syt8 (LOC108275171,LOC103035847,LOC108428822,LOC107742052,LOC107595270,LOC107675261,LOC107549275,LOC107758745)


Basic Information

Item Value
gene id syt8
gene name LOC108275171,LOC103035847,LOC108428822,LOC107742052,LOC107595270,LOC107675261,LOC107549275,LOC107758745
gene type misc
species striped catfish (Pangasianodon hypophthalmus)
category of species economic fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_047603.1
NCBI id CM018549.1
chromosome length 29458963
location 13457100 ~ 13465216 (-)
genome version GENO_Phyp_1.0_2019_striped_catfish_Genome

Sequence

>TU175372
CTAAttttaccactttttttttgagatattACCGTTATGTCTAACATTACTGCCAGTCACATCACAACCTGCATaatgcaataacacacactccattttcCAAGATCTTCAGCCAGCTAACAAACTAAAGACCACACCACCCGACCAGTCACATGACATATATCCCGTTCTCAAACACCAGACTTTTAATCATTCACACCTgttcataatcacacacactcacacacacacttttaaataaCCCAGGCATTGTTCTGTTCAGTATGAAGTCTTGCATCTGTTACCTGGCAGTGACAATTCTGAGCATTTTGTTTGGATTTATGTTCTAGTTTTGATTTGGTTGACAAGTTTGCCTTAGCCTAGTGTACTCTGTGTGGCTGTCTGTTTGCCTGACTTTTACTCTTCTCAGATCGTCTACTCTGAGCTTTTAATAACCTGAATTTGCATCCAAGCCCTAGGGTCCAGTTGGTGATCTCTGTGTGGGATCATGATAAAGTGAGCAGGAATGATGCCATTGGGAAAATCTTCCTGGGATGTGATGCTACAGGAAACCAGCTGCGGCACTGGGCAGACATGCTGTCAAACCCACGCAGGCCTGTGGCACAGTGGCATACTCTGCTCTCAGCTGAGCAGGTGGACTCAACTCTggccctaaaacacacactgaggatcCCATTCACCAATAAGACTTTTTGAAAATGTCACCACTTCATTTGTGAACGACTTGGTGCCATTTGTTTTACCAACATGTAATTTCTTGAGCAGAAATATCAAAAAGTGGACGTTGCTTatgttgctttattttaaaaagtgtaccTACAAGCTGTATAGcattttgaaatgtaaaaatttatCAATCAGTAGAGTGTgccctgaaatattttaatatttaatattttataaataacctCTCTGATACACTGTCCGGTACGACACATGTTGAAGACTTTATTTGTAATCCAGTGCTTATACTAAACGCATATTTCTgataatactatatataatgtgtgtgcgtgcagtaTGTAGAGAAATAATTgtcttttaattaataaatcagtAATTTGTTTTTCACGTAAACACTATTCACGTCCACAAACTTATCTTTGACCATTTAGTCCTTTTACATGCATCAGCTTGGGACATGCTCTCTATCATGCACATACATGTTGATTTCTCTGGtggc
>TU175378
CTAAttttaccactttttttttgagatattACCGTTATGTCTAACATTACTGCCAGTCACATCACAACCTGCATaatgcaataacacacactccattttcCAAGATCTTCAGCCAGCTAACAAACTAAAGACCACACCACCCGACCAGTCACATGACATATATCCCGTTCTCAAACACCAGACTTTTAATCATTCACACCTgttcataatcacacacactcacacacacacttttaaataaCCCAGGCATTGTTCTGTTCAGTATGAAGTCTTGCATCTGTTACCTGGCAGTGACAATTCTGAGCATTTTGTTTGGATTTATGTTCTAGTTTTGATTTGGTTGACAAGTTTGCCTTAGCCTAGTGTACTCTGTGTGGCTGTCTGTTTGCCTGACTTTTACTCTTCTCAGATCGTCTACTCTGAGCTTTTAATAACCTGAATTTGCATCCAAGCCCTGTGAGATCTCCTAACATTATGGGCAATTTTTGTTAGGGAAAAATAGTTATTCCAACACAATcactgtgtataatgtttattttatttaataatttttgtccttttttaataattctggagttgactatAAATGTTTCCTCTATCTACCCTGCATGCACAGAGGGTCCAGTTGGTGATCTCTGTGTGGGATCATGATAAAGTGAGCAGGAATGATGCCATTGGGAAAATCTTCCTGGGATGTGATGCTACAGGAAACCAGCTGCGGCACTGGGCAGACATGCTGTCAAACCCACGCAGGCCTGTGGCACAGTGGCATACTCTGCTCTCAGCTGAGCAGGTGGACTCAACTCTggccctaaaacacacactgaggatcCCATTCACCAATAAGACTTTTTGAAAATGTCACCACTTCATTTGTGAACGACTTGGTGCCATTTGTTTTACCAACATGTAAAAAAGTGGACGTTGCTTatgttgctttattttaaaaagtgtaccTACAAGCTGTATAGcattttgaaatgtaaaaatttatCAATCAGTAGAGTGTgccctgaaatattttaatatttaatattttataaataacctCTCTGATACACTGTCCGGTACGACACATGTTGAAGACTTTATTTGTAATCCAGTGCTTATACTAAACGCATA
>XM_026919731.2
TTCTATTTGTAAACTTTAATTTCCAAATTTcacatattttgttgttttgttataGGCTGTAATCATTGTGTTCTTGAAGCATTTATAATCCAAAGCTATGGGGATTGAACAACAAATTCAGCTTATCAGAATACATCAGACTGGAGCTCAGACAGTTACTAGTCATAGTGTCAAGACACAATATTGACAGAGAACTGGTTTCTGTCCATATTTCCACCTCAAATGCAAATATATGGGAGGGAAACATAATCGTGTCATGTACTCCTACAGTGGCAAAACCAAAGAGGTGTAGGCTACATTATCAACTTATATATTCATTAGCATGTCCTCGTAGacctgttgtgttttcttttcttatttgtCACCTTATCTGAATTTTCTTGAAAGGTTCCACCTCACATTGCTCTACCTTTGAGCACACACTGTGTGAAGATGAGGTGTGGCAGGTAACACAGAAGTAAGAGCCTCCATGGCTTGGTCACTTTTCACCACTTTCTTTAGAGTGCTGTTAATGCCAAAGTACATTAATGGAAATATAGAGCTTTGTCCAGATGCATAGAAtggaggaaacaggaaatgtaTGCCTAACTGAAACAGTATAAGtgaGCTTTTGATCTTCGTTTTGACACATCAGCCATGATCCTCATGTCTACATTAAACCAGACAAACACCAGTGCTTCAATCGCTGTGACTCCATCTTCAGTCAACATAACTTCATCTTCAATCAACATAACTTCATCTTCAATCAACTCAACTTCAAAATCAGTCTTTGTAACTTCACCGTCAGTAACTGCACCTCCAACCTCAGTCACTGTATTTCCAACATCAGTCACTTCAGTCACAGTCAATGTCACTACACTGATTACCAACTCCACCACTGCCTACCCTGGGTTTCTGCCCTCTCTGTTGGACAAGATCCCATTGCCAAGATGGGCCATCTATGTGATAATTGCCCTGATCCTCCTGGTGCTTTTAATCTGTGTGCTGTGCTGCTGCATAAAGTGCTGCTGCaaagggaagaagaagaaaaagaagaagaatcagACGCTCAGCCTTAAAGGACTGAATGGTACCAGTACAACAGCACTAGTGCAGCCTGAAACGGGGGATGTAGAGTATGGATCACTTAACCAGCCACGAGGGAAGCTGCTGTATTCCCTGGAGTACAATGCAGCACGCTCAGAGATGACTGTTGGAGTGAAAGAAGCTGCAGAATTAATGGCTATGGACTCCTCAGGAACATCTGACCCTTATGTAAAAGTTTACATCCTTCCCAACAAGTCCAAAACCTTTGAGACCAAAGTGTTCAGAAAAACTCTGAACCCAGTGTTCAACGAGCACTTTAAGTATCAGATTTCTCAGAAGGATCTCAGCGAATCTACACTTGTCGTGCAGGTGTATGACTTCAACAGATTCTCCAAACATGATGTAATTGGTGAGCTGAGGCTGGAGCTCTCTGCTGTGGACTGGAACCATGTGATCGAGGAGTGGAGAGACCTGAGTGCACCCTCAAAACATGAGCAAGAACATCTGGGTGAGATTTGTTTCTCCCTGCGTTATGTTCCCACTGCAAGTAAGCTCACTGTGGTGATTCTGGAGGCCAAGAACTTGAAGCAAATGGACATTGGAGGATCTTCAGATCCATATGTTAAAATCCAGCTGGTTCTGGACAAGAAGAagtggaagagaaagaaaacatcgGTGAAGAAGCAAACACTGAATCCTTACTTCAATGAATCCTTTACATTTGATGTGTCATTTGATCAGATTCAGAGGGTCCAGTTGGTGATCTCTGTGTGGGATCATGATAAAGTGAGCAGGAATGATGCCATTGGGAAAATCTTCCTGGGATGTGATGCTACAGGAAACCAGCTGCGGCACTGGGCAGACATGCTGTCAAACCCACGCAGGCCTGTGGCACAGTGGCATACTCTGCTCTCAGCTGAGCAGGTGGACTCAACTCTggccctaaaacacacactgaggatcCCATTCACCAATAAGACTTTTTGAAAATGTCACCACTTCATTTGTGAACGACTTGGTGCCATTTGTTTTACCAACATGTAATTTCTTGAGCAGAAATATCAAAAAGTGGACGTTGCTTatgttgctttattttaaaaagtgtaccTACAAGCTGTATAGcattttgaaatgtaaaaatttatCAATCAGTAGAGTGTgccctgaaatattttaatatttaatattttataaataacctCTCTGATACACTGTCCGGTACGACACATGTTGAAGACTTTATTTGTAATCCAGTGCTTATACTAAACGCATATTTCTgataatactatatataatgtgtgtgcgtgcagtaTGTAGAGAAATAATTgtcttttaattaataaatcagtAATTTGTTTTTCACGTAAA
>XM_026919732.2
CTTCAGCTAGTCCATTCCTAAACAGCGCACATGTACAAGAGGTCTACGGTTCGAAACGTGATTTTAGAGAAATGGAAGGTTTATCTGGCTAGTTATCTCGGGGTAAAGATGAAGtgaGCTTTTGATCTTCGTTTTGACACATCAGCCATGATCCTCATGTCTACATTAAACCAGACAAACACCAGTGCTTCAATCGCTGTGACTCCATCTTCAGTCAACATAACTTCATCTTCAATCAACATAACTTCATCTTCAATCAACTCAACTTCAAAATCAGTCTTTGTAACTTCACCGTCAGTAACTGCACCTCCAACCTCAGTCACTGTATTTCCAACATCAGTCACTTCAGTCACAGTCAATGTCACTACACTGATTACCAACTCCACCACTGCCTACCCTGGGTTTCTGCCCTCTCTGTTGGACAAGATCCCATTGCCAAGATGGGCCATCTATGTGATAATTGCCCTGATCCTCCTGGTGCTTTTAATCTGTGTGCTGTGCTGCTGCATAAAGTGCTGCTGCaaagggaagaagaagaaaaagaagaagaatcagACGCTCAGCCTTAAAGGACTGAATGGTACCAGTACAACAGCACTAGTGCAGCCTGAAACGGGGGATGTAGAGTATGGATCACTTAACCAGCCACGAGGGAAGCTGCTGTATTCCCTGGAGTACAATGCAGCACGCTCAGAGATGACTGTTGGAGTGAAAGAAGCTGCAGAATTAATGGCTATGGACTCCTCAGGAACATCTGACCCTTATGTAAAAGTTTACATCCTTCCCAACAAGTCCAAAACCTTTGAGACCAAAGTGTTCAGAAAAACTCTGAACCCAGTGTTCAACGAGCACTTTAAGTATCAGATTTCTCAGAAGGATCTCAGCGAATCTACACTTGTCGTGCAGGTGTATGACTTCAACAGATTCTCCAAACATGATGTAATTGGTGAGCTGAGGCTGGAGCTCTCTGCTGTGGACTGGAACCATGTGATCGAGGAGTGGAGAGACCTGAGTGCACCCTCAAAACATGAGCAAGAACATCTGGGTGAGATTTGTTTCTCCCTGCGTTATGTTCCCACTGCAAGTAAGCTCACTGTGGTGATTCTGGAGGCCAAGAACTTGAAGCAAATGGACATTGGAGGATCTTCAGATCCATATGTTAAAATCCAGCTGGTTCTGGACAAGAAGAagtggaagagaaagaaaacatcgGTGAAGAAGCAAACACTGAATCCTTACTTCAATGAATCCTTTACATTTGATGTGTCATTTGATCAGATTCAGAGGGTCCAGTTGGTGATCTCTGTGTGGGATCATGATAAAGTGAGCAGGAATGATGCCATTGGGAAAATCTTCCTGGGATGTGATGCTACAGGAAACCAGCTGCGGCACTGGGCAGACATGCTGTCAAACCCACGCAGGCCTGTGGCACAGTGGCATACTCTGCTCTCAGCTGAGCAGGTGGACTCAACTCTggccctaaaacacacactgaggatcCCATTCACCAATAAGACTTTTTGAAAATGTCACCACTTCATTTGTGAACGACTTGGTGCCATTTGTTTTACCAACATGTAATTTCTTGAGCAGAAATATCAAAAAGTGGACGTTGCTTatgttgctttattttaaaaagtgtaccTACAAGCTGTATAGcattttgaaatgtaaaaatttatCAATCAGTAGAGTGTgccctgaaatattttaatatttaatattttataaataacctCTCTGATACACTGTCCGGTACGACACATGTTGAAGACTTTATTTGTAATCCAGTGCTTATACTAAACGCATATTTCTgataatactatatataatgtgtgtgcgtgcagtaTGTAGAGAAATAATTgtcttttaattaataaatcagtAATTTGTTTTTCACGTAAA
