA non-coding upstream 221612 40207391 ~ 40208775 (-)
G33061 NA non-coding upstream 295694 40281473 ~ 40394703 (-)
G33068 NA non-coding upstream 345971 40331750 ~ 40334947 (-)
slc6a5 slc6a5 other downstream 739107 39205275 ~ 39235746 (-)
LOC120556344 lrrc49,LOC102795887 other downstream 2147582 37788725 ~ 37827271 (-)
ss18l2 ss18l2 other downstream 2721427 37231141 ~ 37253426 (-)
nod2 nod2 other downstream 3083549 36883651 ~ 36891304 (-)
cylda cyld other downstream 3092058 36859547 ~ 36882795 (-)
LOC120556511 LOC102208128,LOC101468289 other upstream 63845 40049624 ~ 40142048 (-)
LOC120556146 NA other upstream 578462 40564241 ~ 40589664 (-)
G33122 NA other upstream 662897 40648676 ~ 40662621 (-)
LOC120556513 NA other upstream 675585 40661364 ~ 40663657 (-)
sirt3 sirt3 other upstream 1771848 41757627 ~ 41764896 (-)

Expression


Co-expression Network