LOC113539905


Basic Information

Item Value
gene id LOC113539905
gene name NA
gene type non-coding
species striped catfish (Pangasianodon hypophthalmus)
category of species economic fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_047598.1
NCBI id CM018544.1
chromosome length 33267568
location 16758227 ~ 16763461 (+)
genome version GENO_Phyp_1.0_2019_striped_catfish_Genome

Sequence

>TU77754
TGCAGCACGCGCTGAGTTAGTCTGCTGGAGCTGCAGCAGCTGGCCAGCATCTTTGACCTCCTGGTCCGGTTTGCTGTTAAAAGAAAGATGTTTATCTCAAGACTAACTTCTCAACAGCCCACTGTGCAGTGGGTGCCGATTTTGGCTGCAGACTGCATGTCCTTGAAAGACTATAGGTGATGCTGTGTAAAGTGAAAACCTGTTGCTGAACATGGCTTTGGCCAGTGATGAGTTCTTTGCCTGGAAGGCTGAGGATGTTTTCAGATAGGGAGTTATCCCTCTGAAGCACAGATGTTTGGCAAATTGAGTTCTTGGCTCAGAAGTGCTCGCTTGGCTACAGTTGTCATGGGttgcttttttctctcaaaaacagGCAAACTTGGTTTACAGTGGATTCCAGGTGGGCCTGGCAGTTTGTCTTAAGCAGctgAAACTGGATGACCCTGGGTGTCCTTTGGAACAAACATTTCCTTGAGATCTGTAAGCCTGTGCATGAAGATACTGGAGCTGCCCTGAATAAgGTCATCTCCGCTTCCACTGTACAACTAGTCAACTCGGTGCTGGAGGCCATGGACATGAAGTTATGCctgtaaatgctgtaaagaCTTAATAAAGCTCTTGAGTGAAATTATTGCCTCTTGTCTTCTGTGGTGCTGTGATTCCGACATGGTGATTGCATCATTTAAACCAGCAGGCAAAGCTTTTAAGACCTAGGATATTCTCCTTCCAAACTGGAGAAGTTACTTGCACTAGGCTTCAGCTGAAAGCTTGACATGTGCTAGGTTATGTAATGTTAGTTTGGGGGAGCAGAAGTGTCTTCCATGTATTTAAATTGTTCCATGGATGTAAATAAACCTGAATACTCCTGGCAGATGGATATGACCGGAATGGGCAAGTGACCTGTTCAGACATATTTGAGGGGGGCTAATATCTTGCACAGACTAGTTCAGACTTTGAGTGGTAAGATGACTTGCGTTTGACACTGGTTGTATATTTTGGTCCATTTCGTGTGAGGGTGAGAATCTGTTTATTGCACATGAAGTGGCAAATGTATAATTCATGATCTCCATTTACTGTTGGTGCTTACCAAGTGTCAGTTCCtttagaaaattaatttgaTTCTAACTTGTTGCACTTAAGGGTGAGTCGAGTGAAAACCTTGTGTAATGGATGGGGTTGCGTCAAGTTGCATCAACAACTTAATGAGTGGCATAACATGGTGACTCAGACTCTGCGAAATGCACCTTAAAACATCACCTGTTCTAGTGATTCTACAGTGTTGGGTTCACATTCTGATTAATCAAATTGCTGGgtttggaaaggaaaaaaaatacatgtagtTCCAATAATATTGTACAGCATGAATGTTTCCACAAGGGGAAAGAGTCTAGAACTGCAGTTGGAGGATTTACAATGATAACTAAGTTTACTTGCTATTAAGGAAATATCCATGCTGGGGAGCAATTTTCAAGAAACTAAATGTCAAGTctttcaaaattttattttgaaatgatcaCTTTACAAGCAGTGCAGAAATAATTTGATAAATGCATAAACCTCTGAAACCATATGAACAGCAAACAGTGGCCATTGGCTGAGGTTCAGGCATTAACAGCTTAAACACTGAATGCATTTCTCAACTTAATCCCAGAATGGTACAATTTGAACACTACAGTTTTCTCCTTAACACAAACATTTAGCCTTATGTGGGTTATGTGGCAACATGAGGCTAAAATAGGTCCTTAATAAAGGCACCAAGAGTGTTGCactgttaatgttactgatctgaaaggaaaaaaaaacaactataacCATGCAGACTGGTGCATTAGTTATGATGCCTCCTCAGGGTTATAACCATAGATAAGATGCTGTTTCTACAGTTAtatcacaacattaaaatacaagGCTCTTTTCTCAGTCTGCTGTAAAAATGCGAGCACCGATGTCATCCAGGAGCCAGTCTACGCCTGTCAGGAGGTTCTCTCCAGTCACTGCACTGCAGCCCACTATACACCAGTGATGTGTCTTAATCTCATCCAGAGCTAGCGCCTGTCAAAATAAGAGATTGTTATTCA
>TU77755
TGCAGCACGCGCTGAGGTAAGGTGGTGTACTTGTgtattattctttgtaaatgtgGCAAAAAAAAGGATAGTTCTTGGTCTCTGTTTGTAATAATGCTTAAGCAGTTAAGCCTTGTGGAGATATCTGCGCAGTAAATTTTAAGTATTTGAATGGTTATATAGTTAGAGTTTTGCAGTGAACAGGCCCAAACCGAGTCTCAATCTGTCTGTTCCTCTTTTGGAAAGATTCACAATCCGAGGCCATCTTGTACCTGTTTGTGCTAATCGCTTACATTTTGACTAAAGCGTTAATGTTAATTTGGTGGTGCATTATTAGGAGCGggtattgacttttttttttttgctttcttgtcTGGTTGAATGACTTTGCTGAAGTTGTGCATGCTGCAGCCATATCAGATCTCTCAGTGATGATAACTTTCACAGACCTGTACTGAAATACTGTGATTGCAAATATAATATCTGATGAgagacctttttattttttttttctccttcaatATCCAGTGTTTGGTAATTAGTGAGGCAGAGTTTCTCTCGGGCCTCCACATGGTCCTCCAGGCCCCTGACTAACCATGCTCTCTCTTCTTGCAGTTAGTCTGCTGGAGCTGCAGCAGCTGGCCAGCATCTTTGACCTCCTGGTCCGGTTTGCTGTTAAAAGAAAGATGTTTATCTCAAGACTAACTTCTCAACAGCCCACTGTGCAGTGGGTGCCGATTTTGGCTGCAGACTGCATGTCCTTGAAAGACTATAGGTGATGCTGTGTAAAGTGAAAACCTGTTGCTGAACATGGCTTTGGCCAGTGATGAGTTCTTTGCCTGGAAGGCTGAGGATGTTTTCAGATAGGGAGTTATCCCTCTGAAGCACAGATGTTTGGCAAATTGAGTTCTTGGCTCAGAAGTGCTCGCTTGGCTACAGTTGTCATGGGttgcttttttctctcaaaaacagGCAAACTTGGTTTACAGTGGATTCCAGGTGGGCCTGGCAGTTTGTCTTAAGCAGctgAAACTGGATGACCCTGGGTGTCCTTTGGAACAAACATTTCCTTGAGATCTGTAAGCCTGTGCATGAAGATACTGGAGCTGCCCTGAATAAgGTCATCTCCGCTTCCACTGTACAACTAGTCAACTCGGTGCTGGAGGCCATGGACATGAAGTTATGCctgtaaatgctgtaaagaCTTAATAAAGCTCTTGAGTGAAATTATTGCCTCTTGTCTTCTGTGGTGCTGTGATTCCGACATGGTGATTGCATCATTTAAACCAGCAGGCAAAGCTTTTAAGACCTAGGATATTCTCCTTCCAAACTGGAGAAGTTACTTGCACTAGGCTTCAGCTGAAAGCTTGACATGTGCTAGGTTATGTAATGTTAGTTTGGGGGAGCAGAAGTGTCTTCCATGTATTTAAATTGTTCCATGGATGTAAATAAACCTGAATACTCCTGGCAGATGGATATGACCGGAATGGGCAAGTGACCTGTTCAGACATATTTGAGGGGGGCTAATATCTTGCACAGACTAGTTCAGACTTTGAGTGGTAAGATGACTTGCGTTTGACACTGGTTGTATATTTTGGTCCATTTCGTGTGAGGGTGAGAATCTGTTTATTGCACATGAAGTGGCAAATGTATAATTCATGATCTCCATTTACTGTTGGTGCTTACCAAGTGTCAGTTCCtttagaaaattaatttgaTTCTAACTTGTTGCACTTAAGGGTGAGTCGAGTGAAAACCTTGTGTAATGGATGGGGTTGCGTCAAGTTGCATCAACAACTTAATGAGTGGCATAACATGGTGACTCAGACTCTGCGAAATGCACCTTAAAACATCACCTGTTCTAGTGATTCTACAGTGTTGGGTTCACATTCTGATTAATCAAATTGCTGGgtttggaaaggaaaaaaaatacatgtagtTCCAATAATATTGTACAGCATGAATGTTTCCACAAGGGGAAAGAGTCTAGAACTGCAGTTGGAGGATTTACAATGATAACTAAGTTTACTTGCTATTAAGGAAATATCCATGCTGGGGAGCAATTTTCAAGAAACTAAATGTCAAGTctttcaaaattttattttgaaatgatcaCTTTACAAGCAGTGCAGAAATAATTTGATAAATGCATAAACCTCTGAAACCATATGAACAGCAAACAGTGGCCATTGGCTGAGGTTCAGGCATTAACAGCTTAAACACTGAATGCATTTCTCAACTTAATCCCAGAATGGTACAATTTGAACACTACAGTTTTCTCCTTAACACAAACATTTAGCCTTATGTGGGTTATGTGGCAACATGAGGCTAAAATAGGTCCTTAATAAAGGCACCAAGAGTGTTGCactgttaatgttactgatctgaaaggaaaaaaaaacaactataacCATGCAGACTGGTGCATTAGTTATGATGCCTCCTCAGGGTTATAACCATAGATAAGATGCTGTTTCTACAGTTAtatcacaacattaaaatacaagGCTCTTTTCTCAGTCTGCTGTAAAAATGCGAGCACCGATGTCATCCAGGAGCCAGTCTACGCCTGTCAGGAGGTTCTCTCCAGTCACTGCACTGCAGCCCACTATACACCAGTGATGTGTCTTAATCTCATCCAGAGCTAGCGCCTGTCAAAATAAGAGATTGTTATTCA
>TU77756
TGCAGCACGCGCTGAGGTAAGGTGGTGTACTTGTgtattattctttgtaaatgtgGCAAAAAAAAGGATAGTTCTTGGTCTCTGTTTGTAATAATGCTTAAGCAGTTAAGCCTTGTGGAGATATCTGCGCAGTAAATTTTAAGTATTTGAATGGTTATATAGTTAGAGTTTTGCAGTGAACAGGCCCAAACCGAGTCTCAATCTGTCTGTTCCTCTTTTGGAAAGATTCACAATCCGAGGCCATCTTGTACCTGTTTGTGCTAATCGCTTACATTTTGACTAAAGCGTTAATGTTAATTTGGTGGTGCATTATTAGGAGCGggtattgacttttttttttttgctttcttgtcTGGTTGAATGACTTTGCTGAAGTTGTGCATGCTGCAGCCATATCAGATCTCTCAGTGATGATAACTTTCACAGACCTGTACTGAAATACTGTGATTGCAAATATAATATCTGATGAgagacctttttattttttttttctccttcaatATCCAGTGTTTGGTAATTAGTGAGGCAGAGTTTCTCTCGGGCCTCCACATGGTCCTCCAGGCCCCTGACTAACCATGCTCTCTCTTCTTGCAGTTAGTCTGCTGGAGCTGCAGCAGCTGGCCAGGTGTgcattcctttcctttcttctcaGGTTAAGTCAGAGCAGGTCGCTTGCTCTGAGTTTAATATACAAATTGGGGTGATTGTTGCACTGCTGTGATGAGTCTTGAACTCTCTCTTACTGAATTCTGTTGAGGATTCAATGTTTTATTCTGAGTAGTTAATCTTCATTATATACATTTCGTATGGTCCTGTGCATTGTGATCAATTTGTGAAATATTCTTTGCAGCATCTTTGACCTCCTGGTCCGGTTTGCTGTTAAAAGAAAGATGTTTATCTCAAGACTAACTTCTCAACAGCCCACTGTGCAGTGGGTGCCGATTTTGGCTGCAGACTGCATGTCCTTGAAAGACTATAGGTGATGCTGTGTAAAGTGAAAACCTGTTGCTGAACATGGCTTTGGCCAGTGATGAGTTCTTTGCCTGGAAGGCTGAGGATGTTTTCAGATAGGGAGTTATCCCTCTGAAGCACAGATGTTTGGCAAATTGAGTTCTTGGCTCAGAAGTGCTCGCTTGGCTACAGTTGTCATGGGttgcttttttctctcaaaaacagGCAAACTTGGTTTACAGTGGATTCCAGGTGGGCCTGGCAGTTTGTCTTAAGCAGctgAAACTGGATGACCCTGGGTGTCCTTTGGAACAAACATTTCCTTGAGATCTGTAAGCCTGTGCATGAAGATACTGGAGCTGCCCTGAATAAgGTCATCTCCGCTTCCACTGTACAACTAGTCAACTCGGTGCTGGAGGCCATGGACATGAAGTTATGCctgtaaatgctgtaaagaCTTAATAAAGCTCTTGAGTGAAATTATTGCCTCTTGTCTTCTGTGGTGCTGTGATTCCGACATGGTGATTGCATCATTTAAACCAGCAGGCAAAGCTTTTAAGACCTAGGATATTCTCCTTCCAAACTGGAGAAGTTACTTGCACTAGGCTTCAGCTGAAAGCTTGACATGTGCTAGGTTATGTAATGTTAGTTTGGGGGAGCAGAAGTGTCTTCCATGTATTTAAATTGTTCCATGGATGTAAATAAACCTGAATACTCCTGGCAGATGGATATGACCGGAATGGGCAAGTGACCTGTTCAGACATATTTGAGGGGGGCTAATATCTTGCACAGACTAGTTCAGACTTTGAGTGGTAAGATGACTTGCGTTTGACACTGGTTGTATATTTTGGTCCATTTCGTGTGAGGGTGAGAATCTGTTTATTGCACATGAAGTGGCAAATGTATAATTCATGATCTCCATTTACTGTTGGTGCTTACCAAGTGTCAGTTCCtttagaaaattaatttgaTTCTAACTTGTTGCACTTAAGGGTGAGTCGAGTGAAAACCTTGTGTAATGGATGGGGTTGCGTCAAGTTGCATCAACAACTTAATGAGTGGCATAACATGGTGACTCAGACTCTGCGAAATGCACCTTAAAACATCACCTGTTCTAGTGATTCTACAGTGTTGGGTTCACATTCTGATTAATCAAATTGCTGGgtttggaaaggaaaaaaaatacatgtagtTCCAATAATATTGTACAGCATGAATGTTTCCACAAGGGGAAAGAGTCTAGAACTGCAGTTGGAGGATTTACAATGATAACTAAGTTTACTTGCTATTAAGGAAATATCCATGCTGGGGAGCAATTTTCAAGAAACTAAATGTCAAGTctttcaaaattttattttgaaatgatcaCTTTACAAGCAGTGCAGAAATAATTTGATAAATGCATAAACCTCTGAAACCATATGAACAGCAAACAGTGGCCATTGGCTGAGGTTCAGGCATTAACAGCTTAAACACTGAATGCATTTCTCAACTTAATCCCAGAATGGTACAATTTGAACACTACAGTTTTCTCCTTAACACAAACATTTAGCCTTATGTGGGTTATGTGGCAACATGAGGCTAAAATAGGTCCTTAATAAAGGCACCAAGAGTGTTGCactgttaatgttactgatctgaaaggaaaaaaaaacaactataacCATGCAGACTGGTGCATTAGTTATGATGCCTCCTCAGGGTTATAACCATAGATAAGATGCTGTTTCTACAGTTAtatcacaacattaaaatacaagGCTCTTTTCTCAGTCTGCTGTAAAAATGCGAGCACCGATGTCATCCAGGAGCCAGTCTACGCCTGTCAGGAGGTTCTCTCCAGTCACTGCACTGCAGCCCACTATACACCAGTGATGTGTCTTAATCTCATCCAGAGCTAGCGCCTGTCAAAATAAGAGATTGTTATTCA
