XLOC_005291


Basic Information

Item Value
gene id XLOC_005291
gene name NA
gene type non-coding
species zebrafish (Danio rerio)
category of species model fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_007123.7
NCBI id CM002896.2
chromosome length 49182954
location 17721801 ~ 17727540 (-)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome

Sequence

>TCONS_00011116
cacacacacacacacacacacacagtcccatCAAGCCAAGCGTGGGGAGGAGCGAACATGCAGCTGGTGCTTCCATCACACACATTCCAAGTAGGTACACGGAGCTTCACGTTTCTTCATGGAGAATTTCATACACTTCATCATAGTTTTCCTCCAAGCTTCTGAAACTGAAGACCCAACAGCTATTAAAACGAGAGTGAGAAGGCCGCTATAGGAGCAGATTTATGAGGTATTACTTCTAAACAAGTGGTTAATATATGTTTCTTTTGTGATTTATAAGAGATTGTGATCACTTGATAGATTCAAAGTGTAATACAACCTAAGTTTAACTTTTAAAGTGTAATACATTTGAGTACAAGTCTTTGTGAAATGTGACACAATAAAACACCAGACTCAGCTCTCGGCTCATGTTCCGCTGTCAGTGAAAAGCTCTTCTCTGTCATggctttattttttcataaatcaccAACAGGAATGTGCTCATCCTGAAAGAAGTCTCTACACTGTGGCAACAGACCTTGTAGGGGTCCCGAAGCCTAGCACACTGCCAAAAAGGGAGGAGGGACACTATTTTAGGTGAATTTGTGCTGATCTTCCCACCGATCGACTGGTAACACTTCACAAAAAAAAGAGGCCCAGAACCTCACGCTATCCTTTTACACTCCAAGAGCAGAATCATCATATCCCTCAAACAGATGATAAGTGACACCAAACAATCCATGAGAGCGGTGTAATTGGATGCCTTTGGGCTTATTCTGAGCATGCAAATCAGAGCCAGTGGCGCTGAGAGTTACATGCCCCACTACAACAGCAGCTCCATTCGTCTGGTGCCCCGCGGCATTCTGGGTAGGGGACAAAAATGAAACGTCAGCCTTGGCTGTTGTAGCCTTTTTTGGGAAAGTCGGGAAGTGCCTCGTACAGCAGCTCTGGTGTACAGACGGTCTGAATAGTGTGAGTAATTCAAGATGGATTTGTAAACACAAATACATTACCACCTCCTGCTTAAATTAAAACGCTGCCTTACGTTGCCTCTTTGATTTATGTGCACAAAAATTGGTTCAAAGACCAACCAGTGAAATTTaggtttaattatattttttaaaatctgcatGGAAATTTTTAATTGCCAATTTTTtatgaaaaactaaattattttacataaataattttgacacacacacaatttctctAACATAATCAATACAGTACAAAGCAAATTCAAACGCCTTAATTATTTAAGATCCTGAATAATCaactaattcatttattttattttatttatttatatatagtattattattattatttttattttcaattttatttatttatttattttagtattattattcatttattgtatttatttatatatttttagtatcattattattaatttatccagttatttattcatttatttatttatttataattttttctttattttttggataaatatggacaaacccagcaCTGAATGAATTGacaagtgacttttttttttttacttagtgattaagtttatttagcatttttagagTGATTACATTCATGTCATCgtgtttttagtttgttattcctttgaatttattttcttgcataaaaaaactactaattatttataataatgtaaaatcatATTATATTTAAGAAATACTATAATGTATTTGGTATTGGGTTTTGATATTTTTAAGGCATTTAAGGTTttgttatttacatatttattttgaatattttagattttttatatatgtttatatattttatatatatattatttttgtgttttatttttcttttttagtttgtAGTAAACTTGAACTTGAGTTAATTAAAGCATTGTTGTTTTTGTCAGTCATTTTCATTCTTGTCatttgatttttacatttttattgattgatttttgaGCATCTACAGttaaagaattattagccctcctgtttattttgtccccagttttctatttaacggagagaagatttattcaacacacttctaaacataatagttttaatatctaatttctattagctgaatttttttaatattttccatgatgacagtacataatatttgactagatatttttcatgatacagcttaaagtgacagttaaaggcttaactagatcaACTAGGcagaatagggtaattaggcaaataattgtatatcaaaggggctaataattttgaccttaaaatattttttacaaaattaaaagctgattttattctagaaacaaattaaacaaataagactttctacagaaaaaaataaggataatcagacataatgtgaacatttgaacatttactattattttttttaaagaaaagaaaattcaaagaggggggctaataaatctgacttattttaatcatttaattttttcttactttttttaaataaattatttcagtAGTAGTACTTCACTTtagaatgaaacaaaaataaaacatttattattgatttattctttttttttagtatattttattaCAGCCAATGTTTATTTTATACCAAGTAACATTTCTTGTAATGGTTTAAAGTTTAGTTATTGATAATATCCCTTATCTGATGGTGGTCTGATCTGACACAaggtgtgaactactgaacagtTTAAATTAGACTGGTACAGCAGATTGGCTGGTAGCCATGTTACAGATATCTGGAACAGAGAGGCCAGCTGAGGCAAAGCCACTTGCTTGACATGACTGAGAATGCAGATTTAGGAACATTTTCTCTGACACTAACTTACCAgtggtcaaaaaaaaacaaatattgtatgCTCTAATATTTAAGATTTATACTTTTTGCACATGCAAaatttatacataaaataaattgtgtttaaattgtatgtgttttattataataaaaaaacacccaAACAAGCTTTAAAAGTAGTTTGAAGGAGATGTAATATGTTGgtcatgtaaataaatatgaaactTTTTAATAGATATATGTTTTTGATAAAGACTCCCCCTAGTGGATCCTGAAGTGAACTGTCTTCTCAAAGATTTCCATTACACTTCACCTTCTCTATCCCTTTGACAGAAGACCAAGAAAACaatctattttatattattgatatatttatagATGTAATTCTGAAAATGAATCAGacataaaatttattttacagatttttttaaaaaatgctttcttATTTGTCGGCTTTCCATCCTTAATCTAATCCTGTATAGCAGCTATATAAGGGCAGGGATGTTCAGTAGATTTTGCTATATGCTGTGTcactataatttaaaaataaaaaagctccgTCAGTCCCGGCAGTCTGCCTGCCTTTGCCCTGCAGTTGTGGATCAGGTTTAGTTGTGCTGCTGTGAGGACATACTGTACAGAGAAGATGATTTCATTTTTATAGTTCGATTCTATACATcagttacatttacatatatattcagAAAGACTAATGCAAGATGTGCATATGTTGAGCCATACTGTAGGTTTTACGCTAACGAAATGAGATAAGAGAAGGTAAACACAGAGAACACCTGCTAAAGAAATTGAACACTTAAGTTCCCCAGTTATTTTGGAAGGCACCCAGAAATCATTAAAATCGAATGGATCCCCTTACTTTGTCTGTTGTGAGAGTTTcgtttttaatatattcattctATTGCATGATATAATGCTGATCTCATTAGTTTCATTTAATCTGCTGTATATgatacaaaataaaatgcaataaaaaatatatattgtacaatacaaataaattgattcatttaaaataaaaataaactgaggcagtattttgttattttaaaatcaataaaatactattatatattacttttattttcttatcatcttgaattatattaaattttccagctttttttgtcattttacttttagtttgtatttttattagcaattttgttgtgtttatgtaAAGTTTGTCTGATCATTTTAGGTcgaaatgattagcccctttaagctacatgtTTTTTtccatctacagaacaaaccatcgttatacaataacttgcgtaattactctaacctgcctagttaacttaattaaaccAGTTATGCCTTTAactgtcactataagctgtatagaagtgtcttctaaaatatttagtcaaatattatttactgtcatcatggcaaagataaactaaatcagttattagaaatgacttattaaaatgtttagaaacgtgttgaaaaaatctgctctccgttaaacagaaaatacatacatacacacacacacacacacacacacacacacacacgcacagatatataaataataaatgcttaCTAAAATACTTAATTGTGTTTTCTTATATTAAtgcaataaattataaatttacaaaaataggTACAttccgatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatattcttctttttttcagcCTCTCTAAGCTAAATtccatattaaatgtattattttaaatatgaagagtttagatgcaaaaatgaaaataaatttatatatattttatatatatataaaaaattcatttttgcatctaaactcttcatatataaagTGATATGAGTGATATTCTGTTATAATCTAAattcaatatatttaataatcacTTTTTAGGAGACCAAACCCATCAGCATGTTCGGTATTGAGACAACAGTGTTAATTCAAACACcggcacactctcagaaataaaggtaagcaAGCTGTCACTTAGGTGGTACCTTggcaaaaggtacacatttgtaattaaagggtccatattggtacctcaaaagtatacattagtaccttaacattttaagaggaacacttttgtactttttatatgTACATTAtggtattaatatggacttttaaggtacacatttgcaccttttcaaaagataccaccccagctcgcaaacttttatttttgaaagtgCACGTATGTCTTGCTTCTAATGTTTAACTTGTCTTCTCTGTGTTTACAGGCTTGAGTTTATGCAGAGAAAAGTGTCATCTTTTTTTAGTCTAGGCAGACGTCTCACTTACTGGAGCACTGAACCTGCCACATGAGACCTGTACAAGGCTGACAACATGTATGTGATCTCAAAATAGAGAAaggaaaaaacatttataaaatgccATAAAAAATGTGATGCCTGGTTTGTATCTTGTGTCATTGCTGTATGGTGCCATTCTGCTAAGTGTGAAGTCCATCCAAGAGATACTGTCATACTCATAAAACCAGAGCCAGGACTCAGGGAAACCCCAAAGACACTGTACAAGCACAGGGACGATTGCAGACTCGTAGCGCAACTGGCATCCCTGCTCCTGTTGCAGACGCACTGCATTTCAGGCCAAAACTCACTCAGTGAAAGAGCCTTGCCTACTTGGGAGACACATCCACACAAATGAAGCTCAAGTCACAAATGGCTGTGGACATGCACATGCGGTTTAGTAGGTTAGCACAGTTAGCATTATGCTAAACATTGTGGCATTCTTTGAAATGGTCAAGAATAAAATGGAGAGCATTTCTCCACTAAACATCTTTTCCCATGATGCTTTGTGGTTGCAGTCTGTTTTGAGTTAGTAATAATGATGTTAATATTGTTCTTCGGCTGACCTGTGTGTTTAGCTAAGCCCTGCtagaaaaaaagcttaaagacACTCATTGGCTGGTAAGCCTGTTTTTGCATTGGGGTATCATGATTTTAcagtatacaatatataatactatattagaa

