G291907 (LOC108412077,LOC108257948,LOC101069770)


Basic Information

Item Value
gene id G291907
gene name LOC108412077,LOC108257948,LOC101069770
gene type non-coding
species striped catfish (Pangasianodon hypophthalmus)
category of species economic fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_047613.1
NCBI id CM018559.1
chromosome length 22090854
location 8309242 ~ 8321459 (+)
genome version GENO_Phyp_1.0_2019_striped_catfish_Genome

Sequence

>TU345853
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Function

GO: NA

KEGG: NA

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TU345853 True 11356 lncRNA 0.39 5 8309242 8321459

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
LOC113545195 l3hypdh,LOC107684001 coding upstream 3643 8296614 ~ 8305599 (+)
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brf1b brf1,brf1b,LOC107683968,LOC107718407,LOC107701485 coding upstream 363430 7885793 ~ 7945812 (+)
clic5b clic5,LOC108258161,LOC105897798,LOC103355727,LOC108231874,LOC107678823 coding downstream 124857 8446316 ~ 8459728 (+)
LOC113545337 LOC108257647 coding downstream 228483 8549942 ~ 8557745 (+)
wdcp wdcp coding downstream 278952 8600411 ~ 8605983 (+)
atad2b atad2b,LOC107603081 coding downstream 314991 8636450 ~ 8704985 (+)
trnak-uuu_18 NA coding downstream 570209 8891668 ~ 8891740 (+)
G291769 NA non-coding upstream 181344 8126021 ~ 8127898 (+)
LOC117599748 NA non-coding upstream 361211 7945952 ~ 7948031 (+)
G291644 NA non-coding upstream 472162 7833330 ~ 7837080 (+)
G291582 six6b,six6,LOC108257662,LOC107743981,LOC107697293,LOC107589092,LOC103035477 non-coding upstream 641437 7666919 ~ 7667805 (+)
G291581 NA non-coding upstream 643233 7665129 ~ 7666009 (+)
G291972 NA non-coding downstream 143378 8464837 ~ 8465037 (+)
G291976 runx2b,LOC108258149,LOC107678859,LOC107726745,LOC107603075 non-coding downstream 149488 8470947 ~ 8473728 (+)
G291996 NA non-coding downstream 189110 8510569 ~ 8510776 (+)
G292072 NA non-coding downstream 261491 8582950 ~ 8583477 (+)
G292074 NA non-coding downstream 262760 8584219 ~ 8585902 (+)
nudt14 nudt14,LOC107718404,LOC107683965 other upstream 234798 8043386 ~ 8074444 (+)
atp5mpl NA other upstream 527234 7777597 ~ 7782008 (+)
tdh tdh,LOC107561940,LOC103024478,LOC108435012,LOC107723287 other upstream 1289556 7012742 ~ 7019686 (+)
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LOC113545369 NA other downstream 167188 8488647 ~ 8534500 (+)
G292216 trmt6 other downstream 672054 8993513 ~ 8996996 (+)
LOC113545247 plcb1,LOC108258091 other downstream 752569 9074028 ~ 9179173 (+)
G293016 ileu other downstream 1582291 9903750 ~ 9950731 (+)
LOC117599798 NA other downstream 1837496 10158955 ~ 10170739 (+)

Expression


Co-expression Network