LOC120557956 (nrn1,LOC104931831,LOC102785075,LOC100692329,LOC102195708,LOC102307414)


Basic Information

Item Value
gene id LOC120557956
gene name nrn1,LOC104931831,LOC102785075,LOC100692329,LOC102195708,LOC102307414
gene type misc
species eurasian perch (Perca fluviatilis)
category of species economic fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_053115.1
NCBI id CM020912.1
chromosome length 44863486
location 14227097 ~ 14233537 (+)
genome version GENO_Pfluv_1.0_2020_eurasian_perch_Genome

Sequence

>TU51331
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>XM_039798702.1
TCTGTACTGTAAGAGTGGAGGAGCTCCTATACATTGAGATTACATCAGATATTATAATCGAGAAAGTGTGTGATAAGAACAAGCAGGGCATCCTGAGAGTCCTCCCGTGTTGCGTGAGTGTTGCAGGAGGGTTGCGCGGTGGTGGGGAGGTGAGAGCTGTCCGGTGCTGAGGAGGGAAGATGAGCTCAGCGCGCGCTGGGGTGCAGGTAACGTCAGCAGTCGGCCGGAGCAAGGAAAGACGCATCCCGCGCCCTCTGCTTGGCTTGAAATGGGATGATATGGGATTTTTCATGTCGACGAAGATCGGAGGGATTCTTGCGTTTGCCTTGGTATTCCTGTCCCTGATGGTGCCAGGAGACTCCGATGCAGAGGTGAACTGTGAGAACATTTATAAGGACTTTTCTGATTGTGTCCTGGAGCTGGGAGAGAGCATGGACAACTATCAGGAGAACGTGACCAGCGAGAGGGGAGTGGAGGCCGTGTGCAGCCACTGGGAAGCTTTCCACACATGTGCCCTCACAGCGCTGTCCGACTGCAAGGAGGAAGTCAGCTCCATCTGGGAGACTCTAAGGCAGGACTCCATGAAGATGCGCTTCCAGGGAAGTCTGTTCGACCTGTGCAGCCCCAGCTCCTCGCCCAGCATAAGTTCGCCTCTTGCTGCCCTCACCCTGCCACTGATAGTGGTGATCATGACTTGGCCCAACTGGTACCCTGTATAGATGAGGTGAGGGTGAGGGTGAGGAGATGGGAGGGGTGAGGAGGAGGGCCTGAAATTACCCTGGGTTCATTCCTCTTGAGTTCAAACTTAAAGCCAAGGATTTAAGAGGTACGAGTGTTTTAATAAGGATTATTTTGACACCGAGCCACAGAGGTCTGTGGCAAGCCAATCAATATTTGCTGTGATGAATAATGTTTAAAATCTCCTCTAGTACTTCCGCTTGATCCTCCCTTATGTCTCAAAACTGATAGTCTAGTTTAGAAAATTACAGTCAGCCAATTTATCAGTCCAGGCAGACTAAGGATACATTCTAAGTATTCAAGGGATTACAGATACAATGTGTGCAGATCAGAACAGTCTGCAGGTACACACCTGTGGCTCTGGGTTACAAGGAGTGGACACAATAGGTGCATCTCATAACCCTTACAttgcctcctcgactcctccacttgcGTCCCTTCCTCGCGTCGAGGAGGTATGGAAGAGACAcgaggaaatcatgggaggagagaggaaccaAGGAAATGTGCTTTTAGAGGgatcctttcctctgaagcgtcacatgaatttgtcagctgaatcggcggagttagcaactctttcagctgcacggcttccgggaaggctgctctcgtgtatcctaaTTGGTAATCCCTCCTCAATGCTcgctcctcggggcagaaataagagctttaacacggccttcaccgaggagggacagaacaacttctggttcagccgaggaccgaggagtcgagAAGCTATCATAAGGGTTATGAGATGCACCTAGTGTCATGAACACCTGTTCATTCTAATGCAATGAATACTATATTTATGAACATTATCATGTTCAATTTATGTAGATTCAACTCTGAGGTAATTTTAAAGCAGTAtttgtttttagttgtttttattatgttcTAAGACAGCAAGGTGTTAATGTGTTTTGTGCCCACGCCTTGTAACATGGATTGTATGGTTTTATCATGATAGTTAAAGGAatggttcaacattttgggaattgGAGGATGATATCTCATCATGTCTGTACACTAAATATGAAGATACTGCCatcagccagttagcttagttaGTTAGCACACAGCTCTTATGGCCATGAAATAGTTTGACACATCACTTGCAGTAAAACCACAActtttgtatggattaaacaaataacATGTGATCTTTAGgcggattttgttacctttcgACAAAGCTAAGATAGCTGTTTCCCACCAGTTTCCTTGTCTTTTAGCTAAGCCAAGCTAACTGGCTCCTGGCTGGAGCTTTATATTTAGTGTACAGACACATCCACTactctgcaagaaagcaaatactgATACGCGTATTTCTGAATTAGTGGAACTACTCCTTTAATTAAGAGTTTATGTGTATGTTAGACACCAAAACACAGATTTTAATCTCTAGTGAGTTTGTATAAATGCAGTCAAACCATTGTGACGTAATTAGCTGCCACAGTGcaagaaaacatttaaaggaGCACTTCACCAATAaaactagcctggatgccagccgaacttagccccgcccacaacattcgacgtcacattctgactagaatctgagtatgaccatgtCAGACTACAATAAAACACCAATATCTTAGAAATTCTTTGCTCTCAGTCattgcaaatttttttttaaatatgttgttgACTTATTAATCGATGAAAGAACCAAACCTAAAGACTGAACCAGACATTAATCTGACAGACTTAATTACACTAAAGCTAGCGACTAAACAATGTTCAGATGTGCTATAGGTGAAATGCCCCTTTAATCTTTTTCCAAATGTAGTAAATGTTTGTGTAAGGGACAATCAAGCCACTTGTATGTAACACTTTTGACCCCTTTTCCCCTCCAGCACTTCAGCCCACTGTGGCTGATGTTGCACGGCTGCTATAAAGACACCAAAAACAGACATCTTGACACGGCATCACACGTTCACTCTCTCAGAACCTCGCCCCACGCTTTGGTTCACTCTAATGCCTGATCAAACTTCTGACCTGCTGATGTTTGTGTAGAAAGAAAATCTGAAGTGTGACTGTTCAGTGTTTCATTATTTCCCACTCCACTTTGTTGGAAAATGCTCACTTGCAATTAACACGATATTACTAAAACTTTACTTTTTAGTACTCCAAGTACTGCATAAATGCAGTTTGTCATACAGTATGTAGATATACTATGCAGGGCTGAATTATATTACAGAGATTttcaaagaagaagaataatGCAGCCATGGAGTGTAATGAAAATTCACCAAATAACCAATGCCTAAGTACTCATACacagtatttattttacttttaaacacCTATAATTCATCTCTAATGAAGTCAAATAATCTATATAGCTAAACAATAGCCTTTTCTTGTAAAATATCCATACAATCACTTTTCTATCAATAGTATTTCAATTGATGATCGACCAATTAATGCATTGCATAATTATATCAAACAAAATAGATTCCAAACTGTGCTGCTCCATGTATCTGTTTCTTGCTTTTAATCGATCTAATTTTGAGAAACTTAGATCTCAAGCTTCAAAAAAGCAGCCATGAATGACTGCGGTGACAGAAAAAAGGGAATGGGTATTACAGTTTgtaacaatataataataagccATGAGAGATATCACTAAttgtaatgctattttaatcAATATGAAATTAGTATCTAGGTAAAGTTTCCTTCCCAGagggaaatatgtttttaatgttacagcAGTGGTCACCTAGATTCAGAGCAAACTGAAAATGAATGAGCGAAAGCATCaatttgtttggtttgtttgtttgtctattTAAAATGGTGTCACGATTTGCACATTTCCTTTAATGCTGATGGTCCTCATAGGCAGTATCAAAATATGGATGATTTGCTGAATATTTTACGTCATCTCTTTGAACCCAAATGCATGAAAATTTTATTGACAGTGCTTCAGAATAATGGGCAGTCTGATAGTAAAAGGAatggttcaacattttgggaattgGAGGATGCGATCTATACCGCTCTCATATCTGTACACTAAATATGAAGATactgccagcagccagttagcttagcttagcacacagCTCCTATGGCCATGAAATAGTTTGATACATCACTTGCGGTAAAACCACAACTTTTGAATGGAATAAACAAATAACATGTTAATTTGTGATCTTTAGgcggattttgttacctttcgACAAAGCTAAGATAGCTGTTTCCCACCAGTTTCCTTGTCTTTTAGCTAAGCCAAGTTAACTGGCTCCTGGCTGGAGCTTTATATTTAGTGTACAGACACATCCACTactcggcaagaaagcaaatactgATACGCGTATTTCTGAATTAGTGGAACTATTCCTTTATTTAAGAGTTTGTATGTTAGACACCAAAACGCAGATTTTAATCTCTAGTGAGTTTGTATAAATGCAGTCAAACCGTCGTGATGTAGGCTAATTAGCTGCCACAGTgcaagaaaacatttaaaacaacaaaaaacagtctGTTGATGTTAACTTGGACACTGGTATCGATCTGTGCATGACGTTAGGTTATAGCTCCTCAGTGTATCAGGATCCTTTTTTATGCAGATTCATTACCcacccacctccacctccactaGCATGTTTGTTCTAGTTGTTTCTATTTATTTCATGTCTAACAAGTGACCGCATTATGTCATCCATTGTGTGTCTGGTGTTGAGAATCCAAAAACAGTTGTGATGTCCTCAAAGCATGAGCAATATGTACGGTCTCTTTTTTTGTAAAGAGAGGACTCTTATCCCTTTGTATGCTGTTGAAGAAAGCATGAAAAGGATCGTTATCATAAGCATTATGAACCCTAATGAGAGTTGAAACATGGAAAGAACTTCTGAATGTAAAAACAAGTTCAGTatccatgttttgtttttagtttacGGATTGAAAAGCACACTATTTACAAGACTGTATAAAGCAATACATGGCAAAGTAacgtgtttgtaataataaagcTCCATGTTTAAAA

