LOC113547098 (deptor,LOC108274614,LOC108442483,LOC107685573)


Basic Information

Item Value
gene id LOC113547098
gene name deptor,LOC108274614,LOC108442483,LOC107685573
gene type misc
species striped catfish (Pangasianodon hypophthalmus)
category of species economic fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_047603.1
NCBI id CM018549.1
chromosome length 29458963
location 6587211 ~ 6593605 (+)
genome version GENO_Phyp_1.0_2019_striped_catfish_Genome

Sequence

>TU170815
aaacaatgtgtgtgtgtgtgtgctctaaggacaaaaagaagcagaaagagAGTGTGTTCAGTTCTTATCTCATCCTGTCAGAACCTGGCAACCAGACGCTGTAGgccctccaccaccaccacactgtGTACTCTGTagtttaaacatttacacacacatacacacacacacacacacacacacactcccttacACCTGACACAGACCTTCCCACACACTCGTCATACATCTCTGAGGCTCCAGGTCTGTAGTTGATGAAGGTGAGGGGAGAGAAGAATGGGACCTCGCACAGCAGtcggACCATCCAAACAGGAGAAGGTCGCCCCTCAGTATCGTCATGGTAGCAGGAGTGACGGGTATTACAATGATTCTCCTGTGCTCAATAACCCaaagtcagtatTGAAGAGGCAGGTGAGTCCAGAAGAGCTGCAGACTCCTGGAGGGAAGTACCTAAAGAGGACATTCACCatcGTTGGGGATGCTGTGGGCTGGGGGTTTGTTGTGAGAGGCAGTAGTCCATGTCACATTCAGGCTGTTGATCCAAGCGGaccagctgctgctgttggaaTGAAGgtatgtcagtttgtagtgtgtgtaaatggagTGAATGTTTTGGAGATGGACTATCGGACAGTCAGTCATCTCATCCTCACCGGGCCTCGCACTGTTGTCATGGAGGTGATGGAGCCACTCAACTGCTGAGGATACGACTAAAGAAGCTACTCTAATAATTCAAATAAGAATTCaaaaagaattgaaaaaaactaaaatactgTGAGCTGCATAACATACAAGGTGATGATTTGTACCTTGGTGCATCAGTCTGGTCAAAAAGAAACGAAGGTATAAATTGTGACAGTACCCATATTTCTAAAGAGCAACCCCTTTTGCTGTCTGGAAAACAGCTCAGATGCAGAGTGAAATATTTGACCTCAACACTATCTATTGGAAGGCAAAGAAGCcaaaacttaaaaatatttagataGTGAGTTtctaaaatgataaaatggtaACTTATACTGTGAGATCCAAAGAATAGTTCTCAGTTATAAGATTTTAGATGTTAGCTGATCTTTTGTAAACAGACCTTaaatacagtgaggggaaataagtattcagatactttttaatatatatattgttatttaatatacttccagtgcatctTTCCTCTTCAAATGTACACGCATaatgtcttttgtctttttacttataaatatgaacaaaaccatatgtattcataagcataaaacaaatatatctttaaaaaattgaTAGGGGAAAATGTATTCGGAtactatataaaatacaaatatatgttAGACAAAAAGTAATCAAATTTacgatgcaaaaaaaaagtctttgagCAAATTGCACCCGGtgacattattataaaataataatgttgccATTGGTTGGGAAGATTTACGCAACAAGTAGCAGTCATAGTGAAGGTGAAgaagcttcctaaagttctcaggtACAACATCATTAAACATCACTCAAATGGAAATGGCTCCAGAGCCATTGCAAAGaacttaaacatccctgtcagaaCAATTGTTTTGATCACATgtaggtggaaagttcagggaACCACAACTAATCGTCCCTGGACAGGTGCGTCACACAAGATTTCACAACATACCCTCAGAATAATGATAAGAAAGATAaaagagaagccagcagtcactggaaaagagttgcaggagcaacagcaacagcaggagcaacagttacacacagaataacaagcaatgaactgcaccacaATCATCTTCGTACCGACACCTCACACAAAACTTctctgctaaaaaagaagcacataGATGTGCATCtaaaagcatttacacaaatcagaactcttttggaaTAATATACTCTCACATACAAAAAGAACTCTTTGCCAATAATCAGCTCATCATGTGAGAAGGAAGGGTTACGCCTGATCCTTAAGAACACCATATTCACATTGAAGCACggggtgggagcatcatgatatggggctgcttctctgcaaatggTATTACGGGGCATTACATGTCATGATTGCcagaaacatgaatggagcgaTGTACTGAGACGTAcaagaggagaatttaatctcatcagcTAAGAAAGTGAATCTGGGGTGAAGATGGATGGTTCAATAAAACAACACCCCCAAACATACAGCACATAATAACTcacataaaaaagaaagtgaaggtGCTTGCAAGGACTAGCTTTATCTCCTGACAttatttatggaggattttgatactgaagataaattgccaagaggaatgggccaaaattgtaccacaatgctgcaaaaagagAATTAATTCTTACTGTAGATGCCTCGAAGCTAATTAGtacaaagtactaatgttgaTCATTTGTGGTGTCTAAATGCATTTTTACCtatcaaaagacattatgtgtctAAATTAGAAGTGGATATATACATTGCaagtatattaaataagaaaagcaagtggctaaatatttatttcccctcactatATTAGCAGATATTGATTAGTAGATCTCAGTTTTCAGTAGAAGTTATCAGTACAGATTTTAGTTATTGATTATTTCAGATATTGATTTGTTGAGCGCCATTTTCTCAGCAGTTCTTATTTAGCAATTGCATGTGTAAAACCTAAAATTAAACTACCATAGacataatcataaaaaaatatagacaCAAGTCACAAGAGCCCTAATGTTAGAGTGGGATAAGGTGTGACTACacttagagctgctgttacagaaaatttatcaaaaacaaaacagaatttaacagtgctgtggtataatggcTCATAAAAATATACACCTTTAAAGCACccttaatatttattatgaacatttttaaataacataaattagtgattgctttaatttatttctaattataaGTATCTTATTATAAGTACAAActatataatgtaaattataCACTAAACATAATtacaatgatttattttgtaaaatttaaTTCCAAACTTAATTATATTTAAGTGActtaattcattataaatacaAGCGCCGAGGAAAGTATTACCCAAAATATAttgctttataattattctAATTATCTGAACTACATTCATCGCTTTTACTAGACAATGAGTTTTTACTTTAATAGACGTTTAATAATGACGATTATTGTAAATTAACATACTAAATgtacctctgtctctctgttacaAGTCTAAATATGATTCATTATTGTGCATGTACacactgtaattatttaaaCGACATGttctgtgtgttatgtgtgttatgGTAGAGCACTTgcctgtgactgtgtgtttctGGCATACAATCTCATTGCTTAACTTAGTAAAAGATATTTATCTTTTAACATGGCTGATACATATCTGGTTAATTGGTTTAtacttttttagttttcttttatGCTTATATGTCTTTGCCCATGTGTGCACTTCAAATAAATTTCTATACACGCAACTAGTTTGAATGTTCTTAATTTTCACACATAGAGTTGTGATATTT
>XM_026947313.2
catacacacacacacacacacacacacactcccttacACCTGACACAGACCTTCCCACACACTCGTCATACATCTCTGAGGCTCCAGGTCTGTAGTTGATGAAGGTGAGGGGAGAGAAGAATGGGACCTCGCACAGCAGtcggACCATCCAAACAGGAGAAGGTCGCCCCTCAGTATCGTCATGGTAGCAGGAGTGACGGGTATTACAATGATTCTCCTGTGCTCAATAACCCaaagtcagtatTGAAGAGGCAGGTGAGTCCAGAAGAGCTGCAGACTCCTGGAGGGAAGTACCTAAAGAGGACATTCACCatcGTTGGGGATGCTGTGGGCTGGGGGTTTGTTGTGAGAGGCAGTAGTCCATGTCACATTCAGGCTGTTGATCCAAGCGGaccagctgctgctgttggaaTGAAGgtatgtcagtttgtagtgtgtgtaaatggagTGAATGTTTTGGAGATGGACTATCGGACAGTCAGTCATCTCATCCTCACCGGGCCTCGCACTGTTGTCATGGAGGTGATGGAGCCACTCAACTGCTGAGGATACGACTAAAGAAGCTACTCTAATAATTCAAATAAGAATTCaaaaagaattgaaaaaaactaaaatactgTGAGCTGCATAACATACAAGGTGATGATTTGTACCTTGGTGCATCAGTCTGGTCAAAAAGAAACGAAGGTATAAATTGTGACAGTACCCATATTTCTAAAGAGCAACCCCTTTTGCTGTCTGGAAAACAGCTCAGATGCAGAGTGAAATATTTGACCTCAACACTATCTATTGGAAGGCAAAGAAGCcaaaacttaaaaatatttagataGTGAGTTtctaaaatgataaaatggtaACTTATACTGTGAGATCCAAAGAATAGTTCTCAGTTATAAGATTTTAGATGTTAGCTGATCTTTTGTAAACAGACCTTaaatacagtgaggggaaataagtattcagatactttttaatatatatattgttatttaatatacttccagtgcatctTTCCTCTTCAAATGTACACGCATaatgtcttttgtctttttacttataaatatgaacaaaaccatatgtattcataagcataaaacaaatatatctttaaaaaattgaTAGGGGAAAATGTATTCGGAtactatataaaatacaaatatatgttAGACAAAAAGTAATCAAATTTacgatgcaaaaaaaaagtctttgagCAAATTGCACCCGGtgacattattataaaataataatgttgccATTGGTTGGGAAGATTTACGCAACAAGTAGCAGTCATAGTGAAGGTGAAgaagcttcctaaagttctcaggtACAACATCATTAAACATCACTCAAATGGAAATGGCTCCAGAGCCATTGCAAAGaacttaaacatccctgtcagaaCAATTGTTTTGATCACATgtaggtggaaagttcagggaACCACAACTAATCGTCCCTGGACAGGTGCGTCACACAAGATTTCACAACATACCCTCAGAATAATGATAAGAAAGATAaaagagaagccagcagtcactggaaaagagttgcaggagcaacagcaacagcaggagcaacagttacacacagaataacaagcaatgaactgcaccacaATCATCTTCGTACCGACACCTCACACAAAACTTctctgctaaaaaagaagcacataGATGTGCATCtaaaagcatttacacaaatcagaactcttttggaaTAATATACTCTCACATACAAAAAGAACTCTTTGCCAATAATCAGCTCATCATGTGAGAAGGAAGGGTTACGCCTGATCCTTAAGAACACCATATTCACATTGAAGCACggggtgggagcatcatgatatggggctgcttctctgcaaatggTATTACGGGGCATTACATGTCATGATTGCcagaaacatgaatggagcgaTGTACTGAGACGTAcaagaggagaatttaatctcatcagcTAAGAAAGTGAATCTGGGGTGAAGATGGATGGTTCAATAAAACAACACCCCCAAACATACAGCACATAATAACTcacataaaaaagaaagtgaaggtGCTTGCAAGGACTAGCTTTATCTCCTGACAttatttatggaggattttgatactgaagataaattgccaagaggaatgggccaaaattgtaccacaatgctgcaaaaagagAATTAATTCTTACTGTAGATGCCTCGAAGCTAATTAGtacaaagtactaatgttgaTCATTTGTGGTGTCTAAATGCATTTTTACCtatcaaaagacattatgtgtctAAATTAGAAGTGGATATATACATTGCaagtatattaaataagaaaagcaagtggctaaatatttatttcccctcactatATTAGCAGATATTGATTAGTAGATCTCAGTTTTCAGTAGAAGTTATCAGTACAGATTTTAGTTATTGATTATTTCAGATATTGATTTGTTGAGCGCCATTTTCTCAGCAGTTCTTATTTAGCAATTGCATGTGTAAAACCTAAAATTAAACTACCATAGacataatcataaaaaaatatagacaCAAGTCACAAGAGCCCTAATGTTAGAGTGGGATAAGGTGTGACTACacttagagctgctgttacagaaaatttatcaaaaacaaaacagaatttaacagtgctgtggtataatggcTCATAAAAATATACACCTTTAAAGCACccttaatatttattatgaacatttttaaataacataaattagtgattgctttaatttatttctaattataaGTATCTTATTATAAGTACAAActatataatgtaaattataCACTAAACATAATtacaatgatttattttgtaaaatttaaTTCCAAACTTAATTATATTTAAGTGActtaattcattataaatacaAGCGCCGAGGAAAGTATTACCCAAAATATAttgctttataattattctAATTATCTGAACTACATTCATCGCTTTTACTAGACAATGAGTTTTTACTTTAATAGACGTTTAATAATGACGATTATTGTAAATTAACATACTAAATgtacctctgtctctctgttacaAGTCTAAATATGATTCATTATTGTGCATGTACacactgtaattatttaaaCGACATGttctgtgtgttatgtgtgttatgGTAGAGCACTTgcctgtgactgtgtgtttctGGCATACAATCTCATTGCTTAACTTAGTAAAAGATATTTATCTTTTAACATGGCTGATACATATCTGGTTAATTGGTTTAtacttttttagttttcttttatGCTTATATGTCTTTGCCCATGTGTGCACTTCAAATAAATTTCTATACACGCAA

