G65715


Basic Information

Item Value
gene id G65715
gene name NA
gene type non-coding
species striped catfish (Pangasianodon hypophthalmus)
category of species economic fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_047598.1
NCBI id CM018544.1
chromosome length 33267568
location 16675260 ~ 16684591 (-)
genome version GENO_Phyp_1.0_2019_striped_catfish_Genome

Sequence

>TU77819
ACcgcataaatgtttatatctcACCTGTCCAGAAGAATGTTCGATGACTCCTAATCCTTGATTCCGGGTGGACATTTGTGAGGAGTTGTCAGAGATGTGGCCGAGCGTAAAGAGGAGTTAATCACGCATTTAATAagcgtgtgtgagagattttCTGGGCTTCCCCCAGCAGGGATGTGAAAGAGGCAGCTAACGCTAGCTAGCCACGCACACACAGATCAACAAGTCCAGTCCCACATCAGTTACGTGTCCATGTCAACAGTGTAGCAGGTTATTAAAAATACCACTCTTTAAACTGTTGGTAGCTATTTCTAAAATGCTGTCAAACAGTTCAGTACAACGCTGGTTTAGTTATCGTGAACTTTACTAAGCTAATTAATTCGATTTAACGTAGAAGACCGAGTGAAATCTGCCTGAACGCTGCCTGGGTAACTTCAATATGTCTGAAACATATCAACATGTCAAAGCCATTATAGCACCCATTCTTGAAAAaggagagataaaaagagatgTGTAAAGTTTTTATGAATCTTTTCCTGGTACATGGACGATTAAAATCAAGTATGTCAGGCCAGACTGGGAGcaggtaatgttagctagccagctagctcaCCTTAACTTGACAATCGCTgcggaaaaaaaacacacacaatgacaagCAAACAAATCAGCGCGACCTTAAACGAAACCGATACCGGTCGAGAAAATCAACGTCAACACGTCTGCAGCTGACTAACCCTAATGTAAGACACTAACTACAGGGGTGTACCGCGGAACTGAAGCAGCTAACCTAATACAGACGAGCACTAGCAACTGTTAGCTAGCCATCCAGCCTTCCAGCCTTCAGACGGGCAGATCCCCAAAAAACTCAAAGATTCCTCCACAGTCCGCCCAGATCCGAGTACAGGCGCTActcggtaaaaaaaaaaatacgacCTATGAGCGAGTGAGAACAGCGGCGGTTCAGGCTGGTGGATAA
>TU77820
TTCTTTCCAATCTTgggaaaccatgtcttcatggacctcgctttgtgcacagagacactgtcatgctgggaccctagttccagtgaaggaaaattgtaatgctacagcatacaaaaacattctatacaatccaactgtgtgcttccaacattgcgGTAACAGATtcgggaaggcccacatatggatgtgatggtcaggtgtccaaacttttgaaaTATAGTGCATGTATGATACTAGGAGTTGCCAGATCATTACCACGGCCAGTTAAGGTTTTGTCGCTAGGTTTTGTCAAGGACACAACCATAACAGGCTGCATACAGTCATGCTCATTTTCTTTGACTCAAGATCTCAAAATAACCAAATTACACATCCTTAATTAGACTGGTGTTTTATCTACATATGGAAAGTTACATTAGAGAAGCAGTTCAGACCTACTGGAGGCCTGAAGTGCCAAGTGTGAACACCATGGAATGCATTTAAACCGAAGACTacgaaaggaaaaaacaaacaaacaaacagcttaTGTAAGCACCACAAAACTGAACTAAACACATGCAAGGCCGCATGCTGATGTAATAATTGTTAGTAACATGGATTGAGCTAAAACTCTTAACATCTCTGAATGAACCAAGACTTTTAGGCAATAGACACAATAGAAGAAACATTGTGCATGTAAGACAGAGGTGTAATAGGGCAAGCTGTTGTgcagcaaaacagaaacaagtaTTATAGATTATAATGAAATGAAGCAGAAGGCTTTATTTAAAACTCCACTACAAAATTGCTAACACAACAATTTGTGCTCCAGCCAAATATTCAGAAAAGAGGTAGTGCAGCACTGATCTGTCAACAACCTGCCATACAGGCTTTGACACAGTCCGCTGTTacgtacacacacgcacatacaaaTCCATACTTGACATCACATACTGGGAGTGAGAAAGCCTCGGCACACCCTCCAGTCAATTTCACACCCAGCTTAACTGGAAAGGCTTGTTCCCTTACTCACTCAAACTGAGGTTTTCCGAAAATGTCTATACTAATGATTCATATGAAATGAAAACTTATCTCATTGAGCTGAGATGTTTTTTAAGACACAAAGATACCAGTCAAAACCTTCTGAAACTAGCAAGCCAGCTACAGTCTGAGGTTTCGTAATGAAAACTTAATCTTCGACTGCAGAAGTGATCACAGGTGAGAATCACAGTGGGTGAAAGTTTAACTAAGACTTAAAGTAAGATCTTTAGAAAGATAAGACAAATTCATCAGCAGTTCCTGATAATAAAAAGATATCCATTTGCCGACCTAAATAAAGCATACGTGTTTACTGAACATTACCTCCACaaaatatacagatatttatttacCGTGGTTCTCTCTGTTCATTGAGTAGTGTACCAACCTTAACCACACTACTGTGTTTCATTTTGACCTTGGTTCAGTGGGGTGTGTGCGTATGTGGTTGAGTAAAGTATGCAAATTAGCATGTACTTCGGAGCCGTAGGACTGGCTGCCAGTAGCTGGCTAAAGTGAATGTACACTCCTCGAGCTACACTACAATACGCTGTACAGGCTGAGGCCCTGCTAGCTTAGCACTGAAATACCAAAAGTTCTAACTGGTGATATAAAAGCTCAAGCTCCAGATGTTTCACATCTGACATATTTAATTTAGTTCTTCTCAAACAAACACATCAAGAATCCACTAACGTGTCTGCACATTTCATTCGCAAAATGGAATAACGTTATTGCAACTAGTTTTTAATTCTTTGTGCGATCTTACCAGACATTCATGTCTGTAAAGTGATTCGTGTTGTTCCATATCTAACTGACCAAACTCGACCCATGAAAGCCTTGCTGATTAACCAATAAGCTGAACTGGGTGTATTAAATGTGGTACTTTGCTAAACTCTGcagtctctcttcctctctctcgcacatggacacacacactttctttcataCACAGggcaaagaaacaaagagattTACAGCTAATAACCTCTGCTCCGAACCATCAGTGTTCACACCGTCAGCATTTGTCTTAATTGACATAATAAAAATCATGAGCCACACAGAAACCTCTGCCAAGGAGAGCATAGATCACTCTGCTGACTCTAACAGGTattttttcactgtgtgtaattCTTTggtcatttctgttttatttatttttaccataACAATTCAACACCTATTGATCGCAGATGTGGGTCATATAGCAGAAACATCATTTAGACACTTCCACAATATAAGTATGAAAGATTTAGTTTGCTAGGACCaagaacataaaaaatataaaaatttccAGCAATATTAATCCCATATTGTTGTATCACCGATATCCAGCTTCTGCACTGTGTAAGTTAAACCTGTGGATGCACTATGACTTAGCGAACATACCAGAGTcaataattaaattacaacaTGGGTTGTACGCGATGCCTCACCAGAATAACATTTTGTGGAAGCGCAACATATCTTTGAGCATATTTACTCAAGTTTAAAATGTGGTTTTCACACAGGCCACAAAATGCATCACTGCACGTCAGATAAGGCTCAATACAGTTCTTACcacaacacaaaatattttatacatgatAAATGTTGTGGTTCTCTTAATTTGTAAAGACACGCAACACTgcgtgatttaaaaaaagaaggtttGAAAAGCATGTTAAACACCACTGGTATACTTTAGGCTGTACGCTTTAATATATCTGTCCTTACCACAGGAATTCTTGAATCAGAAGGTGtgtattaattttctataacagcatgaatcTGACAATAGTTGGCTGTAACATATATTTTCAAAGTAACCGCTCACTGACAcagacttgtatggcggacactccacataatccaagccaaataataaacagattaaaagaaatggtgctgtttaaaaaaagaataaagtataatctttgatgtggtgaagttttttgttaggagacattcaTGTAAGATTTTGGAAAGAAGTGTCatgtgtcagagctttgtaagagtcagtaCAGACTTCAGGACTGAGCAGTCTCACTAACTTcaacagagaaaaaacagacagagagactggtGGAAACAACagttaacaggaactaacttgtctcatggacattccacaacattagctaaaaagcataatgtgttgctcattactaaattaaaatttgtttttatattaaaaaaaacaaaaaactttgtACTGTCAGATCCTGAATACAGGAGCAGAATGGGTGTAGGTATCAGTCAAACTACATATGAACACATATAggtgatattaaattaaaaaaatgaagcaaaatgtttacaaaatttTAATACACAGTAACTggtttgggggtgggggtgttATTCTCTATCTTACTTTACTTAATATTTCGATATGTGGATTATAATCTGAAGgtgaatttataaattataaatatctataaattATGATAAGAAGACctgtgattatatattttttgacacTAAAAGAAGTCCTAGGTGAGTTTGAGAACTTGATTTGTGAAATTGTACCTGCTCTGTTGGAAAAGTCAGCATTAAATACAAGATCTGCGTTGAATGCAAGTTACTCATTCTTAGTAGGCTTTTGATTAAATTTGTCTCGTTTGTATAAATTCAAAAGTACCCTTCAATTTTAAGAATTTGTTTCAGCCATTATCTATGATAATCCTACTGCAATACTGTGACGCATCATTATCTGTCAAATCATGACACATGCAATATATATCATATCGCGACCTATTTGGCAATATCCAGCGTTACACATGTAATAGTCaatccacactgcactgacaATACAAAGGTGAATGTTAAGCATGACTCCAGTGGTTGATTTAAGATCAGCTGACATACAAAGGATGCGAGAGGAAGAGGTGATAAATGTTGACTTTAATCATCTGTGACTGATGCCTTCAGCTTGCATTGACATGTGGTGTAAAAACTGGCCCAGTGTTTAGATTAACCAGTTTAAAGCAGCTGGATGCAAGGTTTTGAAATTTCACCCTTTCTGCAAGCTACTAGGAGAATGTGTGGTGTGCTGTACTGTTTGACACTGTACTAATTAATCTCATGGTCATGAGTGCACACAGTCAGAGAGAATtcaaggctgtgtcccaaaccacaaaaTACACACTAAGTATGATGCCTAAACTGTAACGATAATGTTTTTAGTACAGAAAAAGGCAGCCTGGGACACGGCACAAGCGTTCGTGACTCTGCTGTGTTTCTTCAACATCACACATGCATTATGATAACAAATACTTTATTGTGCACATCAATGTGATGTCACAGTTACTGACTGGCATGTGAAAGAGCAAAACCTCTCGGTTGCTCCACTGTACTCTCACAGCATGGTGTTTTATTGGTTTGCGTTTATCTGCATCGGAGATCACGTTGCACATTTACTAGGCGGACAGATGCAAACTAGCCCACTAACTCCGGCTAAAAGAGAGCACAGAAACCAAAACTATCACCTTTATCcaatgtttgtatttgtgttctctgtatgtgtatttgtgttctctgtgtgtttacatcattttaatttaattacaacatCTTAATAGTATAATGTTCTAtcttaaatgaaaaattaatggCAGgcagaaccttataatactaaggtcaagctgtgtatttattgtttagcTGGCGTATGAGGCATGTGTACAAATTTGTCATCAATTCTGGCCTGTCACCAATAACACAGTACTGACTGAGAACTACGACTCACAGCATCTTATTGATGTAATAAtcaagtttttgtttttcattgttaatgACAAATCCTACACTtgtgaaatcatttttttttttcatttcgcTGGTCTGGGGGCATCATTTGCTGGTCTGAGGTCTAAAGTTGACACAATTTCACAATTACCCCAAACGTAGGAAGCGTCTTATACCAGAGCTGGCTAATAAGTAAGTGAAGCTTATAGCATCTTGCAAACTGCATGCATAAATGACACTCCTGCTAAATAATCTCAAATAGATCTGCCAGTCATTACTTCTACATTACAAATGTACATTACTTGGCTTAAGAAAATACAACAGGAGCAGCTATCTTAAAGCCagaatcatttttctttcttttcttcatcaCTCACTTTGagtcattttgtacatttttattacaaccTAAAATTGTGGAACATACATTTAACCACTGGAGACCACACATTGTTGTTTTCAGGTTATTAGTTGCATTCCGGTTATTGGTATTAGCAGCAAAACCATAAGCATAGAGGCAGCCCCCATTAGTTCAAAGTAAcccagctttttgtttttttcttgtccaTGTGATTGAGGCAGTTCTTCAATTTTCTACTGCATAGGCATTTGTACTCCAGCCACAACTCAATTAATTTAACCTCCATTAAGGAGCTCATATGCACTTACAACTGCCTGGTTGCTATTTTTATGTTCTTGCATTTGCTGTTTTCAGATTCTCATTGGCTGGCTACTGAAAGGATCCATTCAGATTTTAAGCTACTGACCTGCGCAGACTGCTAGACTTCGTACGTTGGATACAGAGGCgtagccaggaattaatttcaggagGTGGGGTGAGGAAATATATTAATCACCGCATGAGTTGTTCAATTATATTAATAAGTgtgacacacacagctcaccaTTAACCAATCTGTAATGAAATActtttatgacagttccactaaaaatgattaaaataacatgctagCAATGCGGCGGTAATGACATCTTACCCTATAAAAACCAGATCTATGGGGAAAATGcatgatcctgattggttaatcctgtttatCGCCATAGCgattaataaaatgtgattaaccAAAGTAAAGCTGTTTGACGCTGACATTTTTTGAACATCATAGCTAAAATGTCATCTGACACTTATATAATCAGTGCTGCTGTCTGCGTGACATGTTAAACACCCACGAAAATGCATTTGGAACCGTCGTGTAATATTGCAGCAGGGCTTCAAACCCGAAATTCTGCCCTGGTTTGATATAcacgatatggccaaaagtttgtggacaactgaccattacacccatatgtgagccttcccaaaactgttaccacaaagttggaagcacatggttgtatagaatgtctttgtatgctgtagcattacaatttccttttagtggaactaaggggcccaaacatgttgcagcatgacaatgctcctatgcacaaagcgagctccataaagacataaaggtttgccaaggttggaatggaagaactcgaTTGGCcaaaatctagcggaaagcctccccagaagagtggaggttattataacggCAAAGAAGGGGTTAAATcttgaatgggatgttcaaaatgtacatatgggtgtgatggtctggcgtccacatacttttgtccttAAAGTGTATTTCCACTCATTCAAACTGACCTGAAACTAGATAGGCAGGaaactacagtgtgtgtatcaAATGCATCCATTTATCAAACGAGTCGAAAGTGTGGAcgctttattcttttattctacAGCGCTAAACTTGTGGATAAGAACTGTTAGCTACATTATTCTGTATAAAACCAAAGGTGCCAGACGTCAAACACCAGACACCAAACATCTTGGATGACAGACTATATTTGGGCGAGTGAGAACAGCGGCGGTTCAGGCTGGTGGATAA

