LOC113547110 (LOC108275396,LOC108439811,LOC105903007)


Basic Information

Item Value
gene id LOC113547110
gene name LOC108275396,LOC108439811,LOC105903007
gene type coding
species striped catfish (Pangasianodon hypophthalmus)
category of species economic fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_047603.1
NCBI id CM018549.1
chromosome length 29458963
location 5854230 ~ 5861207 (+)
genome version GENO_Phyp_1.0_2019_striped_catfish_Genome

Sequence

>XM_034307400.1
ATGAACTTTTTGTTGATTAGGACGGTGCAGCACGAGCGATACGGCGCGCTGATTTTAGCCAATTCGTCAGGAGCCGATACAGGAGAGTACACCTGCTACCCGCTGTACTGCGAGGACTCAGACTGCAGGAAAGAGTATGATAAAGCCCTCAAAGTCTTCATCTTCTTTCCCgACCCTCAGGAGCTCTTCGTGCCATCGTCAGATTATTACGAGGTTATGCATCTCAGAAGTAACTGGCCCACAGTGTTGCCGTGTCAGGTCACGACCCCGCAGGCCAAAGTCACCCTGCACCGTGAGTTCCCGCCCGTGGAGGTGAAGGTGGACGGATCTGAGATCTCATACGATGTGACGCGTGGTTTCACCATCCACAGGCCCAAAGCGCATCATGCTGGCTCTCTGTACTGCGTGGCCAGCGTGGGGAACCTGCGGCAGAGCTCCATCAAATACATGCTCATCTACGTCCACTGTGAGAGCACATCCAGCATGTCCAACATGTCCAACACGTCTAACATGTCCAACACTGCCAGCACATACAACACGTCTATCACATCCAACACATCCAAAACAGCCAACACGTCCAACATGTCCAACACATCCAACGTGTCTAACACGTCTAACACATCCAACACAGCCAATACGTCCAACACATCCAACACGTTCAATACATCTAACCCATCCAACACATCTAACAATTCCAACACAGCCAACATGTGTAACACTTCCAACGCATCCAAGACATCTAACACGTCCAATGCATCTAACACGTCCAAGCAGTCCAACACTTTTAATACGTCCAAAACATCCAACACATCTTGCATGTCCAACACGTCTAATACATCCAACACATCTAACACGTATAACATGTCCAATAcatccaccacctccaccacatcTAACACATCTAACACATCTTACACGTCCAACATGTTTAATACATCCAACACAATCAACACATCTAACACGTCCAACACGTCCAAAACAGCCAATACGTCCAACACATCCAACATGTCCAGCATGTCTAATACATCCAACACAGCCAACACGTCCAAAACAGCCAACACATCCAACACGTCCTACATGTCTATCACGTCCAACACAACCAACATGTCTAATGCATCCAACACCTCTAACACGTCCAATGCACCTAACACGTCCAACACATCTAACGCGTCCACAGCATTGAAAACATCTTACACGTTCAACATGCCTAACACCTCCAACACAGACAACACATCTAACGCGTCCAACGCATCCAACACATCTTACACATCCAACACGTCTAACACGTCCAACGTGTCTGACATGTCTAACACGTCCCACACGTCCAACACAGCCAACATGTATAACACATCCAACATGTCTCACACCTCCAACGTATCTAACATGTCTaacacatccaacacatctAACACATCCAACACAGCCAACACATCTAACACATCCAACACGTCCCAAACGTCCAACGCATCTAACACGTCCAACACTTCTAACACGTCCAAAGCATCCAACACATCTTGCACATCCAACACGTCTAACACGTCCAACGTGTCTAACATGTCTAACACATCCAACACGTCCAAAACGTCCAACGCATCTAACATGTCCAACACTTCTAACACGTCCAAAGCATCCAACACACCTTACACATCCAACACGTCCAACGCATCTAACATGTCTGACACGGCCAACACAGCCAACACATCCAACGTTTCTATCACGTCCAACAAGTCCAACATGTCTCCCACATCTAACATGTCTAACACAGCCAACATATCCAACACGTCCAGCGCACCCAACATGTCTAACACGTCCAACATGTCTAACACAGCCAACACAGCCAACACATCCAGCATGTCTAACACGTCCAACAAGTCCAACGTGTCTACCACATCCAACACGTCTAACATGTCCAACTTGTCTAACACGTCCAACACATCCAACGCATCCAACACGTCCAACACATCTAACAAGTCTAACACATCTAACACAGCCAACATGTTCAACACGTCCAATGCGTCTCACACATCCAACACAGCCAACACAGGCAAAACGTTCAATGTGTCTAACACATCCAACACAGCCAATGTGTCTAACACGTCCAATATGTCCAACATAGCCAACACATCTAACGTGTCCAACGCATCCAACACGTCCAACACAGCCAACATGTGTAACATGTCCAGCGCATCCAACATGTCTAACACGTCCAACATGTCTCACACCTCCAACGCATCTAACACGTCTAACACATCTAACACAGCCAACACGTTCAACGCATCCAACACGTCCAACACATCTAACACGTCCAACACAGCCAAAATATGTAACACGTCCAACGCATCCAACAGGTCTAACACGTCCAACACAGCCAACACGCCCATCACAGCCAACACATCTAACACGTCCAACGCATCCAATGCGTCCAACATGTCCAACACGTCTAACACGTCCAACGTATCCAATATATCTAACATGTCCAACTCGTCTAACATGTCCAACGTGTCTAATACATCTAACACGTCCAACACATCTAACACGTCCAACACAGCCAATATTTCTAAAACGTCCAGTGCATCCAACATGTCCAACACGTCCAAAGCATGCAACACGTCTAACAAGTCCAACATATATAACACGTCCAACACAGCCAACATCTCCTACATGTCTAATATGtccaacacatccaacacatcCAACACGTCCATCATGACCAACACAGCCAGCATGTTCAACACCTCTATCAAGCCCAACATGTCCAACATGTCTAATACATCCCACACATCCAACAAAGTCAACACATCCAACACGTTCAAAGCATCCAACATGTCTAACATGTCTAACACGTCTCACACCTCCAACGCATCTAACACAGCCAACACACTCAATATGTCCAACACATCCAACACGTCCAACAAATGCAATGCATCTAACACGtccaacacatccaacacagCCAAATCGTCCAATGTGTCTAACACATCCATCAAGCCCAACATGTCTAACACGTCCAACACGTCCAACACGCCCATCACAGCCAACACATCTAATGCGTCCAATGCATCCAACACGTCTAACACGTCCAATATGTCTAACATGTCCAACATATCTAACACGTCCAACACAGCCAACATGTGTAAGATGTCCAATGCATCTAATACGTCCAACATGTCCAACACGTCCCGCACATCCAACGCATCCTACACGTCCAACACATCTCACATGTCTAACATGTCCAACACATCCAACAGGTCTAATACGTCCAACACTTCTAACATGTCCAACGCATCTAACACGTTTAACACATCTAACACACCCAACATGTTcaacacatccaacacatctAAAACGTCCAACACATCCAACACGTCTAACACGTCTAACACGTCCCACACGTCTAAAACATCCAACACATCCAAAATGTCTAACACATCCAACGCTTCTAACACGTCCAACATGTCTTATACATCTAACACAGCCAACATGTCCAACACATCCAAGACAGCCAATATGTCTAAAATGTCCAATGCATCCAACATGTCCAACACAGACAACACGTCCAAAGTATGCAACACGTCTAACACGTCCAACACACCCAACATGTCTAATTCGTCCAACACTTCCAACACATCCAATATGCCCAACACATCCAAAATGTCCAACACGTCCAACACATCTAACACATCCAACATGTCCAACACATCTAATACATCCAACACGTTCAAGACAGCCAACATGTCTAACATGTTTAACATGTCTAACAAGTCCAACACAGCCAACATCTCCTACACGTCTAATACGTCCAACACAGCCAACACGTCCATTACGTCCAACACAGCCGACACATCCAACATGTCCAACACATCCAATATGTCTAACACATCCAACACAGCCAACATGTCCAACACAGCCAACACGTCTAACATGTCCAACAGGTCCAATACGTCCAACATGTCTAACACGTTTAACACATCTAACATGTCTAATACGtccaacacatccaacacagCGAACACATCCAACACAGCCAACACAGCTAACACGTCCAACACATCTAATACATCTAACATGTCCAAGACAGCCAACATGTCTAACAAGTCCAACACAGCCAACATCTCCTACACGTCTAATACGTCCAACACGTACACCTCCTACACGTCTATCATGCCCAACACGTCCAACATGTCTAATACATCCAACACATCCAAGACAGTcaacacatccaacacatctAACACATCCAACACATCCAACACGTCTAATATATCGAACACATCCAACACAGCCAACATGTCCAACACAGccaacacatccaacacatcCAATATGCccaacacatccaacacatcCAAAATGTCCAACACGTCCAACATGTCCAACACATCTAATACATCCAACACGTCCAAGACAGCCAACATGTCCAAAATGTCCAACATGTCCAACATGTTTAACATGTCTAACAAGTCCAACACAGCCAACATCTCCAACACGTCCATTACGTCCAACATAGCCAGCATGTTCAACACGTCTATCATGCCCAACACGTCCAACATGTGTAATACATCCAAGATACAtccaacacatccaacacatccaacacagccaacatgtccaacacatccaacacatctAATACATCCAACACAGCCAACACGTCCAACATGTGCAACACATCTAATATATCTAACACATCCAACATGTCCAACACAGCCAACACGtccaacacatccaacacatcCAATATGCCCAACACATCCAAAATGTCCAACACGTCCAACACATCTAACACGTCCAACACAGTCCAACACATCTAATACATCCAACACGTCCAAGACAGCCAACATGTCTAACATGTTTAACATGTCTAACAAGTCCAACACAGCCAACATCTCCTACACGTCTAATATGtccaacacatccaacacagCCAACACATCCATTACGTCCAACACAGCCAGCATGTTCAACACGTCTATCATGCCCAACACATCCAACATGTCTAA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Function