Function

GO: NA

KEGG:

id description
ko03230 Viral genome structure
ko05164 Influenza A
ko03200 Viral proteins

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TCONS_00011116 True 5740 lncRNA 0.31 1 17721801 17727540

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
XLOC_005290 pvalb2 coding downstream 9303 17710425 ~ 17712498 (-)
XLOC_005288 pvalb3 coding downstream 14284 17705218 ~ 17707517 (-)
XLOC_005289 dre-mir-2192 coding downstream 14900 17706792 ~ 17706901 (-)
XLOC_005287 pvalb9 coding downstream 23132 17695986 ~ 17698669 (-)
XLOC_005286 ccz1 coding downstream 35397 17657224 ~ 17686404 (-)
XLOC_005292 tecpr1a coding upstream 66744 17794284 ~ 17810543 (-)
XLOC_005293 baiap2l1a coding upstream 88185 17815725 ~ 17863467 (-)
XLOC_005294 nptx2b coding upstream 161925 17889465 ~ 17897134 (-)
XLOC_005295 NA coding upstream 496994 18224534 ~ 18227730 (-)
XLOC_005296 tom1l2 coding upstream 654442 18381982 ~ 18408588 (-)
XLOC_005275 BX000534.1 non-coding downstream 723359 16997206 ~ 16998442 (-)
XLOC_005273 NA non-coding downstream 754993 16964656 ~ 16966808 (-)
XLOC_005272 NA non-coding downstream 778553 16942204 ~ 16943248 (-)
XLOC_005269 BX000534.2 non-coding downstream 820042 16901645 ~ 16901759 (-)
XLOC_005298 NA non-coding upstream 725667 18453207 ~ 18454407 (-)
XLOC_005303 AL772266.1 non-coding upstream 1010873 18738413 ~ 18738529 (-)
XLOC_005318 NA non-coding upstream 2329431 20056971 ~ 20120711 (-)
XLOC_005319 CR352324.1 non-coding upstream 2461629 20189169 ~ 20189286 (-)

Expression


Co-expression Network