G147785 (tnni2a.3)


Basic Information

Item Value
gene id G147785
gene name tnni2a.3
gene type non-coding
species striped catfish (Pangasianodon hypophthalmus)
category of species economic fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_047603.1
NCBI id CM018549.1
chromosome length 29458963
location 13414301 ~ 13436909 (+)
genome version GENO_Phyp_1.0_2019_striped_catfish_Genome

Sequence

>TU175070
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>TU175072
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Function

symbol description
tnni2a.3 Predicted to be involved in cardiac muscle contraction and skeletal muscle contraction. Predicted to be part of troponin complex. Is expressed in muscle; musculature system; myotome; and pectoral fin musculature. Human ortholog(s) of this gene implicated in arthrogryposis multiplex congenita; distal arthrogryposis type 2B1; and intrinsic cardiomyopathy (multiple). Orthologous to several human genes including TNNI2 (troponin I2, fast skeletal type).

GO: NA

KEGG: NA

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TU175070 False 7758 lncRNA 0.36 7 13414301 13430773
TU175072 True 15528 lncRNA 0.36 7 13414301 13430773
TU175077 False 569 lncRNA 0.40 2 13436190 13436909
TU175078 False 4145 lncRNA 0.35 4 13414301 13430773

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
myod1 myod1,LOC107758742 coding upstream 56147 13356233 ~ 13358154 (+)
mob2a mob2,LOC108274974,LOC108411394 coding upstream 198310 13170695 ~ 13215991 (+)
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phlda2 phlda2,phla2 coding upstream 550746 12862501 ~ 12863555 (+)
nap1l4a nap1l4a,LOC108275311,LOC108439256,LOC107675283 coding upstream 563908 12837011 ~ 12850393 (+)
pdcd2l pdcd2l coding downstream 28364 13465273 ~ 13470743 (+)
banp banp,LOC107742045 coding downstream 36275 13473184 ~ 13522795 (+)
LOC113529436 znf469 coding downstream 86713 13523622 ~ 13712474 (+)
LOC113529751 rassf8,LOC108428816 coding downstream 305051 13741960 ~ 13757527 (+)
trnar-ucg_5 NA coding downstream 383681 13820590 ~ 13820662 (+)
G147814 NA non-coding upstream 14651 13398824 ~ 13399650 (+)
G147792 NA non-coding upstream 21552 13392098 ~ 13392749 (+)
G147787 LOC108274999 non-coding upstream 23593 13390317 ~ 13390708 (+)
G147784 NA non-coding upstream 42525 13360035 ~ 13371776 (+)
LOC117597924 NA non-coding upstream 81257 13329642 ~ 13333044 (+)
G147817 NA non-coding downstream 205 13437114 ~ 13437381 (+)
G147788 LOC108274466,LOC108428825,LOC107549278,LOC107595234,LOC107758757,LOC107675297,LOC107742063,LOC107675461 non-coding downstream 6220 13443129 ~ 13446391 (+)
G147821 NA non-coding downstream 10526 13447435 ~ 13447801 (+)
G147977 NA non-coding downstream 311338 13748247 ~ 13750306 (+)
G148321 rag2,LOC107720771,LOC107581808,LOC107750738,LOC107670203 non-coding downstream 617553 14054462 ~ 14056322 (+)
prr33 prr33,LOC108428828,LOC107595228,LOC107742059,LOC107675453 other upstream 25105 13372872 ~ 13389196 (+)
zgc:172145 LOC108275003 other upstream 61039 13349323 ~ 13353262 (+)
G147542 NA other upstream 497047 12916919 ~ 12917254 (+)
atp6v0e1 va0e1,atp6v0e1,LOC106612155 other upstream 1816331 11595499 ~ 11597970 (+)
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fanci fanci,LOC107673243,LOC107670230,LOC107564606 other downstream 354064 13790973 ~ 13829331 (+)
slc5a12 slc5a12 other downstream 2126397 15563306 ~ 15652684 (+)
svip svip other downstream 2284369 15721278 ~ 15725091 (+)
LOC113529564 ano9,LOC108442698 other downstream 2371081 15807990 ~ 15822591 (+)

Expression


Co-expression Network