>XR_003403984.2
AAAGCTGCACCGCCCTCTGCTCGGCCGTTTTCCTGCAGCACGCGCTGAGTTAGTCTGCTGGAGCTGCAGCAGCTGGCCAGCATCTTTGACCTCCTGGTCCGGTTTGCTGTTAAAAGAAAGATGTTTATCTCAAGACTAACTTCTCAACAGCCCACTGTGCAGTGGGTGCCGATTTTGGCTGCAGACTGCATGTCCTTGAAAGACTATAGGTGATGCTGTGTAAAGTGAAAACCTGTTGCTGAACATGGCTTTGGCCAGTGATGAGTTCTTTGCCTGGAAGGCTGAGGATGTTTTCAGATAGGGAGTTATCCCTCTGAAGCACAGATGTTTGGCAAATTGAGTTCTTGGCTCAGAAGTGCTCGCTTGGCTACAGTTGTCATGGGttgcttttttctctcaaaaacagGCAAACTTGGTTTACAGTGGATTCCAGGTGGGCCTGGCAGTTTGTCTTAAGCAGctgAAACTGGATGACCCTGGGTGTCCTTTGGAACAAACATTTCCTTGAGATCTGTAAGCCTGTGCATGAAGATACTGGAGCTGCCCTGAATAAgGTCATCTCCGCTTCCACTGTACAACTAGTCAACTCGGTGCTGGAGGCCATGGACATGAAGTTATGCctgtaaatgctgtaaagaCTTAATAAAGCTCTTGAGTGAAA
>XR_004577951.1
TgtattattctttgtaaatgtgGCAAAAAAAAGGATAGTTCTTGGTCTCTGTTTGTAATAATGCTTAAGCAGTTAAGCCTTGTGGAGATATCTGCGCAGTAAATTTTAAGTATTTGAATGGTTATATAGTTAGAGTTTTGCAGTGAACAGGCCCAAACCGAGTCTCAATCTGTCTGTTCCTCTTTTGGAAAGATTCACAATCCGAGGCCATCTTGTACCTGTTTGTGCTAATCGCTTACATTTTGACTAAAGCGTTAATGTTAATTTGGTGGTGCATTATTAGGAGCGggtattgacttttttttttttgctttcttgtcTGGTTGAATGACTTTGCTGAAGTTGTGCATGCTGCAGCCATATCAGATCTCTCAGTGATGATAACTTTCACAGACCTGTACTGAAATACTGTGATTGCAAATATAATATCTGATGAgagacctttttattttttttttctccttcaatATCCAGTGTTTGGTAATTAGTGAGGCAGAGTTTCTCTCGGGCCTCCACATGGTCCTCCAGGCCCCTGACTAACCATGCTCTCTCTTCTTGCAGTTAGTCTGCTGGAGCTGCAGCAGCTGGCCAGCATCTTTGACCTCCTGGTCCGGTTTGCTGTTAAAAGAAAGATGTTTATCTCAAGACTAACTTCTCAACAGCCCACTGTGCAGTGGGTGCCGATTTTGGCTGCAGACTGCATGTCCTTGAAAGACTATAGGTGATGCTGTGTAAAGTGAAAACCTGTTGCTGAACATGGCTTTGGCCAGTGATGAGTTCTTTGCCTGGAAGGCTGAGGATGTTTTCAGATAGGGAGTTATCCCTCTGAAGCACAGATGTTTGGCAAATTGAGTTCTTGGCTCAGAAGTGCTCGCTTGGCTACAGTTGTCATGGGttgcttttttctctcaaaaacagGCAAACTTGGTTTACAGTGGATTCCAGGTGGGCCTGGCAGTTTGTCTTAAGCAGctgAAACTGGATGACCCTGGGTGTCCTTTGGAACAAACATTTCCTTGAGATCTGTAAGCCTGTGCATGAAGATACTGGAGCTGCCCTGAATAAgGTCATCTCCGCTTCCACTGTACAACTAGTCAACTCGGTGCTGGAGGCCATGGACATGAAGTTATGCctgtaaatgctgtaaagaCTTAATAAAGCTCTTGAGTGAAA