Function

symbol description
deptor Predicted to act upstream of or within intracellular signal transduction; negative regulation of TOR signaling; and negative regulation of protein kinase activity. Orthologous to human DEPTOR (DEP domain containing MTOR interacting protein).

NR:

description
PREDICTED: DEP domain-containing mTOR-interacting protein-like

GO: NA

KEGG: NA

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TU170815 True 3510 TUCP 0.36 5 6587211 6593605
XM_026947313.2 False 3309 mRNA 0.36 5 6587367 6593560

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
proza proza,LOC108275052,LOC108438900,LOC107576663 coding upstream 171825 6404746 ~ 6415386 (+)
ndufb9 ndufb9 coding upstream 284646 6297766 ~ 6302565 (+)
syngap1a syngap1a,LOC108275193,LOC108439800 coding upstream 339506 6120616 ~ 6247705 (+)
scn1bb LOC108274487,LOC107669127 coding upstream 469674 6108863 ~ 6117537 (+)
lingo4a LOC108274662 coding upstream 501132 6077917 ~ 6086079 (+)
LOC113547127 LOC108274605,LOC108435589 coding downstream 12216 6605821 ~ 6679326 (+)
LOC117598051 LOC108274605 coding downstream 85879 6679484 ~ 6680169 (+)
LOC113547131 LOC108274606,LOC108435620 coding downstream 99188 6692793 ~ 6733914 (+)
LOC113529730 herpud2,LOC108275212,LOC105897640,LOC107686057 coding downstream 659715 7253320 ~ 7264696 (+)
LOC113529540 cfap69 coding downstream 788473 7382078 ~ 7400425 (+)
G144221 NA non-coding upstream 42295 6544372 ~ 6544916 (+)
LOC113547099 NA non-coding upstream 158777 6422136 ~ 6428434 (+)
G143987 NA non-coding upstream 229291 6356317 ~ 6357920 (+)
G143832 snrpg,LOC107671841,LOC107594056,LOC107598637 non-coding upstream 602833 5978102 ~ 5984378 (+)
G143772 LOC108274654,LOC104947748,LOC106517727,LOC106603477 non-coding upstream 650882 5932581 ~ 5936329 (+)
G144256 NA non-coding downstream 34746 6628351 ~ 6684107 (+)
G144359 NA non-coding downstream 214366 6807971 ~ 6826908 (+)
LOC117598166 NA non-coding downstream 219689 6813294 ~ 6815936 (+)
G144361 NA non-coding downstream 230796 6824401 ~ 6911988 (+)
LOC113529732 NA non-coding downstream 236987 6830592 ~ 6834449 (+)
gpx3 gpx3 other upstream 839267 5740907 ~ 5747944 (+)
fhl3b fhl3,LOC108438237,LOC107734040,LOC107551770,LOC107681628 other upstream 2077963 4484833 ~ 4509248 (+)
G142576 NA other upstream 3125040 3397670 ~ 3462171 (+)
LOC113523845 NA other upstream 3191144 3384180 ~ 3396067 (+)
LOC117598067 NA other upstream 3778574 2559811 ~ 2808637 (+)
G144353 NA other downstream 186384 6779989 ~ 6919661 (+)
LOC113547145 NA other downstream 189911 6783516 ~ 6785437 (+)
LOC117598156 NA other downstream 203367 6796972 ~ 6798904 (+)
trnaw-cca_10 NA other downstream 357467 6951072 ~ 6951422 (+)
trnaw-cca_11 NA other downstream 359197 6952802 ~ 6952873 (+)

Expression


Co-expression Network