G290417


Basic Information

Item Value
gene id G290417
gene name NA
gene type non-coding
species striped catfish (Pangasianodon hypophthalmus)
category of species economic fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_047613.1
NCBI id CM018559.1
chromosome length 22090854
location 5544118 ~ 5599007 (+)
genome version GENO_Phyp_1.0_2019_striped_catfish_Genome

Sequence

>TU344029
TGCTTAATGGGTTTTTGGAAAACTTTAAAGTTTGGAAGGATGCTCTTCTGTTACTGTGTCTGACATTAAAACCCACACACtctcaagttttttttgtttctttttcctgtgCAGCCTACTTTTGCTTGCATGCACAGGCCAACGCTTTTCATCAGACACGCACCCGCACTGTCTACATTCTGTTTATATGGTGTGGGAACAGAAATGTGGCTTTGTGCATGCATATTGTGTCTCTGACTGCAGGACTGCCAGACTGGGGTGACTGCATCCATCAGTCAATTATCACTAAATTGAAAATTTTTAAGCGACTAAGCAAAACTACTACTATGATTCCTCTACCAGCACAGGAGCATCTTATCCCCTGTCCAGTAGGATTACAAATAACTCAAAAGGAATGGTAAATCATTTAGTCTGGCTGCATTTCAGGGGTACTCAGCAAGCTCTTTGGAGAGCGTTGATGGCCGATTTGCCTCGTTATTGTCTGAGTGCCTGAAAACCATCACAGTGCTGTAAGCAGTTCCCTAATGTCAGTCATCGTTCAGGACTCTGGGACAAACGTTACCCCAGAGTTAGACTATACATTCTGTCTTCCTCAAAGATGACTTTCAGCACATTTTCAAACTTTAACACAatgttaaaattgcatttagGATTGGGCTTTGGGATTACAAACATATTGTTTTGCAAATGTTATGCATTCACTGTGCTGCCCCAACATTATACATCCAAATCCAGCATTATCCAAATGCAAGTCAGGATTCAGAGCTCTGGGATTAGCAAACATGAGGCCAATGGTATACGTTCTACAAATCCCTTTCTTCAGCTGCCTTGCCTCTTTTCAAACCACTACACTGCATCATATCACGTTTCTTTTAGAGTGGAGACAGGCCAAGTGCCCTTCTGGCCTTTTTGTTTGTggaatgtgaggaaaaaaatgacataaatgtgtgtttttgagaagcagggaaacacttttttttagggGACTCATGCGTAAACCATCGCTGACCCTTCAGCATGCAACTGCTTTTGTACTCACAAAAGATAAGCCAGAGAGAAGAAGGATGGGATTTCTTTTGCATTTGTGCATTTGATAAACTGCTATTTGATGCACAAGCACCTTGAGATATTTTGTAATAGTTGCTGTAAGTCCAGGATATGGACACAACTGTGAACACAATGCACTAATCCCTCCAGTCCCCCCTCCTTTCCTCTTTTCCTAGCTGGAAGATAATGAAAACATAGACACAGTTTGCTTTACATGCACTTTCAAACAAGACTTTTATATGTGGTTCTTGTCAACGCAGAATGCCATAAAAAACATATGGAGTAAATCTCCTGTTTAAACGGACTTCCTTCTCCAATTAAGAGATGGCAGTGGCATCAACTTTGTGCATCAAAGCGGGATACAAACGAACATTCTCTTTGTGATGTTAAAGACAGGGCGGTTGCTCTCCTTTATGTTGTGGGGTGGAGGGTGTTGTGAAAGCGAGGAGACTCATTAAGATGGAGACTTGGGGAGGGGGGGATGCGAAGTCGTGGGCCACTTGAAGAATGTCTGATTGAATGGGCTTTGTTCGGTGCGATGCTGGATGCTTGGGGTTCCATCTGTTTAATGCTGCCTCGCCTGAATCTCCACTTTACTCTCACTCGCTACAAAATGCCTTCTACCTTGGGTATAGTAGTAGAGAGTCAAAGCAACTGTACTTGTGGTCAAATCTTGACTACATGACCAGTGGCAGACTGGAACTTACTGCCATTTATGAGCAGAGTGAAGATGAATCTGCAAATGCGAGCAGTCAGACAGATCACTGACTGAGAAGCCTCACCTCCCGCTGAGCTCCACTAGAGAGAGTGAAGCTCAGGCTGGCCCAATTAGCATACAGTAGTGCACTAAAGCACAGGAGATGCGTCCTTGGTGAACACTCCCATATTCCCCCTACCCCCAAGGGGGTCATAGTGGGGGGTGACACACATTTCGGTACATGCCACAGCCACCATACAGGCTTTcaccctctccttctctcattctttATTTTAGCTTTGGTGAGGCTTCTTAATCCCCTTTTACTCGAGAGGGAACAGCGTAATTGTGTGGCATTAGCTTATAATGCTCATGGCTGTGTAATTGTGAAAAACCCCATCTTGCTTATCGACCTTCGGTCTCCACTGTAACTTCCTTTGGGATATTTGTTATGGAGAGACTTGCTTGTTGGGGCCTTTCGCAGGAAGCCACCTTCTAAAATTGGCCCTCACCTAAGCGCCACTGTGCTTCAATGACTTTCCTCAAGCACACAATGGAGCCGGGATGCCATTCAAGGCAGGATGGAGCCCAAGCACGCTCTGTGCATTTTAAGATGGCTCACCAGAATACAACACGCATTGAGCCAACTTTTGCTCCAGTAAGCTGCAAGGAAATATGGAAGCGCTAACACTAACCGTTGGCTTGTTTATGCATGGAGATGGAAGGGGTGTCTGTATGCAATCAGTGGTGAAGAGTGCTCCAAGTTAAAACAACACCAGAACCACCTGGCACTCACTTTTTCATCCACCTGGCCTAGTGCATGATcaaagtgaataaaaaagagTTTGGCTCTCTTGATTTTGGCCATTTATAACTCCTCTCTGAAGTGTGGCATTCCAGAAAGGGGGCGGCCGACAAAGTTATAAAGCGTATTGGAGAACCCATGGGAGATGCACTCGTTTCGTGTACCTGTGTTAACCTCACGTTTCACAGAGGTGCACACATAGCCacgtatataaatattttccaaGATTTCTCAAATGCCTGGTCCCAGGTCAGCATAGCCCCTGCTCTTACTCTGACATCTGGTGTAATTTTTTGGCTCGGGCATCTGCAGAACCAAACTCAGGAAAGGGTGGGAAGAGGaaaaggtctctctctctctctctctctctccacccttTACTTTCACTCTTTGCCCTAGATGTGGCCAGCTGTGCTGTGAAACATAATCCCTCTCTTTTTCCAGACCATTTCCTCAAGTGTAAAGCCTCTCGGTCTCATTGACTGGGTCATAATTGCAACTCAAAGCTAACGTAGTATTCAGGAAAACCTACCAAGCCCAAGACTGATTAAATCCTCCTGCGCTAACACCGCACTAACGTACACTGCAGCAGGAATGTTTCGTCAGAGATCGCACTAATGTTACACTTCATAGTTAAAATGTTAGATGTATGTTTGACAAGCAATCCATCTTAATTTTAGACAGGTCTGGAGAAGTTCACTGCTAAGGAGTTTCACCAGCAGGCAAGCAaggcaggcagagagaggaGCTATTTTCCTCTCTATATAGTTATACATCTATTATATTCTCAGACATGGTGCCAGGATGTTTGGCGTGTTTACAGGCTAAGCTGTATGTTTGCAAATGTACACAGAGATTGCATGAGCCAGGCGCCAGCTGGATGAGCAGTGCTAAGGACTAGGTGACTCTCATGTGTACACGTCAGAAGCCACTATCCACTGGGGCAGGACAAAAAGCTGTGATTGTGGTCAGCTGAGTGGGCCGGGAGTGTGAGGGCCATAATTTACGAATGGGAAAGAACAGCGTTGTTTAGAGAGCACAAGAGAAAAGGAGCAGACGAGTTTCCTTCTGAGAAAGAAGCTGGAACACAATTGGCCATGACATCTTGTCCATGTTGTATGTCAGTGAGTAATATTGAATGGCAGCATTTCAGTATCCTCACATATTTCCTATTCAGCTGCACCAGTTGAATATAAATTCAACTGTAGCCCGGTCTGAGCATAAATATTAACTGTGGAGCCTGTATTGCCATCATTCTGTCATCCAGTTTACgaaaattaaattaactttGTCCTAATTTGTCATTATATAGCATCATATTAACTTGAGAGTCTGCAACTGAAGTTCAAaatttacatcaatatttatgaaTCAATATTTATTCTCTGTATATAGATGTAGGTGCTTaacttgaatttgaatttagattcagattattaaaactaGTTCACGTCATGAGACAGATGTTAATACCAAGTGTGAACCGTCTTAAATGTTGACGTCTCTGCAGGCAGTGTGTATTCATGGAAAAGCGCATGTAGATGGAGTCAAATTAGGTGATGCCAGTGATGGTTATGTgcgaactctgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtcttgtgtgttgGGATCAGTAGAGTCATTTAGTCTCccttctacacacactccataaaccACACCATCTGAGTGACACCCACAACCCACTAATGGGTCTGTCAAATTGTAGGGCTTAGACTCAGTTTGTGACTGCAGCAGTATACTGTCTGTATGTTTGTGGCTGGTTTCCAAGGTGGCTGGTCAGGTGATTTACTTATAGAGCCCGGGATTTATTAGACAAAACGTAGTGCCTGATGTAGCAATTAGAAGCAAATGGTTGTCTtacagctttgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgttgtgtgtgtggtgatgttaTCAAATCCTATAACAGACATCAGGGAAGCAATGTAGTGATAACATGCCTCTGGCTTTTGTTAAATACGTCAGTGTCTGTTTTCTAGCGAGGCTGCGTTATCAGCCAACAGTTGACCAACACCATATGCATTTCTCTCCTTTTACTGCCATCTAACTGTATTCAAGAACAACAGGAACAATCCATGTAATCAGTTGTTCTGTTTAGGATGTACTGTAACAACCCCCTCCTAGCTTTGTTTGCAACTTTTCCACGGAGACACAAATAATTTGCTTATTTGCAGTgagatttattgcattttattttctctcgtTGGCCATCTATAATCCATTGTTTCAGCAAATGAggcattgtgtgtttgtttgtttgtttgtttgtgtgagtgtgggaTAGTTGGTTAAAGTGGTTGTTAGAAATAGTAACCATAGTAACCATAGTAAGTCCCTGCTTAACCCATTTAGCCCTGTATAGAACAATTTCTCTCAGATTCGTGAACTTATTTATAATTCCAGGGTGTTTTCAGGA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Function