NR:

description
PREDICTED: platelet-derived growth factor receptor-like protein

GO: NA

KEGG: NA

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
XM_034307400.1 True 6369 mRNA 0.45 2 5854230 5861207

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
LOC113547120 LOC108275395,LOC108439812,LOC105903016 coding upstream 4172 5838626 ~ 5850058 (+)
LOC113547141 mchr2,LOC108274669,LOC108436838 coding upstream 271481 5565321 ~ 5582749 (+)
LOC113547138 lrrtm2,LOC107680618,LOC107750357 coding upstream 434070 5414917 ~ 5420160 (+)
LOC117597937 lrrtm2,LOC108274667,LOC107750357,LOC107680618 coding upstream 948367 4902900 ~ 4905863 (+)
si:dkey-206d17.12 LOC108275399 coding upstream 1163617 4671050 ~ 4690613 (+)
n4bp3 LOC108274652 coding downstream 4250 5865457 ~ 5903463 (+)
ppp2caa ppp2ca,LOC107594878,LOC107750370,LOC108439805,LOC105903939 coding downstream 106535 5967742 ~ 5975213 (+)
LOC113547108 LOC108274551 coding downstream 137260 5998467 ~ 6037800 (+)
LOC113547149 LOC108274551,LOC108274655,LOC108266882,LOC108260750,LOC108266219 coding downstream 164589 6025796 ~ 6034619 (+)
LOC113547147 LOC108274655 coding downstream 178521 6039728 ~ 6075245 (+)
G143644 NA non-coding upstream 126643 5724880 ~ 5727587 (+)
G143622 synpo non-coding upstream 201344 5649094 ~ 5652886 (+)
LOC117598079 NA non-coding upstream 240922 5610562 ~ 5613308 (+)
G143601 NA non-coding upstream 249570 5600363 ~ 5604660 (+)
G143577 NA non-coding upstream 362392 5491294 ~ 5491838 (+)
G143757 NA non-coding downstream 49776 5910983 ~ 5912741 (+)
G143766 NA non-coding downstream 61604 5922811 ~ 5923752 (+)
G143772 LOC108274654,LOC104947748,LOC106517727,LOC106603477 non-coding downstream 71374 5932581 ~ 5936329 (+)
G143832 snrpg,LOC107671841,LOC107594056,LOC107598637 non-coding downstream 116895 5978102 ~ 5984378 (+)
G143987 NA non-coding downstream 495110 6356317 ~ 6357920 (+)
gpx3 gpx3 other upstream 106286 5740907 ~ 5747944 (+)
fhl3b fhl3,LOC108438237,LOC107734040,LOC107551770,LOC107681628 other upstream 1344982 4484833 ~ 4509248 (+)
G142576 NA other upstream 2392059 3397670 ~ 3462171 (+)
LOC113523845 NA other upstream 2458163 3384180 ~ 3396067 (+)
LOC117598057 NA other upstream 3161388 2687795 ~ 2692842 (+)
LOC113547098 deptor,LOC108274614,LOC108442483,LOC107685573 other downstream 726004 6587211 ~ 6593605 (+)
G144353 NA other downstream 918782 6779989 ~ 6919661 (+)
LOC113547145 NA other downstream 922309 6783516 ~ 6785437 (+)
LOC117598156 NA other downstream 935765 6796972 ~ 6798904 (+)
trnaw-cca_10 NA other downstream 1089865 6951072 ~ 6951422 (+)

Expression


Co-expression Network