>XM_034307575.1
GTCATTACTATGATACTTGGTTGAATACTTGTCCTCAGCAAGTGTTCAGAgtggttttgtttaaaatactCTTTAGAAAGTcaattgtaaaaatgttttctgctggcagaaaacagtgaaataatctctatattatttgtgtaaatCCTACTAAATTGTGAAGACATCTGAAATCTTCTCCcaaaaaagagtttaaaaattggataagaaaagaaaatgtcgCCAGCTTTGACAAGCTGACAGGCCATGTTTTGTCTGTTGGGCTTTGCCATGGGAAGGAACTTCCTTCCGCACTCCATTAGCTGTCGTGAAGTGTAAATCCAGTGGGACTGGGATCCAAACCTTTGCTAGGATTCTGCAAAAtgaGCTTTTGATCTTCGTTTTGACACATCAGCCATGATCCTCATGTCTACATTAAACCAGACAAACACCAGTGCTTCAATCGCTGTGACTCCATCTTCAGTCAACATAACTTCATCTTCAATCAACATAACTTCATCTTCAATCAACTCAACTTCAAAATCAGTCTTTGTAACTTCACCGTCAGTAACTGCACCTCCAACCTCAGTCACTGTATTTCCAACATCAGTCACTTCAGTCACAGTCAATGTCACTACACTGATTACCAACTCCACCACTGCCTACCCTGGGTTTCTGCCCTCTCTGTTGGACAAGATCCCATTGCCAAGATGGGCCATCTATGTGATAATTGCCCTGATCCTCCTGGTGCTTTTAATCTGTGTGCTGTGCTGCTGCATAAAGTGCTGCTGCaaagggaagaagaagaaaaagaagaagaatcagACGCTCAGCCTTAAAGGACTGAATGGTACCAGTACAACAGCACTAGTGCAGCCTGAAACGGGGGATGTAGAGTATGGATCACTTAACCAGCCACGAGGGAAGCTGCTGTATTCCCTGGAGTACAATGCAGCACGCTCAGAGATGACTGTTGGAGTGAAAGAAGCTGCAGAATTAATGGCTATGGACTCCTCAGGAACATCTGACCCTTATGTAAAAGTTTACATCCTTCCCAACAAGTCCAAAACCTTTGAGACCAAAGTGTTCAGAAAAACTCTGAACCCAGTGTTCAACGAGCACTTTAAGTATCAGATTTCTCAGAAGGATCTCAGCGAATCTACACTTGTCGTGCAGGTGTATGACTTCAACAGATTCTCCAAACATGATGTAATTGGTGAGCTGAGGCTGGAGCTCTCTGCTGTGGACTGGAACCATGTGATCGAGGAGTGGAGAGACCTGAGTGCACCCTCAAAACATGAGCAAGAACATCTGGGTGAGATTTGTTTCTCCCTGCGTTATGTTCCCACTGCAAGTAAGCTCACTGTGGTGATTCTGGAGGCCAAGAACTTGAAGCAAATGGACATTGGAGGATCTTCAGATCCATATGTTAAAATCCAGCTGGTTCTGGACAAGAAGAagtggaagagaaagaaaacatcgGTGAAGAAGCAAACACTGAATCCTTACTTCAATGAATCCTTTACATTTGATGTGTCATTTGATCAGATTCAGAGGGTCCAGTTGGTGATCTCTGTGTGGGATCATGATAAAGTGAGCAGGAATGATGCCATTGGGAAAATCTTCCTGGGATGTGATGCTACAGGAAACCAGCTGCGGCACTGGGCAGACATGCTGTCAAACCCACGCAGGCCTGTGGCACAGTGGCATACTCTGCTCTCAGCTGAGCAGGTGGACTCAACTCTggccctaaaacacacactgaggatcCCATTCACCAATAAGACTTTTTGAAAATGTCACCACTTCATTTGTGAACGACTTGGTGCCATTTGTTTTACCAACATGTAATTTCTTGAGCAGAAATATCAAAAAGTGGACGTTGCTTatgttgctttattttaaaaagtgtaccTACAAGCTGTATAGcattttgaaatgtaaaaatttatCAATCAGTAGAGTGTgccctgaaatattttaatatttaatattttataaataacctCTCTGATACACTGTCCGGTACGACACATGTTGAAGACTTTATTTGTAATCCAGTGCTTATACTAAACGCATATTTCTgataatactatatataatgtgtgtgcgtgcagtaTGTAGAGAAATAATTgtcttttaattaataaatcagtAATTTGTTTTTCACGTAAA