GO: NA

KEGG: NA

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TU344029 True 9041 lncRNA 0.41 2 5544118 5599007

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
LOC113545193 NA coding upstream 23485 5505839 ~ 5520633 (+)
dab1a dab1,dab1a,LOC107581465 coding upstream 41714 5327165 ~ 5502404 (+)
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scrn2 scrn2,LOC107697287,LOC107581469,LOC107733816 coding upstream 479969 5052030 ~ 5064149 (+)
dhcr24 dhcr24,LOC107581458,LOC107687183,LOC107566150 coding downstream 245026 5844033 ~ 5856556 (+)
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sirt5 sirt5,LOC107687181,LOC107712885 coding downstream 276181 5875188 ~ 5887559 (+)
adcy1a adcy1a,LOC108257925,LOC108416099,LOC107581454,LOC107559745,LOC107697434,LOC107687179,LOC107712833 coding downstream 305687 5904694 ~ 5945486 (+)
igfbp1a LOC100305121 coding downstream 359424 5958431 ~ 5961185 (+)
LOC113545370 NA non-coding upstream 237216 5302630 ~ 5306902 (+)
G290192 NA non-coding upstream 290395 5253517 ~ 5253723 (+)
LOC117599804 NA non-coding upstream 393193 5147185 ~ 5150925 (+)
G290030 NA non-coding upstream 636306 4898967 ~ 4907812 (+)
G290028 NA non-coding upstream 647731 4896122 ~ 4896387 (+)
G290419 NA non-coding downstream 48370 5647377 ~ 5655687 (+)
G290562 NA non-coding downstream 133724 5732731 ~ 5734300 (+)
G290566 NA non-coding downstream 202791 5801798 ~ 5804340 (+)
G290567 NA non-coding downstream 205669 5804676 ~ 5805588 (+)
G290569 NA non-coding downstream 207999 5807006 ~ 5807916 (+)
dnm3a dnm3,dnm3a other upstream 564718 4941951 ~ 4979400 (+)
LOC113545190 NA other upstream 934517 4601055 ~ 4609601 (+)
trnad-guc_17 NA other upstream 1205819 4328832 ~ 4338299 (+)
clocka clock,LOC107701480 other upstream 1234189 4248330 ~ 4309929 (+)
G289531 NA other upstream 1473751 4054457 ~ 4070367 (+)
usp24 usp24 other downstream 136466 5735473 ~ 5801693 (+)
b4galt6 b4galt6,LOC107712262,LOC107687169,LOC107712895 other downstream 536913 6135920 ~ 6160040 (+)
tdh tdh,LOC107561940,LOC103024478,LOC108435012,LOC107723287 other downstream 1413735 7012742 ~ 7019686 (+)
atp5mpl NA other downstream 2178590 7777597 ~ 7782008 (+)
nudt14 nudt14,LOC107718404,LOC107683965 other downstream 2444379 8043386 ~ 8074444 (+)

Expression


Co-expression Network