Function

GO: NA

KEGG:

id description
ko04120 Ubiquitin mediated proteolysis

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TU77754 False 2078 lncRNA 0.42 14 16758260 16763461
TU77755 False 2656 lncRNA 0.41 13 16758260 16763461
TU77756 True 2881 lncRNA 0.41 12 16758260 16763461
XR_003403984.2 False 661 lncRNA 0.48 14 16758227 16762011
XR_004577951.1 False 1173 lncRNA 0.43 13 16758293 16762011

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
sb:cb1058 LOC108267120 coding upstream 2820 16752137 ~ 16755407 (+)
b3gat3 b3gat3,LOC107750592,LOC107691906 coding upstream 8103 16746698 ~ 16750124 (+)
naa40 naa40,LOC107749810,LOC107691908,LOC107750594,LOC107668433 coding upstream 12870 16736067 ~ 16745357 (+)
mark2b mark2 coding upstream 43130 16675435 ~ 16715097 (+)
krcp LOC108267668,LOC108434626 coding upstream 84000 16669457 ~ 16674227 (+)
batf2 batf2 coding downstream 8938 16772399 ~ 16776829 (+)
ppp2r5b ppp2r5b,LOC108267535,LOC107749805,LOC107668366,LOC107588189 coding downstream 13433 16776894 ~ 16804016 (+)
zgc:101765 LOC108267536,LOC108434636 coding downstream 47939 16811400 ~ 16818534 (+)
exoc6b exoc6b coding downstream 61747 16825208 ~ 16920946 (+)
LOC113540460 cyp26b1,LOC108267534,LOC108434641,LOC103033177,LOC107588193,LOC107750587 coding downstream 176000 16939461 ~ 16960809 (+)
G65654 NA non-coding upstream 6137 16751860 ~ 16752090 (+)
G65644 NA non-coding upstream 28875 16723895 ~ 16729352 (+)
G65643 NA non-coding upstream 80861 16676529 ~ 16677366 (+)
G65601 NA non-coding upstream 163770 16592447 ~ 16594457 (+)
G65580 NA non-coding upstream 180490 16569687 ~ 16577737 (+)
G65663 NA non-coding downstream 7144 16770605 ~ 16770843 (+)
G65938 NA non-coding downstream 593877 17357338 ~ 17372139 (+)
G65939 NA non-coding downstream 595025 17358486 ~ 17359569 (+)
G65927 NA non-coding downstream 639098 17402559 ~ 17403879 (+)
G65933 NA non-coding downstream 647533 17410994 ~ 17502645 (+)
LOC113540582 cyb5d1,LOC108267266,LOC108434590,LOC107738084,LOC107683579,LOC106577649,LOC105907155,LOC107595290,LOC107707052,LOC107702060 other upstream 387270 16367956 ~ 16370957 (+)
LOC113539780 LOC108268335,LOC108434603,LOC107731925,LOC107595313,LOC793560,LOC107675495,LOC107683530,LOC107738035 other upstream 439061 16310213 ~ 16319166 (+)
LOC113540079 sh3tc1 other upstream 718243 16023194 ~ 16039984 (+)
zgc:194930 LOC108268002 other upstream 2099291 14632030 ~ 14658936 (+)
brms1 brms1,LOC108268191,LOC108428539,LOC107661966,LOC107721670,LOC107661087,LOC105894187,LOC107583285 other upstream 2488887 14255744 ~ 14269340 (+)
arrb2b arrb2,arrb2b,LOC108434652,LOC108267683,LOC105904870,LOC101076921,LOC107750580,LOC107593814,LOC107561939 other downstream 572036 17335497 ~ 17401388 (+)
LOC113539940 NA other downstream 846031 17609492 ~ 17620079 (+)
ctdnep1b ctdnep1,ctdnep1b,ctdnep1a,LOC108413724,LOC107659132,LOC107679908,LOC107747382 other downstream 1236697 18000158 ~ 18010962 (+)
frem1a frem1 other downstream 1349972 18113433 ~ 18143631 (+)
G66492 LOC108267609,LOC108437090 other downstream 1433851 18197312 ~ 18208564 (+)

Expression


Co-expression Network