Function

NR:

description
synaptotagmin-1-like

GO: NA

KEGG: NA

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TU175372 False 1183 lncRNA 0.39 2 13457100 13458442
TU175378 False 1122 lncRNA 0.39 2 13457301 13458442
XM_026919731.2 True 2394 mRNA 0.41 9 13457206 13464181
XM_026919732.2 False 1905 mRNA 0.42 9 13457206 13465216
XM_034307575.1 False 2154 mRNA 0.41 9 13457206 13463534

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
trnae-cuc_22 NA coding downstream 3628 13453401 ~ 13453472 (-)
LOC113529872 LOC108274466,LOC108428825,LOC107758757,LOC107549278,LOC107595234,LOC107742063,LOC107675297,LOC107675461 coding downstream 4364 13443302 ~ 13452736 (-)
LOC113529873 LOC108275296,LOC103034679,LOC108428757,LOC107742056,LOC107675256,LOC107549279,LOC107758755,LOC107595231 coding downstream 16944 13436163 ~ 13440156 (-)
tnni2a.2 tnni2a.2,LOC108275295,LOC108428758,LOC103035007,LOC107549280,LOC107595232,LOC107675462,LOC107742055 coding downstream 22548 13430439 ~ 13434552 (-)
LOC113529735 LOC108275298 coding downstream 27370 13426302 ~ 13429730 (-)
kras kras,LOC105900436,LOC103038241,LOC107675271,LOC108274959,LOC108428819 coding upstream 265228 13730444 ~ 13740839 (-)
fbxo31 fbxo31,LOC107675295,LOC107751272,LOC107662464,LOC107742043,LOC107595240 coding upstream 313973 13779189 ~ 13788215 (-)
polg polg coding upstream 343266 13808482 ~ 13820557 (-)
rhcgb rhcg,LOC103380519 coding upstream 381462 13846678 ~ 13860256 (-)
gdpgp1 gdpgp1 coding upstream 400796 13866012 ~ 13868624 (-)
LOC117597923 NA non-coding downstream 107690 13330368 ~ 13349410 (-)
G148010 NA non-coding downstream 134386 13321480 ~ 13322714 (-)
G147514 phlda2,phla2 non-coding downstream 593233 12834920 ~ 12863867 (-)
G147454 NA non-coding downstream 711005 12745882 ~ 12746095 (-)
G147437 NA non-coding downstream 766560 12690292 ~ 12690540 (-)
G148204 NA non-coding upstream 311718 13776934 ~ 13778339 (-)
G148371 NA non-coding upstream 533354 13998570 ~ 14021500 (-)
LOC113530044 NA non-coding upstream 1047949 14513165 ~ 14515527 (-)
G148612 pdhx non-coding upstream 1216299 14681515 ~ 14682753 (-)
G148833 NA non-coding upstream 1572009 15037225 ~ 15037462 (-)
G148019 myod1,LOC107758742,LOC107675253,LOC107675469,LOC107742061,LOC107595269,LOC107549285 other downstream 98962 13356236 ~ 13358138 (-)
LOC113529632 ptprj,LOC108274725 other downstream 347374 12920186 ~ 13109726 (-)
tmem86a tmem86a,LOC107707555,LOC107688565,LOC107709947,LOC107675270 other downstream 846749 12601576 ~ 12610351 (-)
LOC113529769 tbc1d9b,LOC108438817,LOC107662168 other downstream 1991186 11441480 ~ 11465914 (-)
LOC113530033 NA other downstream 2434518 11020874 ~ 11022582 (-)
trnar-acg_1 NA other upstream 325071 13790287 ~ 13790545 (-)
LOC113529512 NA other upstream 360566 13825782 ~ 13835755 (-)
G148647 fjx1 other upstream 1344788 14810004 ~ 14812705 (-)
dynlrb2 dynlrb2,LOC103025073,LOC106573385 other upstream 1620897 15086113 ~ 15088060 (-)
LOC113529695 NA other upstream 1754754 15219970 ~ 15228985 (-)

Expression


Co-expression Network