LOC120560795


Basic Information

Item Value
gene id LOC120560795
gene name NA
gene type non-coding
species eurasian perch (Perca fluviatilis)
category of species economic fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_053117.1
NCBI id CM020914.1
chromosome length 43979800
location 16896588 ~ 16943176 (+)
genome version GENO_Pfluv_1.0_2020_eurasian_perch_Genome

Sequence

>TU83182
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>TU83185
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>TU83194
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>XR_005639513.1
CTTTTCTATTTGGTGCTTGTAGACGTTATGGGAAAGTTGTCTCTCTCCCTAGATCTCTCTccccatccctccctccttccctcctcctcctcctcctcctcctccccttgtcTTCGTCTATCATGTGCTTGGGATATGCTCATGCTTTGCACAGAGCAGCCGAAGCACGCCTAAATGCAGGCTACTGTGTGTTAGCGGCAATTTTAAAGTGATGCCCCCACCAAATAATACGGCTGGGATATTTGAGGGGAACATATACCACATCACGGTACACACGGACCCAACTGAACACCGCTGTTCTTTTCCTGCTTGGGACGCTTTCTGGTCGATTGCAGTGATTTGACTCACCTTTAGGAAtgatggagaaagagagctgTGGAGAACTACTGGCAACCGGAAGTAGAGGTCAAAACGAGATCTCTGGGATTTTGCTCTCTACTGGAACCACATGAGGTTGGAATGGAGACCTCGTAGATCATGACCCAGAAACAATTGGCAAGATGACTGGAGTCTCCAGGCTAAAGATGTCAAGGATATTCAGCTGATCTCAGAGgTTGATGAGGTCCTGATCCACCACGGAGCCTGCATTTCATCAAGATGAGCTTCAAGATGTCCATGAGCTTCACATTACTCTTTACAACACTTGGACCTGCACTGTACtcctttatttctgtatttgtgtcaaCTGGTTATATATACGATTATTGGCCAAGCTGACTAATACTGTGACCTTGCACTAATATACAACTGTATTTTTAtagatttattattttatataaaagaaTACTTAATAAGAAAATATGATGAAAATATTCTTCACATTGAAACTTGGATTTATTTCATGTAATTGATTGATTCTAACAAGTCTacattttgctaaataaaaggcattttccccccccccttaaaGTGATGTTTTAGTGTGAGttatttccttctttctgtGTAGTGCTTTGGCACTCCAGGTAAAGAACAATGTGCTTGACATAATTGGGTCCTATTTGGTTATGAAAAGAGCATGCATGCTGATAAAAGTTGGCAGGGTGATCAAAGCACCACGTGTCCTGATCAAAATCATACACCTGACACAGTTGTAGATGATCCAGACAGACTAACGAAATGTGAGGAAACATGTTCAGACGGTACCAAGAAGCTTCCCTGTTTAATATCAGCTCCATTTAACATTGTGTGCTGTTTTTTCGCATACGGGTATGTCTGTCAAATCAAATGTACCTCTATGTGCAAAATATGAAGCAACAATTAAAGATTAGAATGATT

Function

GO: NA

KEGG: NA

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TU83182 False 611 lncRNA 0.41 4 16905813 16942729
TU83185 False 819 lncRNA 0.44 4 16905605 16942729
TU83194 True 7665 lncRNA 0.38 3 16896588 16939963
XR_005639513.1 False 1278 lncRNA 0.42 4 16905593 16943176

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
mef2cb mef2c coding upstream 1400 16824815 ~ 16895188 (+)
si:dkey-40c11.2 LOC104955420,LOC104955419 coding upstream 232891 16628521 ~ 16663697 (+)
rhobtb4 LOC103362416,LOC103470451 coding upstream 280332 16572328 ~ 16616256 (+)
wdr54 wdr54 coding upstream 342076 16550250 ~ 16554512 (+)
LOC120560896 LOC103362386,LOC102790232,LOC102295658,LOC102208013 coding upstream 356403 16537126 ~ 16540185 (+)
tmem161b tmem161b coding downstream 16281 16959457 ~ 16978395 (+)
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LOC120561427 NA coding downstream 529087 17472263 ~ 17480557 (+)
LOC120560529 LOC104929280,LOC106096593,LOC106456402,LOC105940769,LOC105925442,LOC104963572,LOC105354747 coding downstream 648769 17591945 ~ 17593975 (+)
si:ch211-130m23.3 ssbp2 coding downstream 698367 17641543 ~ 17704206 (+)
G62085 NA non-coding upstream 276452 16610477 ~ 16620136 (+)
G62082 NA non-coding upstream 328874 16567482 ~ 16567714 (+)
G62033 aqp3,LOC103362379,LOC107393848,LOC105031174 non-coding upstream 382545 16512171 ~ 16514043 (+)
G61975 NA non-coding upstream 697717 16123200 ~ 16198871 (+)
LOC120560394 NA non-coding upstream 753789 16134594 ~ 16142799 (+)
G62126 NA non-coding downstream 9749 16952925 ~ 16953637 (+)
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G62188 NA non-coding downstream 150193 17093369 ~ 17093740 (+)
G62193 NA non-coding downstream 180430 17123606 ~ 17124484 (+)
LOC120560897 LOC105925468 other upstream 362413 16532916 ~ 16534175 (+)
LOC120560890 NA other upstream 420683 16468310 ~ 16475905 (+)
fam172a fam172a,LOC102785942 other upstream 797104 15943698 ~ 16099484 (+)
mctp1a mctp1,LOC102782783 other upstream 1119447 15636798 ~ 15777141 (+)
LOC120560526 NA other upstream 1363792 15518780 ~ 15532796 (+)
LOC120560947 edil3 other downstream 342472 17285648 ~ 17414595 (+)
tmem167a tmem167a,LOC103397084 other downstream 624837 17568013 ~ 17572705 (+)
cmya5 cmya5,LOC106958347,LOC104953151 other downstream 1055510 17998686 ~ 18011030 (+)
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setbp1 setbp1,LOC102781608 other downstream 1131592 18074768 ~ 18129069 (+)

Expression


Co-expression Network