Function

GO: NA

KEGG: NA

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TU77819 False 979 lncRNA 0.44 2 16675260 16676349
TU77820 True 6662 lncRNA 0.38 2 16675260 16684591

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
adad2 LOC108267669 coding downstream 5843 16663129 ~ 16669417 (-)
fam113 LOC108268071,LOC108434623,LOC107741458 coding downstream 14073 16655940 ~ 16661187 (-)
otub1b otub1,LOC106608596 coding downstream 21473 16649185 ~ 16653787 (-)
phka1a phka1,phka1a,LOC108267555,LOC107707917,LOC107702224,LOC107711571 coding downstream 90727 16566064 ~ 16584533 (-)
LOC113539955 LOC108267556 coding downstream 111123 16552388 ~ 16564137 (-)
rcor2 rcor2,LOC107588183,LOC107668449,LOC107749809 coding upstream 30614 16715205 ~ 16726855 (-)
arl2 arl2,LOC107588185,LOC107668402 coding upstream 78275 16762866 ~ 16768038 (-)
gpha2 gpha2 coding upstream 121269 16805860 ~ 16808136 (-)
LOC113539980 majin coding upstream 126093 16810684 ~ 16815789 (-)
badb NA coding upstream 134813 16819404 ~ 16823151 (-)
G65700 NA non-coding downstream 68668 16606007 ~ 16606592 (-)
G65508 NA non-coding downstream 223368 16451677 ~ 16451892 (-)
G65494 NA non-coding downstream 243742 16431136 ~ 16431518 (-)
G65493 NA non-coding downstream 245902 16429143 ~ 16429358 (-)
G65491 NA non-coding downstream 247853 16427201 ~ 16427407 (-)
LOC117597072 NA non-coding upstream 44100 16728691 ~ 16735897 (-)
G65718 NA non-coding upstream 51562 16736153 ~ 16737913 (-)
G65722 NA non-coding upstream 118604 16803195 ~ 16804254 (-)
G65809 NA non-coding upstream 252622 16937213 ~ 16937420 (-)
LOC117597208 NA non-coding upstream 395573 17080164 ~ 17095201 (-)
bmp15 LOC108267203 other downstream 69543 16603809 ~ 16605717 (-)
leap2 LOC100304644 other downstream 80755 16592562 ~ 16594505 (-)
tnfsf12 tnfsf12 other downstream 248636 16419164 ~ 16426624 (-)
acox3 acox3 other downstream 603568 16054528 ~ 16071692 (-)
smim20 NA other downstream 683275 15973579 ~ 15991985 (-)
G66053 NA other upstream 716003 17400594 ~ 17402464 (-)
rnaseka LOC108267746 other upstream 754886 17439477 ~ 17444188 (-)
G66281 NA other upstream 909157 17593748 ~ 17634868 (-)
map11 c7h7orf43,cunh7orf43,si:dkey-3k24.5,LOC107687048,LOC107594676,LOC107754664,LOC107561780,LOC105895567 other upstream 1107635 17792226 ~ 17839915 (-)
LOC113540242 adamtsl1 other upstream 2365559 19050150 ~ 19155221 (-)

Expression


Co-expression Network