Function

symbol description
nrn1 Predicted to enable identical protein binding activity. Predicted to be involved in neuron projection extension and regulation of synaptic vesicle exocytosis. Predicted to be located in extracellular space. Predicted to be part of AMPA glutamate receptor complex. Predicted to be active in glutamatergic synapse. Predicted to be anchored component of plasma membrane.

NR:

description
PREDICTED: neuritin

GO: NA

KEGG: NA

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TU51331 False 4737 TUCP 0.41 3 14227215 14233525
XM_039798702.1 True 4744 mRNA 0.41 4 14227097 14233537

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
LOC120557951 LOC103359350,LOC103386010,LOC102306603,LOC101466691 coding upstream 1013 14221022 ~ 14226084 (+)
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lrrn2 LOC104948560,LOC103359348 coding upstream 62686 14154131 ~ 14164411 (+)
slc6a14 slc6a14,LOC103367878 coding upstream 94325 14121615 ~ 14132772 (+)
fmoda LOC104959962,LOC103367868 coding upstream 107650 14112976 ~ 14119447 (+)
LOC120557947 LOC104954762 coding downstream 8889 14242426 ~ 14248447 (+)
inpp1 inpp1 coding downstream 19470 14253007 ~ 14258285 (+)
nab2 nab2 coding downstream 33427 14266964 ~ 14277430 (+)
stx16 stx16,LOC102781320 coding downstream 91397 14324934 ~ 14333695 (+)
si:ch211-159e12.5 NA coding downstream 106111 14339648 ~ 14345605 (+)
G38247 NA non-coding upstream 31680 14193103 ~ 14195417 (+)
G38206 NA non-coding upstream 181538 14045357 ~ 14045559 (+)
G38164 NA non-coding upstream 223910 14002962 ~ 14003187 (+)
G38163 NA non-coding upstream 234918 13991909 ~ 13992179 (+)
G38156 NA non-coding upstream 237256 13911329 ~ 13989841 (+)
G38274 NA non-coding downstream 60396 14293933 ~ 14294157 (+)
G38276 NA non-coding downstream 72223 14305760 ~ 14308441 (+)
G38317 kdm5b,LOC108235655 non-coding downstream 231437 14464974 ~ 14466684 (+)
G38331 NA non-coding downstream 259366 14492903 ~ 14494740 (+)
G38441 cdk2 non-coding downstream 374302 14607839 ~ 14610422 (+)
tfeb tfeb other upstream 698778 13456929 ~ 13528319 (+)
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per3 per3 other upstream 897765 13305415 ~ 13329332 (+)
vamp3 vamp3 other upstream 923482 13296376 ~ 13303615 (+)
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LOC120557952 mettl21b other downstream 101623 14335160 ~ 14337760 (+)
cdk4 LOC107684003,LOC107701179 other downstream 507072 14740609 ~ 14757359 (+)
znf740a LOC107385642,LOC101469799,LOC102214350,LOC102304359,LOC103376569,LOC107082105,LOC100709046 other downstream 531760 14765297 ~ 14857069 (+)
G38517 NA other downstream 574815 14808352 ~ 14816436 (+)
calcoco1b LOC104959845,LOC103376572 other downstream 631522 14865059 ~ 14874459 (+)

Expression


Co-expression Network